genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  8  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152901--2153031	68	1.9	67	87	4	192	29	0	19	51	1.52
2155632--2155701	25	2.8	25	86	0	95	22	28	18	30	1.98
2155623--2155701	25	3.2	25	83	1	88	21	29	17	31	1.96
2162848--2163116	35	8.0	34	85	6	334	18	22	18	40	1.91
2162843--2163106	102	2.6	102	92	1	426	18	23	18	40	1.91
2162843--2163116	67	4.0	68	89	4	342	18	22	17	41	1.90
2165917--2165961	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
2168629--2168676	24	2.0	25	91	4	80	22	25	16	35	1.95
2168898--2168967	25	2.8	25	84	4	70	21	28	18	31	1.97
2168913--2168992	25	3.2	25	84	8	83	18	27	20	33	1.96
2168923--2169000	25	3.1	24	76	12	61	21	23	21	33	1.97
2174511--2174637	41	3.2	40	74	11	125	23	17	24	34	1.96
2186772--2186805	16	2.1	17	88	5	52	20	50	0	29	1.49
2187032--2187119	43	2.0	43	100	0	176	52	18	11	18	1.74
2191071--2191124	22	2.5	21	77	19	58	50	3	3	42	1.38
2191594--2191703	52	2.1	51	89	1	166	26	14	12	46	1.80
2191764--2191852	27	3.3	27	85	0	115	24	24	29	21	1.99
2195543--2195591	6	7.8	6	88	8	71	0	44	32	22	1.53
2195539--2195591	18	2.8	20	85	11	83	0	45	30	24	1.54
2195528--2195594	6	10.8	6	87	6	53	0	41	29	28	1.56
2195539--2195594	12	4.5	12	84	8	67	0	42	32	25	1.55
2197731--2197931	88	2.3	88	100	0	402	45	7	15	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197999--2198119	60	2.0	61	91	1	199	56	10	0	32	1.40
2198258--2198318	20	3.0	20	90	0	95	29	14	45	9	1.77
2198462--2198514	17	2.8	19	75	13	56	62	1	0	35	1.06
2210792--2210857	30	2.2	30	97	0	123	31	19	25	22	1.98
2219519--2219559	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
2219564--2219891	73	4.5	73	99	0	647	27	6	25	41	1.79
2223910--2223949	15	2.9	13	85	10	53	37	2	20	40	1.66
2228490--2228550	29	2.1	30	87	3	88	34	4	21	39	1.75
2228496--2228552	7	7.7	7	73	11	51	29	3	24	42	1.71
2229278--2229315	18	2.1	18	90	0	58	44	0	2	52	1.14
2229291--2229324	15	2.2	15	89	5	50	38	0	0	61	0.96
2239509--2239562	24	2.2	24	86	0	72	33	9	1	55	1.42
2239657--2239721	9	7.2	9	75	10	53	20	9	0	70	1.13
2239664--2239715	25	2.1	24	82	3	59	21	7	0	71	1.11
2239657--2239723	24	2.5	29	79	13	81	20	8	0	70	1.14
2249087--2249137	21	2.4	21	100	0	102	45	11	9	33	1.74
2251911--2251985	32	2.3	33	86	8	102	36	42	2	18	1.65
2252798--2253078	41	6.9	41	90	1	422	28	27	24	18	1.98
2253115--2253249	40	3.4	38	76	11	130	21	19	20	39	1.93
2254763--2254805	20	2.2	19	83	4	50	30	2	9	58	1.42
2254810--2254844	16	2.1	17	89	5	54	31	2	0	65	1.07
2254854--2254900	17	2.7	17	83	9	51	23	0	12	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255830--2256319	246	2.0	247	88	1	732	31	16	19	32	1.94
2262216--2262327	55	2.0	57	94	3	201	18	37	0	43	1.51
2264112--2264163	26	2.0	25	81	7	59	46	13	1	38	1.54
2267590--2267795	63	3.1	63	66	17	157	33	21	10	33	1.88
2267410--2267906	134	3.7	134	83	1	557	30	20	13	35	1.91
2268806--2269105	134	2.2	134	78	5	313	31	19	11	38	1.86
2269180--2269245	18	3.5	18	75	21	55	63	0	1	34	1.04
2270084--2270117	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
2277072--2277200	49	2.7	46	82	10	138	38	20	25	15	1.92
2277075--2277200	22	5.3	24	81	10	136	38	20	25	15	1.92
2277547--2277576	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
2281416--2281822	42	9.7	42	82	3	444	44	16	21	16	1.86
2281414--2281822	168	2.4	168	94	1	696	44	16	21	16	1.86
2286206--2286260	17	3.3	16	76	5	56	78	0	12	9	0.97
2298846--2298971	60	2.1	61	82	10	152	41	15	15	26	1.88
2300946--2301002	12	4.7	11	76	23	53	19	1	1	77	0.95
2300949--2301002	26	2.1	26	86	6	74	20	1	1	75	0.98
2303517--2303559	18	2.5	17	85	10	61	13	4	6	74	1.19
2303669--2304149	219	2.2	218	92	0	809	32	14	18	34	1.91
2303669--2304182	109	4.7	109	93	0	814	31	14	19	35	1.92
2305880--2305930	24	2.1	24	88	0	75	43	17	19	19	1.89
2305983--2306041	26	2.3	26	84	0	73	47	23	15	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306367--2306391	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2308059--2308095	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
2309106--2309312	42	4.9	42	80	8	215	29	25	16	27	1.97
2316024--2316207	91	2.0	91	95	0	332	40	15	15	27	1.88
2316591--2317178	96	6.4	85	72	14	243	32	17	20	29	1.95
2316673--2316857	95	1.9	96	86	1	264	30	15	23	31	1.95
2316591--2317448	44	18.6	45	71	12	449	32	17	20	29	1.95
2316723--2317359	51	13.5	51	72	15	277	32	17	20	29	1.95
2316901--2317231	181	1.8	182	91	1	549	33	17	19	29	1.95
2316832--2317313	96	5.2	96	79	9	514	32	17	20	28	1.96
2318798--2318822	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2318988--2319066	39	2.0	39	87	4	115	26	3	2	67	1.21
2318984--2319057	36	2.1	35	85	7	96	25	4	2	67	1.21
2318988--2319043	3	18.7	3	81	7	69	28	1	1	67	1.10
2319179--2319230	17	2.8	18	80	11	61	34	7	0	57	1.27
2322741--2322767	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2322766--2322792	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2323118--2323163	18	2.6	16	81	18	56	45	0	8	45	1.34
2331055--2331160	49	2.2	49	83	6	126	29	12	21	36	1.90
2336802--2336861	23	2.8	21	84	5	75	38	3	1	56	1.26
2336802--2336887	44	1.9	45	81	6	104	40	2	1	55	1.20
2336871--2336924	18	3.0	18	76	15	58	40	0	1	57	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2336805--2336922	20	5.6	21	73	21	79	40	1	1	55	1.20
2343457--2343547	23	4.1	23	72	11	100	45	6	27	20	1.76
2343477--2343560	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
2355106--2355181	33	2.3	33	84	4	91	32	7	0	59	1.26
2358725--2358752	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
2359080--2359110	16	1.9	16	93	0	53	22	35	0	41	1.54
2363751--2363792	21	2.0	21	95	0	75	26	14	21	38	1.91
2365004--2365483	160	3.0	160	99	0	933	45	7	25	21	1.78
2366430--2366488	29	2.0	29	93	0	100	28	10	25	35	1.89
2367878--2367920	22	2.0	22	90	0	68	55	0	0	44	0.99
2367899--2367971	30	2.4	31	78	17	82	46	1	0	52	1.09
2368521--2368555	14	2.5	14	95	0	61	28	20	8	42	1.81
2373944--2373984	18	2.3	18	91	0	64	48	2	4	43	1.37
2378231--2378352	23	5.3	23	86	3	183	21	20	26	31	1.98
2378233--2378352	46	2.6	46	93	0	204	20	20	26	31	1.98
2385675--2385750	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
2390583--2390627	21	2.3	19	84	7	54	44	20	24	11	1.83
2390669--2390908	101	2.4	101	89	0	354	27	25	16	31	1.97
2392823--2392880	11	5.1	11	79	8	62	65	3	0	31	1.09
2394234--2394377	44	3.3	44	95	0	252	38	6	11	43	1.65
2394309--2394376	21	3.1	21	66	22	59	41	5	5	47	1.52
2395543--2395567	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396156--2396211	25	2.2	25	100	0	112	46	10	7	35	1.66
2400487--2400712	87	2.5	90	82	4	253	34	19	10	35	1.86
2400866--2400924	19	3.0	19	76	18	59	61	0	5	33	1.18
2400870--2400936	21	3.3	20	80	17	61	65	0	4	29	1.12
2400880--2400953	21	3.6	20	78	8	69	66	0	4	29	1.10
2400911--2400948	12	3.3	12	78	14	53	71	0	5	23	1.07
2400814--2401029	10	22.1	10	68	14	94	64	0	4	30	1.20
2400900--2400948	22	2.3	21	92	3	80	69	0	4	26	1.06
2401018--2401054	19	1.9	19	88	0	56	54	5	8	32	1.53
2401238--2401287	10	5.4	9	83	6	57	32	0	2	66	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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