genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26236589--26236742	37	4.2	37	93	1	265	27	31	18	22	1.97
26243609--26243788	39	4.6	39	89	1	254	44	22	1	31	1.63
26243693--26243759	17	3.7	17	70	25	57	46	22	0	31	1.52
26245591--26245804	71	3.0	70	76	10	227	34	20	21	23	1.97
26246191--26246407	105	2.1	105	87	0	317	42	17	7	32	1.77
26246345--26246389	18	2.6	17	76	16	56	46	15	0	37	1.46
26246406--26246498	23	4.1	23	77	1	89	36	17	12	33	1.88
26247369--26247409	20	2.0	20	85	9	55	2	21	0	75	0.92
26254142--26254216	38	2.0	38	89	0	114	49	12	8	30	1.68
26262578--26262639	23	2.7	24	76	20	69	67	6	8	17	1.37
26263951--26264041	37	2.4	38	83	1	112	16	13	38	31	1.87
26269057--26269557	251	2.0	251	100	0	1002	21	24	15	38	1.92
26269717--26270167	226	2.0	226	98	0	875	30	22	22	25	1.99
26270805--26270912	27	4.0	27	85	2	144	24	34	2	38	1.70
26270888--26271097	93	2.3	93	85	0	285	23	29	10	36	1.89
26272544--26272613	22	3.0	23	73	24	67	34	0	8	57	1.29
26273570--26273639	36	1.9	36	85	8	97	37	0	4	58	1.18
26273570--26273641	37	1.9	36	83	10	92	37	0	4	58	1.18
26283445--26283531	39	2.3	39	84	5	108	32	13	14	39	1.86
26283547--26283590	23	1.9	23	85	0	61	22	29	6	40	1.80
26287478--26288632	578	2.0	578	100	0	2310	34	15	13	35	1.87
26288646--26288712	23	2.9	23	97	0	125	20	31	4	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26293462--26293645	51	3.6	51	81	3	176	32	25	15	27	1.95
26296818--26296916	23	4.3	23	88	0	153	22	20	27	30	1.98
26296818--26296916	46	2.2	46	92	0	171	22	20	27	30	1.98
26298096--26298234	49	2.8	49	94	0	233	25	15	28	31	1.95
26299212--26299341	62	2.1	63	85	7	176	26	34	17	20	1.95
26302627--26302662	18	2.0	18	88	0	54	41	11	11	36	1.76
26303581--26303787	42	4.9	42	87	1	272	32	21	20	25	1.97
26304189--26304257	21	3.3	21	87	0	93	5	43	17	33	1.73
26306715--26306757	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
26306847--26307182	42	8.0	42	86	4	421	31	21	21	25	1.98
26306829--26307182	85	4.2	84	85	5	421	30	21	21	26	1.98
26307619--26307678	12	5.2	12	78	11	72	1	40	20	38	1.62
26307616--26307711	21	4.4	21	82	7	102	2	42	18	36	1.62
26311856--26312177	9	35.9	9	73	10	214	32	4	15	48	1.63
26311852--26311948	25	3.8	25	69	15	72	29	6	20	43	1.76
26311963--26312179	27	7.7	27	82	9	236	33	2	12	52	1.52
26312816--26313346	264	2.0	266	97	0	1003	38	12	15	32	1.85
26313850--26313897	23	2.1	22	88	7	69	37	16	16	29	1.91
26313856--26313898	23	1.9	22	95	4	77	34	16	16	32	1.91
26317467--26317597	63	2.1	63	100	0	262	29	16	19	34	1.94
26320298--26320716	9	47.7	9	81	4	482	33	0	17	48	1.51
26320711--26320808	29	3.3	29	68	25	87	31	3	12	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26320725--26320842	31	3.9	29	68	10	76	34	2	11	51	1.51
26320901--26320934	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
26321288--26321321	9	3.8	9	88	0	50	85	0	0	14	0.60
26322432--26323220	336	2.4	334	79	6	812	34	16	17	31	1.92
26324916--26325113	72	2.7	72	80	4	200	30	24	19	24	1.98
26325145--26325382	114	2.1	113	82	5	284	27	25	23	24	2.00
26327595--26327628	17	1.9	18	94	5	61	41	11	0	47	1.40
26330868--26330909	21	2.0	21	85	0	57	71	4	4	19	1.22
26336227--26336277	25	2.1	24	82	13	61	39	3	11	45	1.59
26343350--26343374	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
26343556--26343605	22	2.3	22	89	0	73	40	14	10	36	1.79
26344895--26345567	92	7.3	92	92	1	1098	44	15	5	33	1.71
26344895--26345567	367	1.8	368	93	0	1168	44	15	5	33	1.71
26349328--26349404	19	3.8	19	81	11	91	41	9	15	33	1.79
26350230--26350346	24	5.0	24	73	12	100	33	5	5	55	1.46
26350225--26350388	68	2.4	69	80	8	183	34	4	5	55	1.44
26350459--26350503	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
26351992--26352026	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
26358988--26359786	397	2.0	396	96	0	1463	26	14	19	38	1.91
26360637--26360671	11	3.1	11	88	8	52	74	0	20	5	1.02
26360637--26360674	12	3.2	12	92	3	60	73	0	21	5	1.02
26362224--26362248	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26363003--26363965	253	3.8	255	88	3	1341	28	21	25	24	1.99
26363219--26363965	132	5.8	132	86	5	1013	28	21	25	24	1.99
26363987--26364165	50	3.6	50	93	1	288	35	21	14	29	1.93
26363985--26364195	50	4.2	50	90	3	273	36	20	15	27	1.93
26364594--26364647	19	2.8	19	97	0	99	38	11	16	33	1.84
26364594--26364670	19	3.7	22	87	6	76	38	9	16	35	1.81
26365491--26365740	24	10.7	24	70	15	157	34	5	4	55	1.44
26365450--26365730	69	4.1	68	76	10	209	34	5	4	54	1.46
26365789--26365833	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
26377585--26377734	75	2.0	76	82	8	182	55	9	6	29	1.55
26377949--26378111	33	5.1	32	75	10	122	25	12	45	16	1.83
26377938--26378111	93	1.9	93	80	7	210	25	13	44	16	1.84
26389095--26389240	67	2.3	61	78	12	159	54	19	1	24	1.52
26388984--26389172	105	1.8	102	85	10	267	55	16	1	27	1.48
26391933--26391993	25	2.6	24	71	7	63	47	9	9	32	1.70
26393326--26393412	31	2.8	31	86	5	106	27	12	14	44	1.82
26396150--26396318	27	6.2	27	88	2	232	42	18	19	19	1.89
26396150--26396318	81	2.1	82	89	3	261	42	18	19	19	1.89
26402127--26402158	17	1.9	17	93	6	57	0	28	0	71	0.86
26403561--26403697	32	4.3	32	85	3	177	40	22	18	18	1.92
26403846--26403920	24	3.1	24	82	0	87	52	20	2	25	1.60
26403858--26403954	48	2.0	48	82	7	117	49	19	4	26	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26403867--26403956	24	3.8	24	79	8	94	47	21	4	26	1.69
26403974--26404382	27	15.2	27	79	0	379	25	19	18	36	1.94
26403974--26404382	81	5.1	81	82	3	457	25	19	18	36	1.94
26406549--26406835	27	10.7	27	82	2	292	43	18	14	23	1.87
26407017--26407120	26	4.0	26	83	3	138	18	23	22	36	1.95
26407017--26407120	52	2.0	52	88	3	156	18	23	22	36	1.95
26407229--26407315	28	2.9	30	84	8	124	21	25	22	29	1.99
26407234--26407327	30	3.2	30	86	8	124	21	25	22	30	1.98
26408483--26408526	21	2.1	21	100	0	88	43	6	13	36	1.71
26416095--26416385	161	1.8	160	86	4	426	43	4	9	42	1.57
26426313--26426343	14	2.2	14	100	0	62	80	12	6	0	0.89
26426293--26426351	14	4.2	14	78	8	57	81	8	8	1	0.95
26426756--26427184	42	10.2	42	85	0	525	22	17	22	37	1.93
26428016--26428313	156	1.9	155	88	3	447	43	4	9	41	1.58
26429443--26429518	32	2.4	32	93	2	127	31	14	7	46	1.73
26436812--26436909	42	2.3	42	82	0	115	23	27	22	26	1.99
26436835--26436914	42	1.9	42	92	0	133	22	30	21	26	1.99
26448820--26448926	53	2.0	53	98	0	205	26	11	18	43	1.83
26465716--26465793	38	2.1	38	92	0	129	29	23	6	41	1.79
26465919--26466504	207	2.8	206	80	3	654	28	23	14	33	1.94
26465919--26466790	210	4.2	210	79	3	729	27	22	15	34	1.94
26479499--26479569	20	4.2	18	77	17	64	42	2	0	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26479557--26479778	101	2.2	101	100	0	444	39	3	9	48	1.52
26481140--26481169	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
26500263--26500365	52	2.0	52	96	0	188	31	25	17	26	1.97
26501382--26501843	235	2.0	235	92	1	775	29	28	14	27	1.96
26503921--26504025	52	2.0	52	100	0	210	30	31	24	13	1.93
26505091--26505213	28	4.4	28	87	2	158	33	26	12	27	1.92
26510729--26510770	22	1.9	22	90	0	66	23	26	16	33	1.96
26511747--26511846	50	2.0	50	100	0	200	44	16	6	34	1.72
26511843--26511880	20	1.9	20	84	10	51	50	5	0	44	1.24
26516344--26516399	28	2.0	28	96	0	103	10	26	0	62	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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