genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  72  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480899--21480925	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
21484539--21484588	24	2.1	24	96	0	91	38	2	18	42	1.61
21486871--21486919	23	2.0	23	84	7	62	10	16	28	44	1.80
21488352--21488655	27	11.3	27	81	1	286	19	15	20	44	1.87
21488353--21488645	81	3.6	81	80	7	344	20	16	20	43	1.88
21491450--21491504	24	2.2	24	78	9	58	43	18	7	30	1.77
21491499--21491542	23	1.9	23	90	0	70	40	15	15	27	1.88
21491499--21491550	23	2.3	23	86	0	68	38	15	17	28	1.90
21499097--21499236	38	3.7	38	87	1	183	17	21	25	35	1.95
21513315--21513356	18	2.3	18	80	15	50	21	33	2	42	1.66
21520374--21520459	27	3.2	27	77	6	84	19	23	19	37	1.94
21527754--21527794	6	6.5	6	83	10	55	51	14	17	17	1.77
21527756--21527794	13	3.0	13	96	0	69	51	15	17	15	1.77
21529472--21529562	42	2.2	42	93	0	155	18	31	31	17	1.94
21530734--21530795	25	2.5	25	74	10	63	33	19	22	24	1.97
21530879--21530928	27	1.9	25	88	8	73	42	16	16	26	1.88
21534443--21534504	30	2.1	29	82	11	74	35	8	24	32	1.85
21534789--21534960	45	3.9	45	82	1	177	27	15	22	34	1.94
21544220--21544253	16	2.1	16	88	0	50	52	2	5	38	1.41
21547788--21547847	26	2.3	27	85	8	79	25	0	10	65	1.24
21556943--21556992	26	1.9	26	83	0	64	24	22	18	36	1.95
21561140--21561178	19	2.0	20	90	9	64	69	15	2	12	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21561001--21561237	103	2.3	103	85	7	306	47	15	6	30	1.71
21573585--21573622	19	2.0	20	84	5	51	31	0	7	60	1.25
21574817--21574854	17	2.2	17	90	0	67	44	0	23	31	1.54
21577338--21577474	42	3.2	42	83	4	177	49	17	21	10	1.77
21584289--21584358	29	2.5	26	77	18	70	42	1	1	54	1.18
21584307--21584356	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
21584299--21584356	29	2.0	30	83	10	75	44	1	1	51	1.21
21584366--21584407	13	2.9	14	80	13	50	52	0	2	45	1.13
21590816--21590888	35	2.1	35	94	0	128	53	13	8	24	1.67
21590816--21590873	17	3.4	17	72	13	64	55	12	10	22	1.66
21590825--21590881	17	3.3	17	73	4	51	56	14	7	22	1.62
21597533--21597570	16	2.4	16	90	0	58	39	2	31	26	1.70
21597803--21597837	18	2.0	18	94	5	63	57	0	0	42	0.99
21597893--21597974	42	2.0	42	85	9	114	48	1	1	48	1.17
21598030--21598077	18	2.7	20	82	17	54	47	0	4	47	1.21
21598060--21598300	47	5.3	46	70	20	175	47	3	2	46	1.32
21598029--21598300	91	2.9	98	85	10	272	47	2	2	47	1.31
21598119--21598261	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
21598085--21598300	91	2.4	91	93	0	369	46	3	2	47	1.33
21602771--21602800	12	2.5	12	94	0	51	40	33	3	23	1.71
21618723--21618975	45	5.6	46	75	10	153	20	19	15	44	1.87
21618757--21618974	46	4.8	46	77	7	194	20	18	16	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21623609--21623711	46	2.2	46	92	0	170	33	6	10	49	1.64
21627598--21627862	45	5.9	45	89	1	399	47	10	19	22	1.80
21630477--21630579	46	2.2	46	89	0	161	33	4	9	52	1.55
21630477--21630592	46	2.5	46	84	2	126	33	4	10	51	1.55
21631627--21631729	46	2.2	46	89	0	161	33	4	9	52	1.55
21631627--21631742	46	2.5	46	84	2	126	33	4	10	51	1.55
21632932--21633007	38	2.0	38	100	0	152	34	15	18	31	1.92
21635416--21635540	63	2.0	64	81	7	148	25	20	6	47	1.74
21641329--21641388	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
21641338--21641371	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
21642725--21642777	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21645125--21645184	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
21645134--21645167	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
21646610--21646995	95	4.1	95	93	4	605	48	9	10	30	1.70
21647321--21647370	17	2.9	17	90	0	82	40	8	2	50	1.43
21655207--21655237	3	10.0	3	93	6	53	64	3	0	32	1.09
21658660--21658822	61	2.7	57	76	16	152	53	4	1	40	1.31
21658747--21658830	39	2.2	38	80	6	96	53	4	3	38	1.39
21662281--21662311	16	1.9	16	93	0	53	54	16	6	22	1.64
21671466--21671516	20	2.4	21	84	15	70	52	1	1	43	1.23
21676687--21676729	17	2.5	18	81	11	54	65	2	0	32	1.06
21681797--21681838	18	2.4	18	80	11	52	64	0	4	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21681794--21681850	23	2.4	23	80	8	62	68	0	3	28	1.06
21693081--21693115	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
21693394--21693423	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21695938--21696045	36	3.0	36	94	0	180	32	13	19	34	1.91
21699922--21699996	38	2.0	38	91	0	123	4	26	10	58	1.49
21702373--21702681	59	5.2	58	66	20	197	42	2	4	50	1.37
21702362--21702779	120	3.5	120	95	1	732	43	2	5	49	1.38
21702435--21702742	61	5.1	61	67	19	225	42	2	6	48	1.42
21702496--21702541	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
21702607--21702658	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21702436--21702739	59	5.1	60	65	24	176	42	2	6	48	1.42
21702736--21702777	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21702727--21702768	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21704396--21704420	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21708875--21708929	21	2.6	21	88	2	74	38	10	14	36	1.81
21713294--21713332	20	1.9	20	89	5	60	64	5	2	28	1.28
21722770--21722802	17	1.9	17	93	0	57	18	3	3	75	1.06
21722894--21722938	17	2.5	18	85	7	56	31	0	2	66	1.04
21722729--21722952	9	24.2	9	67	17	75	32	4	1	61	1.25
21722974--21723060	35	2.7	31	77	20	106	58	10	1	29	1.39
21723657--21723682	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21724563--21724609	20	2.4	19	92	7	76	72	2	0	25	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21726114--21726141	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21726150--21726198	24	2.0	24	100	0	98	46	20	8	24	1.77
21729291--21731011	217	7.9	217	83	2	1873	30	12	19	37	1.89
21729291--21731015	653	2.6	653	84	2	2237	30	12	20	36	1.89
21729291--21731009	870	2.0	871	85	1	2347	30	12	19	37	1.89
21748609--21748647	20	1.9	21	89	5	62	69	0	2	28	1.02
21750922--21751010	19	4.7	19	74	13	76	41	23	15	19	1.89
21752646--21752702	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
21752833--21752894	4	15.5	4	96	0	115	74	1	0	24	0.91
21754431--21754474	18	2.4	18	84	0	52	68	2	9	20	1.28
21755024--21755063	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
21755047--21755086	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
21755032--21755098	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
21755185--21755223	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
21755254--21755306	17	3.2	15	80	17	52	41	1	1	54	1.22
21757977--21758002	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
21758282--21758325	6	7.2	6	84	5	61	40	0	59	0	0.98
21759496--21759586	37	2.5	38	78	7	107	47	1	6	45	1.36
21759872--21759943	37	1.9	37	85	0	99	20	15	11	52	1.72
21759913--21760059	37	4.0	37	82	0	159	18	20	13	47	1.82
21759940--21760091	37	4.1	37	78	6	157	19	21	14	45	1.85
21759931--21760091	74	2.2	74	81	2	198	19	21	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21762901--21762981	5	16.2	5	81	0	90	35	17	6	40	1.74
21764225--21764326	50	2.0	50	100	0	204	35	5	13	45	1.68
21764503--21764553	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
21764574--21764607	13	2.6	13	86	13	52	82	0	17	0	0.67
21770232--21770284	21	2.5	21	87	0	70	32	35	7	24	1.84
21774365--21774446	41	2.0	41	83	4	103	34	13	13	39	1.84
21774865--21774954	41	2.2	41	90	4	137	36	11	10	42	1.74
21774154--21775747	501	3.2	500	85	2	2047	37	13	12	36	1.82
21775366--21775450	41	2.1	41	82	4	100	36	10	9	43	1.72
21778650--21778751	42	2.4	42	86	0	141	29	21	24	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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