genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635071--27636308	616	2.0	615	99	0	2460	34	12	17	34	1.88
27644002--27644054	17	3.4	17	67	20	51	11	22	41	24	1.86
27644002--27644096	30	3.2	30	88	8	140	11	24	41	23	1.87
27648429--27648461	14	2.4	14	90	5	50	66	0	9	24	1.20
27649281--27649394	19	5.8	19	84	5	138	38	14	9	36	1.80
27649281--27649393	40	2.8	40	92	4	176	38	14	9	37	1.79
27649281--27649394	59	1.9	58	89	1	174	38	14	9	36	1.80
27650063--27650202	44	3.2	44	79	4	129	29	25	15	29	1.96
27650086--27650454	132	3.0	122	87	7	537	30	25	16	27	1.96
27650206--27650456	44	5.7	45	76	4	233	29	25	15	28	1.96
27650930--27651200	44	6.2	44	77	8	248	30	25	16	27	1.97
27650930--27651464	132	4.2	132	87	6	808	30	25	16	27	1.96
27651098--27651465	119	3.0	119	84	9	511	31	26	15	26	1.96
27651218--27651468	44	5.7	45	76	4	233	30	27	14	27	1.95
27650962--27651465	251	2.0	251	93	0	855	30	26	15	26	1.96
27651862--27651964	52	2.0	52	98	0	197	27	31	21	20	1.98
27653616--27653647	12	2.7	12	100	0	64	68	0	9	21	1.17
27655328--27655491	77	2.1	77	96	0	301	38	12	18	29	1.88
27656210--27656238	14	2.1	14	93	6	51	65	0	6	27	1.18
27656999--27657130	59	2.3	59	90	1	203	38	15	9	36	1.80
27656999--27657131	19	6.8	19	89	4	185	38	15	9	36	1.81
27668315--27668380	26	2.5	26	85	0	87	28	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27678623--27678661	19	2.1	19	85	0	51	28	0	20	51	1.48
27690529--27690599	20	3.5	20	84	7	99	32	23	32	11	1.90
27690534--27690679	40	3.7	40	86	0	184	34	20	28	16	1.94
27697358--27697392	7	4.9	7	89	6	52	8	14	2	74	1.17
27698618--27698764	73	2.0	73	93	0	249	31	11	21	34	1.89
27699449--27699518	34	2.1	34	100	0	140	14	14	15	55	1.69
27700732--27700778	25	1.9	24	83	12	60	36	2	10	51	1.49
27700941--27701074	25	5.4	25	73	3	99	33	19	19	27	1.96
27702572--27702598	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
27704500--27704569	25	2.8	26	81	14	92	34	15	17	32	1.91
27726981--27727035	2	27.5	2	96	0	101	49	1	49	0	1.11
27739742--27739901	86	1.9	86	88	5	243	31	11	14	43	1.80
27755704--27755737	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
27756376--27756536	87	1.9	87	90	0	259	30	13	14	40	1.85
27758154--27758314	87	1.9	87	91	0	268	41	15	12	30	1.84
27764361--27764413	19	2.7	20	74	14	56	41	0	3	54	1.18
27766063--27766098	18	1.9	18	88	5	54	36	11	16	36	1.84
27769704--27769966	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
27777656--27777918	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
27781960--27782063	52	2.0	52	96	0	190	50	15	15	18	1.77
27782484--27782518	15	2.3	15	85	0	52	62	5	17	14	1.49
27782690--27782836	72	2.0	72	90	0	231	29	11	15	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27795449--27795714	28	9.5	28	95	0	453	34	26	11	27	1.91
27799389--27799547	87	1.8	87	87	0	237	28	13	16	40	1.87
27816011--27816056	24	2.0	23	91	4	74	6	2	32	58	1.36
27818568--27818734	41	4.1	41	83	0	199	32	13	30	23	1.93
27818563--27818748	82	2.3	82	86	0	255	33	13	29	23	1.93
27818568--27818769	41	4.9	41	80	2	192	33	13	28	23	1.93
27819293--27819322	13	2.3	13	94	0	51	66	10	10	13	1.44
27825856--27825995	41	3.4	41	77	5	158	33	11	32	22	1.90
27829136--27829178	5	8.6	5	89	0	68	39	0	18	41	1.51
27829136--27829186	10	5.1	10	90	0	57	39	0	17	43	1.49
27829617--27829691	26	3.0	24	78	9	69	21	24	20	34	1.96
27836368--27836412	22	2.1	21	83	4	54	33	0	17	48	1.48
27836743--27836802	25	2.4	25	82	0	66	20	26	23	30	1.98
27837985--27838016	12	2.7	12	90	0	55	28	18	37	15	1.92
27852586--27852763	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27852587--27852742	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27852583--27852763	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27854749--27854885	72	1.9	72	95	0	247	32	11	15	40	1.83
27858728--27858812	41	2.1	41	100	0	170	54	9	4	31	1.53
27866091--27866174	44	1.9	44	90	0	132	27	21	20	30	1.98
27866102--27866479	44	8.7	44	72	17	179	26	22	21	29	1.99
27866093--27866490	216	1.8	217	92	0	681	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27866505--27866624	45	2.7	44	81	8	136	29	25	19	26	1.98
27866350--27866633	147	1.9	147	91	0	460	27	23	20	28	1.99
27866517--27866626	44	2.5	45	81	10	127	30	23	20	26	1.98
27878989--27879035	23	2.1	22	84	11	60	55	0	10	34	1.35
27880107--27880132	12	2.2	12	100	0	52	23	7	19	50	1.73
27880564--27880622	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
27888484--27888516	16	2.1	16	100	0	66	24	24	0	51	1.48
27889244--27889298	27	2.0	27	100	0	110	32	29	7	30	1.84
27889495--27889534	18	2.2	19	90	4	64	55	0	0	45	0.99
27893919--27893947	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
27902272--27902314	18	2.3	18	88	4	59	55	2	0	41	1.12
27916663--27916690	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
27917888--27917942	24	2.3	24	83	0	65	36	3	7	52	1.47
27920913--27921574	47	14.1	47	98	0	1261	32	8	30	29	1.87
27921693--27921771	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27924488--27924799	155	2.0	155	98	0	606	39	16	10	34	1.82
27924923--27924947	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
27934274--27934328	28	2.0	28	88	0	83	27	25	23	23	2.00
27934438--27934514	26	3.0	26	82	0	100	44	23	16	15	1.86
27934680--27934996	27	11.7	27	75	11	156	18	17	19	43	1.88
27934710--27934996	81	3.5	80	82	4	326	17	17	19	44	1.86
27934694--27934996	54	5.6	54	82	3	342	17	18	19	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937527--27937581	28	2.0	28	88	0	83	27	23	25	23	2.00
27937687--27937737	26	2.0	26	92	0	84	43	21	19	15	1.88
27937921--27938250	27	12.3	27	83	4	380	16	16	20	45	1.85
27945424--27945503	27	3.0	27	81	5	99	22	17	21	38	1.93
27945426--27945592	27	6.2	27	73	6	97	21	16	21	40	1.91
27945435--27945582	54	2.7	53	83	4	154	21	16	18	43	1.88
27962433--27962548	61	1.9	61	83	3	153	33	9	16	40	1.81
27962676--27962772	41	2.4	41	92	3	160	29	18	19	31	1.96
27968381--27968419	21	1.9	21	89	5	62	33	12	23	30	1.92
27974065--27974225	87	1.9	87	91	0	268	40	16	11	31	1.84
27976284--27976337	24	2.2	24	90	0	81	11	11	11	66	1.45
27990036--27990060	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27991830--27991958	63	2.0	64	96	1	242	22	13	21	41	1.88
27994908--27994937	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
27994993--27995078	43	2.0	43	100	0	172	18	13	20	46	1.83
27999582--27999613	5	6.4	5	100	0	64	0	18	0	81	0.70
28001754--28001921	30	5.7	30	75	7	146	38	11	26	22	1.89
28001761--28001921	60	2.7	60	75	10	168	39	11	27	21	1.88
28001745--28001951	90	2.3	88	85	3	261	37	13	26	23	1.92
28001909--28001981	30	2.4	30	86	0	92	38	12	21	27	1.89
28004489--28004539	25	2.1	23	82	13	59	50	3	3	41	1.39
28008432--28008521	27	3.4	26	75	6	76	37	3	18	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28008720--28008771	24	2.2	23	83	10	61	50	0	1	48	1.12
28010789--28010830	21	2.0	22	90	4	68	28	2	0	69	1.01
28012741--28012924	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
28012788--28012941	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
28012723--28013443	120	6.0	120	96	0	1203	42	1	5	50	1.35
28013036--28013091	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
28013040--28013082	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
28013151--28013202	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28013271--28013322	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28013567--28013676	45	2.6	43	79	11	120	31	28	5	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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