genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6444503--6444672	75	2.3	71	85	6	216	45	2	4	47	1.36
6445164--6445242	29	2.7	29	84	4	86	25	13	13	46	1.81
6447066--6447147	43	2.0	42	85	4	112	34	12	4	48	1.62
6447674--6447783	58	1.9	57	81	1	130	45	12	9	32	1.74
6447768--6447831	30	2.2	27	81	13	74	46	12	9	31	1.73
6448227--6448943	114	6.3	114	83	6	744	30	17	23	28	1.97
6449049--6449084	18	2.0	18	89	10	56	25	0	5	69	1.10
6449145--6449174	10	2.8	11	90	10	53	56	0	0	43	0.99
6450002--6450053	7	7.4	7	80	0	50	15	0	42	42	1.47
6450002--6450055	21	2.6	21	82	5	65	14	0	44	40	1.46
6452671--6452706	16	2.2	16	95	0	63	27	11	8	52	1.65
6452766--6452904	67	2.1	67	95	2	253	36	4	13	45	1.64
6458531--6458579	21	2.3	21	96	0	89	40	18	36	4	1.70
6458943--6459147	42	4.9	41	89	7	279	21	22	21	33	1.98
6458943--6459141	85	2.3	84	87	8	287	22	23	22	32	1.98
6461818--6461861	21	2.0	22	91	4	72	59	0	2	38	1.10
6462407--6462431	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
6472197--6472339	72	2.0	72	98	0	277	30	20	20	28	1.97
6485554--6485593	20	2.0	21	90	5	64	27	10	2	60	1.42
6496503--6496533	15	2.1	14	94	5	53	51	6	25	12	1.63
6501032--6501100	31	2.3	31	80	5	79	37	13	17	31	1.88
6506782--6506827	21	2.2	21	92	0	74	41	19	23	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6508430--6508477	24	2.0	24	87	0	69	33	25	25	16	1.96
6509037--6509065	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
6512324--6512352	15	1.9	15	100	0	58	24	13	6	55	1.63
6516441--6516481	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
6520113--6520158	24	1.9	24	90	0	74	26	21	15	36	1.93
6536880--6536919	14	2.5	17	73	23	50	20	55	12	12	1.69
6539945--6539979	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6540065--6540099	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6540264--6540354	45	2.0	45	83	6	114	38	27	5	28	1.79
6540335--6540370	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
6540824--6540869	21	2.1	21	84	4	56	58	6	8	26	1.52
6543763--6543802	20	2.0	20	100	0	80	35	5	15	45	1.68
6543820--6543854	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
6547105--6547151	21	2.2	21	81	7	60	29	34	10	25	1.90
6547251--6547298	21	2.3	22	79	17	57	20	10	20	47	1.79
6562310--6562449	10	14.6	10	69	21	68	67	2	2	27	1.19
6562310--6562389	19	4.3	18	75	13	65	75	1	0	23	0.88
6562403--6562467	27	2.4	27	84	5	87	63	3	0	33	1.10
6562434--6562472	21	1.9	21	85	15	55	64	5	0	30	1.15
6562405--6562480	27	2.8	28	80	4	84	60	2	0	36	1.11
6567102--6567137	18	2.0	18	100	0	72	33	16	33	16	1.92
6570350--6570405	28	1.9	30	82	7	71	42	1	1	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6570640--6570678	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
6570912--6570950	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
6570545--6571083	272	2.0	272	100	0	1078	54	4	15	26	1.59
6579666--6579978	107	2.9	107	95	0	545	31	17	19	30	1.95
6591004--6591101	51	1.9	51	87	4	144	25	25	1	47	1.58
6594575--6594608	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
6594641--6594680	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
6594648--6594727	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
6594659--6594760	44	2.3	41	75	16	98	50	4	0	44	1.30
6594573--6594814	108	2.2	112	88	10	354	52	3	1	42	1.27
6594770--6594833	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
6597617--6597722	54	1.9	55	94	1	187	60	6	21	11	1.53
6602775--6602958	62	3.0	62	95	0	323	40	19	6	34	1.77
6604216--6604275	13	4.5	14	78	15	56	80	18	1	0	0.80
6604223--6604255	7	4.7	7	89	10	50	78	21	0	0	0.75
6604217--6604275	8	7.6	8	77	5	50	81	16	1	0	0.78
6604220--6604274	17	3.4	17	76	16	55	81	16	1	0	0.77
6604701--6604765	20	3.3	19	79	12	69	80	3	10	6	1.01
6605779--6606046	44	6.2	45	76	6	239	26	16	27	29	1.97
6605779--6606046	132	2.1	129	91	2	428	26	16	27	29	1.97
6606058--6606437	100	3.8	100	84	2	507	30	22	22	24	1.99
6606080--6606432	50	7.1	50	66	6	205	31	21	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6606072--6606437	200	1.8	199	94	0	642	31	21	22	24	1.98
6606504--6606690	44	4.2	44	66	8	110	31	17	22	28	1.97
6606429--6606801	132	2.8	132	93	0	629	29	18	23	28	1.98
6606925--6607045	40	2.9	43	83	6	158	35	23	19	20	1.96
6607147--6607299	40	3.8	40	87	3	234	30	26	20	22	1.98
6607142--6607309	82	2.0	83	94	1	293	33	25	19	21	1.96
6610218--6610272	26	2.2	24	83	6	65	67	0	7	25	1.16
6611138--6611177	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
6611126--6611192	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
6611755--6611783	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
6612156--6612212	30	1.9	30	85	0	78	35	17	17	29	1.93
6617094--6617204	55	2.0	55	98	0	213	23	18	18	39	1.92
6626953--6627079	51	2.5	51	88	0	182	37	7	13	42	1.71
6636867--6636981	51	2.3	51	89	6	180	46	7	20	25	1.77
6636964--6636989	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
6637609--6637777	86	2.0	86	95	0	302	26	19	27	26	1.99
6638840--6638915	35	2.1	35	80	7	82	65	2	1	30	1.14
6639001--6639048	23	2.1	22	88	3	69	50	6	4	39	1.47
6639132--6639176	22	2.0	22	82	4	54	42	0	2	55	1.12
6639349--6639397	20	2.3	21	83	13	57	32	2	2	63	1.17
6645765--6645813	24	2.0	24	84	0	62	26	20	30	22	1.98
6646053--6646686	324	2.0	324	99	0	1259	34	19	9	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6653949--6654077	56	2.2	56	84	10	154	56	3	3	35	1.36
6654221--6654344	9	13.6	9	69	13	74	35	1	0	62	1.11
6654222--6654329	37	2.9	36	78	5	108	36	1	0	61	1.13
6654222--6654328	19	5.7	19	76	8	94	35	1	0	61	1.13
6654222--6654345	19	6.8	17	72	13	70	35	1	0	62	1.11
6656448--6656481	14	2.4	14	90	9	52	32	14	5	47	1.69
6657718--6657750	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
6660448--6660505	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
6660461--6660558	19	4.8	19	83	9	115	39	16	7	36	1.76
6660495--6660557	21	3.1	21	88	9	103	39	14	7	38	1.75
6661053--6661589	132	4.1	132	93	0	885	24	23	20	31	1.98
6661055--6661989	44	21.3	44	66	11	216	25	23	20	31	1.98
6661402--6661752	176	2.0	176	93	0	603	25	24	19	30	1.98
6661270--6661889	308	2.0	308	93	0	1060	24	24	20	30	1.98
6661578--6662131	132	4.2	132	91	2	819	25	23	18	31	1.97
6661578--6662131	262	2.1	263	90	1	853	25	23	18	31	1.97
6662126--6662489	44	7.9	44	74	12	286	31	25	15	27	1.96
6667984--6668041	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
6667997--6668068	21	3.5	19	84	11	72	40	15	6	37	1.74
6668031--6668074	21	2.1	21	95	0	79	38	11	9	40	1.73
6668020--6668075	21	2.8	19	84	10	76	37	14	8	39	1.77
6671343--6671380	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6676655--6676889	86	2.7	85	88	2	344	40	14	13	32	1.84
6680047--6680092	23	2.0	23	83	8	58	41	10	15	32	1.82
6681552--6681645	27	3.5	27	86	5	129	20	23	11	44	1.84
6681552--6681668	54	2.2	54	81	9	141	21	23	11	43	1.84
6686226--6686265	20	2.0	20	85	9	55	37	10	12	40	1.77
6700366--6701210	6	140.8	6	100	0	1690	33	0	16	49	1.46
6705592--6705650	24	2.5	24	85	0	73	38	15	8	37	1.78
6706872--6706917	21	2.4	18	85	10	56	34	4	0	60	1.16
6709534--6709642	50	2.2	49	81	4	121	33	22	23	20	1.97
6709562--6709740	24	7.3	25	73	11	104	34	21	25	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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