genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  41  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12263184--12263249	22	3.0	23	86	8	84	45	0	30	24	1.53
12270034--12270064	15	2.1	15	93	0	53	58	3	25	12	1.50
12271378--12271466	28	3.2	28	81	0	115	48	23	20	7	1.75
12274969--12275011	17	2.7	15	76	16	50	48	25	0	25	1.51
12274977--12275018	17	2.4	18	84	11	52	54	16	0	28	1.42
12277547--12277661	33	3.5	33	77	10	103	39	5	2	53	1.37
12278531--12278567	17	2.2	17	90	4	58	51	29	5	13	1.63
12280650--12280709	26	2.3	27	97	2	113	41	11	0	46	1.40
12281131--12281196	19	3.5	19	80	12	91	37	9	1	51	1.43
12281421--12281479	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
12290785--12291061	50	5.6	50	69	6	195	30	20	24	24	1.99
12290783--12291074	100	2.9	100	86	1	417	30	21	23	24	1.99
12291079--12291522	44	9.9	44	72	9	315	32	18	22	26	1.97
12291250--12291398	52	3.1	49	70	17	150	31	16	25	26	1.97
12291213--12291398	96	1.9	96	98	0	363	33	16	23	26	1.96
12291081--12291530	228	2.0	228	95	0	819	32	18	23	26	1.97
12291304--12291562	132	2.0	132	95	0	464	32	18	22	26	1.97
12294245--12294321	27	2.9	27	92	0	118	18	29	24	27	1.98
12294378--12294443	28	2.4	28	97	0	123	48	0	10	40	1.38
12294832--12294871	19	2.0	20	95	4	73	22	0	5	72	1.04
12294838--12294882	19	2.4	20	78	14	51	26	0	2	71	0.98
12301228--12301315	38	2.3	38	96	0	158	37	18	10	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12301292--12301333	22	1.9	22	100	0	84	38	14	7	40	1.73
12303697--12303796	39	2.6	39	87	1	139	39	5	8	48	1.55
12308533--12308562	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
12319959--12320014	26	2.2	26	83	6	69	46	5	16	32	1.69
12327898--12328653	89	8.5	89	91	2	1128	25	23	18	32	1.97
12348369--12348396	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
12351037--12351214	42	4.2	42	82	0	185	42	17	23	16	1.89
12351299--12351346	24	2.0	24	91	0	78	22	25	8	43	1.81
12354800--12354840	17	2.4	18	80	8	50	24	19	21	34	1.97
12354837--12354871	18	1.9	18	88	0	52	22	11	22	42	1.85
12359875--12359943	29	2.3	30	80	9	79	60	7	17	14	1.55
12362947--12363075	65	2.0	65	98	0	249	33	10	17	37	1.85
12366341--12366388	15	3.0	16	85	14	64	16	4	2	77	1.03
12378195--12378257	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
12378736--12378783	25	2.0	22	84	11	60	45	2	0	52	1.12
12381798--12381922	46	2.7	46	81	2	153	28	23	15	32	1.95
12381798--12381936	46	3.0	46	78	6	147	29	23	15	30	1.96
12382833--12382857	13	1.9	13	100	0	50	28	24	16	32	1.96
12383587--12383819	115	2.0	115	88	0	349	33	16	18	31	1.93
12387877--12387915	20	2.0	20	84	0	51	71	0	7	20	1.10
12388128--12388170	19	2.2	19	83	8	50	41	4	0	53	1.21
12388180--12388262	41	2.0	41	90	0	130	33	1	15	49	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12389394--12389443	16	3.1	16	73	21	50	58	0	0	42	0.98
12389396--12389443	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
12389514--12389550	16	2.2	17	86	13	51	54	0	5	40	1.24
12389592--12389652	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
12389558--12389774	91	2.4	89	85	6	299	47	4	3	45	1.38
12389592--12389734	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
12389599--12389755	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
12392867--12392942	40	1.9	40	100	0	152	36	6	14	42	1.72
12393227--12393287	21	2.8	21	85	5	77	34	32	3	29	1.74
12395200--12395229	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
12400252--12400284	15	2.2	15	89	10	50	72	9	0	18	1.10
12401949--12401994	18	2.5	18	77	22	51	0	32	2	65	1.05
12404248--12404319	23	3.2	23	64	18	60	44	11	23	20	1.84
12404251--12404410	45	3.6	45	83	0	203	45	13	21	20	1.85
12419763--12419869	40	2.7	39	80	8	117	22	25	27	25	2.00
12420335--12422339	142	14.1	142	100	0	4010	41	8	2	48	1.45
12422442--12422918	97	4.8	97	82	9	600	40	18	1	39	1.62
12422523--12422987	210	2.2	210	98	0	905	41	20	1	37	1.61
12429265--12429295	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
12429424--12429485	27	2.3	27	83	2	72	45	0	3	51	1.17
12429447--12429484	19	2.1	19	90	5	60	36	0	5	57	1.21
12429453--12429496	19	2.2	21	84	11	58	38	0	4	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12431430--12431643	69	3.1	67	75	10	207	33	5	4	57	1.42
12431430--12431631	45	4.4	45	80	7	185	33	5	3	56	1.40
12431429--12431643	24	9.3	25	73	17	155	33	5	4	56	1.42
12431486--12431698	114	1.9	114	82	9	274	35	7	3	53	1.44
12431453--12431720	24	11.6	23	72	16	162	34	5	4	55	1.45
12435517--12435579	13	3.7	18	70	25	57	46	0	1	52	1.10
12435812--12435836	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
12446503--12446596	42	2.2	42	92	0	152	25	21	27	25	1.99
12446516--12446603	42	2.1	42	95	0	158	23	22	23	29	1.99
12450062--12450096	9	3.8	9	88	7	52	40	14	0	45	1.45
12452863--12452898	18	2.0	18	89	10	56	16	0	30	52	1.44
12457813--12457863	16	3.2	16	78	10	59	17	31	1	49	1.58
12459772--12459860	21	4.1	21	81	5	90	51	10	25	12	1.70
12464874--12464957	26	3.2	26	81	3	98	35	21	19	23	1.96
12467576--12468103	271	2.0	269	87	5	762	36	22	9	31	1.87
12473442--12473473	6	5.5	6	96	3	57	34	0	65	0	0.93
12474902--12475043	28	4.9	28	78	12	117	39	0	14	45	1.51
12474934--12475001	33	2.1	33	88	0	100	41	1	11	45	1.50
12475369--12475432	25	2.6	25	85	5	85	53	1	20	25	1.55
12478424--12478615	61	3.2	59	86	8	230	52	9	4	33	1.53
12478967--12479002	18	2.0	18	94	0	63	41	5	27	25	1.77
12480770--12480833	11	5.7	11	73	14	51	46	1	20	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12485359--12485528	43	4.0	42	73	8	128	32	27	17	22	1.96
12485359--12485528	85	2.0	84	82	10	202	32	27	17	22	1.96
12491820--12491879	28	2.1	28	84	6	77	16	20	25	38	1.93
12502261--12502323	32	2.0	32	90	9	103	58	0	0	41	0.98
12503586--12503648	23	2.8	23	77	13	69	42	4	4	47	1.45
12503897--12504023	64	2.0	64	89	1	193	29	8	11	49	1.69
12504386--12504440	26	2.1	26	93	0	92	32	7	20	40	1.80
12513893--12513967	19	4.3	17	74	21	59	60	2	1	36	1.20
12516032--12516065	12	2.8	12	90	4	50	70	11	0	17	1.16
12516500--12516551	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
12519491--12519814	67	4.8	67	91	1	463	37	16	24	21	1.94
12523517--12523605	24	3.8	25	81	11	107	29	23	13	33	1.93
12526673--12526706	14	2.4	14	100	0	68	41	5	23	29	1.78
12526771--12527012	44	5.5	45	84	4	298	24	15	23	36	1.93
12526771--12527003	88	2.6	88	88	0	331	24	15	23	36	1.94
12526771--12527012	132	1.8	132	86	3	353	24	15	23	36	1.93
12551496--12551545	18	2.8	18	84	3	75	52	0	2	46	1.12
12559929--12559969	21	1.9	23	85	14	61	48	9	4	36	1.58
12560762--12560813	22	2.4	22	93	0	86	30	3	34	30	1.76
12560773--12560820	22	2.2	22	92	0	78	33	4	33	29	1.77
12569035--12569299	27	9.9	27	85	2	347	41	21	17	19	1.90
12575858--12575918	31	1.9	32	86	3	88	47	11	6	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12575870--12575931	31	2.0	31	87	6	90	51	9	3	35	1.51
12581177--12581282	30	3.5	31	84	5	128	30	22	9	37	1.86
12581267--12581429	30	5.4	30	74	12	129	19	26	12	41	1.88
12583368--12583418	23	2.1	23	85	10	66	49	0	31	19	1.49
12584640--12584673	13	2.6	13	95	0	59	52	8	29	8	1.62
12585782--12585825	6	7.2	6	82	12	54	15	20	0	63	1.31
12589735--12589775	20	2.0	20	90	0	64	29	21	12	36	1.90
12589766--12589875	40	2.8	40	77	0	112	20	21	18	39	1.93
12598442--12598467	12	2.2	12	100	0	52	15	0	57	26	1.38
12599739--12599900	27	6.0	27	84	4	220	40	22	19	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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