genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7561464--7561517	25	2.2	25	93	0	90	46	22	9	22	1.80
7561663--7561708	23	2.0	23	100	0	92	30	39	8	21	1.84
7561972--7562013	17	2.5	17	92	0	66	23	16	28	30	1.96
7562041--7562073	17	1.9	17	93	0	57	21	18	30	30	1.97
7562113--7562164	23	2.3	23	82	0	68	36	13	17	32	1.89
7563162--7563192	16	2.0	15	93	6	53	29	19	0	51	1.47
7567411--7567444	18	1.9	17	88	5	50	35	26	0	38	1.57
7570991--7571076	6	12.3	7	78	21	92	69	0	15	15	1.19
7570991--7571067	22	3.7	21	83	8	95	71	0	14	14	1.15
7571003--7571067	13	4.8	13	92	7	96	72	0	13	13	1.13
7571003--7571076	27	2.7	26	82	15	96	70	0	14	14	1.18
7571009--7571067	14	4.2	14	93	6	102	72	0	13	13	1.11
7571009--7571076	14	4.9	14	89	5	84	70	0	14	14	1.17
7570991--7571076	21	4.1	21	85	14	92	69	0	15	15	1.19
7572315--7573052	87	8.5	87	90	0	1073	28	24	23	24	2.00
7588924--7589085	20	8.1	20	63	13	55	17	31	17	33	1.93
7588891--7589057	40	4.2	40	81	3	201	17	28	16	37	1.92
7604784--7604827	23	1.9	23	95	0	79	18	31	13	36	1.90
7605977--7606024	23	2.1	23	84	7	62	45	2	0	52	1.12
7606217--7606288	37	2.0	36	86	2	99	58	5	13	22	1.56
7608580--7608604	8	3.1	8	100	0	50	64	24	12	0	1.27
7611379--7611451	35	2.1	35	84	0	92	28	13	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617125--7617367	50	4.8	50	91	0	378	20	30	23	25	1.99
7617705--7617762	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7622429--7622461	17	1.9	18	88	11	52	39	12	0	48	1.40
7626993--7627025	17	1.9	17	93	0	57	27	24	6	42	1.78
7631608--7631645	11	3.5	11	96	0	67	13	10	15	60	1.59
7637032--7637064	16	2.1	16	94	0	57	15	0	12	72	1.12
7640037--7640315	86	3.2	85	83	4	344	33	16	19	30	1.94
7640054--7640309	85	3.0	85	83	4	327	33	17	18	30	1.94
7642421--7642547	44	2.9	43	75	16	127	23	18	26	30	1.98
7642418--7642547	43	3.0	43	76	14	142	23	19	26	30	1.98
7646418--7646455	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
7651088--7651125	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
7656479--7656504	10	2.6	10	100	0	52	23	0	30	46	1.53
7659448--7659563	33	3.4	34	68	20	107	27	28	6	37	1.80
7659440--7659583	69	2.1	69	96	0	261	28	26	7	37	1.84
7659796--7659820	13	1.9	13	100	0	50	64	20	8	8	1.46
7662131--7662195	30	2.1	31	88	8	98	36	15	4	43	1.67
7663355--7663393	20	2.0	20	94	0	69	20	5	10	64	1.44
7663428--7663458	5	6.2	5	92	0	53	3	0	54	41	1.16
7664774--7664810	17	2.2	17	95	0	65	24	16	16	43	1.87
7669738--7669777	20	2.0	21	85	14	57	52	7	20	20	1.70
7670863--7670905	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7674093--7674179	37	2.4	37	94	3	151	32	5	13	48	1.66
7675458--7675553	49	2.0	49	87	0	138	32	19	20	27	1.97
7675635--7675726	33	2.8	33	88	1	139	44	11	10	32	1.76
7679579--7679756	33	5.3	32	74	12	124	42	14	13	29	1.83
7679579--7679756	67	2.6	68	79	3	216	42	14	13	29	1.83
7686405--7686440	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
7686438--7686474	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
7691549--7691745	98	2.0	98	95	0	358	37	25	10	27	1.88
7696774--7697366	217	2.7	217	93	1	1010	27	21	20	30	1.98
7696774--7697265	44	11.3	45	67	19	219	27	21	20	30	1.98
7697359--7698767	132	10.7	132	99	0	2737	23	26	20	29	1.99
7699968--7700012	6	7.2	6	82	9	54	2	22	0	75	0.91
7699969--7700024	20	2.9	19	84	5	69	1	21	0	76	0.87
7699976--7700024	12	3.9	12	84	12	55	0	22	0	77	0.77
7702470--7702747	136	2.0	137	95	0	495	20	22	17	39	1.93
7705228--7705340	19	5.8	19	82	4	145	34	15	11	38	1.84
7705228--7705339	40	2.8	40	89	2	165	34	15	11	38	1.83
7717466--7717507	20	2.2	20	86	4	59	28	0	2	69	1.01
7737279--7737319	20	2.0	20	86	9	57	68	0	7	24	1.15
7737637--7737675	15	2.4	17	87	8	55	69	5	7	17	1.32
7739180--7739232	17	3.0	17	78	21	56	32	5	0	62	1.19
7741684--7741746	25	2.7	23	83	9	81	36	4	0	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7747771--7747834	28	2.3	28	100	0	128	28	9	29	32	1.88
7751727--7751764	17	2.2	17	95	0	67	36	5	15	42	1.70
7752601--7752794	97	2.0	97	91	0	316	32	21	16	28	1.95
7756600--7756749	41	3.7	41	90	3	239	22	29	21	26	1.99
7756598--7756774	82	2.2	83	84	9	238	24	28	20	27	1.99
7758283--7758328	25	1.9	23	83	16	58	39	13	0	47	1.42
7759383--7759424	17	2.4	18	88	11	70	33	4	21	40	1.74
7760495--7760543	20	2.2	24	79	17	61	34	0	8	57	1.29
7760498--7760549	23	2.5	20	84	9	59	40	0	7	51	1.30
7767778--7767802	9	2.8	9	100	0	50	20	12	12	56	1.67
7771854--7771898	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
7777598--7777642	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
7778813--7778841	15	1.9	15	100	0	58	55	6	20	17	1.65
7785473--7785523	26	2.0	26	100	0	102	37	27	3	31	1.75
7789212--7789244	17	2.0	16	94	5	57	42	6	21	30	1.77
7790731--7790803	38	1.9	38	100	0	146	56	8	2	32	1.43
7794239--7794326	41	2.1	41	100	0	176	35	18	15	30	1.92
7796350--7796440	21	4.3	21	80	0	101	47	18	21	12	1.81
7796360--7796451	42	2.2	42	82	3	114	46	19	20	13	1.83
7806168--7806192	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7806676--7806739	29	2.2	30	80	2	76	31	46	15	6	1.71
7806793--7806830	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7812250--7812283	16	2.0	18	88	11	54	0	38	0	61	0.96
7813453--7813865	124	3.3	126	88	1	632	27	20	16	35	1.94
7813902--7814424	96	5.5	96	91	2	747	38	18	2	40	1.64
7814096--7814246	43	3.3	43	67	25	128	38	20	1	39	1.64
7814139--7814299	53	3.2	53	66	25	150	38	18	2	40	1.64
7821682--7821848	43	3.9	43	82	4	194	16	22	16	45	1.85
7821688--7821848	86	1.9	86	85	2	225	16	21	16	45	1.85
7824447--7824482	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
7825879--7825926	13	3.7	13	82	0	60	39	22	4	33	1.74
7828411--7828468	30	1.9	30	96	0	107	58	15	3	22	1.52
7828513--7828551	11	3.5	11	78	0	51	61	7	10	20	1.52
7828505--7828547	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
7831114--7831190	36	2.1	36	83	4	93	16	12	28	41	1.86
7833831--7833867	16	2.3	16	95	0	65	43	2	18	35	1.65
7834580--7834605	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
7837953--7838030	39	2.0	39	89	0	120	47	7	20	24	1.76
7838625--7838711	33	2.7	32	77	19	99	44	16	11	27	1.81
7838691--7838756	34	1.9	34	87	6	98	46	10	9	33	1.70
7843262--7843698	218	2.0	218	100	0	874	34	14	15	36	1.87
7863751--7864001	132	1.9	132	90	1	396	33	21	21	23	1.97
7876418--7876460	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
7880152--7880194	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7897787--7897851	24	2.5	24	85	9	76	26	13	15	44	1.84
7897843--7897930	44	2.0	43	82	6	106	26	1	54	18	1.50
7901800--7901832	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
7901959--7901987	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7904504--7904599	28	3.4	28	81	8	104	32	22	21	22	1.98
7904518--7904599	30	2.8	29	85	5	94	34	24	18	23	1.96
7904949--7905199	27	9.3	25	82	12	277	19	21	16	42	1.89
7904919--7905207	54	5.3	52	83	8	314	20	20	16	42	1.89
7904949--7905207	81	3.2	80	85	7	346	20	21	15	42	1.89
7907967--7908006	20	2.0	20	90	0	62	42	0	27	30	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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