genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  83  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24639323--24639371	22	2.4	20	80	10	55	22	20	10	46	1.80
24640135--24640181	14	3.5	13	80	11	51	4	25	0	70	1.05
24639772--24640433	221	3.0	221	96	0	1195	27	21	6	45	1.76
24641372--24641535	91	1.8	88	84	3	220	30	21	14	33	1.93
24641372--24641555	91	2.1	89	81	3	208	31	21	14	32	1.93
24653594--24653835	102	2.4	98	83	6	315	30	26	11	31	1.91
24660381--24660586	105	2.0	105	81	3	245	27	22	14	35	1.92
24664062--24664292	105	2.2	105	86	1	311	30	23	12	32	1.93
24665851--24665876	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24668702--24668749	22	2.2	21	82	10	60	35	18	4	41	1.70
24668705--24668749	23	2.0	22	86	4	63	35	17	4	42	1.70
24679896--24679939	20	2.2	20	84	8	54	63	2	15	18	1.41
24683472--24683649	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24683493--24683648	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24691662--24691839	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24691683--24691838	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24700885--24700909	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
24705270--24705471	105	1.9	105	86	4	291	28	25	12	32	1.93
24715847--24715882	6	5.7	6	90	9	54	27	0	5	66	1.13
24715847--24715882	13	2.8	12	91	8	54	27	0	5	66	1.13
24717549--24717574	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
24719347--24719377	16	1.9	16	93	0	53	32	6	3	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24719758--24719816	29	2.0	30	83	3	75	47	3	10	38	1.54
24719870--24719915	19	2.4	20	82	10	60	65	0	0	34	0.93
24721298--24721414	44	2.6	45	75	9	114	26	22	19	31	1.98
24721385--24721494	40	2.6	41	75	7	105	28	21	21	28	1.99
24721868--24727616	126	45.5	122	96	1	8128	28	25	17	28	1.98
24721868--24727616	252	22.8	252	95	2	9641	28	25	17	28	1.98
24721868--24727616	378	15.2	378	95	2	9641	28	25	17	28	1.98
24721868--24727616	82	68.2	88	79	9	5063	28	25	17	28	1.98
24727832--24727970	44	3.2	43	65	11	102	20	24	27	27	1.99
24727632--24727993	88	4.1	88	87	2	521	19	23	27	29	1.98
24734379--24734458	40	2.0	40	100	0	160	45	17	2	35	1.62
24734445--24734469	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
24736510--24736564	21	2.6	21	82	0	56	18	21	14	45	1.85
24742303--24742358	29	1.9	29	85	0	76	39	10	14	35	1.81
24760163--24760272	42	2.6	42	86	0	148	19	25	37	18	1.94
24760046--24760377	146	2.3	146	83	2	398	23	24	31	20	1.98
24761814--24761864	13	3.9	13	89	0	84	31	7	25	35	1.85
24769992--24770019	8	3.5	8	100	0	56	50	25	0	25	1.50
24770946--24770976	15	2.1	15	100	0	62	19	0	25	54	1.44
24774166--24774206	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
24776112--24776145	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
24781077--24781118	21	2.0	21	81	9	50	57	0	7	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24781700--24781740	19	2.3	18	84	12	57	26	31	0	41	1.56
24786326--24786384	29	2.0	31	83	6	77	37	5	13	44	1.66
24788126--24788467	143	2.4	142	83	8	419	22	11	11	53	1.70
24788621--24788678	16	3.2	16	71	28	53	25	1	1	70	1.06
24789053--24789306	137	1.8	139	87	3	379	51	12	12	23	1.73
24792771--24793043	94	2.9	94	79	5	232	24	24	17	32	1.97
24808424--24808726	147	2.1	147	96	0	552	25	23	23	27	2.00
24831040--24831105	20	3.3	20	80	0	69	40	3	27	28	1.71
24831891--24831942	21	2.5	21	93	0	86	17	25	32	25	1.97
24845223--24845356	50	2.7	50	81	3	153	23	18	27	30	1.98
24845580--24845611	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
24858287--24858364	24	3.1	24	70	10	66	26	16	21	34	1.95
24865116--24865178	31	2.0	31	100	0	126	53	6	9	30	1.58
24866779--24866837	24	2.4	24	80	8	75	67	3	1	27	1.16
24869408--24869469	3	21.0	3	80	3	54	59	1	6	32	1.32
24869408--24869469	15	4.2	15	79	2	72	59	1	6	32	1.32
24891955--24892022	26	2.6	26	81	9	77	22	13	7	57	1.60
24894264--24894790	88	6.0	88	91	1	779	26	23	25	23	2.00
24894294--24894790	44	11.3	45	64	9	182	27	23	25	22	2.00
24894133--24894793	88	7.5	88	85	3	767	27	23	25	23	2.00
24894804--24894980	44	4.0	44	94	1	284	25	19	27	28	1.99
24895808--24895882	35	2.3	32	80	14	98	28	22	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24895818--24895888	35	2.0	35	97	0	133	29	21	12	36	1.90
24897900--24898087	45	4.2	44	72	20	133	30	27	17	25	1.97
24903169--24903203	9	4.0	9	96	3	63	34	0	0	65	0.93
24906499--24906881	120	3.2	120	99	0	748	44	2	5	48	1.37
24906710--24906744	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24906830--24906864	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24907029--24907119	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
24907100--24907168	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
24907100--24907168	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
24910478--24910532	16	3.4	16	82	0	65	41	5	21	30	1.76
24910702--24910755	27	2.1	25	82	6	63	57	1	1	38	1.20
24910718--24910871	61	2.6	58	79	12	152	53	3	0	41	1.24
24910849--24910891	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
24915627--24915661	17	2.1	17	88	0	52	25	22	2	48	1.64
24924131--24924236	52	2.0	52	94	0	185	28	16	10	44	1.81
24933639--24933760	50	2.4	50	84	2	147	54	11	5	28	1.59
24933937--24934005	16	4.2	16	92	3	120	24	1	36	37	1.65
24933937--24934005	33	2.1	32	94	2	120	24	1	36	37	1.65
24933986--24934076	45	2.0	45	87	2	130	27	5	28	38	1.79
24933986--24934099	45	2.7	43	81	10	128	30	5	28	35	1.79
24934241--24934275	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24934361--24934395	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24934224--24934736	120	4.3	120	99	0	999	48	5	1	44	1.36
24934481--24934515	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24934601--24934635	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24945390--24945510	64	1.9	64	98	0	233	30	7	9	52	1.62
24945578--24945627	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
24951375--24951448	26	2.8	26	87	0	94	43	8	17	31	1.78
24955132--24955253	20	6.1	20	73	5	93	40	7	12	40	1.71
24955980--24956039	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
24956251--24956287	9	4.1	9	89	0	56	32	8	13	45	1.73
24957817--24957979	86	1.9	88	88	2	249	30	10	31	27	1.90
24960957--24960990	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
24964567--24964647	24	3.7	22	77	9	76	49	11	25	13	1.75
24969633--24969678	23	2.0	23	83	8	58	17	13	10	58	1.62
24972344--24972424	42	1.9	42	92	0	135	34	14	17	33	1.90
24979153--24979228	27	2.9	26	86	9	102	42	13	14	30	1.84
24982624--24982658	17	2.0	18	94	5	63	11	22	42	22	1.85
24982913--24983045	27	4.9	28	76	8	121	43	18	12	25	1.85
24982888--24983137	82	3.1	82	84	2	299	46	18	13	22	1.83
24982945--24983137	27	7.1	27	80	3	172	46	19	13	21	1.84
24982945--24983264	54	6.1	54	74	10	223	44	19	14	21	1.86
24983118--24983154	17	2.2	17	95	0	65	40	24	16	18	1.90
24983091--24983181	44	2.1	44	87	0	128	45	20	14	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24983064--24983208	71	2.0	71	89	0	218	45	20	13	21	1.84
24983027--24983262	125	1.9	125	84	3	323	44	20	14	20	1.86
24983037--24983235	98	2.0	98	86	1	274	45	21	13	20	1.85
24983135--24983294	54	3.0	54	83	5	182	42	19	15	22	1.89
24983135--24983267	27	4.9	27	84	3	169	43	19	15	21	1.87
24983135--24983307	27	6.4	27	82	7	151	41	20	15	23	1.90
24983259--24983327	27	2.6	27	97	0	129	39	15	15	28	1.89
24983534--24983611	26	3.0	27	75	7	97	20	20	23	35	1.96
24983710--24983860	28	5.4	28	83	7	191	23	21	23	31	1.98
24989436--24989490	21	2.6	21	88	0	74	27	36	0	36	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205