genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16891749--16891811	13	4.8	13	78	18	60	0	20	0	79	0.73
16891748--16891781	17	1.9	18	94	5	61	0	20	0	79	0.73
16891748--16891811	23	2.7	24	86	11	80	0	20	0	79	0.73
16891745--16891811	11	5.7	11	79	19	57	0	20	0	79	0.74
16892171--16892225	16	3.5	15	82	7	65	7	0	5	87	0.68
16892170--16892224	11	4.8	11	80	14	67	7	0	5	87	0.68
16892169--16892223	27	2.0	28	89	3	85	7	0	7	85	0.74
16894754--16895074	108	3.0	106	80	5	365	35	17	17	30	1.92
16903124--16903201	33	2.4	33	85	10	106	33	16	24	25	1.96
16902988--16903204	101	2.1	101	87	0	317	31	16	24	27	1.96
16903020--16903247	101	2.3	101	82	3	264	32	15	23	27	1.95
16906509--16906614	42	2.6	41	82	4	133	37	17	14	30	1.90
16906982--16907044	32	2.0	32	81	6	74	49	6	4	39	1.49
16916014--16916043	15	2.0	15	100	0	60	0	13	20	66	1.24
16919595--16920074	239	2.0	239	100	0	960	28	13	12	45	1.80
16927147--16927431	152	1.9	152	85	1	401	27	11	22	38	1.88
16929365--16929404	15	2.7	14	84	7	53	57	5	0	37	1.21
16929472--16929524	18	2.9	18	86	8	72	50	0	1	47	1.12
16929565--16929614	17	3.2	16	78	13	59	46	8	2	44	1.44
16943565--16943652	43	2.0	43	97	0	167	31	6	19	42	1.77
16950086--16950143	23	2.5	23	75	8	55	62	5	8	24	1.45
16951554--16951604	25	2.0	25	85	7	68	11	1	13	72	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16951845--16952393	44	12.6	44	74	12	239	27	23	18	30	1.98
16951849--16952299	217	2.1	217	89	0	679	27	23	18	29	1.98
16952013--16952445	89	4.9	88	79	7	362	27	23	18	30	1.97
16951983--16952445	44	10.5	44	79	6	377	27	22	18	30	1.97
16960706--16960865	82	2.0	82	97	0	302	38	23	11	26	1.89
16964416--16964465	26	1.9	27	84	15	70	72	4	2	22	1.12
16964448--16964476	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
16964724--16964782	23	2.5	23	83	8	66	66	5	5	23	1.32
16965761--16965805	23	2.0	23	86	8	65	11	2	13	73	1.19
16980070--16980107	18	2.2	18	90	9	62	26	7	5	60	1.46
16980595--16980636	21	2.0	21	90	0	66	30	11	0	57	1.35
16980993--16981018	10	2.6	10	100	0	52	7	0	0	92	0.39
16983069--16983103	6	5.8	6	100	0	70	0	68	0	31	0.90
16986125--16986215	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
16986196--16986264	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
16986196--16986264	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
16986788--16986819	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
16988061--16988642	119	5.0	116	80	8	635	39	14	15	30	1.87
16988089--16988594	117	4.3	117	85	6	657	37	15	16	30	1.90
16990541--16991761	115	10.5	116	80	11	1233	28	16	14	40	1.87
16990888--16991096	110	1.9	109	89	3	323	23	17	14	44	1.85
16990824--16991757	114	8.1	116	79	10	866	29	15	14	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16991168--16991199	11	2.6	13	90	9	50	9	3	3	84	0.84
16993885--16993934	21	2.4	21	89	0	73	38	8	24	30	1.84
16995664--16995739	21	3.5	22	83	3	93	2	34	15	47	1.60
17011155--17011181	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
17011209--17011967	114	6.6	117	82	9	788	29	16	14	39	1.89
17011378--17011409	11	2.6	13	90	9	50	9	3	3	84	0.84
17014095--17014144	21	2.4	21	89	0	73	38	8	24	30	1.84
17015874--17015949	21	3.5	22	83	3	93	2	34	15	47	1.60
17018005--17018081	13	5.6	13	74	17	75	37	2	46	12	1.56
17018005--17018038	7	5.1	7	86	13	54	41	0	44	14	1.45
17018010--17018097	43	2.1	41	93	4	149	35	4	48	11	1.59
17018150--17018732	30	19.5	30	94	2	1023	52	0	10	36	1.38
17018196--17018251	28	2.2	23	82	17	67	51	0	10	37	1.37
17022295--17022343	21	2.3	21	92	0	80	32	34	8	24	1.85
17026331--17026393	10	6.3	10	75	17	60	58	0	4	36	1.19
17026344--17026377	11	3.2	11	87	8	52	58	0	0	41	0.98
17026341--17026393	21	2.7	19	82	5	61	58	0	3	37	1.16
17027484--17027520	16	2.3	16	85	0	56	13	0	24	62	1.31
17031597--17031621	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17033070--17033109	15	2.7	15	88	0	62	22	37	30	10	1.87
17038324--17038370	6	7.3	6	81	13	58	34	4	0	61	1.15
17038720--17038754	18	1.9	18	94	0	61	14	20	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17039732--17039820	13	6.9	13	69	12	67	57	7	5	29	1.50
17041471--17041666	102	1.9	102	88	2	295	27	21	19	31	1.98
17041565--17041915	143	2.5	143	85	0	472	26	23	19	29	1.98
17041327--17041809	245	2.0	245	88	2	720	26	22	20	30	1.98
17041849--17041963	44	2.7	43	82	4	133	29	24	20	26	1.99
17051927--17052015	13	6.9	13	66	12	58	57	6	6	29	1.50
17053164--17053204	12	3.2	12	83	10	55	7	0	12	80	0.90
17059295--17059325	14	2.2	14	100	0	62	22	12	29	35	1.91
17063854--17063904	13	4.1	13	78	19	63	54	0	0	45	0.99
17063859--17063945	23	3.7	24	75	10	81	54	3	0	42	1.17
17063857--17063922	24	2.8	22	80	13	78	51	1	0	46	1.10
17063864--17063935	24	3.1	23	86	6	74	56	1	0	41	1.07
17063989--17064055	22	3.0	23	78	6	66	56	1	0	41	1.08
17064002--17064059	19	2.8	22	80	16	63	60	3	0	36	1.14
17064002--17064048	23	2.2	20	85	11	58	61	2	0	36	1.08
17064053--17064106	24	2.2	24	83	6	65	72	11	3	12	1.25
17064069--17064115	24	2.0	23	91	4	67	74	6	6	12	1.20
17064067--17064131	13	5.2	12	71	17	53	78	6	4	10	1.07
17064088--17064159	22	2.9	26	72	21	73	75	4	12	8	1.18
17064120--17064191	32	2.4	30	77	20	78	75	4	13	6	1.17
17068401--17068444	23	2.0	23	81	4	54	36	9	2	52	1.46
17084260--17084311	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17085849--17086339	50	9.8	49	68	10	260	26	21	20	31	1.98
17085860--17086366	100	5.1	100	91	0	780	26	21	20	31	1.98
17086360--17087390	262	3.9	263	91	0	1442	26	24	19	28	1.99
17086901--17087130	44	5.2	44	67	6	124	27	24	20	28	1.99
17086360--17087390	394	2.6	393	88	2	1489	26	24	19	28	1.99
17086360--17087390	132	7.8	132	90	1	1428	26	24	19	28	1.99
17088707--17088739	7	4.7	7	92	0	57	12	15	0	72	1.12
17088705--17088742	14	2.6	15	87	8	60	15	15	0	68	1.22
17094005--17094056	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
17099269--17099307	19	2.1	19	85	0	51	69	2	15	12	1.30
17099556--17099628	26	2.8	26	81	4	94	42	9	16	31	1.80
17100094--17100259	43	3.9	43	83	0	197	37	23	10	28	1.87
17100096--17100259	86	1.9	86	87	0	238	38	23	10	28	1.87
17103341--17103382	21	2.0	21	85	0	57	26	16	7	50	1.71
17110232--17110324	47	2.0	46	82	2	114	37	23	6	32	1.80
17114363--17114437	37	2.0	37	100	0	150	38	10	16	34	1.83
17114653--17114677	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72
17125257--17125327	35	2.0	36	89	8	110	47	5	2	43	1.41
17128635--17128684	17	2.9	17	75	16	50	2	30	8	60	1.37
17131360--17131417	25	2.4	25	91	2	91	46	8	13	31	1.74
17131987--17132026	19	2.1	19	85	0	53	60	15	15	10	1.60
17139749--17139787	18	2.2	18	86	9	53	25	20	12	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17142644--17142681	5	7.6	5	82	11	51	15	0	2	81	0.80
17150800--17150941	31	4.5	32	71	15	107	35	9	3	51	1.51
17153734--17153792	27	2.2	27	81	0	64	28	11	27	32	1.92
17157095--17157126	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
17157287--17157449	43	3.8	43	76	8	145	32	24	17	25	1.97
17157279--17157391	41	2.7	42	83	2	138	31	26	15	25	1.96
17157279--17157433	84	1.8	84	82	5	197	31	25	17	25	1.97
17157388--17157878	244	2.0	244	99	0	973	35	22	13	29	1.92
17163645--17163705	12	5.2	12	72	9	54	70	1	4	22	1.15
17164797--17164896	49	2.0	49	100	0	200	32	20	25	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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