genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  129  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39018256--39018440	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
39018257--39018440	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
39018309--39018473	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
39025796--39025949	28	5.5	28	89	1	211	33	25	12	27	1.92
39028426--39028454	14	2.1	14	100	0	58	31	27	20	20	1.98
39032212--39032236	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
39035489--39035521	16	2.1	16	94	0	57	33	0	9	57	1.30
39037778--39037829	25	2.1	25	92	0	86	23	15	23	38	1.92
39056493--39056538	24	1.9	24	81	0	56	17	36	6	39	1.76
39057581--39057630	22	2.3	22	96	0	91	30	18	22	30	1.97
39059009--39059144	26	5.2	26	92	0	209	33	5	24	36	1.79
39060651--39060676	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
39066429--39066582	43	3.6	43	74	10	120	25	24	21	27	1.99
39085741--39085856	41	2.8	41	93	0	187	44	6	27	21	1.75
39093132--39093609	243	2.0	242	92	1	796	24	20	19	35	1.95
39097229--39097464	49	4.8	49	81	5	287	30	26	16	25	1.97
39097230--39097465	99	2.4	98	84	3	296	30	27	16	25	1.97
39102903--39103030	49	2.6	49	83	4	168	28	19	28	22	1.98
39104918--39104957	19	2.1	19	90	0	62	12	32	37	17	1.87
39119859--39119983	66	1.9	66	83	0	160	31	20	19	28	1.97
39120957--39121004	17	2.9	17	81	3	62	47	10	18	22	1.79
39131105--39131148	19	2.3	19	96	0	79	25	2	9	63	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39133682--39133716	18	1.9	18	100	0	70	45	28	5	20	1.73
39138915--39139029	25	4.6	25	76	2	115	30	19	21	28	1.97
39144469--39144497	11	2.6	11	100	0	58	79	6	0	13	0.93
39144902--39144982	24	3.5	24	75	16	73	24	2	2	70	1.12
39144928--39144968	20	2.0	20	95	0	73	17	4	0	78	0.93
39144934--39144976	20	2.2	20	91	0	68	18	4	2	74	1.10
39144898--39144998	52	1.9	52	82	11	127	23	3	1	70	1.15
39146538--39146845	171	1.8	171	93	0	535	24	30	23	21	1.99
39148119--39148211	24	3.9	24	80	1	80	36	20	20	22	1.95
39148379--39148417	19	2.1	19	100	0	78	43	15	0	41	1.46
39150272--39150392	36	3.4	36	85	4	154	46	25	9	18	1.80
39151189--39151221	18	1.9	17	88	11	50	57	15	0	27	1.38
39161199--39161232	16	2.1	16	94	0	59	26	17	8	47	1.77
39167348--39167531	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
39167348--39167531	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
39167400--39167564	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
39171019--39171272	47	5.4	47	90	1	384	33	8	30	27	1.87
39171395--39171469	37	2.0	37	87	5	107	24	20	29	26	1.99
39173242--39173396	43	3.6	42	80	14	174	29	29	20	21	1.98
39174104--39174137	17	1.9	18	88	5	52	61	11	5	20	1.50
39176699--39177563	40	21.6	40	97	1	1558	27	27	20	24	1.99
39179719--39179761	19	2.4	18	85	11	61	44	13	4	37	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39179720--39179771	18	2.8	19	83	11	56	48	13	3	34	1.61
39190919--39190974	14	4.0	14	90	0	85	21	32	5	41	1.76
39190910--39190973	28	2.3	28	91	0	101	25	32	3	39	1.71
39194162--39194277	42	2.9	41	72	10	105	30	29	20	19	1.97
39197969--39198000	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
39199197--39199381	71	2.6	71	83	5	212	31	28	18	21	1.97
39205656--39205721	28	2.4	28	94	5	116	28	18	6	46	1.72
39213528--39213600	30	2.4	30	84	4	94	10	30	35	23	1.89
39213886--39214001	33	3.5	33	84	1	144	26	25	14	32	1.95
39213909--39214028	33	3.7	31	78	11	107	29	24	14	32	1.94
39214015--39214059	23	2.0	23	86	8	65	24	22	13	40	1.90
39219588--39220360	384	2.0	384	100	0	1546	29	21	15	34	1.94
39228525--39228937	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
39232948--39232990	21	2.0	21	95	0	77	41	16	4	37	1.69
39232952--39233002	21	2.4	21	86	0	66	47	15	1	35	1.57
39235270--39235307	19	2.0	20	94	5	69	15	34	13	36	1.87
39235272--39235317	20	2.3	20	85	7	58	21	34	13	30	1.91
39242076--39242104	11	2.7	11	94	5	51	31	24	10	34	1.89
39242076--39242120	20	2.2	21	84	4	56	26	22	13	37	1.91
39242221--39242298	36	2.0	39	83	11	99	39	3	8	47	1.53
39243629--39243655	10	2.7	10	100	0	54	66	7	7	18	1.40
39245548--39245576	11	2.7	11	94	5	51	31	24	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39247327--39247744	59	7.1	59	82	1	480	34	11	20	33	1.89
39247327--39247744	177	2.4	177	87	2	561	34	11	20	33	1.89
39247815--39248017	69	2.9	69	78	0	199	21	21	23	33	1.97
39250980--39251022	22	2.0	22	90	0	68	18	20	20	39	1.93
39251091--39251229	43	3.3	43	81	1	154	25	28	18	27	1.98
39251321--39251359	16	2.3	18	82	13	55	41	0	0	58	0.98
39251321--39251375	17	3.1	18	82	12	60	41	0	1	56	1.10
39251341--39251408	24	2.9	23	77	12	66	45	0	5	48	1.26
39251341--39251394	22	2.3	22	81	9	63	44	0	7	48	1.31
39251455--39251485	13	2.3	14	94	5	55	48	0	6	45	1.28
39251583--39251673	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
39255718--39255889	7	23.7	7	68	11	69	43	34	0	22	1.58
39255847--39255889	15	2.9	15	92	0	77	44	34	0	20	1.52
39257097--39257360	124	2.1	123	88	0	393	31	28	20	19	1.97
39257097--39257360	41	6.4	41	90	0	393	31	28	20	19	1.97
39261214--39261324	41	2.7	41	88	0	168	18	30	18	33	1.94
39261234--39261300	20	3.3	20	66	12	55	11	31	20	35	1.89
39262857--39262998	50	2.8	51	82	3	171	26	18	26	29	1.98
39262860--39263045	51	3.7	51	78	5	171	26	18	25	29	1.98
39267265--39267304	17	2.4	17	86	0	53	22	40	17	20	1.92
39269521--39269727	75	2.8	75	95	0	360	30	26	19	23	1.98
39269631--39269963	102	3.3	101	93	0	549	30	28	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39269808--39269861	27	2.0	28	92	3	92	25	29	22	22	1.99
39275636--39275665	9	3.3	9	95	0	51	20	0	70	10	1.16
39276903--39276997	46	2.1	45	96	2	172	20	18	12	48	1.80
39277251--39277460	75	2.8	75	94	0	357	31	26	18	23	1.97
39277334--39277457	33	3.5	33	72	18	122	33	28	16	21	1.95
39277365--39277592	102	2.2	103	91	2	370	31	28	18	20	1.97
39283740--39283791	16	2.9	19	77	16	65	25	0	7	67	1.17
39290050--39290078	7	4.1	7	100	0	58	13	0	55	31	1.39
39294691--39294745	22	2.8	20	81	10	60	5	27	3	63	1.33
39297805--39297890	20	4.3	20	86	4	113	41	1	25	31	1.63
39299869--39299913	4	11.2	4	90	0	72	71	24	0	4	1.05
39304908--39305091	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
39304908--39305088	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
39307835--39308182	27	12.9	27	85	0	455	20	14	20	44	1.87
39327821--39327914	48	2.0	48	100	0	188	30	12	21	35	1.91
39336698--39337443	371	2.0	371	96	0	1357	35	10	14	39	1.81
39337990--39338027	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
39345385--39345469	41	2.1	41	86	8	120	38	20	30	10	1.86
39345389--39345481	21	4.5	21	80	11	104	39	20	29	10	1.86
39350076--39350169	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
39354834--39355142	120	2.6	120	85	5	410	24	27	21	25	1.99
39354798--39355089	40	7.3	40	94	1	412	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39355074--39355151	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39362830--39363094	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
39362797--39363094	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
39363026--39363103	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39369721--39369962	50	4.7	50	75	7	152	24	26	21	26	2.00
39372444--39372553	53	2.1	53	91	0	175	17	30	20	30	1.96
39376014--39376508	47	10.4	47	91	2	738	32	9	29	28	1.88
39376627--39376705	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39392641--39392681	21	2.0	21	85	0	55	29	9	19	41	1.83
39394124--39394182	25	2.3	27	85	8	79	20	20	23	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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