genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20647344--20647385	20	2.1	20	86	0	57	52	2	0	45	1.13
20647314--20647408	48	1.9	50	83	10	124	56	2	1	40	1.18
20649056--20649122	25	2.8	23	84	6	98	31	0	1	67	1.00
20649056--20649142	25	3.6	23	80	9	93	33	3	2	60	1.26
20649364--20649414	23	2.3	22	86	3	66	15	5	15	62	1.50
20653506--20653552	13	3.8	12	81	18	53	80	8	0	10	0.89
20653510--20653557	18	2.4	22	70	25	52	79	6	0	14	0.92
20653590--20653652	6	11.8	5	79	14	56	74	0	19	6	1.02
20653607--20653652	11	4.3	10	81	13	56	76	0	21	2	0.90
20653607--20653652	5	8.6	5	81	13	56	76	0	21	2	0.90
20654589--20654676	45	2.0	45	88	0	131	42	21	22	13	1.88
20656153--20656518	44	7.8	44	67	13	160	28	19	24	28	1.98
20655999--20657108	143	7.8	143	84	2	1354	30	19	22	28	1.98
20658577--20658663	24	3.6	23	83	6	93	32	4	1	62	1.23
20658594--20658641	14	3.6	14	75	16	57	31	0	0	68	0.90
20658885--20658932	23	2.1	23	88	0	69	16	8	12	62	1.53
20665008--20665050	14	3.1	14	96	0	77	32	20	32	13	1.92
20666987--20667018	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
20666987--20667027	18	2.3	18	86	0	55	24	0	0	75	0.80
20667077--20667222	30	4.9	31	74	9	133	32	22	3	41	1.71
20667687--20667721	14	2.6	14	90	4	54	77	0	22	0	0.78
20667688--20667734	22	2.1	23	88	4	69	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20668143--20668180	19	2.1	18	90	5	58	31	0	0	68	0.90
20668426--20668531	16	6.2	16	76	11	95	28	12	13	46	1.79
20668405--20668552	35	4.2	36	76	10	128	31	13	10	44	1.78
20668421--20668543	53	2.4	51	83	5	158	27	11	13	47	1.76
20668425--20668552	18	7.3	18	75	7	113	29	12	12	45	1.79
20680997--20681140	72	2.0	72	91	2	236	34	13	29	22	1.92
20682898--20682970	10	7.5	10	88	10	107	89	9	1	0	0.56
20682899--20682991	26	3.4	27	82	10	109	87	8	3	1	0.71
20682898--20682979	38	2.2	38	91	4	130	87	9	2	0	0.62
20682898--20682991	1	94.0	1	76	0	80	87	8	3	1	0.70
20682898--20682989	9	9.9	9	82	13	89	86	8	3	1	0.71
20682899--20683000	38	2.7	35	82	10	114	86	7	4	0	0.75
20683862--20684435	81	7.4	77	78	8	490	29	16	18	35	1.93
20683862--20684435	236	2.5	229	79	10	567	29	16	18	35	1.93
20683862--20684435	160	3.7	154	76	11	519	29	16	18	35	1.93
20684726--20684757	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
20684726--20684766	18	2.3	18	86	0	55	24	0	0	75	0.80
20684815--20684960	30	4.9	31	74	9	133	32	21	4	41	1.72
20685428--20685457	14	2.1	14	93	0	51	76	0	23	0	0.78
20685426--20685469	21	2.1	21	87	8	63	75	0	25	0	0.81
20685577--20685619	12	3.4	12	87	6	50	79	0	13	6	0.93
20685878--20685916	19	2.1	19	90	0	60	25	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20686434--20686483	17	2.9	17	87	0	82	24	14	10	52	1.71
20686549--20687089	17	30.6	17	65	18	89	30	14	11	43	1.80
20686504--20686634	52	2.5	51	79	4	138	33	12	10	43	1.77
20686643--20686788	53	2.8	52	73	18	133	33	16	10	39	1.82
20686502--20687090	18	33.3	18	65	19	113	32	14	10	42	1.80
20686966--20687070	16	6.2	16	77	10	102	28	12	13	45	1.79
20688670--20688772	9	11.4	9	89	0	143	43	25	8	22	1.81
20691231--20691263	12	2.8	12	95	0	57	15	21	39	24	1.91
20695572--20695607	17	2.1	17	100	0	72	47	27	8	16	1.75
20697573--20698131	77	7.3	75	85	5	647	29	16	19	34	1.94
20697573--20698096	234	2.3	228	85	4	685	29	15	19	34	1.93
20698376--20698476	30	3.4	29	86	5	132	36	23	2	36	1.70
20701323--20701356	15	2.5	13	90	9	50	17	0	2	79	0.86
20703523--20703562	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
20704140--20704171	15	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
20704556--20704598	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
20704579--20704611	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
20704590--20704684	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
20704846--20704880	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20704804--20704876	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
20704765--20705036	144	1.9	147	93	3	478	46	3	3	46	1.35
20704990--20705024	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20718290--20718322	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
20718321--20718365	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
20718435--20718487	18	2.9	17	72	10	52	62	0	11	26	1.29
20719808--20719853	24	1.9	24	82	8	58	8	0	39	52	1.33
20720049--20720531	239	2.0	242	90	4	760	32	21	14	32	1.93
20720703--20720768	11	6.4	10	77	8	53	6	15	0	78	0.93
20720719--20720764	10	4.5	10	89	5	65	8	15	0	76	1.02
20720719--20720763	21	2.1	21	91	0	72	8	13	0	77	0.98
20720708--20720766	10	5.9	9	83	14	55	6	15	0	77	0.96
20720708--20720770	21	3.0	21	77	13	67	7	14	0	77	0.97
20727458--20728387	44	20.6	44	74	7	662	28	20	17	32	1.96
20727484--20728387	272	3.3	271	79	3	755	28	20	17	33	1.96
20727459--20728387	412	2.3	404	81	2	1027	28	20	17	32	1.96
20731344--20731386	23	2.0	23	86	9	63	27	16	11	44	1.82
20731803--20731928	43	3.0	42	85	2	180	25	16	15	42	1.88
20738741--20738800	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
20739015--20739049	18	1.9	18	94	0	61	22	11	17	48	1.79
20747397--20747544	41	3.6	41	85	5	183	50	8	21	19	1.73
20754559--20754618	29	2.1	29	100	0	120	33	10	20	36	1.86
20770565--20770613	14	3.5	14	89	8	73	26	12	0	61	1.31
20770574--20770618	14	3.2	14	87	0	63	24	11	0	64	1.26
20774296--20774331	15	2.5	15	90	4	56	22	0	2	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20774649--20774684	3	12.3	3	88	5	56	30	0	2	66	1.06
20774651--20774684	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
20775859--20775922	6	9.8	6	77	15	56	15	0	6	78	0.95
20775844--20775921	26	2.9	25	73	17	68	14	2	6	76	1.08
20783171--20783201	8	4.0	8	91	8	55	38	0	0	61	0.96
20783171--20783199	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
20789632--20789665	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
20796115--20796174	32	1.9	31	83	6	77	55	0	0	45	0.99
20797072--20797105	15	2.2	16	89	5	52	44	2	0	52	1.16
20807909--20807945	18	2.0	20	89	10	60	56	2	5	35	1.36
20813019--20813062	18	2.4	18	88	0	70	47	20	4	27	1.69
20820143--20820175	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
20822378--20822520	19	7.4	19	77	5	117	19	20	25	33	1.97
20822378--20822519	58	2.5	57	82	4	151	19	21	26	33	1.96
20822362--20822536	77	2.3	77	79	0	179	20	22	25	32	1.97
20823680--20823736	27	2.1	27	96	0	105	31	15	31	21	1.94
20825687--20825730	11	3.8	11	80	11	52	34	0	2	63	1.07
20825880--20825906	13	2.1	13	100	0	54	37	40	7	14	1.74
20826189--20826251	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
20826261--20826298	15	2.3	18	82	17	55	34	15	7	42	1.76
20826413--20826651	50	4.7	50	76	7	234	30	26	18	23	1.98
20826408--20826649	101	2.4	101	98	0	466	30	26	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832620--20832657	12	3.1	13	81	11	53	15	23	0	60	1.35
20832658--20832747	45	2.0	46	86	2	128	31	16	6	45	1.73
20835632--20835672	20	2.0	20	100	0	82	43	4	26	24	1.74
20836928--20836969	18	2.4	18	84	4	50	26	0	7	66	1.17
20837522--20837561	20	1.9	22	90	10	66	47	0	2	50	1.14
20837659--20837698	20	2.0	20	90	0	62	50	5	5	40	1.46
20843373--20843519	44	3.5	41	82	9	161	32	20	18	28	1.96
20843412--20843559	44	3.4	44	85	1	190	31	22	18	27	1.98
20859022--20859078	28	2.1	27	90	3	87	29	29	19	21	1.97
20873867--20873984	59	2.0	59	89	1	182	37	14	8	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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