genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  77  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22984237--22984404	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
22984256--22984346	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
22984297--22984439	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
22987631--22987833	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
22987565--22987833	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
22987797--22987942	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
22992928--22992967	20	2.0	20	85	0	53	27	22	12	37	1.90
22996098--22996135	18	2.1	18	100	0	76	21	15	28	34	1.94
22998351--22998473	63	2.0	63	83	0	156	42	15	12	30	1.83
23000117--23000141	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
23006061--23006190	41	3.1	42	82	5	149	26	23	20	29	1.99
23023786--23023843	30	1.9	30	89	0	89	18	37	0	43	1.51
23023929--23023984	19	3.1	18	80	17	55	23	28	0	48	1.51
23028883--23029052	43	4.0	42	72	13	130	31	26	17	25	1.97
23036640--23036751	42	2.6	43	77	7	111	34	25	14	25	1.94
23042877--23042956	31	2.7	29	86	9	99	33	10	12	43	1.76
23042877--23042965	29	3.0	29	83	11	92	33	11	12	42	1.78
23044397--23044440	20	2.2	20	95	0	79	29	4	9	56	1.50
23047142--23047214	37	1.9	38	97	2	139	27	10	10	50	1.71
23047151--23047211	20	3.2	20	65	21	58	24	11	11	52	1.70
23047963--23048170	85	2.5	84	81	3	229	32	20	22	24	1.98
23047963--23048214	42	6.0	42	80	6	251	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047961--23048213	127	2.0	127	83	6	316	31	20	22	25	1.98
23048662--23048730	21	3.3	21	89	0	102	1	43	20	34	1.61
23054239--23054496	9	29.8	9	72	14	204	31	1	21	44	1.63
23054228--23054496	25	10.7	25	73	16	148	31	1	20	45	1.62
23054243--23054496	34	7.4	34	74	15	193	31	1	21	45	1.63
23054369--23054526	79	2.0	77	84	9	203	29	2	22	46	1.65
23054543--23054913	129	2.9	129	95	2	662	40	1	14	44	1.53
23054677--23054973	157	1.9	157	85	2	418	39	1	14	44	1.53
23054860--23054946	28	2.9	28	88	8	111	33	1	16	49	1.53
23054862--23054911	16	3.4	16	68	21	54	32	0	16	52	1.44
23055115--23055226	13	8.5	13	78	5	109	45	3	9	41	1.54
23055115--23055253	66	2.1	66	83	0	170	45	2	10	41	1.52
23055377--23055428	18	2.8	19	83	11	63	57	1	1	38	1.21
23056188--23056219	15	2.1	15	100	0	64	53	12	6	28	1.62
23057747--23058082	147	2.3	146	79	3	336	37	21	13	27	1.91
23059638--23059714	41	1.9	41	89	2	120	29	25	16	27	1.97
23060916--23060970	21	2.6	21	82	0	74	27	7	34	30	1.84
23061152--23061195	11	4.2	10	80	8	52	63	0	6	29	1.20
23063262--23063313	26	2.0	26	96	0	95	36	15	9	38	1.80
23065475--23065515	21	1.9	22	85	5	57	21	0	19	58	1.39
23069601--23069642	21	2.0	22	85	4	59	40	11	4	42	1.63
23070148--23070470	108	2.9	109	85	6	393	32	17	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23074406--23074435	11	2.8	11	95	5	53	86	6	0	6	0.70
23074405--23074458	26	2.1	26	86	6	74	81	9	0	9	0.88
23074805--23074889	18	4.6	18	84	8	93	78	0	21	0	0.74
23074804--23074889	29	3.0	28	85	12	106	79	0	20	0	0.74
23074977--23075045	31	2.2	31	97	0	129	30	14	31	23	1.94
23076283--23076640	44	8.1	44	69	11	214	30	17	25	27	1.97
23076295--23076730	132	3.3	132	95	0	746	30	17	24	27	1.97
23078161--23078202	21	2.0	22	85	4	59	40	11	4	42	1.63
23078539--23078632	44	2.1	43	79	14	104	26	4	5	63	1.34
23085293--23085351	29	2.0	29	81	12	68	54	1	5	38	1.33
23085299--23085371	29	2.5	29	75	18	71	56	4	4	35	1.38
23093182--23093408	105	2.2	105	82	4	280	29	24	12	34	1.92
23095680--23095704	10	2.5	10	100	0	50	24	8	0	68	1.16
23108514--23108557	23	1.9	23	90	0	70	75	9	11	4	1.19
23108525--23108564	17	2.2	18	86	8	55	72	7	15	5	1.24
23109836--23109913	37	2.1	37	100	0	156	37	7	6	48	1.57
23111621--23111914	131	2.2	131	84	1	365	31	15	13	38	1.87
23118195--23118236	18	2.3	18	95	0	75	69	0	0	30	0.89
23120142--23120458	104	3.0	104	88	1	436	29	4	26	39	1.76
23122650--23122714	33	2.0	33	96	0	121	36	10	20	32	1.87
23123736--23123808	32	2.5	27	76	19	83	24	2	20	52	1.60
23123749--23123809	32	1.9	32	93	0	104	26	3	19	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23127814--23127877	19	3.3	20	86	6	87	50	9	9	31	1.66
23128930--23129351	105	4.0	105	86	3	555	29	24	12	33	1.92
23142105--23142144	19	2.1	19	86	9	55	55	7	17	20	1.66
23149968--23149997	12	2.5	12	94	0	51	6	20	40	33	1.78
23155963--23156109	28	5.2	28	75	15	142	31	22	9	36	1.86
23155933--23156126	56	3.5	56	88	4	284	29	22	11	35	1.90
23166927--23167098	39	4.4	39	85	1	220	16	19	28	34	1.94
23167054--23167221	78	2.2	78	84	4	214	17	19	27	35	1.94
23167116--23167149	16	2.1	16	100	0	68	20	26	29	23	1.99
23167171--23167254	39	2.2	39	89	8	127	15	19	32	33	1.93
23175563--23175623	25	2.5	24	89	7	95	65	0	1	32	1.02
23177239--23177271	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
23178424--23178536	11	10.5	11	71	15	85	43	2	30	23	1.68
23178414--23178536	40	3.0	40	77	14	115	43	2	30	23	1.66
23178464--23178536	33	2.2	34	85	7	96	43	2	31	21	1.67
23179296--23179608	153	2.0	155	90	2	495	43	5	5	46	1.49
23179542--23179583	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23179551--23179592	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23179540--23179837	120	2.5	121	93	4	505	49	4	2	42	1.37
23179661--23179712	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23179878--23179925	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23179833--23180061	92	2.5	92	81	9	220	47	3	3	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23181475--23181508	12	2.8	12	100	0	68	61	20	8	8	1.52
23189197--23189256	10	6.4	9	73	19	52	33	1	1	63	1.14
23189939--23189985	24	2.0	24	84	16	62	34	2	2	61	1.20
23189940--23189992	25	2.2	24	80	16	56	35	1	1	60	1.19
23191549--23191573	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
23191750--23191798	24	2.0	24	100	0	98	57	0	4	38	1.18
23191916--23191971	21	2.7	21	86	5	78	28	33	8	28	1.87
23194227--23194268	14	2.9	15	78	7	50	50	7	2	40	1.43
23195038--23195078	17	2.3	18	87	8	57	56	2	0	41	1.13
23195112--23195152	15	2.7	15	78	14	57	31	2	0	65	1.05
23195343--23195384	17	2.3	19	84	12	61	59	2	2	35	1.23
23198288--23198407	40	2.9	42	81	14	119	20	30	27	21	1.98
23198411--23198479	29	2.4	29	83	9	88	40	18	15	24	1.90
23206360--23206526	56	2.8	58	82	10	189	53	3	1	41	1.26
23207596--23207848	28	9.1	27	70	14	115	22	17	6	52	1.67
23207595--23207699	55	1.9	54	84	5	140	24	17	4	53	1.63
23207595--23207752	56	2.9	56	79	11	168	22	17	6	54	1.65
23207710--23207842	55	2.4	55	80	1	140	21	15	7	54	1.66
23208285--23208533	133	1.9	133	84	1	338	28	18	14	39	1.89
23208751--23209257	253	2.0	253	98	0	987	27	14	14	43	1.85
23211097--23211173	27	3.0	26	76	12	86	42	9	12	35	1.75
23213277--23213329	20	2.7	19	77	5	61	64	11	5	18	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23213321--23213393	22	3.3	22	73	17	71	61	8	16	13	1.55
23216815--23216846	15	2.3	15	89	10	50	40	3	0	56	1.15
23218158--23218197	11	3.8	11	75	24	50	32	5	15	47	1.66
23218203--23218262	22	2.7	22	97	0	111	18	20	15	46	1.84
23220770--23220824	9	6.1	9	91	0	83	47	14	9	29	1.75
23236387--23236433	20	2.2	22	85	7	62	10	25	27	36	1.89
23243723--23243772	24	2.1	24	100	0	100	44	4	8	44	1.52
23248187--23248230	21	2.1	21	95	0	79	13	40	20	25	1.89
23249793--23250207	207	2.0	207	91	2	683	33	19	17	30	1.95
23254534--23254578	22	2.0	23	83	12	58	73	4	6	15	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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