genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17634934--17635095	54	3.0	53	90	5	243	24	19	1	54	1.52
17638106--17639253	106	10.8	105	86	7	1279	30	16	14	37	1.89
17638106--17639264	210	5.5	207	86	7	1280	30	16	14	38	1.89
17639257--17639287	16	1.9	16	93	0	53	0	12	3	83	0.75
17639256--17639289	17	2.0	17	88	0	50	0	14	2	82	0.79
17644777--17644809	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
17644880--17644920	20	2.0	20	85	0	55	21	4	4	68	1.28
17644971--17645001	13	2.3	14	94	5	55	19	0	12	67	1.22
17644986--17645051	19	3.4	19	85	4	87	21	6	6	66	1.35
17644967--17645051	20	4.3	20	81	11	97	21	4	7	67	1.34
17644967--17645051	39	2.2	38	85	8	109	21	4	7	67	1.34
17645280--17645314	16	2.3	15	90	5	52	57	5	0	37	1.23
17645384--17645425	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
17645969--17646004	14	2.6	14	90	0	54	66	8	2	22	1.31
17652629--17652697	22	3.1	23	83	8	81	43	15	21	18	1.88
17661489--17661595	43	2.5	43	89	3	153	26	26	17	29	1.98
17666959--17667005	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
17677105--17677205	21	4.8	21	74	4	87	43	18	22	14	1.87
17677108--17677259	42	3.6	41	81	3	169	43	17	22	16	1.88
17677110--17677267	84	1.9	84	85	2	219	44	18	20	16	1.87
17679741--17679817	25	3.1	24	76	12	84	20	28	18	32	1.96
17682018--17682060	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17682021--17682064	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
17685768--17685903	41	3.3	41	85	2	166	19	21	25	33	1.97
17689217--17689343	63	2.0	63	95	0	227	39	6	15	38	1.73
17701007--17701098	45	2.0	45	81	8	107	54	1	2	42	1.19
17701010--17701100	22	4.0	22	72	10	85	54	1	2	41	1.19
17707779--17707825	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
17714938--17715039	51	2.0	51	98	0	195	23	48	7	20	1.76
17717248--17717304	31	1.9	30	85	7	80	49	15	7	28	1.71
17720213--17720255	18	2.4	18	100	0	86	41	4	13	39	1.66
17720222--17720266	18	2.4	18	85	7	54	53	4	11	31	1.56
17720295--17720330	18	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
17727859--17727922	31	2.1	31	88	5	94	37	9	15	37	1.80
17736167--17736232	34	1.9	34	100	0	132	33	22	3	40	1.69
17736832--17736982	38	3.9	39	73	15	125	74	5	11	8	1.22
17736851--17736891	21	2.0	21	90	0	64	75	4	7	12	1.16
17736848--17736914	32	2.1	30	81	13	73	74	7	5	11	1.20
17736832--17736931	31	3.0	31	74	21	87	76	7	8	9	1.17
17736953--17736987	14	2.5	14	86	13	54	77	0	22	0	0.78
17739022--17739367	128	2.7	128	89	0	539	31	19	24	24	1.98
17740984--17741034	26	2.0	26	84	7	68	31	3	3	60	1.33
17746197--17746231	18	2.1	18	89	10	56	62	5	0	31	1.18
17746533--17746579	19	2.5	19	86	6	60	63	2	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17752130--17752187	29	2.0	29	89	0	89	36	0	24	39	1.55
17752205--17752271	28	2.4	28	85	7	82	40	23	0	35	1.55
17757358--17757415	6	9.8	6	96	3	109	84	0	15	0	0.62
17758387--17758430	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
17758386--17758441	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
17758430--17758477	23	2.2	23	88	7	73	33	4	14	47	1.63
17765778--17765806	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
17771141--17771458	159	2.0	159	91	1	521	38	19	12	30	1.88
17774759--17774820	21	3.0	21	80	0	79	16	20	17	45	1.86
17782097--17782121	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17783420--17783451	16	1.9	17	93	6	57	12	6	18	62	1.50
17783848--17783917	27	2.7	26	76	12	88	44	5	12	37	1.67
17787539--17787567	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
17792093--17792211	9	12.6	9	79	10	130	39	27	8	24	1.84
17792091--17792199	20	5.6	21	76	16	85	41	27	8	22	1.82
17792091--17792208	29	4.1	29	93	0	191	40	27	8	22	1.83
17792093--17792211	38	3.1	36	82	9	139	39	27	8	24	1.84
17792218--17792315	17	5.4	17	65	13	61	51	13	3	32	1.56
17792212--17792336	37	3.4	37	91	3	191	49	14	4	32	1.62
17792365--17792423	24	2.5	24	91	0	100	30	27	0	42	1.56
17799603--17799853	24	10.8	24	70	14	150	55	4	5	34	1.44
17799603--17799895	70	4.2	68	74	10	222	54	5	5	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17800842--17801008	83	2.0	84	81	8	196	28	20	19	31	1.97
17801391--17801441	21	2.4	21	100	0	102	0	47	17	35	1.48
17806098--17806144	16	2.8	17	83	3	60	34	42	0	23	1.54
17806401--17806847	114	4.0	114	80	10	557	27	25	20	26	1.99
17806496--17806810	100	3.0	100	80	11	387	28	27	19	23	1.98
17806401--17806810	214	1.9	214	88	2	617	27	26	20	25	1.99
17806746--17806884	74	1.9	74	90	0	224	25	24	24	25	2.00
17806645--17807034	188	2.1	187	85	1	512	28	23	21	26	1.99
17806840--17807140	114	2.6	112	85	4	406	26	23	24	25	2.00
17807061--17807291	72	3.2	72	80	6	279	26	22	24	25	2.00
17808359--17808416	30	1.9	30	82	6	73	25	13	17	43	1.86
17817056--17817089	18	2.0	18	88	11	54	23	20	11	44	1.84
17825590--17825634	17	2.5	18	82	17	58	28	2	2	66	1.15
17826284--17826311	12	2.3	12	100	0	56	0	46	25	28	1.53
17827451--17827512	25	2.5	25	89	2	99	32	16	27	24	1.96
17830696--17830797	46	2.3	46	86	5	138	31	22	13	32	1.93
17830732--17830921	62	3.0	62	90	1	299	30	24	10	35	1.89
17830858--17830975	45	2.6	46	88	4	170	30	23	12	33	1.92
17831044--17831090	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
17837982--17838024	21	2.0	21	90	0	68	48	18	13	18	1.80
17838294--17838406	43	2.6	43	84	8	147	23	23	17	35	1.95
17839557--17839633	40	1.9	40	89	0	118	28	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17845443--17845549	46	2.4	46	89	4	157	29	23	13	33	1.92
17845484--17845673	62	3.0	62	94	3	328	28	25	11	33	1.91
17845610--17845727	45	2.6	46	92	6	190	28	22	14	33	1.94
17845796--17845842	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
17847918--17847980	27	2.4	26	82	12	83	52	3	7	36	1.47
17852418--17852468	21	2.4	21	86	0	66	35	15	43	5	1.71
17852429--17852469	21	2.0	21	95	0	73	34	14	43	7	1.73
17852367--17852549	87	2.1	87	86	8	248	37	18	33	11	1.86
17852516--17852561	21	2.2	21	88	0	65	28	19	45	6	1.75
17852782--17852811	14	2.1	14	93	0	51	10	0	36	53	1.35
17852876--17853572	43	16.1	43	79	6	766	24	21	25	28	1.99
17853369--17853585	42	5.1	42	78	4	263	28	22	26	22	1.99
17855824--17855902	28	2.9	28	76	17	76	34	32	10	22	1.88
17855889--17855935	7	6.6	7	82	7	51	31	36	12	19	1.89
17856845--17856892	23	2.1	23	100	0	96	31	20	18	29	1.97
17856868--17856940	36	2.0	36	97	0	137	35	17	27	19	1.94
17862063--17862100	1	38.0	1	89	0	58	94	0	5	0	0.30
17862063--17862105	11	3.8	12	90	3	54	90	0	9	0	0.45
17872942--17872985	17	2.5	18	85	7	63	77	4	4	13	1.08
17872942--17872990	18	2.8	18	78	12	57	75	6	4	14	1.14
17872944--17872999	17	3.5	16	78	14	62	73	5	5	16	1.21
17878356--17878395	11	3.5	11	83	12	53	17	17	30	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17878361--17878403	13	3.4	13	90	9	63	16	16	32	34	1.91
17891438--17891462	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17896231--17896265	18	1.9	18	88	0	52	48	11	14	25	1.77
17896421--17896454	18	1.9	18	88	5	52	14	17	8	58	1.61
17901332--17902306	486	2.0	486	97	0	1824	27	22	14	36	1.92
17903034--17903085	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
17907922--17907965	18	2.4	18	85	11	63	27	0	2	70	0.99
17910386--17910686	44	6.7	44	69	16	136	29	22	17	30	1.97
17910581--17910725	44	3.2	45	77	14	129	31	26	15	26	1.96
17917944--17917988	25	1.9	23	82	13	56	64	4	4	26	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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