genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  94  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27382636--27382679	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
27384192--27384231	18	2.2	18	90	0	62	22	32	7	37	1.82
27384660--27384791	71	1.9	71	85	1	185	35	3	12	48	1.57
27385760--27385986	125	1.8	125	92	1	384	33	22	15	28	1.95
27391004--27391648	321	2.0	322	93	2	1118	29	14	20	35	1.93
27392864--27392888	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27396240--27397855	808	2.0	808	100	0	3232	28	20	23	27	1.99
27402171--27402196	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
27403433--27403467	17	2.1	16	89	5	52	60	0	0	40	0.97
27403437--27403480	14	3.1	14	90	6	63	56	2	0	40	1.11
27404001--27404053	23	2.2	26	83	10	67	30	1	20	47	1.61
27404517--27404546	14	2.1	15	93	6	53	43	0	6	50	1.28
27413471--27413509	18	2.2	18	85	0	51	51	12	5	30	1.62
27417695--27417725	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
27418188--27418213	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27422368--27422453	26	3.2	26	70	18	68	44	3	1	51	1.26
27425330--27425367	20	1.9	20	88	0	58	28	36	0	34	1.58
27428937--27428994	22	2.7	21	76	10	53	41	18	5	34	1.73
27429367--27429938	88	6.5	87	87	3	743	21	24	26	27	1.99
27429420--27429639	44	5.0	44	65	4	147	20	25	27	26	1.99
27429777--27429915	44	3.2	44	68	8	138	25	25	24	24	2.00
27429755--27429892	45	3.1	45	70	8	138	25	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27431485--27431542	22	2.7	21	76	10	53	41	18	5	34	1.73
27431915--27432642	88	8.3	87	86	3	866	22	24	26	26	2.00
27431968--27432187	44	5.0	44	65	4	147	20	25	27	26	1.99
27431901--27432642	264	2.8	263	84	4	956	22	24	25	27	2.00
27432303--27432639	44	7.6	45	66	8	165	24	24	24	26	2.00
27433041--27433350	43	7.1	43	63	9	115	22	26	24	26	2.00
27433028--27433517	88	5.6	88	87	1	619	23	24	24	27	2.00
27433114--27433338	44	5.1	44	63	18	126	23	26	24	25	2.00
27433371--27433514	44	3.3	44	68	11	114	26	25	24	24	2.00
27440526--27440576	19	2.7	19	100	0	102	37	15	11	35	1.84
27444835--27444969	73	1.9	73	86	4	195	15	17	9	57	1.63
27448804--27448870	20	3.4	20	85	8	84	35	0	8	55	1.32
27456356--27456410	17	3.2	17	72	25	53	52	1	43	1	1.22
27457259--27457338	30	2.6	30	82	9	92	41	3	2	52	1.33
27462366--27462514	54	2.8	54	78	4	149	28	27	24	19	1.98
27484475--27484506	16	2.0	17	88	11	50	28	15	12	43	1.83
27484492--27484537	18	2.6	18	96	0	83	23	10	15	50	1.75
27484999--27485036	18	2.1	18	85	9	51	44	7	15	31	1.75
27488044--27488126	31	2.7	31	88	1	114	33	8	10	46	1.69
27491855--27492079	45	5.0	45	89	2	324	44	11	20	23	1.84
27491855--27492079	92	2.5	91	89	4	330	44	11	20	23	1.84
27491924--27492080	23	6.8	24	66	22	86	44	10	21	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27492967--27493008	21	2.0	22	86	9	61	64	0	7	28	1.20
27494523--27494567	18	2.5	18	85	0	72	48	6	0	44	1.29
27496077--27496136	25	2.4	24	75	8	57	65	11	11	11	1.49
27496188--27496249	11	5.2	11	74	14	52	72	3	20	3	1.13
27498770--27498816	20	2.3	20	81	0	58	10	21	36	31	1.88
27501950--27501997	19	2.5	20	77	19	57	66	0	0	33	0.92
27502378--27502448	25	2.9	24	78	17	67	46	0	1	52	1.09
27502520--27502573	19	2.8	18	76	15	54	31	1	1	64	1.14
27502525--27502580	20	2.7	22	77	20	59	32	0	1	66	1.03
27504487--27504677	51	3.8	51	84	6	201	25	15	28	30	1.96
27506006--27506036	15	2.1	15	93	0	53	25	16	19	38	1.92
27506033--27506087	20	2.8	20	86	5	76	23	21	16	38	1.93
27507589--27507630	13	3.2	13	90	6	59	69	4	4	21	1.26
27508831--27508898	12	5.7	12	69	19	52	64	0	25	10	1.24
27508854--27508887	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
27508841--27508893	18	2.8	20	68	26	53	64	0	24	11	1.26
27513706--27513792	43	2.0	43	95	0	156	35	27	11	25	1.90
27516162--27516214	21	2.5	20	75	19	54	64	5	1	28	1.27
27517553--27517669	45	2.6	44	82	4	146	24	20	22	32	1.98
27517690--27517800	44	2.5	43	83	15	129	28	24	20	26	1.99
27517588--27517839	130	1.9	130	86	1	353	27	22	21	28	1.99
27517821--27517928	44	2.5	44	86	3	146	29	17	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27517588--27517926	128	2.6	129	81	6	312	27	21	21	29	1.99
27517953--27518471	260	2.0	260	90	0	813	27	25	19	27	1.99
27518519--27518658	45	3.2	45	74	4	158	27	27	17	27	1.98
27518505--27518674	88	1.9	88	92	0	286	26	25	20	28	1.99
27518538--27518673	44	3.1	44	72	4	139	27	25	19	27	1.99
27519911--27519975	18	3.6	17	80	10	76	1	23	0	75	0.89
27519907--27519965	25	2.4	25	85	2	75	1	25	0	72	0.93
27519920--27519976	12	4.7	11	83	16	69	1	19	0	78	0.83
27519920--27519978	24	2.4	25	91	2	93	1	20	0	77	0.85
27519971--27520004	14	2.5	14	85	4	52	14	23	0	61	1.33
27520799--27520864	25	2.6	25	85	9	80	54	6	19	19	1.65
27523560--27524043	241	2.0	241	100	0	968	24	26	14	34	1.94
27526429--27526910	239	2.0	239	100	0	964	59	8	9	23	1.56
27527179--27527232	21	2.6	21	85	5	74	68	3	0	27	1.06
27527179--27527242	21	3.0	20	82	15	67	70	3	0	26	1.02
27527194--27527249	14	4.0	15	74	21	59	75	0	0	25	0.81
27527195--27527250	28	2.0	27	83	10	69	76	0	0	23	0.78
27529227--27529270	23	2.0	22	81	4	52	9	22	2	65	1.32
27529831--27529904	30	2.5	30	97	0	139	13	2	25	58	1.49
27530352--27530422	22	3.3	22	73	11	83	23	19	19	36	1.95
27532436--27532469	13	2.5	14	85	9	52	5	2	44	47	1.42
27533508--27533552	17	2.6	17	89	3	63	11	24	46	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27534060--27534100	16	2.8	15	82	10	50	29	12	17	41	1.85
27534861--27534888	11	2.5	11	100	0	56	89	0	10	0	0.49
27538932--27539080	53	2.8	53	91	2	228	32	8	17	41	1.80
27539446--27539481	16	2.2	16	90	0	54	77	5	5	11	1.10
27556858--27557038	43	4.2	43	73	9	147	29	28	17	23	1.97
27556812--27556989	86	2.1	85	81	5	198	30	28	17	23	1.97
27560102--27560139	6	6.7	6	87	6	53	81	2	0	15	0.80
27560103--27560140	12	3.5	11	89	10	60	78	2	0	18	0.86
27560401--27560449	22	2.2	22	100	0	98	73	4	18	4	1.15
27561367--27561440	7	10.4	7	81	8	51	37	41	0	20	1.52
27561392--27561438	14	3.4	13	80	13	58	31	48	0	19	1.49
27561392--27561438	21	2.2	21	88	0	67	31	48	0	19	1.49
27561723--27561755	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
27562160--27562272	41	2.8	40	88	5	172	27	29	21	22	1.99
27562314--27562404	40	2.3	38	81	7	103	20	19	23	36	1.95
27562819--27562892	19	3.7	20	80	10	80	41	1	5	51	1.33
27567085--27567135	18	2.8	18	75	0	66	13	43	3	39	1.63
27569873--27569959	33	2.7	32	77	12	95	49	16	8	26	1.73
27569951--27569990	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
27569939--27570005	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
27569974--27570013	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
27571360--27571390	15	2.1	15	93	0	53	51	32	6	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27577911--27578354	51	8.7	51	77	5	427	30	14	25	29	1.95
27577910--27578360	102	4.4	102	90	1	622	30	14	25	29	1.95
27581274--27581328	27	2.1	27	82	3	67	20	14	21	43	1.87
27581295--27581595	27	11.2	26	82	4	271	18	18	18	44	1.87
27581310--27581595	81	3.5	82	81	9	327	18	18	18	44	1.88
27593297--27593589	147	2.0	147	98	0	568	24	37	17	20	1.94
27595263--27596131	436	2.0	436	89	1	1339	25	31	17	24	1.97
27606680--27606726	24	2.0	24	82	0	58	38	6	14	40	1.72
27627144--27627246	32	3.3	30	85	8	134	23	21	18	36	1.95
27634195--27634238	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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