genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5846250--5846341	47	2.0	47	84	0	121	46	3	7	42	1.48
5846329--5846378	18	2.6	19	76	17	59	14	4	2	80	0.95
5846667--5846756	7	12.9	7	82	4	92	30	44	1	24	1.61
5846850--5846889	7	6.0	7	82	11	57	30	52	0	17	1.45
5846850--5846888	12	3.1	12	82	13	51	30	51	0	17	1.46
5846835--5846888	26	2.1	26	82	0	63	31	46	0	22	1.52
5846923--5846956	15	2.3	15	90	5	52	38	26	0	35	1.57
5847211--5847756	114	4.8	113	83	3	614	31	24	21	21	1.98
5847670--5847808	73	1.9	73	84	8	185	30	28	23	17	1.97
5854203--5854249	22	2.1	22	84	4	58	27	0	8	63	1.23
5854819--5855279	45	10.2	45	97	0	843	16	6	45	30	1.73
5865018--5865044	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
5866338--5866448	57	1.9	56	82	7	134	24	21	15	38	1.92
5871511--5871618	52	2.1	52	100	0	216	22	12	11	54	1.68
5876160--5876186	12	2.2	12	100	0	54	29	0	14	55	1.40
5881714--5881772	22	2.8	21	75	12	57	42	3	3	50	1.35
5885785--5886993	604	2.0	604	100	0	2418	27	18	23	30	1.98
5891546--5891584	20	2.0	20	89	0	60	46	35	2	15	1.60
5893427--5893451	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
5894584--5894622	18	2.1	19	86	13	55	41	0	2	56	1.13
5894853--5894877	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
5897475--5897507	16	2.0	17	94	5	59	60	6	0	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900660--5900763	53	2.0	53	90	3	165	32	4	8	53	1.52
5907580--5907626	14	3.4	14	82	11	53	70	0	10	19	1.16
5915491--5915521	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
5918085--5918133	19	2.6	19	80	0	53	24	32	24	18	1.97
5920240--5920334	43	2.2	43	88	3	138	20	17	27	34	1.95
5920255--5920368	43	2.7	43	81	8	124	23	20	25	30	1.98
5927902--5928015	43	2.7	43	80	5	122	21	20	28	30	1.98
5930142--5930206	33	2.0	33	84	0	85	46	27	13	12	1.79
5930204--5930243	17	2.4	17	86	0	53	35	27	22	15	1.94
5954906--5954962	28	2.0	28	100	0	114	35	17	14	33	1.90
5956094--5956163	36	1.9	37	94	5	126	25	11	14	48	1.77
5958641--5958821	91	2.0	91	92	4	305	34	10	30	23	1.89
5967254--5967292	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
5967835--5967885	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
5968625--5968676	24	2.2	24	83	13	63	57	1	1	38	1.21
5968635--5968692	29	2.1	27	83	6	71	60	1	1	36	1.17
5976339--5976380	16	2.6	16	84	0	57	40	4	14	40	1.67
5981376--5981410	18	1.9	18	88	11	54	57	22	11	8	1.61
5983135--5983182	25	1.9	25	100	0	96	29	16	12	41	1.85
5987294--5987334	13	3.2	12	89	10	55	51	0	0	48	1.00
5987293--5987334	14	3.1	14	86	6	59	50	0	0	50	1.00
5988646--5988750	54	1.9	55	84	1	140	25	31	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5992621--5992666	23	2.0	23	95	0	83	19	17	17	45	1.85
6000192--6001981	895	2.0	895	100	0	3580	32	14	22	30	1.93
6001570--6003214	822	2.0	822	100	0	3290	35	12	20	31	1.90
6003599--6003681	42	2.0	42	95	0	148	24	10	21	43	1.84
6007795--6007918	62	2.0	62	100	0	248	32	14	4	48	1.65
6007936--6007992	29	2.0	29	89	0	87	31	26	12	29	1.92
6008569--6008622	27	2.0	27	85	7	74	20	16	12	50	1.78
6026312--6026540	120	1.9	118	96	0	413	31	19	23	25	1.98
6028992--6029097	58	1.9	56	82	7	135	53	5	5	34	1.48
6031040--6031103	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
6031318--6031842	41	12.8	41	97	1	973	27	22	21	29	1.99
6035078--6035110	15	2.1	16	88	5	50	24	0	27	48	1.51
6045812--6045848	19	1.9	19	100	0	74	21	10	2	64	1.37
6056395--6056471	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92
6073488--6073517	10	3.0	10	100	0	60	70	10	10	10	1.36
6074049--6074110	19	3.2	18	72	20	54	19	12	14	53	1.73
6074508--6074559	17	3.1	17	82	0	68	48	1	7	42	1.43
6074864--6075075	90	2.4	90	93	1	354	32	9	8	49	1.66
6077887--6077917	5	6.2	5	92	0	53	22	19	16	41	1.89
6079178--6079274	50	1.9	50	89	0	149	28	22	12	36	1.91
6084495--6085056	125	4.5	125	86	2	774	29	17	22	30	1.97
6084498--6085056	249	2.2	250	91	0	886	28	17	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6087689--6087747	25	2.4	25	80	13	68	50	3	6	38	1.45
6087804--6087845	21	2.0	21	85	0	57	61	2	11	23	1.42
6089546--6089755	88	2.4	88	77	1	197	30	21	16	31	1.95
6089652--6089755	44	2.4	44	90	0	163	29	22	22	25	1.99
6089647--6090536	85	10.3	86	68	13	293	28	21	18	30	1.97
6089647--6090146	218	2.3	219	87	4	738	27	22	20	30	1.98
6090070--6090534	44	10.8	44	69	12	255	30	21	17	30	1.96
6089991--6090538	129	4.2	129	91	0	873	29	21	17	31	1.96
6091777--6091823	7	7.0	7	80	9	62	17	17	0	65	1.27
6091777--6091821	13	3.4	14	84	9	58	17	17	0	64	1.29
6091777--6091823	20	2.3	20	92	0	76	17	17	0	65	1.27
6097124--6097164	2	20.5	2	84	0	55	48	0	7	43	1.30
6097215--6097273	25	2.4	25	83	13	77	52	1	6	38	1.38
6097328--6097369	21	2.0	21	85	0	57	61	2	11	23	1.42
6100272--6100331	22	2.8	22	89	2	86	21	1	23	53	1.55
6100255--6100310	29	1.9	29	81	0	67	21	0	26	51	1.48
6100272--6101154	44	19.7	44	67	20	191	23	0	27	48	1.54
6100362--6100494	7	18.3	7	65	23	53	21	0	28	49	1.50
6100365--6100578	22	9.7	22	75	10	161	21	0	27	50	1.48
6100603--6100680	15	5.3	15	73	14	54	21	0	26	51	1.48
6100621--6100671	23	2.3	23	75	3	50	19	0	25	54	1.44
6100654--6100762	43	2.5	43	83	5	141	22	0	30	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6100687--6100758	21	3.4	21	72	22	69	22	0	30	47	1.52
6100766--6100830	22	3.0	21	82	6	85	21	0	24	53	1.46
6100841--6100880	21	1.9	21	94	0	71	27	5	25	42	1.75
6100770--6101125	22	16.8	21	68	13	81	24	0	26	48	1.55
6100985--6101121	22	6.5	22	72	9	88	21	0	29	48	1.51
6100989--6101129	64	2.2	64	82	3	160	23	0	28	48	1.51
6101051--6101131	42	1.9	42	82	5	101	22	0	29	48	1.51
6101002--6101154	22	7.1	22	73	12	86	22	0	28	49	1.51
6101029--6101151	64	1.9	63	82	8	151	23	0	26	49	1.50
6101190--6101258	7	9.9	7	75	0	57	18	0	36	44	1.50
6101159--6101244	35	2.4	36	76	1	93	24	0	30	45	1.54
6101247--6101356	22	5.0	22	73	14	91	23	0	26	50	1.50
6102695--6102734	21	2.0	21	85	14	57	52	5	2	40	1.37
6103765--6103800	11	3.2	11	92	4	54	47	0	33	19	1.50
6103771--6103808	12	3.2	12	88	3	51	42	0	31	26	1.56
6105302--6105363	6	10.3	6	100	0	124	50	17	0	32	1.47
6111341--6111385	23	2.0	23	100	0	90	53	22	15	8	1.69
6113152--6113227	29	2.6	29	85	8	91	27	6	9	56	1.55
6125564--6125647	43	2.0	43	97	0	159	42	17	20	19	1.89
6132013--6132051	16	2.5	15	84	8	51	51	0	0	48	1.00
6132022--6132067	23	2.1	21	88	8	65	54	2	0	43	1.12
6136818--6136885	25	2.6	28	78	15	76	38	19	23	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6137883--6137946	31	2.1	31	83	13	80	26	15	0	57	1.38
6138262--6138334	6	11.8	6	80	11	76	43	35	6	13	1.71
6140034--6140105	20	3.6	20	78	14	67	69	4	4	22	1.23
6140035--6140096	18	3.3	17	77	20	61	70	3	4	20	1.19
6140035--6140113	19	4.1	18	76	19	70	69	3	3	22	1.21
6140307--6140357	20	2.7	18	80	11	57	31	1	0	66	1.03
6140397--6140452	18	2.9	19	79	10	60	64	1	1	32	1.14
6146703--6146756	23	2.3	25	75	18	62	42	7	11	38	1.68
6155259--6155299	22	1.9	22	90	5	66	48	7	0	43	1.30
6156611--6156673	26	2.5	26	82	12	78	61	4	4	28	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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