genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  50  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14923468--14923521	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
14923468--14923546	19	3.9	21	85	8	85	37	7	16	37	1.77
14923513--14923558	22	2.0	23	83	4	58	41	4	13	41	1.63
14923731--14923775	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
14925471--14925527	30	1.9	30	88	0	87	29	15	21	33	1.94
14927557--14927595	13	2.9	13	88	3	51	48	10	0	41	1.37
14929726--14929785	23	2.7	23	84	2	77	30	8	26	35	1.86
14929736--14929813	23	3.5	23	77	5	79	34	14	23	28	1.93
14929748--14929961	21	9.7	21	73	9	131	30	15	23	29	1.96
14929847--14929961	23	5.2	23	76	8	121	32	16	23	27	1.96
14929849--14929961	44	2.6	44	95	0	199	31	15	23	28	1.96
14929973--14930093	63	1.9	62	91	5	199	28	12	24	33	1.92
14931040--14931065	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14942599--14942630	4	8.2	4	93	6	57	50	0	0	50	1.00
14947093--14947132	6	6.7	6	100	0	80	15	0	35	50	1.44
14947679--14947714	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
14947930--14947971	15	2.7	16	82	14	52	47	2	0	50	1.14
14951127--14951157	16	1.9	16	93	0	53	25	6	12	54	1.62
14951083--14951272	81	2.3	81	99	0	371	36	10	7	45	1.68
14952070--14952398	52	6.0	52	68	22	237	43	20	9	25	1.82
14952078--14952358	107	2.5	110	91	5	451	43	20	9	26	1.83
14952370--14952399	14	2.1	14	93	0	51	53	23	6	16	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14952569--14952623	22	2.5	22	88	5	76	41	23	12	21	1.88
14956808--14956876	30	2.2	32	87	7	99	31	1	5	60	1.29
14968572--14968617	3	15.7	3	78	13	51	32	0	2	65	1.05
14968573--14968615	11	4.1	10	83	16	52	30	0	2	67	1.03
14968572--14968617	14	3.4	14	83	16	53	32	0	2	65	1.05
14968916--14968957	20	2.1	20	91	8	68	26	0	2	71	0.98
14968933--14968989	23	2.5	23	85	5	71	17	0	3	78	0.88
14968931--14968994	14	4.1	15	74	11	58	20	0	4	75	0.99
14968928--14968989	29	2.1	29	84	0	79	17	0	3	79	0.87
14976998--14977088	47	1.9	47	95	0	164	32	8	27	30	1.87
14977148--14978108	47	19.8	47	88	7	1019	31	9	29	29	1.89
14977471--14977509	19	2.1	19	100	0	78	25	20	33	20	1.97
14977426--14977556	66	2.0	66	96	0	244	30	12	30	26	1.92
14977377--14977603	113	2.0	114	92	1	384	31	10	29	28	1.90
14977328--14977650	160	2.0	162	90	2	506	31	10	29	28	1.90
14978227--14978305	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
14981137--14981182	20	2.4	19	82	13	58	23	0	2	73	0.94
14992663--14992761	11	9.2	11	68	16	55	23	3	7	66	1.30
14998157--14998182	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
14998364--14998610	41	5.8	41	83	9	305	21	21	28	28	1.98
14998386--14998563	91	1.9	92	94	1	313	20	23	30	26	1.98
15000470--15000537	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15000753--15000807	15	3.4	16	80	16	53	49	1	1	47	1.23
15002557--15002593	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
15003653--15003682	15	2.0	15	93	0	51	50	20	23	6	1.71
15008628--15008666	20	1.9	21	89	5	62	51	2	15	30	1.57
15010872--15011027	25	6.4	24	81	9	174	33	17	24	24	1.97
15010856--15011027	49	3.5	49	83	8	174	32	18	24	25	1.97
15010872--15011027	73	2.1	74	85	3	208	33	17	24	24	1.97
15024900--15024939	21	2.0	22	85	14	59	65	0	30	5	1.14
15024930--15024966	19	1.9	19	88	0	56	81	2	5	10	0.96
15026134--15026179	19	2.6	18	83	10	58	50	4	0	45	1.21
15049351--15049375	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15050676--15050776	50	2.0	50	90	3	159	42	20	8	27	1.82
15061844--15062074	89	2.6	90	83	1	284	25	19	16	37	1.93
15061844--15062101	134	1.9	134	84	1	338	25	20	17	37	1.93
15061844--15062106	45	5.9	45	84	0	294	25	20	17	37	1.93
15061948--15062138	90	2.1	89	82	0	220	25	21	14	38	1.91
15066769--15066938	40	4.3	40	90	0	216	25	28	21	24	1.99
15066769--15066991	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
15066923--15067000	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
15088691--15088763	38	1.9	38	94	0	128	23	38	8	30	1.84
15097919--15097970	20	2.6	20	87	0	68	38	15	5	40	1.71
15108285--15108391	19	5.6	19	73	0	88	21	18	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15108286--15108380	38	2.5	38	82	0	100	21	16	27	34	1.95
15116503--15116536	6	5.7	6	96	0	50	17	23	0	58	1.38
15119665--15119755	24	3.8	25	74	8	82	36	23	24	16	1.94
15125863--15125933	30	2.3	30	82	4	79	32	7	15	45	1.73
15125929--15126113	48	3.9	48	86	2	241	28	16	24	30	1.97
15126037--15126164	42	2.9	42	83	6	139	28	13	26	31	1.94
15126087--15126197	43	2.6	42	77	14	102	27	15	25	31	1.95
15139939--15140025	37	2.4	37	88	1	131	17	16	26	40	1.90
15150640--15150698	30	2.0	30	96	0	109	18	20	15	45	1.85
15151437--15151481	18	2.6	18	85	3	56	42	0	2	55	1.12
15151385--15151612	120	1.9	119	94	1	404	42	0	4	52	1.29
15151405--15151603	56	3.4	57	71	19	178	42	1	4	51	1.28
15152632--15152690	30	2.0	30	96	0	109	18	20	15	45	1.85
15153429--15153473	18	2.6	18	85	3	56	42	0	2	55	1.12
15153377--15153593	119	1.8	119	94	2	391	41	0	5	52	1.29
15153491--15153783	94	3.1	93	83	11	411	42	1	4	51	1.32
15153565--15153668	38	2.9	37	68	24	96	41	1	3	52	1.30
15153450--15153763	94	3.3	97	80	12	380	42	1	4	51	1.31
15153940--15154032	44	2.1	44	84	9	118	35	26	4	33	1.76
15172462--15172505	20	2.2	20	84	8	54	22	25	2	50	1.61
15173196--15173520	20	16.3	20	66	4	145	35	18	30	15	1.92
15173378--15173554	20	8.9	20	70	7	90	37	16	30	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15173221--15173583	40	9.1	40	84	3	437	36	17	30	15	1.92
15178002--15178145	52	2.8	52	93	0	234	34	9	9	47	1.67
15180100--15180148	25	2.0	25	87	0	71	14	6	46	32	1.69
15188440--15188555	54	2.1	55	81	10	132	21	33	22	22	1.97
15195685--15195736	26	2.0	26	96	0	95	32	11	17	38	1.85
15201847--15201885	21	2.0	21	85	10	55	25	17	20	35	1.95
15202384--15202471	40	2.1	40	83	10	104	35	26	6	31	1.83
15226066--15226112	6	7.8	6	95	0	67	17	25	0	57	1.40
15226141--15226196	27	2.1	27	96	0	103	35	14	12	37	1.84
15226148--15226204	27	2.1	27	87	3	80	35	17	12	35	1.87
15230002--15230226	109	2.1	109	97	0	423	32	18	20	28	1.96
15234959--15235207	51	4.9	51	82	8	321	32	26	14	26	1.95
15234959--15235203	101	2.4	101	98	0	472	32	26	14	26	1.95
15235320--15235344	10	2.5	10	100	0	50	8	20	0	72	1.10
15236038--15236064	9	3.0	9	100	0	54	22	33	0	44	1.53
15238712--15238758	22	2.1	23	84	11	62	38	12	4	44	1.62
15239039--15239085	25	2.0	23	87	8	67	40	2	0	57	1.11
15239134--15239192	29	2.0	29	100	0	118	27	3	10	59	1.46
15251151--15251276	38	3.2	38	69	20	114	37	9	5	47	1.60
15251139--15251299	80	2.0	80	96	0	295	37	9	7	45	1.66
15253587--15253642	28	2.0	28	89	0	85	39	10	5	44	1.62
15254005--15254040	18	2.0	18	88	0	54	41	5	30	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15254885--15254912	9	3.1	9	100	0	56	10	21	0	67	1.20
15256459--15256487	9	3.2	9	100	0	58	44	0	0	55	0.99
15256434--15256500	33	2.0	35	85	11	95	46	0	1	52	1.09
15258884--15258970	30	2.8	32	81	8	108	42	13	4	39	1.65
15258839--15258970	61	2.1	62	81	1	149	37	12	6	43	1.68
15261759--15261874	58	2.0	59	93	3	200	24	12	9	54	1.66
15265037--15265080	21	2.1	21	82	0	52	45	2	2	50	1.27
15268953--15269000	25	1.9	25	83	8	62	37	2	0	60	1.09
15269006--15269044	19	2.1	19	95	0	69	71	0	0	28	0.86
15272512--15272589	41	1.9	41	91	0	129	46	6	15	32	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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