genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17176841--17176884	2	22.0	2	90	0	61	45	47	4	2	1.35
17177268--17177298	16	1.9	16	93	0	53	32	29	0	38	1.57
17186930--17186985	23	2.6	21	75	8	58	33	0	1	64	1.04
17187001--17187050	20	2.4	21	80	3	57	36	2	2	60	1.20
17216858--17216938	37	2.2	37	82	4	92	41	6	16	35	1.73
17216929--17216967	7	5.9	7	91	8	64	58	0	25	15	1.37
17224076--17224131	23	2.5	23	80	8	62	35	23	23	17	1.95
17224121--17224165	22	2.0	22	95	0	81	37	22	22	17	1.94
17250177--17250203	7	3.9	7	100	0	54	29	0	29	40	1.57
17251410--17251479	20	3.7	19	84	9	90	60	8	0	31	1.27
17251411--17251494	39	2.2	38	83	12	100	54	7	0	38	1.28
17259925--17259980	5	10.3	6	78	18	52	62	0	37	0	0.95
17262544--17262607	25	2.6	25	97	0	119	45	14	17	23	1.84
17262544--17262615	25	2.9	25	93	0	117	47	15	16	20	1.83
17268211--17268271	31	2.0	31	86	0	86	42	18	13	26	1.86
17291091--17291127	3	12.3	3	94	0	65	64	2	0	32	1.07
17292018--17292047	12	2.5	12	100	0	60	20	23	33	23	1.97
17298628--17298722	25	3.8	24	81	4	91	34	22	20	23	1.96
17304805--17304862	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
17304841--17304913	19	3.8	19	92	0	128	35	16	10	36	1.84
17305425--17305666	45	5.5	44	74	11	169	26	21	21	31	1.98
17305604--17305714	44	2.5	43	81	4	141	31	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17305824--17305932	44	2.5	44	78	3	112	30	18	19	32	1.95
17306125--17306228	50	2.1	50	85	3	138	23	25	24	26	2.00
17306125--17306242	50	2.4	51	81	8	127	25	24	24	25	2.00
17306296--17306417	44	2.8	43	88	5	165	27	23	19	29	1.98
17306428--17306994	88	6.4	88	90	0	893	20	24	27	27	1.99
17306450--17306593	44	3.3	44	64	7	112	22	24	28	25	1.99
17306721--17306945	44	5.1	44	59	6	105	22	25	25	26	2.00
17309183--17309249	26	2.6	25	83	7	80	59	4	13	22	1.52
17310237--17310401	47	3.5	46	80	4	152	43	15	11	30	1.82
17310327--17310399	22	3.1	23	76	18	87	47	13	9	28	1.74
17310318--17310384	22	2.8	24	74	19	68	47	14	8	28	1.75
17311337--17311435	28	3.6	27	81	11	112	28	28	12	31	1.92
17318327--17318356	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
17318324--17318355	13	2.4	13	94	5	55	68	0	0	31	0.90
17318828--17318881	19	2.8	19	85	0	81	37	16	9	37	1.81
17318983--17319020	19	2.0	19	85	10	51	21	0	13	65	1.26
17320168--17320208	19	2.2	19	86	8	57	4	12	14	68	1.36
17322882--17322918	13	2.7	14	88	12	51	24	0	0	75	0.80
17322889--17322917	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
17322887--17322919	12	2.8	12	82	17	50	24	0	0	75	0.80
17323844--17323953	58	1.9	58	83	3	141	24	13	11	50	1.75
17333148--17333188	18	2.3	18	86	0	64	17	36	4	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17335412--17335468	27	2.2	26	84	12	73	56	24	0	19	1.42
17336723--17336762	19	2.1	20	90	9	66	30	0	0	70	0.88
17336723--17336767	19	2.3	19	85	14	65	28	0	0	71	0.87
17336723--17336781	19	3.1	18	79	15	64	32	0	0	67	0.91
17336727--17336781	20	2.8	18	82	17	58	30	0	0	69	0.89
17347188--17347213	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
17347162--17347213	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
17347479--17347538	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
17347752--17347788	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17347832--17347874	9	4.7	9	82	2	50	34	18	13	32	1.90
17347832--17347874	18	2.3	18	92	4	68	34	18	13	32	1.90
17349766--17349851	37	2.3	37	86	6	111	37	13	27	20	1.91
17352714--17353592	37	23.9	36	78	10	716	37	14	21	26	1.92
17352714--17353592	73	11.9	71	77	10	745	37	14	21	26	1.92
17352851--17353592	35	20.3	37	79	9	631	37	14	22	26	1.92
17353782--17353932	75	2.0	75	85	0	203	41	20	12	25	1.88
17354893--17354918	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
17357481--17357521	18	2.2	19	95	4	75	56	12	21	9	1.65
17358090--17358157	8	8.5	8	71	12	59	57	1	2	38	1.23
17358093--17358158	18	3.4	18	77	8	51	57	1	3	37	1.23
17358163--17358210	21	2.2	22	85	7	62	58	2	4	35	1.29
17358145--17358210	23	3.0	23	80	8	66	56	1	3	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17363201--17363359	86	1.8	87	83	4	214	34	18	16	29	1.94
17363355--17363770	140	3.0	140	88	3	617	31	24	17	26	1.97
17364213--17364255	22	2.0	22	90	0	68	44	9	4	41	1.57
17364450--17364552	51	2.0	51	94	0	179	26	6	11	55	1.60
17364607--17364645	18	2.2	18	86	9	53	56	5	5	33	1.43
17370407--17370475	26	2.7	26	80	8	79	14	18	24	42	1.88
17372619--17372782	61	2.7	60	80	6	181	39	6	16	37	1.75
17379990--17380030	21	2.0	20	85	4	55	68	0	0	31	0.90
17382909--17383020	20	5.6	20	76	9	93	15	30	18	35	1.92
17382909--17383041	40	3.3	39	78	8	133	14	30	18	37	1.90
17382911--17383040	20	6.4	21	76	6	88	14	30	17	37	1.90
17386736--17386771	4	9.0	4	93	0	63	50	22	0	27	1.50
17387767--17387887	51	2.4	51	87	8	174	39	4	6	49	1.48
17388701--17388740	20	2.1	19	86	9	55	25	0	2	72	0.97
17394966--17395034	31	2.3	31	97	2	131	39	14	2	43	1.60
17397864--17397962	49	2.0	49	100	0	198	37	20	24	18	1.94
17405082--17405144	5	12.6	5	71	18	51	77	3	15	3	1.02
17405083--17405144	25	2.5	24	75	15	63	77	3	16	3	1.03
17405547--17405923	133	2.8	134	81	7	462	33	13	21	30	1.92
17408819--17409849	522	2.0	510	91	3	1681	21	11	18	47	1.80
17410240--17410320	39	2.1	39	95	0	144	39	9	8	41	1.69
17410560--17410609	17	3.2	17	78	21	72	36	6	6	52	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17410578--17410605	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
17410601--17410639	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
17410571--17410720	62	2.4	61	83	2	210	35	5	8	50	1.56
17410710--17410774	34	1.9	34	83	0	85	46	20	1	32	1.60
17410723--17410774	16	3.1	16	81	10	59	48	19	0	32	1.49
17410761--17410817	21	2.7	21	81	5	71	42	15	3	38	1.65
17410785--17410842	12	5.2	12	76	16	54	53	12	0	34	1.38
17410880--17410904	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
17410753--17410926	95	1.9	92	92	3	294	45	13	3	37	1.60
17411038--17411666	9	72.2	9	73	14	398	48	16	2	33	1.57
17411519--17411673	25	6.3	25	77	14	126	44	20	1	33	1.60
17411637--17411673	7	5.0	7	87	12	56	54	16	0	29	1.43
17417481--17417531	21	2.4	21	86	0	66	35	17	43	3	1.68
17417928--17418088	42	3.9	42	89	2	227	37	19	21	22	1.95
17417930--17418087	83	1.9	81	87	7	228	36	19	20	22	1.95
17423649--17423850	42	4.8	42	87	3	309	24	21	22	31	1.98
17423607--17423803	84	2.4	83	84	4	245	27	21	22	27	1.99
17423650--17423850	83	2.4	84	89	5	316	24	20	22	31	1.98
17424152--17424201	21	2.4	21	86	6	66	2	42	18	38	1.61
17429695--17430051	16	22.5	16	73	20	220	31	0	16	51	1.47
17429706--17429813	9	12.3	9	74	20	95	34	0	17	48	1.48
17429695--17430089	23	17.1	24	72	20	180	32	0	16	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17429729--17430089	44	8.4	44	75	18	316	31	0	16	51	1.48
17429695--17430042	7	45.1	7	71	23	156	32	0	16	51	1.47
17429706--17430006	92	3.2	96	75	19	280	31	0	16	50	1.48
17429837--17430072	21	11.4	21	71	20	101	32	0	16	51	1.48
17430626--17430716	18	4.9	18	80	18	107	42	1	12	43	1.49
17430628--17430702	39	1.9	40	89	10	120	44	1	12	42	1.50
17436951--17437193	41	5.9	41	90	1	369	22	19	22	35	1.96
17436951--17437199	125	2.0	125	91	1	401	22	19	21	35	1.96
17437539--17437588	21	2.4	21	90	6	75	2	44	18	36	1.61
17443054--17443220	25	6.7	25	79	5	160	33	2	18	45	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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