genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27149307--27149583	50	5.5	50	66	8	184	26	23	20	29	1.99
27149305--27150573	99	12.8	99	89	1	1542	23	21	23	31	1.98
27149574--27150607	50	20.9	49	67	9	218	22	21	23	32	1.98
27150603--27151185	88	6.6	88	92	1	888	24	22	24	28	1.99
27150615--27151185	263	2.2	264	89	3	884	24	22	24	27	2.00
27152262--27152381	42	2.8	42	85	1	150	26	28	15	29	1.96
27152457--27152493	15	2.6	14	91	4	56	13	13	0	72	1.11
27154099--27154135	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
27155974--27156025	27	1.9	27	96	0	95	57	3	17	21	1.55
27158638--27158685	23	2.0	24	88	4	71	62	8	10	18	1.52
27158815--27158844	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
27163202--27163280	21	3.7	22	80	12	78	36	8	16	37	1.80
27163202--27163257	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
27163203--27163280	19	3.6	24	80	16	75	37	8	15	38	1.79
27163816--27163905	40	2.2	39	77	13	92	34	8	0	56	1.30
27163967--27164010	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
27166690--27166768	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27166887--27167297	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
27168436--27168477	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
27181059--27181098	17	2.3	18	86	4	55	82	5	12	0	0.82
27181067--27181099	11	3.0	11	91	8	50	81	0	18	0	0.68
27182186--27182321	44	3.1	44	70	4	112	25	20	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182161--27182321	88	1.8	88	87	0	241	27	18	27	27	1.98
27182498--27182865	50	7.4	49	69	3	223	31	20	23	24	1.98
27182506--27183312	100	8.1	101	86	3	963	31	19	22	26	1.98
27182952--27183312	50	7.2	50	70	1	231	31	19	22	27	1.98
27183321--27184086	44	17.5	44	69	10	183	27	18	24	29	1.98
27183321--27184103	218	3.6	218	87	0	1093	27	18	24	29	1.98
27184584--27184642	21	2.6	24	84	10	72	37	8	15	38	1.78
27185151--27185226	36	2.1	36	83	11	93	38	7	1	52	1.39
27185330--27185373	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
27186264--27186377	61	1.9	60	90	1	183	36	12	10	40	1.77
27190292--27190360	30	2.3	30	97	0	129	42	4	21	31	1.73
27190400--27190461	26	2.4	26	94	0	106	41	8	0	50	1.32
27190880--27190927	18	2.6	18	76	3	51	37	10	0	52	1.36
27190965--27191023	19	3.2	19	80	4	84	49	0	11	38	1.40
27191572--27191635	27	2.4	27	91	0	110	51	0	6	42	1.27
27192223--27192261	17	2.2	18	86	4	53	23	0	5	71	1.05
27192229--27192264	17	2.1	17	94	0	63	27	0	0	72	0.85
27198494--27198558	34	1.9	34	96	0	121	26	30	3	40	1.71
27199276--27199333	18	3.2	17	80	4	62	10	36	6	46	1.65
27202169--27202268	31	3.2	31	71	5	101	48	11	16	25	1.78
27202199--27202302	33	3.2	33	65	13	90	44	10	18	26	1.82
27209220--27209253	15	2.3	15	89	0	50	58	17	0	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27209226--27209281	24	2.3	24	90	0	85	62	16	0	21	1.32
27226881--27226921	20	2.0	20	95	0	73	21	7	12	58	1.58
27227414--27227558	72	2.0	72	97	0	272	35	13	18	32	1.90
27240376--27240409	15	2.3	15	94	0	59	32	11	0	55	1.36
27241162--27241327	82	2.0	82	83	4	208	34	4	18	42	1.69
27243133--27243181	25	2.0	24	84	4	62	53	0	0	46	1.00
27247564--27247601	19	2.0	19	85	10	51	15	15	44	23	1.85
27247824--27247877	26	2.1	26	92	0	90	24	20	25	29	1.99
27249549--27249862	27	11.7	27	87	2	420	32	19	22	24	1.97
27249884--27249965	24	3.5	24	81	5	87	21	7	23	47	1.75
27250039--27250099	27	2.3	26	83	11	70	19	24	22	32	1.97
27250081--27250141	26	2.3	26	88	0	86	19	16	22	40	1.90
27250140--27250377	32	7.4	32	76	11	155	18	20	22	38	1.93
27250140--27250378	64	3.7	63	81	7	241	17	20	23	38	1.93
27253833--27253966	49	2.7	49	81	1	178	23	14	26	34	1.94
27258096--27258158	27	2.3	27	83	5	74	41	20	19	19	1.91
27261834--27262124	50	5.8	49	82	6	228	23	29	20	26	1.99
27261834--27262129	49	5.8	50	82	4	283	22	29	20	27	1.99
27261883--27262129	99	2.4	102	84	5	302	22	30	20	26	1.98
27263117--27263174	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
27263359--27263403	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
27265119--27265450	44	7.6	44	72	11	175	28	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27265337--27265460	45	2.8	44	76	11	117	29	24	21	25	1.99
27266013--27266104	19	4.8	19	91	0	157	36	9	16	36	1.82
27266013--27266127	38	2.9	38	90	5	176	36	8	16	38	1.80
27266013--27266127	19	5.7	22	83	8	92	36	8	16	38	1.80
27266312--27266356	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
27266569--27266595	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27266866--27266899	14	2.3	14	90	10	50	38	0	5	55	1.24
27271046--27271071	8	3.2	8	100	0	52	26	0	26	46	1.53
27277167--27277350	50	3.7	50	81	6	187	23	26	21	28	1.99
27285269--27285406	27	5.1	27	88	0	186	34	16	24	24	1.96
27288742--27289006	44	6.0	44	82	4	327	37	18	20	23	1.94
27288742--27289004	89	3.0	88	86	2	348	37	19	20	23	1.94
27290995--27291019	11	2.3	11	100	0	50	60	28	0	12	1.32
27292309--27292375	20	3.4	19	76	15	64	46	11	29	11	1.77
27292635--27292672	16	2.4	16	82	13	51	60	15	0	23	1.35
27292803--27292840	18	2.1	19	85	14	53	39	10	5	44	1.61
27294970--27295016	24	1.9	25	87	12	71	40	0	31	27	1.57
27294996--27295235	120	2.0	120	99	0	471	31	2	38	27	1.68
27296177--27296785	27	22.6	27	84	0	615	42	21	17	18	1.89
27313491--27313529	13	2.9	13	88	3	60	74	0	0	25	0.82
27314571--27314685	22	5.3	21	71	14	74	37	7	2	52	1.45
27314653--27314704	13	4.1	12	78	11	50	36	0	1	61	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27317320--27317353	17	2.1	15	89	10	50	41	0	0	58	0.98
27317823--27318377	185	3.0	185	95	0	957	32	12	11	43	1.79
27319946--27319990	18	2.4	19	85	3	56	40	4	8	46	1.55
27319993--27320052	18	3.4	18	82	11	79	23	0	5	71	1.05
27325946--27326097	72	2.1	73	85	3	209	15	15	24	44	1.86
27325946--27326128	24	7.6	24	77	4	154	16	14	24	45	1.84
27329115--27329165	25	2.1	24	82	10	59	45	11	7	35	1.70
27329579--27329811	88	2.6	88	87	2	315	35	18	10	35	1.85
27329905--27329979	29	2.6	28	75	12	71	61	0	2	36	1.10
27329917--27329957	21	1.9	22	85	5	57	63	0	0	36	0.95
27329966--27329991	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
27330128--27330159	11	2.8	11	95	4	55	28	9	0	62	1.26
27330299--27330346	23	2.1	22	85	11	62	25	6	2	66	1.26
27330299--27330365	22	3.0	21	80	10	64	28	5	2	62	1.33
27330535--27330772	94	2.6	87	80	10	248	36	11	15	36	1.84
27341504--27341600	25	3.9	25	68	10	72	20	24	15	39	1.91
27341506--27341619	50	2.3	50	84	0	147	22	26	14	36	1.92
27341780--27341805	9	2.9	9	100	0	52	53	11	11	23	1.69
27352451--27352500	26	1.9	26	83	0	64	56	4	0	40	1.18
27354374--27354436	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
27357101--27357411	169	1.8	169	95	1	561	22	18	4	54	1.62
27358457--27358507	21	2.4	21	73	3	57	21	19	17	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27359086--27359150	18	3.4	18	74	12	67	35	23	20	21	1.96
27359095--27359170	21	3.8	21	72	10	77	31	18	23	26	1.97
27359078--27359170	39	2.4	39	96	0	168	31	19	21	27	1.97
27361187--27361316	41	3.2	40	90	5	206	29	20	26	23	1.99
27372967--27373007	18	2.3	18	87	4	57	36	2	0	60	1.10
27375810--27375859	18	2.7	19	81	12	59	22	20	44	14	1.86
27375846--27375949	49	2.1	49	85	0	136	26	19	32	21	1.97
27377339--27377390	27	1.9	27	88	0	77	34	19	25	21	1.96
27377575--27377718	52	2.8	52	87	4	209	27	17	15	39	1.90
27377572--27377718	26	5.7	25	81	12	163	26	17	17	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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