genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6989527--6989590	17	3.6	17	74	15	67	28	12	12	46	1.78
6989519--6989587	36	1.9	36	96	0	129	27	13	13	46	1.79
6989519--6989570	19	2.9	18	72	16	54	26	13	13	46	1.80
6989737--6989818	41	2.0	41	95	0	146	19	20	13	46	1.83
7006768--7006792	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
7007580--7007655	38	2.0	38	94	0	134	32	22	32	11	1.90
7007587--7007669	38	2.2	38	86	4	114	34	18	37	9	1.83
7009667--7009706	16	2.3	18	87	8	57	67	2	2	27	1.16
7012054--7012254	106	1.9	106	98	0	393	30	18	19	30	1.96
7014809--7014932	1	124.0	1	100	0	248	0	0	0	100	0.00
7039081--7039214	9	14.7	9	65	25	50	52	16	5	25	1.66
7039093--7039129	17	2.2	17	100	0	74	54	16	5	24	1.63
7039110--7039224	51	2.3	51	90	0	176	52	17	6	23	1.69
7038982--7039219	13	18.8	13	67	24	100	52	15	5	26	1.63
7039991--7040071	39	2.1	39	97	0	153	23	17	39	19	1.92
7040807--7040846	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
7040830--7040869	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
7043542--7043596	24	2.3	24	96	0	101	36	7	10	45	1.67
7051965--7052041	40	1.9	40	97	0	145	19	36	7	36	1.81
7055190--7055234	19	2.3	20	88	11	67	60	20	4	15	1.52
7063674--7063717	21	2.1	21	91	0	70	18	43	13	25	1.86
7067486--7067510	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7068940--7068981	21	2.0	20	82	13	50	33	0	19	47	1.49
7071507--7071582	8	9.2	8	73	18	59	71	0	25	3	1.03
7071504--7071582	27	3.0	27	88	5	108	70	0	25	3	1.03
7083929--7083979	21	2.5	20	78	15	61	62	5	3	27	1.36
7084502--7084526	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
7087736--7087797	30	2.1	30	96	0	115	27	16	20	35	1.94
7090064--7090107	21	2.1	21	100	0	88	29	9	18	43	1.80
7096340--7096379	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
7100964--7100996	17	1.9	17	93	0	57	33	0	42	24	1.55
7104315--7104367	21	2.5	21	87	0	70	39	20	39	0	1.53
7104753--7104900	43	3.5	43	83	1	172	33	14	20	32	1.92
7104797--7104900	42	2.4	43	88	1	156	34	13	19	32	1.90
7105501--7105548	25	2.0	24	87	4	69	41	0	6	52	1.27
7107406--7107462	26	2.2	26	81	9	62	54	5	0	40	1.23
7112465--7112545	20	4.1	19	82	7	92	37	0	6	56	1.24
7112466--7112545	39	2.1	39	86	9	110	37	0	6	56	1.25
7112835--7112878	22	2.0	22	100	0	88	31	4	18	45	1.69
7112840--7112886	22	2.2	22	84	3	60	31	12	12	42	1.81
7112990--7113051	31	2.0	31	100	0	124	38	16	6	38	1.74
7117478--7117524	21	2.2	22	88	3	69	12	10	8	68	1.40
7119245--7119847	314	1.9	314	85	3	820	28	16	15	40	1.88
7127575--7127639	26	2.5	26	87	2	87	38	18	18	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7131794--7131848	11	5.5	10	79	12	60	36	9	20	34	1.84
7132159--7132242	31	2.7	31	79	1	98	29	20	27	22	1.98
7139099--7139173	11	7.5	10	74	14	66	37	9	17	36	1.82
7139117--7139173	20	2.8	20	94	0	96	38	8	17	35	1.81
7139221--7139290	25	2.8	25	97	0	131	24	25	24	25	2.00
7139221--7139326	25	4.2	24	83	10	115	29	21	23	25	1.99
7139510--7139593	31	2.7	31	87	1	116	34	19	25	21	1.96
7142013--7142169	25	6.3	26	81	6	123	32	19	26	21	1.97
7142038--7142169	50	2.6	50	80	4	167	33	18	25	21	1.97
7142243--7142353	25	4.4	25	82	6	93	30	19	27	21	1.98
7142231--7142353	50	2.5	50	78	6	144	30	20	27	21	1.98
7142063--7142417	192	1.8	192	96	1	658	31	21	25	21	1.98
7147653--7147700	20	2.4	19	80	10	51	47	10	8	33	1.68
7151576--7151621	23	2.0	23	100	0	92	30	8	34	26	1.86
7155547--7155591	23	2.0	23	90	0	72	22	26	17	33	1.96
7155546--7155612	23	3.0	24	80	10	70	23	23	17	34	1.96
7156511--7156545	17	2.1	17	88	0	52	28	11	17	42	1.83
7158610--7158657	18	2.7	18	83	3	62	18	43	22	14	1.87
7159373--7159419	6	7.7	6	90	9	69	80	0	4	14	0.85
7162198--7162224	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
7162639--7162692	27	2.0	27	82	7	65	31	20	16	31	1.95
7162752--7162803	27	2.0	26	92	3	86	26	23	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7162755--7162814	27	2.3	27	83	8	63	25	23	18	33	1.97
7169265--7169306	19	2.2	19	95	0	75	16	23	40	19	1.91
7171988--7172021	6	5.7	6	86	13	52	82	0	2	14	0.79
7175782--7175822	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
7177194--7177230	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
7177280--7177313	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
7177706--7177766	24	2.5	24	84	10	70	57	4	1	36	1.30
7179000--7179055	27	2.1	27	100	0	112	67	25	7	0	1.15
7182114--7182147	18	1.9	17	88	5	50	14	29	41	14	1.86
7191780--7191812	17	2.0	17	88	5	50	27	6	3	63	1.32
7194213--7194280	18	4.1	17	71	19	63	14	38	29	17	1.90
7194198--7194268	31	2.3	31	87	0	106	16	38	26	18	1.92
7194247--7194282	17	2.1	18	94	5	65	11	44	30	13	1.79
7194351--7194384	17	2.0	17	94	0	59	23	47	14	14	1.82
7204907--7204931	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
7204999--7205048	5	10.0	5	100	0	100	40	0	0	60	0.97
7206287--7206419	21	6.3	21	68	3	88	18	20	16	45	1.86
7206287--7206419	42	3.2	42	75	0	140	18	20	16	45	1.86
7206403--7206451	21	2.5	20	80	9	64	12	14	24	48	1.77
7212301--7212338	18	2.1	18	85	9	51	34	0	18	47	1.49
7212846--7212910	20	3.2	20	76	8	69	18	30	18	32	1.95
7218730--7218768	20	2.0	20	94	0	69	10	28	38	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7220906--7220980	18	4.2	18	73	0	69	38	14	13	33	1.85
7221113--7221231	51	2.3	53	83	4	152	40	20	21	17	1.92
7222739--7222768	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
7222735--7222797	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
7229188--7229242	6	8.7	6	79	18	51	20	1	1	76	0.97
7230018--7230273	96	2.7	96	98	0	494	24	15	30	30	1.95
7230897--7231114	104	2.1	104	93	0	373	29	25	27	16	1.97
7233064--7233094	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7234257--7234289	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
7235860--7235948	18	4.9	18	71	14	67	65	2	4	28	1.24
7235994--7236023	13	2.3	13	94	0	51	80	0	3	16	0.85
7244178--7244207	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
7248658--7249077	105	4.0	105	99	0	822	37	10	13	39	1.79
7260423--7260462	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7260431--7260497	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
7260446--7260485	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
7261840--7261909	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
7263781--7263972	57	3.4	57	100	0	384	34	3	4	57	1.36
7264729--7264756	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
7268701--7268766	28	2.3	28	84	5	78	63	0	0	36	0.95
7268704--7268756	21	2.6	19	82	11	70	66	0	0	33	0.92
7268713--7268766	19	2.8	20	83	11	67	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7268704--7268766	11	6.2	11	76	14	55	66	0	0	33	0.92
7269098--7269166	19	3.8	18	80	7	77	68	1	1	28	1.07
7269288--7269337	21	2.4	21	86	6	66	56	8	2	34	1.40
7269959--7270314	86	4.1	86	90	0	516	26	31	17	23	1.97
7269959--7270319	43	8.4	43	78	4	343	26	31	17	24	1.97
7270613--7270708	21	4.6	21	82	0	102	4	39	16	39	1.68
7270696--7270861	66	2.5	66	83	3	192	13	28	18	40	1.88
7281163--7281400	41	5.8	41	86	1	316	32	26	21	19	1.97
7281163--7281396	123	1.9	122	89	2	362	32	26	20	19	1.97
7281456--7281549	40	2.3	39	83	7	116	22	24	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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