genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  199  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58982453--58982492	14	2.7	15	88	7	64	0	22	0	77	0.77
58982453--58982499	17	2.7	19	84	12	57	0	23	0	76	0.78
58982455--58982501	6	7.5	6	79	15	51	0	23	0	76	0.78
58990731--58990999	46	5.8	46	75	14	266	30	28	19	22	1.98
58990785--58990949	47	3.5	47	77	14	214	30	27	18	23	1.97
58990739--58990995	93	2.8	93	97	0	478	29	28	19	22	1.98
58996616--58996883	27	10.0	27	85	0	322	39	18	14	27	1.89
59000148--59000319	93	1.8	93	90	2	274	27	30	19	22	1.98
59000140--59000314	46	3.8	45	78	10	174	28	29	19	22	1.98
59032484--59032577	40	2.4	40	77	13	97	28	24	13	32	1.94
59035325--59035384	27	2.2	27	82	5	77	25	13	25	36	1.92
59048174--59048240	34	2.0	34	88	5	100	28	25	20	25	1.99
59051075--59051203	50	2.5	51	89	2	197	34	17	22	24	1.96
59051179--59051288	31	3.5	31	89	0	166	28	18	27	26	1.98
59051458--59051550	42	2.3	38	90	7	141	31	15	27	25	1.95
59051458--59051567	38	2.8	40	86	9	145	30	16	27	25	1.96
59055351--59055411	27	2.3	26	80	8	68	26	13	22	37	1.91
59057455--59057713	27	9.6	27	97	0	464	26	14	29	30	1.95
59058601--59058714	56	2.0	56	96	0	210	30	18	25	25	1.98
59080219--59080356	25	5.6	24	71	14	93	27	21	26	24	1.99
59080234--59080360	49	2.6	49	82	1	146	29	20	25	24	1.99
59088899--59088972	25	3.0	25	80	4	78	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59090448--59090493	16	2.9	16	81	12	67	45	4	23	26	1.71
59103015--59103064	25	2.0	25	100	0	100	32	8	20	40	1.81
59121114--59121233	28	4.3	27	82	4	141	31	22	25	20	1.98
59121114--59121233	56	2.1	56	89	3	179	31	22	25	20	1.98
59121554--59122260	27	26.3	27	81	3	732	17	19	19	43	1.88
59132998--59133034	14	2.6	14	95	0	65	64	13	0	21	1.27
59134811--59134844	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
59169182--59169407	40	5.7	40	83	6	244	25	27	21	26	1.99
59169149--59169408	40	6.5	41	79	7	200	24	27	21	26	1.99
59180708--59180766	30	1.9	31	86	3	84	42	5	23	28	1.75
59181486--59181668	92	2.0	92	97	0	348	31	21	21	25	1.98
59191360--59191386	13	2.1	13	100	0	54	29	0	55	14	1.40
59202049--59202087	20	2.0	20	85	10	53	38	12	10	38	1.78
59209020--59209070	6	8.7	6	78	18	54	1	13	0	84	0.71
59209025--59209061	19	1.9	19	94	0	65	2	18	0	78	0.87
59209482--59209563	9	8.5	10	75	10	57	2	18	0	79	0.84
59209482--59209524	20	2.2	20	87	8	61	2	13	0	83	0.74
59209481--59209563	29	2.9	29	78	10	80	2	18	0	79	0.84
59209489--59209564	39	1.9	39	84	5	100	1	21	0	77	0.84
59211052--59211103	24	2.2	24	89	6	79	46	28	0	25	1.53
59218204--59218311	54	2.0	54	85	3	146	42	10	7	39	1.67
59220087--59220120	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59221297--59221586	96	3.0	95	94	4	519	30	22	14	32	1.94
59225272--59225391	61	2.0	62	98	1	233	45	7	20	26	1.77
59226561--59226614	15	3.6	15	82	7	74	0	16	0	83	0.65
59226564--59226612	21	2.3	21	82	3	71	0	16	0	83	0.64
59226733--59226757	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
59226790--59226829	19	2.0	21	85	9	57	2	25	40	32	1.69
59226978--59227065	12	7.5	11	73	15	70	0	21	1	77	0.84
59226991--59227064	6	11.8	6	74	16	62	0	21	1	77	0.85
59226979--59227068	24	3.6	24	77	16	94	0	22	1	76	0.85
59226981--59227057	28	2.8	28	75	11	77	0	23	1	75	0.88
59227154--59227198	14	3.3	14	78	6	56	0	31	0	68	0.89
59227153--59227190	13	2.8	14	76	8	51	0	26	0	73	0.83
59227686--59227796	29	3.8	29	83	9	127	45	3	18	32	1.66
59235323--59235424	50	2.0	50	100	0	204	25	19	13	41	1.88
59236068--59236118	13	3.9	13	75	7	50	47	5	0	47	1.26
59238417--59238498	43	1.9	43	84	0	110	23	20	29	26	1.99
59238503--59238774	43	6.3	43	76	4	226	30	30	16	22	1.96
59238503--59238755	86	2.9	86	82	2	258	28	30	16	24	1.96
59239082--59239152	21	3.4	21	84	0	88	4	42	18	35	1.70
59239123--59239269	66	2.2	66	89	4	217	12	28	18	40	1.88
59239123--59239293	66	2.6	65	87	4	209	12	27	19	40	1.88
59244875--59244963	18	4.8	18	79	14	101	41	0	12	46	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59244879--59245112	39	6.0	37	75	13	177	41	2	11	44	1.52
59244877--59244981	31	3.5	31	71	21	100	42	0	13	43	1.43
59245004--59245095	13	6.9	13	71	18	73	42	3	8	45	1.51
59244989--59245112	40	3.1	39	85	5	151	40	3	10	45	1.54
59245130--59245162	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
59248090--59248124	8	4.4	8	96	0	52	20	0	0	80	0.72
59248720--59248814	15	6.4	15	79	7	113	30	43	1	25	1.62
59248728--59248821	14	6.4	14	79	7	98	29	44	1	24	1.61
59248720--59248814	45	2.1	44	92	1	154	30	43	1	25	1.62
59248774--59248821	7	6.7	7	85	4	69	31	50	0	18	1.48
59248728--59248821	29	3.2	29	84	4	109	29	44	1	24	1.61
59248768--59248839	29	2.5	29	86	0	90	34	44	0	20	1.52
59248791--59248839	22	2.2	22	82	7	55	36	46	0	16	1.47
59249517--59249558	19	2.2	19	86	0	57	14	4	2	78	1.01
59249941--59249981	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
59250636--59250746	54	2.1	54	92	0	186	35	14	21	28	1.93
59250719--59250939	41	5.4	40	90	4	309	33	25	22	18	1.96
59250997--59251115	40	3.0	40	81	2	143	21	18	21	37	1.94
59252807--59252948	75	1.9	75	83	2	187	28	22	19	30	1.98
59254491--59254533	15	2.8	16	75	7	52	41	13	20	23	1.88
59254730--59254755	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
59254921--59254950	16	1.9	16	93	6	53	70	0	6	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59256017--59256086	37	1.9	36	82	8	88	48	2	5	42	1.41
59256154--59256179	13	2.0	13	100	0	52	84	7	7	0	0.77
59258461--59258627	90	1.8	90	88	1	253	27	13	21	37	1.91
59267927--59267968	22	1.9	22	85	0	57	11	9	9	69	1.38
59276185--59276239	23	2.2	24	81	15	60	74	0	7	18	1.04
59276205--59276240	15	2.2	17	90	9	58	77	0	5	16	0.94
59277579--59277622	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
59279661--59279807	21	7.0	21	68	3	73	18	21	17	42	1.90
59279678--59279807	42	3.1	42	89	0	188	17	22	17	42	1.89
59292775--59292806	16	2.0	16	93	0	55	31	34	6	28	1.82
59297271--59297316	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
59297414--59297483	17	3.8	18	68	18	54	40	14	0	45	1.45
59297413--59297490	39	2.0	39	100	0	156	38	15	0	46	1.46
59298241--59298278	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
59298258--59298301	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
59298253--59298315	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
59298270--59298318	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
59299083--59299283	112	1.8	110	82	6	262	24	28	22	23	1.99
59316833--59316931	12	7.9	12	73	15	67	50	9	13	27	1.71
59316856--59316928	12	6.1	12	75	12	69	47	9	15	27	1.76
59316844--59316928	25	3.4	25	80	11	86	49	9	14	27	1.73
59316864--59316930	23	2.8	23	84	11	82	49	10	14	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59316954--59316995	14	3.2	13	83	12	50	57	9	14	19	1.64
59318384--59318424	16	2.6	16	88	3	57	75	0	4	19	0.98
59318384--59318424	5	8.0	5	89	5	55	75	0	4	19	0.98
59318384--59318423	21	1.9	21	89	0	62	77	0	5	17	0.94
59325185--59325283	12	7.9	12	73	15	67	50	9	13	27	1.71
59325208--59325280	12	6.1	12	75	12	69	47	9	15	27	1.76
59325196--59325280	25	3.4	25	80	11	86	49	9	14	27	1.73
59325216--59325282	23	2.8	23	84	11	82	49	10	14	25	1.76
59325306--59325347	14	3.2	13	83	12	50	57	9	14	19	1.64
59331588--59331617	11	2.7	11	89	0	51	40	10	3	46	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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