genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330161--1330210	25	2.0	26	84	4	66	38	2	4	56	1.30
1330430--1330493	20	3.2	20	69	8	58	45	6	1	46	1.37
1330553--1330596	24	1.9	23	86	9	63	61	2	6	29	1.34
1331838--1331870	12	2.9	12	86	13	52	75	9	6	9	1.18
1334013--1334037	12	2.1	12	100	0	50	64	8	8	20	1.46
1334497--1334555	21	2.8	21	78	0	64	15	27	16	40	1.89
1338404--1338439	18	2.1	18	94	5	65	41	16	19	22	1.90
1358282--1358343	30	2.1	30	100	0	124	48	16	3	32	1.62
1363865--1363918	18	2.9	18	75	2	54	59	0	1	38	1.08
1364104--1364133	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1367292--1367415	45	2.8	44	81	3	149	39	8	24	27	1.85
1367438--1367712	27	10.2	27	78	0	190	40	16	21	22	1.91
1367433--1367692	54	4.8	54	81	0	223	41	15	20	21	1.89
1374351--1374411	30	2.0	30	87	6	88	3	36	16	44	1.64
1374896--1374947	26	2.0	26	100	0	104	19	23	30	26	1.98
1377560--1377607	13	3.7	13	94	0	87	39	27	8	25	1.84
1387171--1387224	20	2.7	20	88	0	81	27	27	12	31	1.93
1387452--1387546	45	2.1	45	88	0	136	41	15	18	24	1.90
1388949--1389010	31	2.0	31	100	0	124	22	12	32	32	1.92
1389215--1389272	30	1.9	30	92	0	98	55	13	5	25	1.59
1392604--1392674	30	2.4	29	80	2	79	30	2	12	53	1.53
1392783--1392841	31	1.9	31	83	13	77	37	8	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394968--1395128	50	3.1	50	81	9	164	29	19	28	22	1.98
1394968--1395154	50	3.7	50	78	7	162	30	20	26	22	1.98
1397240--1397325	38	2.2	39	85	6	120	34	26	13	24	1.93
1397240--1397366	39	3.3	38	83	3	128	33	25	14	26	1.94
1397279--1397399	39	3.1	39	85	1	145	35	19	12	33	1.89
1412052--1413401	454	3.0	454	99	0	2673	39	17	13	29	1.87
1416161--1416211	13	3.9	13	81	0	66	31	7	25	35	1.85
1416700--1416724	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
1417846--1417897	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
1417878--1417972	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
1418110--1418164	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
1418295--1418455	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
1422247--1422276	13	2.3	13	94	0	51	90	0	10	0	0.47
1422246--1422283	10	3.7	10	89	10	51	86	0	10	2	0.66
1430414--1430455	16	2.7	16	79	17	52	73	0	0	26	0.83
1430425--1430458	17	1.9	17	88	5	50	73	0	0	26	0.83
1432786--1432842	24	2.4	24	80	11	64	75	5	0	19	0.99
1435495--1435541	22	2.1	22	88	4	67	80	4	0	14	0.85
1442140--1442196	21	2.5	24	77	11	57	61	5	3	29	1.35
1442252--1442298	18	2.6	18	80	13	51	46	0	2	51	1.13
1442325--1442349	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1442430--1442470	12	3.3	12	93	3	64	24	0	2	73	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449566--1449609	22	2.0	22	86	8	63	68	4	0	27	1.09
1454719--1454768	18	2.8	18	81	0	64	40	46	2	12	1.52
1454909--1454984	9	8.4	9	73	5	64	30	6	18	44	1.75
1454915--1454985	18	3.9	18	75	12	74	29	5	18	46	1.72
1454903--1454985	27	3.0	27	80	1	94	28	7	18	45	1.75
1457070--1457140	5	13.4	5	77	14	63	22	1	1	74	0.97
1457266--1457333	12	5.8	11	75	13	55	11	4	4	79	1.02
1461971--1462051	10	8.4	10	75	15	64	58	2	3	35	1.29
1462016--1462068	18	3.1	17	81	8	63	64	0	0	35	0.94
1462007--1462068	10	6.8	9	75	14	56	61	0	1	37	1.06
1462152--1462212	9	6.6	9	72	7	50	67	4	0	27	1.11
1462131--1462223	19	4.9	18	71	13	53	66	4	3	25	1.25
1462574--1462632	21	2.8	20	87	10	75	37	3	1	57	1.25
1462581--1462671	10	9.1	10	70	21	57	35	2	2	60	1.21
1462592--1462671	30	2.7	30	86	5	110	36	1	2	60	1.18
1462574--1462670	20	4.8	20	78	13	76	36	3	2	58	1.25
1462648--1462718	30	2.4	29	86	11	92	26	8	2	61	1.38
1477006--1477052	14	3.4	14	77	11	51	23	0	6	70	1.10
1477488--1477775	19	13.7	19	66	27	115	31	0	14	53	1.44
1477575--1477627	27	2.0	27	100	0	106	30	0	15	54	1.41
1477723--1477797	27	3.0	26	85	11	88	34	0	13	52	1.41
1477903--1477944	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1478075--1478240	27	7.2	21	75	19	95	53	14	0	31	1.45
1478102--1478210	8	12.4	8	68	21	58	49	15	0	33	1.51
1478128--1478241	19	6.1	19	71	19	89	53	13	0	33	1.40
1478128--1478210	27	3.1	27	92	1	141	51	13	0	34	1.41
1478181--1478248	19	3.5	20	83	15	81	55	13	0	30	1.38
1478128--1478266	67	2.0	71	80	14	157	55	13	0	30	1.39
1479262--1479331	25	2.7	27	75	16	76	57	7	5	30	1.49
1479244--1479331	29	3.0	29	71	18	74	55	7	5	30	1.52
1480582--1480614	17	1.9	17	88	11	50	57	3	0	39	1.14
1483003--1483113	23	5.0	23	89	3	129	37	23	20	18	1.94
1483003--1483114	46	2.5	43	81	9	143	37	23	20	18	1.94
1487061--1487200	45	3.0	46	82	4	176	50	17	5	26	1.66
1488590--1488713	37	3.2	40	74	12	130	33	25	16	24	1.96
1489872--1489920	24	2.0	24	100	0	98	12	42	8	36	1.72
1495308--1495521	50	4.2	51	62	20	122	46	5	3	44	1.43
1495253--1495561	156	2.0	156	96	0	564	47	6	3	43	1.45
1495404--1495462	18	3.3	18	75	20	54	47	0	3	49	1.18
1495614--1495704	45	2.0	45	85	2	121	38	27	6	27	1.81
1495685--1495721	16	2.3	16	100	0	74	37	37	0	24	1.56
1498996--1499040	18	2.4	19	92	3	74	37	13	0	48	1.42
1504649--1504726	19	3.8	19	72	18	59	60	1	1	37	1.13
1504659--1504706	23	2.1	23	84	7	62	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504699--1504743	19	2.4	19	84	0	54	62	4	4	28	1.34
1505288--1505339	24	2.2	23	86	10	70	30	3	1	63	1.23
1513492--1513587	47	2.0	47	97	0	183	45	13	4	36	1.63
1513492--1513566	24	3.2	24	60	17	57	45	13	4	37	1.62
1515811--1515893	33	2.4	36	76	10	82	54	4	4	36	1.43
1515825--1515920	29	3.1	29	73	20	88	58	4	3	34	1.33
1515812--1515890	35	2.3	35	82	4	90	54	5	3	36	1.41
1516060--1516103	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
1518358--1518429	20	3.7	20	88	7	103	34	0	5	59	1.21
1523802--1523828	12	2.2	12	100	0	54	18	7	29	44	1.77
1529455--1529492	18	2.1	18	90	0	58	44	34	13	7	1.72
1529452--1529504	27	2.0	27	85	7	72	43	33	13	9	1.76
1529428--1529492	15	4.1	15	73	11	58	43	36	15	4	1.67
1533877--1534014	68	2.0	67	95	1	249	43	7	6	42	1.60
1552270--1552574	152	2.0	153	95	3	551	31	10	25	32	1.90
1554370--1554397	12	2.3	12	100	0	56	21	35	42	0	1.53
1554886--1554985	3	33.3	3	87	4	139	32	5	1	62	1.24
1555116--1555199	36	2.3	37	80	12	93	36	7	2	53	1.41
1560196--1560279	30	2.9	28	76	13	80	60	1	7	30	1.31
1565535--1565613	11	7.3	10	77	14	68	25	2	1	70	1.07
1565540--1565619	3	28.7	3	77	16	75	26	2	1	70	1.08
1565589--1565627	17	2.3	17	86	0	60	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1569478--1569510	5	6.6	5	100	0	66	39	0	0	60	0.97
1590764--1590827	32	2.0	32	100	0	128	40	18	9	31	1.83
1606599--1606634	18	2.0	18	100	0	72	38	5	0	55	1.23
1609418--1609491	37	2.0	36	94	2	130	31	6	16	45	1.73
1609490--1609520	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84
1612063--1612090	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
1624458--1624508	19	2.8	18	82	14	52	64	3	0	31	1.11
1628472--1628878	202	2.0	203	98	0	780	32	16	14	36	1.89
1629709--1629765	23	2.5	22	78	10	62	56	15	1	26	1.50
1631956--1631995	8	5.4	8	88	11	59	75	0	12	12	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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