genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20876880--20876955	38	2.0	38	86	0	107	32	21	22	23	1.98
20887724--20887752	12	2.3	13	94	5	51	20	10	0	68	1.18
20897743--20897773	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
20902846--20903088	99	2.5	99	87	4	339	23	21	23	32	1.98
20902934--20903252	166	1.9	164	89	3	489	22	20	23	33	1.97
20903235--20903398	49	3.4	48	70	13	156	20	17	20	40	1.91
20903098--20903702	96	6.2	98	82	5	634	21	18	23	35	1.95
20903119--20903689	50	11.6	48	66	13	155	21	19	23	35	1.96
20912646--20912686	21	1.9	22	90	5	66	17	24	2	56	1.53
20912990--20914339	675	2.0	675	99	0	2655	24	27	16	32	1.96
20917722--20917757	15	2.5	15	90	4	56	0	11	41	47	1.39
20918130--20918182	23	2.5	20	78	9	52	45	3	5	45	1.45
20918477--20918506	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
20918629--20918705	10	7.5	10	70	21	52	63	1	2	32	1.16
20923439--20923465	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
20923904--20924003	46	2.2	46	81	10	109	25	22	18	35	1.96
20926423--20926498	23	3.3	23	75	14	75	26	21	22	30	1.99
20933579--20933622	18	2.5	17	82	17	54	34	0	22	43	1.54
20933841--20933916	23	3.3	23	81	0	107	22	17	28	31	1.96
20935627--20935702	23	3.3	23	88	5	109	31	26	18	23	1.97
20938523--20938563	16	2.6	16	85	11	50	24	4	0	70	1.06
20950852--20951027	87	2.0	87	95	0	316	38	18	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951124--20951163	16	2.5	16	84	11	55	17	5	20	57	1.58
20959290--20959319	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20977640--20977727	46	1.9	45	82	17	110	34	2	3	60	1.26
20978585--20978640	28	2.0	28	82	6	69	51	0	3	44	1.18
20978656--20978684	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
20979434--20979480	24	2.0	24	84	16	62	31	2	17	48	1.58
20980022--20980089	31	2.1	33	83	5	86	36	2	22	38	1.69
20981229--20981281	26	2.0	26	96	0	97	32	3	35	28	1.75
20981801--20981833	6	5.5	6	89	10	50	87	0	12	0	0.53
20981933--20982002	20	3.4	21	86	5	99	20	12	14	52	1.73
20992364--20992425	30	2.1	30	100	0	124	38	9	29	22	1.86
20995412--20995571	79	2.0	79	97	0	302	55	7	10	26	1.59
20997169--20997210	14	3.1	13	86	10	57	14	0	4	80	0.86
20998905--20999061	48	3.3	48	87	3	219	26	17	14	41	1.88
20998905--20999033	23	5.4	23	66	14	82	24	17	16	41	1.90
21002189--21002221	17	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
21012256--21012297	3	14.0	3	84	0	57	0	26	33	40	1.56
21012256--21012297	12	3.5	12	90	0	66	0	26	33	40	1.56
21017245--21017288	6	7.3	6	100	0	88	34	50	0	15	1.45
21022669--21022706	16	2.3	17	86	4	51	78	7	0	13	0.94
21022815--21022848	11	3.1	11	95	0	59	0	50	0	50	1.00
21023569--21023663	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033009--21033043	18	1.9	18	100	0	70	45	20	11	22	1.82
21039056--21039096	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21046287--21046360	21	3.5	21	67	0	67	22	0	28	48	1.51
21046382--21046511	34	3.8	33	79	12	138	39	0	15	44	1.52
21046572--21046812	125	1.9	126	86	4	344	37	18	14	29	1.91
21046575--21046842	125	2.1	126	83	2	335	35	19	15	29	1.93
21049897--21049953	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
21050964--21050995	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
21054134--21054285	43	3.6	43	72	15	138	32	25	17	25	1.97
21054115--21054269	43	3.7	41	80	6	134	30	28	17	23	1.97
21054115--21054269	84	1.8	84	82	10	201	30	28	17	23	1.97
21058754--21058797	21	2.1	21	91	0	70	43	2	20	34	1.64
21058765--21058823	30	2.0	30	89	0	91	42	0	23	33	1.55
21059667--21059725	20	3.1	19	78	9	66	44	1	10	44	1.48
21060373--21060405	17	1.9	17	100	0	66	60	9	12	18	1.57
21064287--21064333	14	3.5	13	81	16	51	46	4	0	48	1.21
21065347--21065380	5	6.8	5	96	0	50	20	26	20	32	1.97
21065602--21065671	28	2.5	28	92	0	122	38	11	1	48	1.48
21065742--21065817	27	2.8	28	82	9	95	26	27	27	18	1.98
21065948--21065986	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21066032--21066056	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21066055--21066098	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21071729--21071863	37	3.6	36	74	21	116	0	32	0	67	0.91
21071729--21071902	44	3.9	44	74	16	128	0	33	0	66	0.92
21071772--21071915	4	34.2	4	73	20	100	0	31	0	67	0.96
21071766--21071912	30	5.2	26	72	23	95	0	32	0	66	0.97
21071786--21071915	30	4.4	30	74	19	121	0	31	0	67	0.96
21071738--21071895	79	2.0	78	84	14	207	0	31	0	68	0.90
21071771--21071895	35	3.6	36	83	10	131	0	32	0	67	0.91
21071771--21071923	26	6.0	25	75	17	111	0	33	0	65	0.98
21071957--21072021	27	2.4	27	92	0	103	13	29	30	26	1.94
21072099--21072173	29	2.7	28	89	8	109	46	0	10	42	1.38
21074078--21074103	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
21080112--21080154	18	2.2	20	88	8	63	25	11	9	53	1.67
21086748--21086787	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
21087439--21087477	18	2.2	18	100	0	78	46	10	0	43	1.37
21089128--21089184	12	5.2	12	72	20	61	52	8	38	0	1.33
21089797--21089913	62	1.9	59	88	8	173	50	3	4	41	1.38
21089947--21089998	18	2.9	18	77	13	54	51	0	1	46	1.12
21092929--21092953	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
21094032--21094079	10	4.7	10	76	5	51	66	0	0	33	0.92
21094032--21094097	31	2.2	30	91	2	105	63	0	3	33	1.10
21094038--21094079	21	2.0	21	85	0	57	64	0	0	35	0.94
21094131--21094181	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21112354--21112480	29	4.4	29	72	7	105	23	20	23	32	1.98
21112461--21112566	29	3.5	29	79	9	122	27	24	18	29	1.98
21112470--21112565	33	3.0	33	79	11	128	29	25	18	27	1.98
21120058--21120092	17	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
21123616--21123661	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
21123622--21123664	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
21124703--21124747	22	2.0	23	82	4	56	26	0	2	71	0.98
21128187--21128220	17	2.0	17	88	0	50	32	35	11	20	1.89
21128952--21128985	16	2.1	16	94	0	59	32	17	20	29	1.96
21128756--21129175	226	1.9	226	95	0	768	34	20	12	32	1.90
21133513--21133584	33	2.2	33	97	0	135	27	16	13	41	1.87
21135419--21135469	26	2.0	26	88	7	77	21	13	45	19	1.85
21138425--21138467	22	2.0	22	85	0	59	48	9	6	34	1.62
21141903--21141949	15	3.2	15	87	3	60	51	12	2	34	1.52
21151498--21151523	6	4.3	6	100	0	52	15	19	30	34	1.93
21153394--21153425	17	1.9	16	93	6	55	75	3	12	9	1.16
21160357--21160390	18	1.9	17	88	5	50	23	8	11	55	1.63
21162706--21163145	44	9.6	44	67	15	155	28	20	18	31	1.97
21162733--21163244	142	3.6	141	93	1	843	27	20	18	32	1.97
21171471--21171514	19	2.3	18	81	11	52	38	9	25	27	1.86
21177583--21177655	23	3.2	23	92	0	119	20	20	28	30	1.98
21183872--21184045	87	2.0	87	97	0	330	37	5	21	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21184612--21185043	28	15.5	28	95	2	780	31	0	24	43	1.55
21193653--21193703	23	2.2	23	85	0	66	31	9	17	41	1.82
21198015--21198071	30	1.9	30	100	0	114	33	7	3	56	1.43
21208020--21208059	20	2.0	20	85	9	55	30	0	2	67	1.04
21212030--21212058	12	2.5	12	94	5	51	41	17	0	41	1.49
21222025--21222062	19	2.1	19	85	5	51	36	2	15	44	1.61
21226919--21226972	27	2.0	27	100	0	108	51	11	18	18	1.74
21230930--21230962	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
21233331--21233365	18	1.9	18	88	0	52	31	17	25	25	1.97
21235475--21235520	17	2.7	17	79	0	65	41	4	23	30	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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