genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19411171--19412341	78	15.2	77	84	5	1327	34	20	17	28	1.95
19416743--19416793	26	2.0	25	96	0	84	45	3	41	7	1.52
19421395--19421448	28	1.9	28	88	0	81	11	27	37	24	1.89
19421688--19421730	10	4.2	10	82	5	59	2	30	0	67	1.03
19421681--19421727	24	2.0	24	91	8	78	2	27	0	70	0.99
19421772--19421811	17	2.4	17	86	0	53	5	40	15	40	1.68
19422102--19422198	30	3.3	29	85	7	124	37	2	19	41	1.63
19430469--19430503	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
19432036--19432086	15	3.4	15	75	0	57	47	0	0	52	1.00
19435466--19435624	41	3.7	42	78	11	130	27	28	17	25	1.98
19436517--19436575	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
19436792--19437500	354	2.0	354	100	0	1418	35	15	15	33	1.89
19437538--19437616	39	2.0	39	95	0	140	48	7	17	26	1.74
19441779--19441920	3	47.3	3	100	0	284	33	0	0	66	0.92
19444464--19444494	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
19445039--19445094	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
19452797--19452876	22	3.5	24	78	14	82	25	27	1	46	1.61
19452795--19452874	34	2.4	33	83	10	99	26	27	1	45	1.62
19452795--19452876	11	7.3	11	74	21	73	26	26	1	45	1.61
19455315--19455790	22	22.0	21	84	5	542	45	29	0	25	1.54
19455315--19455790	65	7.3	64	83	5	573	45	29	0	25	1.54
19455315--19455790	43	11.0	43	84	5	552	45	29	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19458957--19459522	124	4.5	124	85	2	720	29	23	17	30	1.97
19464824--19464883	30	2.0	30	96	0	111	46	28	10	15	1.77
19465355--19465425	25	2.8	25	77	10	81	32	16	11	39	1.84
19466643--19466695	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
19470246--19470342	29	3.5	28	78	8	90	58	2	7	31	1.37
19470653--19470700	21	2.3	21	81	0	51	62	8	4	25	1.41
19474960--19475001	21	2.0	21	100	0	84	23	28	19	28	1.98
19476249--19476364	55	2.1	55	96	0	214	63	12	6	17	1.49
19477351--19477380	16	1.9	16	93	6	53	6	26	13	53	1.64
19477528--19477570	20	2.3	19	88	8	61	13	2	20	62	1.42
19477904--19478081	94	1.9	94	89	0	275	26	21	19	32	1.97
19482168--19482295	64	2.0	64	98	0	247	56	13	0	30	1.38
19483646--19483688	20	2.3	18	84	8	50	13	4	18	62	1.48
19483976--19484568	143	4.2	143	82	1	644	27	22	20	29	1.98
19484218--19484312	45	2.1	44	84	1	118	23	26	23	27	2.00
19484435--19484621	94	2.0	94	92	0	311	25	21	21	31	1.98
19484451--19484611	50	3.3	50	70	19	160	26	23	21	29	1.99
19485277--19485319	20	2.3	18	84	8	50	13	2	20	62	1.42
19488696--19488758	33	1.9	33	100	0	126	76	9	3	11	1.13
19488698--19488755	15	3.7	15	71	13	53	74	10	3	12	1.19
19489796--19489916	54	2.2	54	79	4	127	21	28	29	20	1.98
19492846--19492881	14	2.5	15	86	9	56	38	5	11	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19505792--19505842	26	2.0	26	84	7	68	45	15	11	27	1.81
19508226--19508269	13	3.8	12	82	11	56	59	2	0	38	1.10
19513635--19513681	22	2.2	22	84	3	60	36	27	10	25	1.89
19519801--19519855	28	2.0	27	96	0	92	23	21	25	27	1.98
19521241--19521324	45	1.9	43	85	9	116	71	1	7	20	1.16
19533518--19533556	17	2.2	17	86	4	51	79	5	0	15	0.90
19533788--19533827	21	1.9	21	100	0	80	50	12	0	37	1.41
19545077--19545103	4	6.8	4	100	0	54	48	0	25	25	1.52
19552007--19552050	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
19554556--19554619	17	3.4	19	75	16	62	75	6	6	12	1.19
19554558--19554602	20	2.2	20	88	4	63	80	4	4	11	1.01
19555552--19555581	15	1.9	16	93	6	53	76	0	10	13	1.01
19556862--19557088	44	5.2	44	65	14	135	25	21	25	27	1.99
19556814--19557283	88	5.4	88	89	2	621	28	22	24	24	2.00
19559149--19559184	3	11.7	3	88	5	54	27	2	0	69	1.02
19559136--19559178	9	4.8	9	86	11	52	25	0	2	72	0.97
19560742--19560803	3	21.0	3	82	9	56	27	4	3	64	1.29
19573634--19573787	76	2.0	76	93	0	263	40	9	9	40	1.70
19574381--19574414	16	2.1	17	94	5	61	23	17	0	58	1.38
19581561--19581603	22	1.9	23	85	4	61	11	6	11	69	1.35
19582183--19582243	20	2.8	23	80	9	67	32	9	0	57	1.32
19582190--19582243	23	2.5	23	85	8	69	27	11	0	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19601016--19601081	23	2.8	23	80	8	71	43	3	0	53	1.16
19601132--19601162	15	2.0	15	93	6	53	32	0	3	64	1.09
19602865--19602927	23	2.8	24	76	11	62	74	7	6	11	1.21
19604491--19604542	25	2.1	25	100	0	104	15	19	17	48	1.82
19614864--19615066	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
19614798--19615066	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
19615030--19615175	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
19619015--19619177	82	2.0	82	98	0	317	50	15	6	27	1.68
19621643--19621669	5	5.4	5	100	0	54	44	18	0	37	1.50
19621960--19621990	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
19623476--19623508	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
19636410--19636465	28	2.0	28	96	0	103	32	14	19	33	1.92
19640726--19640774	22	2.3	21	90	10	82	38	8	12	40	1.72
19640730--19640773	22	2.0	22	100	0	88	36	9	13	40	1.76
19646585--19646619	17	2.1	17	89	5	54	34	14	8	42	1.76
19650180--19650209	14	2.1	14	93	0	51	30	6	20	43	1.77
19650399--19650434	19	1.9	19	94	5	65	47	5	0	47	1.25
19650409--19650457	24	2.0	24	84	7	64	46	2	0	51	1.12
19653262--19653329	36	1.9	36	87	3	102	41	5	1	51	1.35
19653543--19653582	21	1.9	21	85	10	55	17	5	10	67	1.37
19677676--19677709	10	3.1	11	87	12	52	88	2	8	0	0.62
19677965--19678017	20	2.7	20	90	0	88	37	0	50	11	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19678467--19678632	3	55.3	3	73	4	120	31	6	4	58	1.41
19680711--19680743	16	2.1	16	100	0	66	36	6	33	24	1.80
19680732--19680823	44	2.1	44	89	6	141	31	3	30	34	1.74
19681001--19681184	37	4.7	36	69	22	106	50	4	2	42	1.34
19681038--19681084	23	2.0	24	84	15	64	53	4	2	40	1.32
19681070--19681111	13	3.2	13	83	12	59	57	0	0	42	0.99
19681065--19681114	26	2.0	25	92	4	82	58	0	0	42	0.98
19680964--19681239	120	2.3	120	93	0	471	51	3	2	42	1.32
19680997--19681189	61	3.2	61	71	11	216	51	4	2	42	1.32
19682501--19682546	23	2.0	23	83	8	58	58	2	4	34	1.30
19683691--19683717	6	4.5	6	100	0	54	37	0	29	33	1.58
19683921--19683960	18	2.2	18	95	0	71	30	12	5	52	1.60
19696436--19696473	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
19696452--19696542	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
19696707--19696741	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19696601--19696906	157	1.9	157	97	0	576	44	3	5	47	1.42
19696844--19696885	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19696853--19696894	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19696847--19697109	120	2.2	120	96	0	481	48	5	2	43	1.39
19700542--19700616	25	3.1	25	77	14	102	33	8	8	50	1.61
19700546--19700616	23	3.0	24	78	14	92	32	8	8	50	1.63
19701804--19701876	23	3.2	23	84	7	87	49	23	6	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19702619--19702654	17	2.1	17	100	0	72	66	11	11	11	1.45
19702880--19702905	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
19705071--19705116	19	2.3	20	85	7	67	56	4	0	39	1.19
19705130--19705174	10	4.5	10	86	5	56	68	2	0	28	1.01
19705130--19705194	10	7.0	9	71	13	51	61	1	1	35	1.15
19705981--19706021	6	6.8	6	97	0	64	78	17	4	0	0.93
19717416--19717459	18	2.6	18	85	7	56	56	2	0	40	1.11
19717426--19717465	18	2.2	18	90	0	62	57	0	0	42	0.98
19719381--19719448	32	2.1	32	88	0	100	20	23	10	45	1.81
19731852--19731891	20	2.0	20	95	0	71	25	32	5	37	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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