genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  10  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090217--2090489	133	2.1	133	97	0	528	35	23	9	31	1.87
2091706--2091797	20	5.0	18	74	12	71	31	0	2	66	1.04
2091710--2091815	42	2.5	42	76	8	117	35	0	1	62	1.06
2091709--2091776	17	4.1	15	75	19	55	32	0	2	64	1.08
2091709--2091774	18	3.8	17	76	13	64	33	0	3	63	1.10
2091862--2091908	22	2.2	22	85	7	62	55	0	4	40	1.19
2091876--2091941	32	2.1	33	86	11	93	46	0	1	51	1.10
2092788--2092829	22	2.0	20	86	13	59	52	7	0	40	1.29
2095436--2095477	11	3.7	11	81	12	50	42	0	2	54	1.13
2096784--2096820	8	4.6	8	86	0	56	56	0	0	43	0.99
2096784--2096835	26	2.1	24	85	7	68	59	0	0	40	0.97
2096825--2096851	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2098181--2098220	20	1.9	22	85	10	57	62	7	0	30	1.23
2098411--2098462	14	3.8	13	78	12	59	50	23	3	23	1.66
2098408--2098471	28	2.2	29	86	8	96	50	26	3	20	1.63
2098374--2098528	15	10.7	15	74	12	85	50	24	2	22	1.62
2098517--2098573	22	2.5	22	81	16	64	49	29	0	21	1.50
2098547--2098576	15	1.9	16	93	6	53	46	26	0	26	1.53
2098564--2098617	21	2.6	20	72	18	56	53	25	0	20	1.45
2098598--2098690	14	6.3	15	72	13	68	48	31	1	19	1.56
2102465--2102558	46	2.0	46	97	0	179	30	12	14	41	1.84
2106811--2106936	41	3.1	40	77	5	128	29	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107200--2107279	41	1.9	42	82	7	101	35	16	17	31	1.92
2107638--2107863	109	2.1	109	82	6	271	24	16	17	41	1.89
2107837--2107908	22	3.2	21	77	11	81	27	15	16	40	1.89
2107842--2107905	22	2.9	22	80	2	83	29	15	18	35	1.92
2107955--2108209	132	1.9	132	84	3	343	25	15	14	43	1.85
2108095--2108425	110	3.0	108	80	4	378	24	16	16	42	1.88
2108086--2108413	109	3.0	109	79	5	385	23	16	16	43	1.86
2108434--2108508	22	3.4	22	83	0	96	30	24	13	32	1.93
2108684--2108982	109	2.7	110	76	3	262	22	17	18	41	1.90
2108995--2109057	22	2.9	22	85	0	72	30	19	17	33	1.95
2109176--2109276	37	2.7	37	81	6	123	12	24	18	43	1.85
2109482--2109526	18	2.6	18	89	3	65	73	0	0	26	0.84
2110565--2110614	18	2.8	18	78	0	55	24	0	2	74	0.93
2110720--2110767	20	2.5	20	75	3	53	62	4	0	33	1.14
2111040--2111122	15	5.9	14	77	13	73	51	27	2	18	1.58
2111055--2111124	15	4.9	15	81	11	76	52	25	2	18	1.59
2111069--2111181	44	2.6	43	80	6	120	50	28	1	19	1.58
2111019--2111181	14	11.4	14	74	11	100	50	26	1	20	1.58
2111021--2111124	30	3.7	29	82	13	110	52	25	1	20	1.56
2111083--2111176	15	6.4	15	79	8	77	48	28	2	20	1.61
2114237--2114273	19	1.9	19	88	0	56	51	0	8	40	1.32
2114407--2114449	22	2.0	22	90	4	70	58	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114907--2114937	16	1.9	16	93	0	53	32	0	3	64	1.09
2114918--2114947	11	2.6	12	94	5	53	33	0	0	66	0.92
2115011--2115056	21	2.1	22	96	4	85	52	0	0	47	1.00
2115049--2115092	16	2.6	17	82	10	54	56	0	0	43	0.99
2117459--2117496	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2118470--2118505	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2119478--2119537	22	2.8	19	79	18	57	41	1	0	56	1.09
2121866--2121908	17	2.5	18	85	11	63	39	4	2	53	1.34
2123607--2123634	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2128521--2128734	62	3.5	61	69	12	168	40	14	13	32	1.84
2139264--2139294	16	1.9	16	100	0	62	19	32	19	29	1.96
2148986--2149017	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2149065--2149136	21	3.0	24	75	17	62	47	6	4	41	1.50
2149363--2149410	16	3.0	17	82	17	59	37	4	2	56	1.30
2150856--2150928	31	2.3	32	88	2	103	53	4	0	42	1.20
2159789--2159820	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2159820--2159861	2	21.0	2	90	0	66	2	0	45	52	1.13
2163233--2163275	16	2.5	17	85	11	52	34	0	0	65	0.93
2163415--2163470	13	4.5	13	76	10	55	51	1	0	46	1.11
2165838--2165897	22	2.7	22	79	5	59	38	3	1	56	1.26
2165858--2165911	22	2.5	20	80	16	63	37	1	0	61	1.07
2175284--2175331	23	2.1	23	88	3	71	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175284--2175364	30	2.8	27	81	12	90	62	0	2	34	1.08
2175284--2175364	28	2.8	29	80	12	87	62	0	2	34	1.08
2177181--2177228	23	2.0	24	88	4	71	56	0	4	39	1.19
2177227--2177272	21	2.1	22	84	4	58	56	0	0	43	0.99
2177225--2177274	22	2.3	21	80	10	55	56	0	0	44	0.99
2179974--2180007	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2191986--2192016	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
2192013--2192055	20	2.1	20	82	4	50	32	4	4	58	1.39
2198352--2198393	22	2.0	22	86	9	61	28	4	7	59	1.44
2200611--2200677	23	3.0	23	74	22	72	44	0	1	53	1.09
2200640--2200677	17	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
2202956--2203004	12	3.9	12	82	10	53	32	4	4	59	1.35
2205968--2206016	23	2.0	23	84	11	62	46	2	2	48	1.25
2206266--2206327	24	2.5	24	89	2	88	56	0	1	41	1.09
2206266--2206336	24	3.0	24	85	4	72	54	0	1	43	1.08
2206451--2206518	34	2.0	34	91	0	109	36	10	2	50	1.52
2207873--2207941	30	2.3	30	87	0	93	44	7	0	47	1.30
2208016--2208071	23	2.3	25	82	11	73	60	0	1	37	1.07
2208016--2208072	24	2.3	26	80	19	70	59	0	1	38	1.08
2213783--2213831	23	2.2	21	80	13	62	40	0	4	55	1.19
2229108--2229191	45	1.9	45	83	9	111	46	11	3	38	1.58
2229996--2230033	18	2.1	18	90	9	60	31	5	10	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230559--2230589	15	2.1	15	93	0	53	54	3	6	35	1.42
2239900--2239932	16	1.9	18	88	11	52	39	3	0	57	1.14
2239899--2239955	25	2.1	27	87	9	82	40	5	0	54	1.23
2243897--2243972	37	2.1	37	97	0	143	44	17	14	23	1.85
2246981--2247085	28	3.7	29	79	12	112	37	0	0	60	1.09
2247091--2247134	17	2.6	17	82	7	54	52	2	0	45	1.13
2247111--2247218	30	3.6	29	81	7	110	50	1	8	39	1.43
2252488--2252578	46	2.0	46	95	0	164	57	15	8	18	1.64
2254073--2254142	26	2.7	26	78	12	81	50	4	0	45	1.21
2254663--2254711	21	2.3	21	86	6	64	40	0	2	57	1.10
2264762--2264796	6	5.8	6	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2266458--2266495	20	1.9	19	89	5	58	63	0	0	36	0.95
2272692--2272721	12	2.5	12	88	0	51	60	0	0	40	0.97
2272832--2272864	13	2.4	14	90	5	50	54	0	0	45	0.99
2272937--2272969	6	5.3	6	96	3	57	15	3	0	81	0.80
2273782--2273837	24	2.4	23	79	5	67	30	3	1	64	1.21
2281254--2281292	18	2.2	17	86	4	51	66	0	0	33	0.92
2281834--2281858	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2282648--2282672	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2287245--2287269	9	2.8	9	100	0	50	0	0	8	92	0.40
2287823--2287850	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2289267--2289366	27	4.0	27	74	15	81	75	2	2	21	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289305--2289363	24	2.6	22	81	7	73	77	1	0	20	0.85
2289298--2289364	23	2.7	24	77	9	73	77	1	0	20	0.85
2290170--2290275	5	20.2	5	74	14	72	55	7	1	34	1.39
2290167--2290275	23	4.6	23	71	18	89	55	7	1	34	1.38
2295346--2295382	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2298231--2298292	16	3.9	16	87	6	90	51	0	3	45	1.17
2307612--2307681	35	2.0	35	97	0	131	41	18	17	22	1.90
2307776--2307906	35	3.7	35	84	1	127	38	15	16	29	1.89
2308072--2308361	147	2.0	143	81	6	332	20	21	27	30	1.98
2309941--2309979	7	5.6	7	85	11	53	48	2	0	48	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195