genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  131  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22179415--22179460	20	2.3	19	82	10	56	10	2	36	50	1.50
22179378--22179459	27	3.1	27	75	8	87	13	1	37	47	1.51
22180392--22180438	20	2.3	20	85	0	58	34	14	6	44	1.71
22180403--22180451	20	2.5	20	89	0	80	28	14	10	46	1.77
22180830--22180915	44	2.0	44	81	4	102	32	16	20	30	1.95
22180827--22180920	22	4.3	22	70	8	75	32	14	21	30	1.94
22180924--22181039	40	2.9	40	84	0	142	34	10	17	37	1.84
22180971--22181082	40	2.8	40	80	1	100	35	10	16	36	1.84
22181148--22181252	40	2.6	40	81	1	111	38	10	12	39	1.77
22181308--22181353	24	2.0	23	86	4	65	21	17	10	50	1.77
22183075--22183165	44	2.0	45	81	6	105	9	18	0	71	1.13
22183109--22183165	15	3.6	15	74	19	53	1	19	0	78	0.83
22187357--22187409	25	2.1	25	82	0	61	1	3	15	79	0.96
22188093--22188146	25	2.2	25	86	0	72	50	9	12	27	1.71
22188201--22188225	9	2.8	9	100	0	50	8	8	0	84	0.79
22193779--22193833	23	2.4	23	96	0	101	54	0	21	23	1.45
22194281--22194337	29	1.9	30	85	3	80	70	1	1	26	1.07
22194615--22194697	14	6.1	14	70	16	66	44	22	8	24	1.80
22194735--22194832	19	5.3	19	71	14	62	40	23	16	19	1.90
22199735--22199803	9	7.7	9	75	8	52	76	0	15	7	0.99
22199744--22199802	18	3.4	17	79	13	66	74	0	18	6	1.03
22199730--22199782	8	6.2	9	77	16	51	75	0	16	7	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22199742--22199805	9	6.9	10	74	13	57	73	0	18	7	1.07
22199730--22199801	35	2.1	34	84	2	90	75	0	18	6	1.02
22201546--22201593	9	5.3	9	82	9	62	81	0	2	16	0.79
22201550--22201591	8	4.9	8	88	8	57	83	0	2	14	0.75
22202150--22202300	34	4.5	34	72	13	105	34	18	17	29	1.94
22202156--22202781	35	19.3	35	69	17	200	34	16	18	30	1.93
22202278--22202359	28	2.9	28	79	1	101	29	18	19	32	1.95
22202332--22202412	34	2.3	35	89	4	119	39	18	16	25	1.91
22202459--22202573	33	3.6	33	74	20	93	41	12	16	29	1.84
22202389--22202746	158	2.2	159	85	4	463	35	16	18	29	1.93
22202617--22203156	35	16.5	33	70	18	164	34	17	17	30	1.93
22202539--22202849	66	4.8	64	73	17	177	33	17	17	31	1.93
22202335--22202981	35	19.7	35	69	16	302	34	17	17	30	1.93
22202812--22202928	33	3.5	33	72	16	100	35	16	16	31	1.91
22202640--22202970	68	5.0	64	71	20	172	33	17	17	31	1.93
22202516--22202993	198	2.4	193	82	7	581	34	17	17	31	1.93
22203050--22203156	33	3.3	32	85	2	133	34	12	20	32	1.90
22203106--22203277	65	2.6	65	82	8	183	39	16	16	27	1.90
22203172--22203280	32	3.4	32	67	9	87	41	14	16	27	1.87
22203305--22203458	72	2.1	72	84	0	200	18	13	13	54	1.71
22203320--22203450	36	3.6	36	71	8	104	16	13	13	55	1.69
22203470--22203591	11	10.5	12	70	15	71	80	13	2	3	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22203472--22203590	6	19.8	6	72	19	61	79	14	2	3	0.96
22203474--22203544	4	18.8	4	74	21	55	78	19	0	1	0.82
22209499--22209531	17	1.9	17	88	11	50	75	3	9	12	1.14
22209809--22209842	16	2.1	16	88	0	50	50	0	5	44	1.26
22210006--22210055	25	2.1	22	82	10	55	42	10	4	44	1.56
22212677--22212826	80	1.9	80	82	0	192	36	18	15	29	1.92
22213397--22213664	36	7.5	36	74	11	203	17	13	12	56	1.67
22213405--22213664	35	7.3	35	76	8	195	17	13	12	56	1.66
22213408--22213664	71	3.6	71	76	6	189	17	12	12	57	1.66
22213405--22213664	106	2.4	107	82	3	310	17	13	12	56	1.66
22213837--22213980	36	4.0	35	78	7	146	18	13	13	53	1.73
22213837--22213984	72	2.0	74	85	5	203	18	14	13	54	1.72
22214072--22214141	36	1.9	36	85	0	95	17	24	14	44	1.85
22214434--22214534	35	2.9	35	86	1	139	18	13	13	53	1.73
22214619--22214715	35	2.8	35	83	0	113	18	13	14	53	1.72
22214798--22214925	35	3.7	34	71	15	93	22	13	12	51	1.74
22214631--22215222	36	16.8	34	71	15	203	19	16	14	49	1.79
22214673--22215227	211	2.6	209	76	10	558	19	16	13	49	1.79
22215254--22215328	36	2.1	35	85	2	96	20	17	9	53	1.71
22215254--22215355	35	2.9	36	77	2	98	19	20	9	50	1.76
22215091--22215380	105	2.7	105	79	6	307	18	18	13	49	1.79
22215466--22215554	35	2.5	35	82	8	101	13	23	16	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22215303--22215562	141	1.9	140	80	8	314	15	20	15	48	1.80
22215642--22215681	21	1.9	21	85	10	55	80	7	2	10	1.00
22216214--22216511	143	2.1	141	83	5	368	30	12	14	42	1.82
22216987--22217017	10	3.2	10	90	9	55	0	22	0	77	0.77
22221079--22221108	9	3.3	9	100	0	60	30	0	36	33	1.58
22226019--22226048	16	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
22233063--22233408	44	7.9	44	83	1	379	46	16	11	25	1.81
22233880--22233930	22	2.4	22	86	3	68	35	13	19	31	1.91
22233952--22234082	62	2.1	61	83	5	165	33	10	19	36	1.86
22234015--22234385	80	4.6	80	85	4	474	33	11	16	38	1.85
22235008--22235104	41	2.3	42	85	1	124	31	15	20	31	1.94
22236424--22236478	15	3.8	15	75	11	53	3	21	0	74	0.97
22243660--22243747	45	2.0	45	95	0	158	27	5	31	35	1.80
22249454--22249513	17	3.5	16	84	13	75	81	10	0	8	0.87
22249450--22249513	19	3.6	18	87	8	94	81	10	0	7	0.88
22249450--22249523	32	2.4	31	84	8	96	81	9	1	8	0.94
22249452--22249528	17	4.5	18	73	9	54	81	7	1	9	0.92
22249471--22249530	15	3.9	15	83	12	68	80	6	3	10	1.01
22250577--22250652	37	2.1	37	84	0	98	32	14	19	32	1.92
22250469--22250664	90	2.2	92	85	6	258	35	14	13	35	1.86
22250772--22250833	25	2.5	24	84	7	79	77	4	11	6	1.11
22250798--22250861	34	2.0	31	81	9	74	81	7	9	1	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22260147--22260184	18	2.1	18	100	0	76	60	5	5	28	1.40
22262827--22262883	20	2.9	19	78	17	62	77	5	5	12	1.11
22265673--22265697	11	2.3	11	100	0	50	8	8	8	76	1.18
22266820--22267256	216	2.0	216	86	0	615	35	16	15	33	1.90
22270455--22270509	20	2.9	18	78	19	58	38	0	0	61	0.96
22270820--22270873	23	2.3	23	73	17	58	59	0	5	35	1.21
22270822--22270876	24	2.4	22	80	17	58	60	0	5	34	1.20
22270914--22270964	25	2.1	25	85	3	68	60	1	3	33	1.26
22270895--22270967	24	3.0	24	74	7	76	54	1	5	38	1.32
22271018--22271061	19	2.3	19	88	0	61	22	0	4	72	1.02
22271734--22271792	31	1.9	31	82	6	75	32	6	8	52	1.58
22279680--22279763	21	4.0	21	73	7	71	29	15	16	38	1.90
22284884--22285093	18	12.5	17	70	20	92	54	1	0	42	1.15
22284905--22285097	7	27.9	7	65	22	70	54	1	1	43	1.14
22284884--22285096	49	4.6	47	75	18	198	54	1	0	43	1.15
22284906--22285096	77	2.5	77	83	11	250	53	1	1	43	1.14
22284895--22285097	15	13.3	15	75	15	184	54	0	0	43	1.13
22284897--22285116	122	1.8	121	81	10	274	54	0	1	43	1.15
22285159--22285207	17	2.8	17	81	9	55	48	2	0	48	1.12
22285184--22285253	25	2.8	25	85	12	99	52	2	0	44	1.15
22290813--22291260	222	2.0	222	99	0	878	38	12	17	31	1.87
22292994--22293043	26	1.9	26	91	0	82	30	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22291274--22301742	900	11.8	886	83	7	11971	25	23	24	25	2.00
22294730--22294782	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
22295633--22295685	26	2.0	26	92	7	90	32	24	16	26	1.97
22296533--22296582	26	1.9	26	91	0	82	30	20	24	26	1.98
22298273--22298323	26	2.0	26	96	0	93	29	19	27	23	1.98
22299147--22299198	26	2.0	26	92	0	86	26	19	25	28	1.98
22300061--22300113	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
22299060--22301742	914	2.9	913	92	1	4359	24	23	25	26	2.00
22300975--22301027	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
22303433--22303485	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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