genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  151  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25356320--25356433	33	3.5	35	72	12	107	23	15	11	49	1.77
25356036--25356469	227	1.9	230	80	5	504	21	18	12	47	1.82
25356426--25356527	31	3.2	32	76	8	125	27	18	6	47	1.74
25356285--25356596	130	2.4	130	78	1	329	25	17	10	47	1.79
25356419--25356618	65	3.1	65	76	7	208	27	17	8	46	1.77
25356418--25356658	130	1.8	130	78	6	272	26	18	8	46	1.78
25357193--25357249	15	3.8	15	83	0	78	40	24	14	21	1.90
25357301--25357332	15	2.1	16	94	5	57	21	0	6	71	1.07
25357326--25357363	11	3.5	11	85	7	51	26	13	0	60	1.33
25357316--25357363	21	2.4	19	82	6	51	25	10	2	62	1.38
25357419--25357473	24	2.4	22	82	11	65	32	1	1	63	1.15
25357495--25357530	8	4.5	8	96	0	63	75	0	0	25	0.81
25358556--25358619	32	2.0	32	100	0	128	34	31	9	25	1.87
25358548--25358687	53	2.6	53	94	3	235	37	30	9	23	1.86
25358588--25358767	21	7.8	24	78	12	141	39	30	7	22	1.82
25358556--25358659	29	3.7	29	76	16	119	36	30	8	24	1.85
25358654--25358781	42	3.0	42	88	1	184	41	30	7	21	1.79
25358657--25358781	21	6.0	21	86	0	151	40	30	7	21	1.80
25358657--25358781	63	2.0	63	85	0	169	40	30	7	21	1.80
25359407--25359453	13	3.1	15	82	11	53	65	10	0	23	1.23
25363205--25363386	17	10.7	17	72	14	135	34	18	22	24	1.96
25363216--25363382	36	4.8	36	88	7	247	35	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25363228--25363362	68	2.0	66	92	2	225	36	19	22	21	1.95
25363902--25363987	37	2.3	37	80	9	95	38	33	11	16	1.85
25364490--25364519	14	2.2	14	94	5	53	60	3	0	36	1.14
25366015--25366052	19	2.0	20	84	5	51	34	15	5	44	1.69
25366462--25366486	9	2.8	9	100	0	50	24	36	20	20	1.95
25368256--25368313	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
25369349--25369398	24	2.0	24	84	7	64	54	8	6	32	1.54
25370138--25370184	20	2.3	20	86	13	62	78	4	4	12	1.04
25370502--25370542	17	2.3	18	87	4	57	60	0	4	34	1.18
25371022--25371072	10	5.2	10	77	11	52	54	0	0	45	0.99
25371039--25371076	20	1.9	20	94	0	67	57	0	0	42	0.98
25371040--25371085	20	2.2	20	84	3	56	63	2	0	34	1.07
25371589--25371667	35	2.3	34	88	2	113	20	3	10	65	1.38
25371711--25371757	21	2.2	22	88	11	71	25	10	2	61	1.39
25382956--25383011	24	2.3	24	78	6	69	50	12	5	32	1.63
25383887--25383925	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
25383932--25383969	14	2.8	13	85	14	51	0	23	0	76	0.79
25385549--25385577	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
25385632--25386022	196	2.0	194	89	4	599	37	10	13	38	1.79
25391872--25392061	48	4.0	48	87	8	264	24	14	24	36	1.93
25393327--25393377	16	3.3	15	76	13	50	27	0	0	72	0.85
25393880--25393913	18	1.9	17	88	5	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25393897--25393925	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
25407102--25407134	17	1.9	17	88	11	50	21	3	39	36	1.69
25415147--25415269	61	2.0	61	98	0	237	26	25	24	23	2.00
25415834--25415917	41	2.0	41	95	0	150	36	7	16	39	1.76
25417964--25418032	30	2.2	29	80	12	75	52	14	5	27	1.64
25420264--25420352	3	32.0	3	74	15	84	65	2	2	30	1.17
25420264--25420345	23	3.7	23	76	6	82	67	1	2	29	1.11
25420265--25420352	20	4.7	20	78	12	82	64	2	2	30	1.18
25422113--25422175	26	2.5	24	84	7	81	3	4	9	82	0.92
25426148--25426202	22	2.6	21	86	8	76	69	5	3	21	1.25
25426726--25426764	19	2.0	20	90	5	62	25	33	5	35	1.78
25427135--25427182	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
25427359--25427391	7	4.7	7	92	0	57	84	0	3	12	0.72
25427356--25427421	6	10.7	6	79	7	53	78	4	3	13	1.02
25427361--25427432	12	5.7	13	76	15	62	77	5	2	13	1.05
25428440--25428477	13	3.0	12	88	11	58	78	5	0	15	0.91
25429925--25429984	5	11.6	5	76	5	57	18	3	0	78	0.89
25429925--25429979	21	2.6	21	80	13	67	18	3	0	78	0.90
25433453--25433488	8	4.6	8	89	6	56	63	0	22	13	1.29
25433453--25433488	15	2.3	16	90	4	56	63	0	22	13	1.29
25439197--25439241	10	4.6	10	80	5	56	33	2	4	60	1.29
25439207--25439287	19	4.1	20	84	12	96	32	1	1	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25439207--25439287	3	27.3	3	80	14	89	32	1	1	65	1.08
25439207--25439288	33	2.4	34	86	11	107	31	1	1	65	1.08
25444480--25444520	10	4.3	10	78	12	50	87	0	4	7	0.65
25444480--25444519	18	2.2	18	90	0	62	87	0	5	7	0.66
25445530--25445586	24	2.4	24	96	0	105	28	17	21	33	1.96
25445710--25445966	55	4.7	54	73	7	140	18	21	15	44	1.87
25445843--25445983	55	2.6	55	77	6	151	16	19	17	46	1.85
25445985--25446113	55	2.3	55	77	2	143	26	25	10	37	1.89
25446611--25446652	3	14.3	3	90	5	68	33	2	0	64	1.07
25447438--25447472	18	1.9	18	94	0	61	22	0	5	71	1.07
25447482--25447524	19	2.3	19	87	0	59	11	2	6	79	1.02
25449652--25449695	22	2.0	22	86	4	63	54	11	4	29	1.56
25449883--25449967	7	11.7	7	69	18	50	76	5	2	15	1.08
25449883--25449929	15	3.2	15	90	3	69	78	6	0	14	0.93
25449882--25449966	6	13.0	6	80	10	62	75	5	2	16	1.10
25450941--25450999	6	10.3	6	78	7	52	76	6	0	16	1.00
25450941--25451000	12	5.4	11	79	15	61	75	6	0	18	1.02
25452645--25452679	10	3.4	10	92	4	52	11	5	2	80	1.00
25452821--25452867	19	2.3	21	82	7	62	70	0	2	27	0.99
25453538--25453580	21	2.1	21	83	12	54	11	2	16	69	1.28
25453809--25453857	21	2.3	21	89	0	71	79	0	4	16	0.88
25453964--25454095	47	2.8	46	80	10	126	43	17	10	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25453964--25454200	49	4.8	50	78	10	229	44	17	10	27	1.82
25454011--25454205	104	1.9	101	85	7	268	44	17	11	27	1.83
25454187--25454224	19	2.0	19	100	0	76	52	10	0	36	1.36
25454138--25454266	68	1.9	68	84	6	172	44	16	7	31	1.75
25454348--25454551	99	2.1	99	81	3	241	40	21	13	25	1.89
25454472--25454636	76	2.2	75	83	2	206	37	21	15	24	1.93
25454640--25454886	75	3.3	75	81	2	298	40	25	12	21	1.89
25454863--25455504	42	15.8	41	75	7	441	40	21	12	25	1.88
25454870--25455011	75	1.9	75	85	2	196	43	20	11	23	1.85
25455014--25455491	82	5.8	81	79	6	451	39	21	12	26	1.89
25454941--25455508	124	4.6	124	86	1	730	40	21	12	25	1.88
25455634--25455725	43	2.2	43	86	9	127	45	20	6	27	1.75
25455959--25456091	35	3.8	35	86	3	180	36	10	13	39	1.79
25455959--25456091	70	1.9	69	89	4	205	36	10	13	39	1.79
25456030--25456146	59	2.0	59	86	0	162	39	11	12	35	1.81
25456360--25456404	21	2.1	22	83	4	56	20	22	6	51	1.70
25462464--25462507	21	2.1	21	87	8	63	72	2	0	25	0.96
25463384--25463451	5	11.8	6	74	24	58	82	0	14	2	0.79
25463387--25463475	15	5.2	16	74	14	63	80	0	13	5	0.87
25463386--25463445	19	3.4	18	76	17	63	85	0	13	1	0.69
25463384--25463490	40	2.7	38	79	14	110	80	0	12	7	0.90
25463384--25463485	16	6.4	16	80	17	74	80	0	12	6	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25463426--25463491	20	3.2	20	77	10	71	78	0	9	12	0.95
25463386--25463499	16	7.3	15	80	15	67	80	0	10	8	0.90
25464091--25464138	17	2.9	16	87	9	69	52	0	0	47	1.00
25464091--25464138	8	5.8	8	92	4	69	52	0	0	47	1.00
25464612--25464662	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
25464797--25464830	16	2.1	16	94	0	59	73	0	2	23	0.97
25464797--25464848	20	2.7	20	82	14	72	71	1	3	23	1.13
25470029--25470068	19	2.0	20	95	4	73	50	5	0	45	1.23
25473792--25473838	4	11.8	4	83	0	58	0	21	4	74	0.99
25474480--25474598	63	1.9	63	92	1	204	22	21	15	40	1.91

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