genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  102  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18257825--18257877	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
18257990--18259793	711	2.5	707	86	3	2551	26	23	23	27	2.00
18259790--18263601	682	5.4	712	85	4	5048	26	24	23	25	2.00
18262147--18263601	699	2.1	699	86	3	2044	26	23	23	26	2.00
18263575--18263627	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
18264473--18264525	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18264658--18264710	26	2.0	26	96	0	97	26	20	28	24	1.99
18266720--18269456	899	3.1	884	86	3	3830	25	23	25	25	2.00
18269358--18269410	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
18270066--18270118	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
18271869--18271921	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18272769--18272821	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
18273952--18279290	878	6.0	875	80	9	5474	24	23	25	26	2.00
18273952--18279250	890	6.0	873	79	10	5061	24	23	25	26	2.00
18277459--18277512	27	2.0	27	89	7	83	27	20	20	31	1.97
18280847--18280899	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
18280310--18292324	901	13.5	881	82	7	12459	26	24	23	25	2.00
18283535--18283587	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
18284437--18284489	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
18286193--18286245	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
18286333--18287944	835	1.9	835	92	0	2724	26	25	23	25	2.00
18287921--18287973	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18288816--18288868	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
18287108--18292324	906	5.8	902	86	3	6720	26	24	23	25	2.00
18289722--18289774	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18298945--18299000	26	2.2	26	90	0	85	28	23	19	28	1.98
18299834--18299889	26	2.2	26	93	0	94	32	25	16	26	1.96
18297980--18303239	891	5.9	886	83	7	6213	26	24	23	25	2.00
18300700--18300757	26	2.2	26	84	0	80	29	27	18	24	1.98
18301592--18301644	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18302490--18302542	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
18303216--18303265	26	1.9	26	91	0	82	26	26	18	30	1.98
18306301--18306353	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
18307198--18307250	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18307384--18307437	26	2.0	27	92	3	92	25	20	29	24	1.99
18309433--18312166	892	3.1	882	83	7	3352	25	23	24	26	2.00
18312068--18312120	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
18312775--18312827	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
18314570--18314620	26	2.0	24	85	7	66	27	19	25	27	1.99
18315467--18315519	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
18320160--18320211	26	2.0	26	96	0	95	26	19	25	28	1.98
18316651--18324420	877	8.7	897	83	6	9128	25	23	24	26	2.00
18323751--18325101	681	2.0	677	88	1	2035	26	21	24	27	1.99
18325336--18325388	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18326212--18326263	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
18324428--18327883	897	3.9	896	88	4	4774	25	23	24	26	2.00
18327109--18327160	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
18329481--18329533	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18329743--18331206	737	2.0	737	89	0	2268	26	22	23	27	2.00
18331122--18331174	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18332023--18332075	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18330411--18335701	901	5.9	902	86	3	7088	25	23	24	25	2.00
18332912--18332967	26	2.2	26	90	6	87	26	17	25	30	1.97
18333789--18333845	26	2.1	27	90	3	89	28	17	24	29	1.97
18334680--18334735	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
18335581--18335636	26	2.2	26	93	0	94	28	19	21	30	1.98
18344721--18344773	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18343511--18345555	889	2.3	895	88	2	2981	24	23	25	26	2.00
18346440--18346492	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
18348198--18348250	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18345580--18349126	892	4.0	892	82	6	3547	25	23	24	25	2.00
18350490--18350542	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
18351280--18351332	26	2.0	26	85	0	70	28	20	24	26	1.99
18351678--18353938	845	2.6	847	85	4	2898	25	23	24	26	2.00
18353134--18354740	802	2.0	802	89	1	2474	25	23	23	27	2.00
18355631--18356035	223	1.8	223	87	0	612	21	29	31	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18356699--18356751	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
18357456--18357719	130	2.0	130	99	0	519	23	34	23	17	1.96
18358442--18358494	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
18361539--18361591	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
18364188--18364240	26	2.0	26	89	7	81	26	18	22	32	1.97
18364489--18366104	808	2.0	808	88	1	2382	25	24	23	26	2.00
18366770--18366822	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18365898--18371118	902	5.8	899	87	3	6973	25	24	24	25	2.00
18368563--18368615	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18369465--18369517	26	2.0	26	100	0	106	26	24	22	26	2.00
18371625--18371677	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
18373517--18373569	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18374405--18374457	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
18372781--18375333	900	2.8	889	86	4	3486	25	23	25	26	2.00
18376454--18376506	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18376728--18377924	613	2.0	613	88	1	1808	26	22	22	27	1.99
18377968--18378020	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18378200--18378232	4	8.2	4	93	0	57	3	24	72	0	0.98
18378780--18378813	11	3.1	11	100	0	68	8	26	44	20	1.81
18378891--18378943	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18377341--18384425	871	7.9	898	85	5	9053	24	24	25	25	2.00
18379795--18379847	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18383327--18383405	26	3.0	26	96	0	140	26	20	26	26	1.99
18384238--18384289	26	2.0	26	92	0	86	28	17	25	28	1.97
18384998--18385050	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
18385901--18385953	26	2.0	26	88	0	79	26	16	22	33	1.96
18386800--18386852	26	2.0	26	88	0	79	30	20	22	26	1.98
18384421--18390022	903	6.3	897	86	4	7692	25	23	24	26	2.00
18389430--18389482	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
18390499--18390797	59	5.0	59	90	4	442	33	11	8	46	1.70
18390499--18390795	119	2.5	120	89	6	451	33	11	8	46	1.70
18390826--18390939	17	7.1	16	68	16	58	72	3	3	20	1.14
18390800--18390885	39	2.2	39	81	10	95	74	1	9	15	1.12
18390909--18390947	4	9.8	4	83	10	53	76	2	0	20	0.90
18390827--18390944	21	5.6	21	68	17	50	72	3	3	20	1.13
18390909--18390944	13	2.8	13	91	4	56	77	2	0	19	0.88
18391788--18391835	18	2.6	18	86	3	69	68	4	6	20	1.28
18391895--18392006	4	28.8	4	73	18	53	66	2	0	30	1.12
18392013--18392055	17	2.5	17	76	0	50	79	4	11	4	1.04
18392219--18392291	10	7.4	10	77	13	80	0	0	15	84	0.61
18392218--18392291	7	10.6	7	74	18	57	0	0	14	85	0.61
18392220--18392291	19	3.7	18	84	14	90	0	0	15	84	0.62
18392299--18392640	42	8.1	41	88	6	490	35	23	18	23	1.96
18393855--18393921	16	4.0	17	73	19	61	5	16	0	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18393855--18393926	25	2.8	24	73	24	67	6	18	0	75	1.02
18397817--18398297	60	8.0	60	83	9	574	31	12	9	46	1.73
18397817--18398297	59	8.0	62	83	9	597	31	12	9	46	1.73
18398305--18398385	6	13.7	6	72	16	62	79	1	4	14	0.97
18398319--18398373	17	3.2	17	84	5	76	81	1	3	12	0.89
18398328--18398385	17	3.4	17	72	13	57	79	1	5	13	0.98
18398300--18398431	22	6.2	20	68	18	63	73	3	4	18	1.14
18398315--18398439	18	7.1	18	68	13	64	74	4	3	18	1.11
18398331--18398439	22	4.7	21	69	16	65	73	4	3	18	1.16
18398408--18398462	26	2.1	26	83	6	67	76	3	3	16	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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