genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  94  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17191298--17191350	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17192179--17192231	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17193066--17193118	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17194881--17194932	25	2.0	26	85	3	70	28	21	25	25	1.99
17187557--17195804	904	9.2	899	85	3	10318	25	24	24	25	2.00
17197031--17197083	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17195895--17199701	902	4.2	902	86	3	5099	25	24	24	25	2.00
17195895--17199701	894	4.2	895	85	3	4966	25	24	24	25	2.00
17199836--17199888	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
17200021--17200073	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
17199815--17200232	185	2.3	185	96	0	791	20	25	30	23	1.98
17200919--17200968	26	1.9	26	91	0	82	30	16	22	32	1.95
17202676--17202728	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17204193--17204242	26	1.9	26	91	0	82	24	8	10	58	1.57
17204662--17204714	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
17207324--17207376	26	2.0	26	85	0	70	32	18	18	30	1.96
17208213--17208264	26	2.0	26	96	0	95	30	19	21	28	1.97
17209097--17209149	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17210887--17210939	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
17211787--17211838	26	2.0	26	92	0	86	26	15	26	30	1.96
17204084--17263205	895	64.7	894	71	13	19758	25	24	24	25	2.00
17212689--17212741	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17213592--17213644	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17214487--17214539	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17215384--17215436	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
17216283--17216335	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
17217202--17217570	159	2.3	159	81	4	422	23	29	27	18	1.98
17217972--17218044	26	2.8	26	91	0	128	31	21	21	24	1.98
17218024--17221294	888	3.7	877	84	6	4063	25	23	24	26	2.00
17220497--17220549	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17221322--17221374	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17222203--17222254	26	2.0	26	92	0	86	30	19	21	28	1.97
17223987--17224045	26	2.3	26	86	11	79	28	20	20	30	1.97
17224888--17224938	26	2.0	26	88	7	77	25	17	29	27	1.98
17225772--17225830	26	2.3	26	88	5	86	28	18	22	30	1.97
17221319--17263205	902	46.1	898	74	10	25869	25	24	24	25	2.00
17221312--17231281	890	11.1	897	85	3	12225	25	23	24	25	2.00
17229370--17229422	26	2.0	26	96	0	97	32	20	22	24	1.98
17230270--17230374	26	4.0	26	93	0	183	28	18	25	27	1.98
17233424--17233476	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17236117--17236195	26	3.0	26	94	0	140	27	18	25	27	1.98
17237044--17237093	25	2.0	26	96	4	93	28	20	24	28	1.99
17241475--17241522	25	2.0	25	88	12	73	29	18	25	27	1.98
17243243--17243295	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244146--17244198	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17245038--17245088	26	2.0	26	96	0	93	29	15	25	29	1.96
17247538--17247590	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
17248735--17248763	11	2.6	11	100	0	58	20	31	31	17	1.96
17249720--17249772	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
17251508--17251586	26	3.0	26	98	0	149	26	17	26	29	1.98
17252430--17252481	26	2.0	25	85	10	70	28	15	25	30	1.96
17253313--17253365	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
17254195--17254246	26	2.0	26	85	3	70	28	23	23	25	1.99
17256876--17256928	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17260453--17260505	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17261340--17261392	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
17262234--17262284	26	2.0	26	96	0	93	25	25	23	25	2.00
17263130--17263182	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
17270269--17270345	26	3.0	26	98	0	145	28	15	25	29	1.96
17271190--17271242	26	2.0	26	92	7	90	26	16	28	28	1.97
17272090--17272142	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
17273868--17273920	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
17274774--17274826	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17270293--17275622	887	5.9	897	86	3	6981	25	23	24	25	2.00
17277400--17277455	26	2.2	26	93	0	94	30	19	19	30	1.97
17275629--17282821	905	8.0	903	87	2	9468	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17280110--17280162	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
17281018--17281067	26	1.9	26	95	0	91	30	20	26	24	1.98
17283626--17295076	893	12.9	901	86	4	13980	25	23	24	26	2.00
17290570--17290622	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17293218--17293270	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17294980--17295032	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
17296125--17296177	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17297030--17297082	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
17297419--17297471	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
17299652--17299704	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17299837--17299889	26	2.0	27	92	3	90	26	16	26	30	1.97
17299629--17300049	186	2.3	185	82	4	492	23	26	27	23	2.00
17300909--17300987	26	3.0	26	98	0	149	27	20	25	26	1.99
17300964--17301307	159	2.2	158	86	3	478	20	28	29	20	1.98
17302004--17302056	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
17302714--17302766	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
17303607--17303656	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
17302285--17304534	873	2.6	874	85	4	2938	26	24	24	25	2.00
17304482--17304560	26	3.0	26	92	0	131	27	20	24	27	1.99
17305218--17305270	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
17306114--17306166	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17304792--17318711	883	15.7	892	84	4	16445	25	23	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17309660--17309712	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17310552--17310604	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
17312361--17312413	26	2.0	26	92	0	88	32	20	20	26	1.98
17313250--17313299	26	1.9	26	91	0	82	28	20	24	28	1.99
17314133--17314185	26	2.0	26	96	0	97	28	16	26	28	1.97
17316765--17316815	26	2.0	26	92	0	84	29	17	23	29	1.97
17317651--17317700	26	1.9	26	95	0	91	28	18	30	24	1.97
17318539--17318590	26	2.0	26	92	0	86	28	17	21	32	1.96
17318889--17318941	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
17318739--17321113	911	2.6	899	86	3	3144	24	24	25	25	2.00
17321248--17321288	20	2.0	20	95	0	73	29	41	24	4	1.75
17321450--17321502	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17323218--17323268	26	2.0	26	96	0	93	29	15	27	27	1.96
17324121--17324173	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
17321109--17325430	905	4.9	891	82	6	4714	25	23	25	25	2.00
17325017--17325069	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
17325793--17325871	26	3.0	26	92	0	131	27	18	24	29	1.98
17328375--17328426	25	2.0	26	89	10	81	30	17	21	30	1.96
17330993--17331045	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
17331892--17331944	26	2.0	26	92	0	88	26	13	26	33	1.93
17329700--17334053	898	4.9	893	83	6	4914	25	23	25	25	2.00
17334943--17334995	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17335836--17335888	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17334072--17339573	901	6.0	898	85	4	6492	25	23	24	25	2.00
17336737--17336789	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17338543--17338595	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17340874--17340926	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
17341760--17341810	26	2.0	26	100	0	102	27	19	27	25	1.99
17342662--17342711	26	1.9	26	91	0	82	28	18	26	28	1.98
17340574--17351695	908	12.5	902	86	4	13845	25	24	25	25	2.00
17343567--17343619	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17344470--17344522	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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