genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  41  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8549974--8550117	61	2.4	60	79	10	159	38	4	20	36	1.72
8551036--8551199	87	1.9	87	79	2	186	39	4	16	39	1.68
8551113--8551266	62	2.5	63	79	8	172	35	5	21	37	1.76
8551485--8551686	112	1.8	110	81	8	248	41	4	15	38	1.69
8557040--8557081	22	1.9	22	100	0	84	19	4	33	42	1.72
8559474--8559513	20	2.0	21	85	14	57	40	7	25	27	1.82
8566642--8566671	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
8568017--8568058	18	2.3	19	83	4	50	66	0	2	30	1.04
8568117--8568145	12	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
8568436--8568470	15	2.3	16	90	9	56	48	0	0	51	1.00
8571130--8571255	62	2.0	61	85	7	166	30	15	14	39	1.87
8571894--8572051	66	2.4	65	81	6	178	37	15	10	36	1.82
8572496--8572840	64	5.5	62	73	12	217	42	13	11	32	1.80
8572569--8572715	64	2.3	64	90	1	224	41	14	12	30	1.84
8572746--8572992	62	4.0	63	75	9	195	38	12	13	36	1.82
8572774--8572992	62	3.5	61	77	9	217	37	10	14	36	1.82
8572496--8573015	125	4.1	125	73	9	344	40	13	13	33	1.83
8574377--8574405	10	2.9	10	100	0	58	0	20	10	68	1.18
8575748--8575842	34	2.8	34	81	0	100	37	12	11	37	1.80
8583427--8583467	20	2.0	21	85	4	57	43	36	0	19	1.51
8584384--8584423	20	2.0	21	85	5	55	47	15	2	35	1.58
8584933--8584991	29	2.0	29	83	0	73	54	18	0	27	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8598844--8598913	9	7.4	10	77	15	60	12	1	1	84	0.76
8598844--8598907	19	3.6	18	83	10	78	10	1	1	85	0.72
8598844--8598895	1	52.0	1	86	0	59	7	0	1	90	0.53
8598863--8598945	9	9.0	9	74	10	51	28	1	2	67	1.11
8598862--8598913	19	2.7	19	81	0	59	17	1	1	78	0.93
8599107--8599154	14	3.4	14	80	11	53	10	16	0	72	1.10
8601408--8601534	66	1.9	67	93	1	220	36	17	10	36	1.84
8601776--8601849	34	2.2	35	83	7	91	40	13	9	36	1.77
8604133--8604194	30	2.1	30	84	0	79	41	6	0	51	1.27
8604229--8604270	17	2.4	18	78	21	54	38	2	0	59	1.10
8607715--8607745	15	2.1	15	93	0	53	22	6	22	48	1.73
8607723--8607771	20	2.4	20	89	3	71	28	4	20	46	1.68
8608142--8608241	12	7.8	13	72	14	73	20	4	0	76	0.95
8608144--8608206	25	2.6	25	85	7	76	22	1	0	76	0.88
8608150--8608190	21	2.0	20	90	4	64	24	0	0	75	0.80
8613139--8613179	8	5.2	8	82	5	57	41	0	0	58	0.98
8613139--8613194	15	3.6	16	80	7	62	46	0	0	53	1.00
8613165--8613216	21	2.5	21	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8624300--8624350	18	2.9	17	75	16	50	17	5	0	76	0.98
8625670--8625712	6	7.5	6	84	10	54	11	2	2	83	0.83
8625670--8625712	11	3.8	12	81	9	54	11	2	2	83	0.83
8625670--8625712	22	1.9	23	85	4	61	11	2	2	83	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8625876--8626239	135	2.7	135	82	8	424	48	5	10	35	1.60
8626095--8626122	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8626109--8626289	58	3.1	56	70	15	161	46	4	10	37	1.60
8629499--8629537	15	2.7	14	88	4	51	20	25	7	46	1.77
8636320--8636357	9	4.3	9	80	6	51	84	2	2	10	0.83
8636319--8636357	17	2.4	16	91	4	60	82	2	2	12	0.89
8637303--8637540	44	5.3	44	84	6	275	23	13	17	44	1.84
8637303--8637540	89	2.7	89	87	5	313	23	13	17	44	1.84
8637303--8637581	44	6.3	43	85	5	269	24	12	17	45	1.83
8637303--8637589	133	2.2	134	83	6	345	25	12	16	44	1.83
8638614--8638640	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
8638879--8639128	71	3.5	70	77	11	269	50	4	9	35	1.56
8638858--8639125	141	1.9	143	87	6	395	50	4	9	35	1.56
8639059--8639287	56	4.0	58	78	7	227	51	6	8	33	1.58
8639059--8639287	116	2.0	114	81	2	262	51	6	8	33	1.58
8641271--8641312	21	2.0	21	100	0	84	19	23	19	38	1.93
8641736--8643148	144	10.0	143	84	4	1647	28	15	11	44	1.82
8641736--8643148	285	5.0	286	83	3	1668	28	15	11	44	1.82
8641736--8643148	429	3.3	429	84	4	1728	28	15	11	44	1.82
8646710--8646778	28	2.5	26	79	9	66	23	5	1	69	1.18
8646717--8646809	9	10.0	9	68	19	57	33	4	1	61	1.23
8646744--8646809	19	3.6	18	80	8	62	37	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646725--8646946	124	1.8	124	83	10	305	31	7	5	55	1.50
8646989--8647033	15	2.8	17	71	21	51	26	0	8	64	1.23
8647392--8647431	12	3.5	11	83	10	53	17	2	0	80	0.83
8647392--8647432	17	2.3	18	84	16	59	17	2	0	80	0.82
8649510--8649557	24	2.0	24	95	0	87	25	14	12	47	1.79
8661334--8661374	19	2.2	19	95	0	73	41	21	4	31	1.74
8673717--8673861	77	1.9	74	85	10	197	57	5	7	28	1.49
8674160--8674193	15	2.4	14	90	9	52	44	0	5	50	1.26
8674168--8674202	15	2.3	15	90	0	52	54	0	2	42	1.15
8683339--8683368	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
8684478--8684744	143	1.9	143	88	1	410	32	15	13	38	1.87
8685486--8685552	32	2.1	32	88	0	98	26	13	17	41	1.87
8686934--8686976	20	2.2	20	87	8	61	30	6	2	60	1.35
8686944--8686996	20	2.5	20	84	6	61	28	5	7	58	1.48
8687520--8687567	23	2.1	23	100	0	96	29	16	6	47	1.71
8689940--8689973	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8698937--8698967	12	2.7	12	95	5	55	87	0	12	0	0.55
8699059--8699135	38	2.0	38	89	0	118	41	19	5	33	1.74
8706099--8706193	32	3.0	32	82	0	118	33	28	16	21	1.95
8706960--8707012	17	3.1	17	83	5	63	67	5	0	26	1.12
8708417--8708471	25	2.2	25	86	0	74	49	10	16	23	1.77
8709007--8709052	18	2.6	17	86	10	65	58	2	2	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8709010--8709062	18	3.2	15	78	19	52	60	1	1	35	1.19
8725970--8726012	23	1.9	22	85	4	59	44	2	2	51	1.27
8726241--8726285	14	3.3	13	78	9	54	46	2	2	48	1.26
8726615--8726684	35	2.0	35	88	5	106	27	0	5	67	1.13
8726659--8726684	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
8726658--8726690	14	2.3	15	85	15	52	9	0	6	84	0.76
8727244--8727293	18	2.7	19	73	11	50	62	0	4	34	1.14
8727334--8727366	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
8727687--8727721	18	1.9	18	88	11	54	48	0	0	51	1.00
8737617--8737648	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
8737643--8737675	15	2.2	15	94	0	57	36	18	6	39	1.75
8743081--8743230	74	2.0	73	87	6	214	32	15	11	41	1.82
8743227--8743251	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
8749731--8749817	43	2.0	43	100	0	174	42	29	0	27	1.56
8750082--8750127	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
8750134--8750290	52	3.0	52	85	3	192	27	26	7	39	1.82
8750670--8750754	31	2.8	30	85	5	107	23	21	22	32	1.98
8751239--8751385	52	2.8	52	81	6	174	27	24	6	41	1.80
8762283--8762321	18	2.1	19	90	4	62	48	2	0	48	1.15
8762951--8763631	233	2.9	231	75	8	495	52	5	8	33	1.57
8763701--8764541	233	3.6	228	76	10	645	51	4	9	34	1.56
8763001--8765293	235	9.8	231	71	12	818	52	5	9	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8763663--8765293	470	3.5	466	75	9	1316	52	5	9	32	1.57
8766224--8766253	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8767201--8767235	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
8769879--8769947	35	2.0	35	91	0	111	34	8	17	39	1.80
8774981--8775013	17	1.9	17	88	11	50	30	36	0	33	1.58
8777557--8778589	161	6.4	159	79	5	943	33	10	13	42	1.78
8777556--8778592	482	2.2	480	82	3	1226	33	10	13	42	1.78
8777546--8778589	321	3.3	320	79	5	1088	33	9	13	42	1.78
8780025--8780131	34	3.2	33	82	10	85	37	14	11	36	1.83
8780047--8780133	34	2.6	34	87	5	115	39	16	8	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195