genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  109  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197805--19197857	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19196919--19201300	900	4.9	900	87	2	6042	25	25	24	25	2.00
19199608--19199660	26	2.0	26	92	0	88	32	24	16	26	1.97
19200505--19200556	26	2.0	26	96	0	95	26	25	21	26	1.99
19202110--19202160	26	1.9	27	96	4	95	27	25	17	29	1.98
19201245--19204615	895	3.8	901	88	2	4767	25	24	23	25	2.00
19203907--19203959	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19204346--19204884	269	2.0	270	90	0	855	32	25	18	24	1.97
19205072--19205124	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
19206975--19207027	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
19207438--19207490	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19207978--19208030	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19209247--19209299	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19210134--19210186	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19211027--19211078	26	2.0	26	88	0	77	28	26	15	28	1.96
19207032--19212150	893	5.7	900	77	7	4915	25	24	24	25	2.00
19211922--19211974	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
19212150--19213547	684	2.0	684	99	0	2733	26	24	22	25	2.00
19213323--19214796	732	2.0	733	87	2	2134	27	24	22	26	1.99
19215795--19215841	24	2.0	24	91	0	76	19	23	25	31	1.98
19216320--19216372	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19218278--19218330	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19220060--19220112	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19217405--19235356	903	19.9	896	77	9	13754	25	24	24	25	2.00
19221827--19221879	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19220959--19223530	894	2.9	893	87	3	3425	25	24	24	25	2.00
19224665--19224717	26	2.0	26	92	0	88	28	26	18	26	1.98
19224508--19224929	185	2.3	184	81	4	483	22	27	27	22	1.99
19224884--19235356	905	11.9	864	81	6	8803	25	24	24	25	2.00
19229192--19229244	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
19230070--19230122	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
19230973--19231025	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19231871--19231923	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19232776--19232828	26	2.0	26	85	0	70	16	26	24	32	1.97
19233678--19233730	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
19235877--19235919	19	2.3	19	87	0	59	37	11	25	25	1.90
19236174--19236227	26	2.1	26	100	0	108	24	25	22	27	2.00
19236200--19237595	707	2.0	707	89	1	2129	27	22	23	26	1.99
19239346--19239398	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19238812--19245419	903	7.4	900	85	2	8237	26	24	23	25	2.00
19242027--19242079	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19243831--19243882	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
19244727--19244778	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
19245458--19245536	26	3.0	26	94	0	131	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19246386--19246438	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19247291--19247341	26	2.0	26	92	0	84	31	19	19	29	1.97
19245484--19250760	898	5.9	900	86	2	6838	26	24	23	25	2.00
19249086--19249138	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19249978--19252181	710	3.1	707	84	3	2764	26	24	23	26	2.00
19251417--19253214	900	2.0	898	87	2	2559	25	25	23	25	2.00
19252945--19253373	163	2.7	163	81	3	467	19	31	27	22	1.98
19253351--19253428	26	3.0	26	92	1	122	29	23	19	28	1.98
19254457--19254508	26	2.0	25	88	3	77	25	23	23	28	1.99
19254483--19257375	703	4.1	710	87	3	3987	26	22	23	26	2.00
19257485--19257537	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19257398--19258349	478	2.0	476	88	0	1429	21	25	27	25	1.99
19261831--19261883	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
19263629--19263678	26	1.9	26	91	0	82	28	24	18	30	1.97
19263552--19265032	731	2.0	719	86	4	2062	26	23	23	25	2.00
19267121--19267171	26	2.0	26	92	0	84	31	25	17	25	1.97
19268020--19268072	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
19270677--19270726	26	1.9	26	95	0	91	22	28	20	30	1.98
19268815--19275258	878	7.2	879	83	6	7255	25	25	23	25	2.00
19272434--19272490	26	2.3	25	90	6	89	35	26	12	26	1.92
19273299--19273352	27	2.0	26	85	3	72	27	22	20	29	1.98
19275103--19275155	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19275621--19275699	26	3.0	26	98	0	149	26	26	18	27	1.98
19276549--19276601	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19277242--19277667	185	2.3	185	84	0	546	20	27	28	22	1.99
19278490--19278542	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19277427--19284688	912	8.1	903	86	3	9374	25	25	23	25	2.00
19280257--19280309	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19281157--19281209	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19282049--19282101	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
19282960--19283012	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19283891--19283950	26	2.3	26	94	0	102	33	23	15	28	1.94
19283932--19285385	717	2.0	715	87	2	2120	27	24	21	26	2.00
19284902--19286246	721	1.9	717	89	2	2088	28	24	21	25	1.99
19287243--19287292	26	1.9	26	87	0	73	34	22	16	28	1.95
19288123--19288174	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
19288983--19289035	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19289863--19289915	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
19290769--19290821	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
19292544--19292596	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
19293438--19293487	26	1.9	26	95	0	91	24	30	18	28	1.97
19288266--19301304	902	14.7	893	83	5	15333	25	24	24	25	2.00
19294340--19294392	26	2.0	26	96	0	97	26	28	16	28	1.97
19297844--19297893	26	1.9	26	100	0	100	24	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19298737--19298789	26	2.0	26	88	0	79	28	24	18	28	1.98
19299434--19299487	27	2.0	27	88	0	81	9	59	20	11	1.59
19300534--19300586	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
19296094--19301304	903	5.8	893	83	6	6094	25	24	24	25	2.00
19301278--19301330	26	2.0	26	85	0	70	32	22	18	26	1.97
19302167--19302219	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19305648--19305700	26	2.0	26	96	0	97	30	28	15	26	1.96
19306719--19306770	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
19305895--19308010	904	2.3	905	88	1	3181	25	24	24	25	2.00
19309214--19309265	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
19308006--19310077	893	2.3	887	87	3	2963	25	25	24	24	2.00
19309607--19310537	468	2.0	466	88	2	1393	29	24	21	24	1.99
19310579--19310632	26	2.1	26	89	0	81	27	24	18	29	1.98
19311473--19311525	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19312365--19312417	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19310074--19313574	905	3.9	899	85	4	4426	25	24	24	25	2.00
19314910--19314961	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
19313571--19317158	883	4.0	883	83	6	4132	26	24	23	25	2.00
19314395--19317010	866	3.0	852	83	6	3057	25	24	23	25	2.00
19316655--19316713	26	2.3	26	88	5	86	30	27	16	25	1.97
19318110--19318162	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19319009--19319061	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19317164--19320606	903	3.8	898	87	2	4713	26	24	23	25	2.00
19319912--19319964	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19321461--19321512	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
19323191--19323243	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19324068--19324118	26	2.0	26	92	0	84	29	25	13	31	1.94
19324424--19324473	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
19325092--19325144	26	2.0	26	85	0	70	24	20	20	33	1.97
19325962--19326012	26	2.0	26	92	0	84	29	25	13	31	1.94
19328660--19328712	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19333098--19333150	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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