genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  126  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21509544--21509596	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
21511157--21511209	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21512062--21512114	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21512961--21513013	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
21513852--21513904	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21514746--21514798	26	2.0	26	92	0	88	30	16	24	28	1.97
21515635--21515688	26	2.1	26	92	0	90	31	22	22	24	1.98
21516533--21516585	26	2.0	26	82	13	65	32	15	24	28	1.95
21517426--21517478	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
21518333--21518386	26	2.0	27	86	10	76	31	16	25	25	1.97
21510411--21522382	903	13.3	902	87	2	16055	25	24	24	25	2.00
21519235--21519286	26	2.0	26	92	0	86	28	15	26	28	1.96
21520122--21520174	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
21521021--21521073	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
21521928--21521982	26	2.1	27	86	10	78	32	16	25	25	1.96
21522750--21522801	25	2.0	26	88	3	79	28	19	23	28	1.98
21521553--21523205	824	2.0	829	88	1	2433	25	24	24	24	2.00
21523648--21523700	26	2.0	26	82	13	65	28	16	24	30	1.97
21522383--21524614	902	2.5	894	87	3	3163	25	24	24	25	2.00
21524538--21524590	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
21525280--21525332	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21526171--21526223	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21527077--21527129	26	2.0	26	92	0	88	33	20	18	26	1.96
21524564--21527806	900	3.6	892	85	5	4277	25	23	24	26	2.00
21529555--21529607	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21531328--21531380	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21528851--21533863	900	5.7	880	83	6	6092	26	24	23	25	2.00
21532207--21532259	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21533122--21533174	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21533839--21533891	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21534734--21534786	26	2.0	26	96	0	97	26	28	18	26	1.98
21536516--21536568	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21539189--21539241	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
21540091--21540143	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
21538322--21546323	902	9.0	902	87	4	9896	25	24	24	25	2.00
21541885--21541937	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
21533865--21545397	892	13.0	868	85	6	12888	25	24	24	25	2.00
21545373--21545452	26	3.1	26	87	0	115	27	22	20	30	1.98
21545902--21546750	427	2.0	427	86	1	1173	25	26	24	23	2.00
21547799--21548348	275	2.0	276	90	1	881	38	17	15	28	1.90
21548615--21548667	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21550841--21558786	894	8.9	898	83	5	9124	26	24	23	25	2.00
21554364--21554442	26	3.0	26	88	0	122	31	24	17	26	1.97
21555275--21555327	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21556174--21556226	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21557070--21557120	26	2.0	26	88	0	75	25	29	15	29	1.96
21559577--21559629	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21561320--21561372	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21562226--21562275	26	1.9	26	91	0	82	24	30	18	28	1.97
21558816--21563774	883	5.6	876	83	6	5892	26	24	23	25	2.00
21565537--21565589	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21563861--21572435	898	9.7	898	86	4	11384	25	24	24	25	2.00
21566427--21566479	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21568197--21568252	26	2.2	26	100	0	112	32	25	16	26	1.96
21570858--21570908	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
21574094--21574146	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21575847--21575899	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21578126--21578178	26	2.0	26	85	0	70	32	22	16	28	1.96
21580764--21580819	26	2.2	26	93	0	94	35	25	14	25	1.93
21581631--21581686	26	2.2	26	93	0	94	35	25	14	25	1.93
21577374--21587685	870	11.7	877	86	4	12331	25	24	23	25	2.00
21586022--21586074	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21584243--21587685	904	3.9	902	85	3	4451	25	24	23	25	2.00
21586920--21588396	718	2.1	701	87	3	2104	26	23	23	26	2.00
21588503--21588555	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21587625--21607042	877	21.9	877	79	8	17446	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21594654--21594704	26	2.0	26	92	7	86	23	23	19	33	1.97
21595552--21595604	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
21596421--21596473	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21596905--21596955	26	2.0	26	92	0	84	29	25	15	29	1.96
21599237--21599289	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
21601878--21601928	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
21597319--21607060	904	11.1	894	83	5	11209	25	24	24	25	2.00
21607871--21607923	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21608765--21608842	26	3.0	26	98	1	149	26	26	19	26	1.99
21607005--21609622	902	2.9	910	85	6	3577	26	24	24	25	2.00
21610159--21610211	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21611249--21611301	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21613033--21613085	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21611238--21613826	884	2.9	879	87	4	3623	25	24	24	25	2.00
21613059--21614535	715	2.1	708	88	2	2208	27	23	22	26	2.00
21615524--21615576	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21616416--21616468	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
21613771--21619752	888	6.7	883	85	5	7577	25	24	23	25	2.00
21619076--21619132	26	2.2	26	90	6	89	28	22	21	28	1.99
21620217--21620741	57	9.0	57	87	5	714	34	12	8	44	1.73
21620217--21620741	116	4.5	115	87	5	741	34	12	8	44	1.73
21620759--21620816	17	3.4	16	81	9	55	82	1	3	12	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21620756--21620788	7	4.9	7	88	7	50	84	0	0	15	0.61
21620759--21620817	11	5.3	10	75	20	55	81	1	3	13	0.90
21620803--21620842	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21621843--21621979	6	22.3	6	75	18	61	69	1	2	27	1.09
21621897--21622018	6	19.7	6	81	8	129	76	0	2	20	0.96
21622300--21622424	6	21.2	6	77	8	69	72	0	2	24	1.01
21622299--21622420	5	22.0	5	77	17	50	72	0	2	24	1.03
21622301--21622422	23	5.5	21	71	16	70	72	0	2	24	1.03
21621683--21622489	404	2.0	404	92	2	1336	58	9	8	23	1.57
21622714--21622742	12	2.4	12	100	0	58	0	0	6	93	0.36
21622746--21623124	41	9.1	42	89	2	588	37	23	16	22	1.93
21624366--21624440	27	2.8	26	80	11	80	9	21	0	69	1.16
21624394--21624433	18	2.3	17	84	16	55	7	20	0	72	1.08
21624752--21624784	9	3.7	9	100	0	66	12	0	0	87	0.53
21628250--21628660	59	7.0	58	87	5	551	34	12	8	44	1.73
21628668--21628737	6	11.5	6	74	18	56	80	1	4	14	0.94
21628678--21628737	18	3.4	18	86	2	86	81	1	3	13	0.89
21628675--21628732	29	2.0	29	83	6	73	81	1	3	13	0.91
21628683--21628748	11	5.9	11	76	15	55	78	1	4	15	0.98
21628724--21628763	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21629822--21629916	5	18.0	5	81	12	86	76	0	3	20	0.91
21629822--21629923	29	3.6	28	81	16	113	77	0	2	19	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21629854--21629916	27	2.3	27	86	13	92	77	0	3	19	0.90
21629823--21629930	6	18.7	6	79	14	95	77	0	2	19	0.88
21630221--21630247	11	2.5	11	100	0	54	0	0	7	92	0.38
21630251--21630389	41	3.4	41	91	2	226	35	23	16	24	1.95
21630370--21630410	21	2.0	20	95	4	73	39	24	12	24	1.89
21630329--21630508	57	3.0	61	88	7	264	36	24	16	22	1.94
21630439--21630472	16	2.1	16	100	0	68	35	35	17	11	1.87
21630455--21630540	41	2.1	42	97	2	165	34	25	17	22	1.95
21631789--21631827	8	4.8	8	87	6	60	10	15	0	74	1.07
21631819--21631862	22	2.0	22	86	4	63	9	20	0	70	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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