genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  171  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28493405--28493451	18	2.4	18	86	10	58	72	2	2	23	1.06
28494062--28494108	20	2.2	22	81	11	62	57	4	2	36	1.30
28494068--28494107	21	2.0	21	90	5	64	52	5	2	40	1.37
28495434--28495468	16	2.2	16	89	0	52	57	2	11	28	1.48
28495481--28495521	18	2.2	20	86	8	59	65	2	9	21	1.34
28494061--28495991	926	2.1	914	78	6	1977	52	5	9	32	1.57
28496128--28496194	21	3.2	20	77	10	64	55	1	4	38	1.29
28507114--28507148	18	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
28507832--28507875	20	2.2	20	84	8	54	34	2	13	50	1.55
28508004--28508204	10	20.8	9	69	18	70	41	2	3	52	1.33
28507988--28508032	19	2.3	19	84	7	54	33	2	6	57	1.37
28508044--28508098	28	1.9	29	82	10	69	45	0	3	50	1.19
28508111--28508203	29	3.1	28	76	13	80	44	4	2	49	1.34
28508108--28508232	20	6.4	20	69	13	75	41	3	2	52	1.30
28508196--28508248	28	2.0	28	88	7	83	33	3	1	60	1.26
28508076--28508249	10	18.2	10	68	14	66	39	3	2	54	1.32
28508804--28508954	9	16.0	9	68	20	51	39	0	3	56	1.23
28508804--28508897	18	4.8	18	73	16	62	37	1	3	58	1.21
28508841--28508887	19	2.3	20	85	10	60	42	2	0	55	1.12
28508882--28508952	18	3.9	18	78	7	81	40	0	4	54	1.20
28508846--28508954	27	4.0	26	81	12	121	43	0	2	54	1.15
28508846--28508981	18	7.2	19	71	10	66	41	0	3	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508829--28508968	9	14.8	9	70	18	52	41	0	5	52	1.28
28508005--28509468	788	1.8	795	81	9	1804	38	4	9	47	1.57
28508005--28509538	798	1.9	797	80	10	1773	38	5	9	46	1.59
28527182--28527212	10	3.1	10	95	0	53	22	0	48	29	1.51
28528423--28528621	47	4.1	47	73	15	147	55	3	14	27	1.53
28534594--28534702	55	2.0	54	85	5	148	38	17	11	32	1.86
28535534--28535591	26	2.2	26	93	0	98	31	0	22	46	1.52
28535541--28535593	26	2.0	26	100	0	106	26	0	26	47	1.53
28536780--28536820	17	2.4	17	88	12	57	14	7	9	68	1.39
28536779--28536820	19	2.3	18	84	8	59	14	7	9	69	1.37
28540588--28540698	6	17.3	6	72	23	68	23	3	0	72	0.99
28540588--28540667	34	2.4	33	81	12	83	25	2	0	72	0.97
28540639--28540737	16	6.4	15	72	21	53	24	6	0	69	1.10
28540589--28540719	20	6.4	20	73	17	101	22	4	0	73	1.01
28540587--28540727	29	5.0	28	76	15	123	22	5	0	71	1.07
28540588--28540717	42	3.1	43	81	14	132	22	4	0	73	1.02
28540660--28540747	13	6.5	13	73	21	65	21	6	0	71	1.09
28540594--28540737	77	1.9	78	85	4	202	24	4	0	70	1.06
28541537--28541586	3	17.0	3	95	4	93	32	0	0	68	0.90
28541605--28541633	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
28541716--28541807	46	2.0	46	89	2	141	39	8	15	36	1.78
28541658--28541862	108	1.9	103	83	4	257	42	8	14	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541811--28542142	58	5.7	58	78	5	359	43	7	13	35	1.71
28541819--28541965	27	5.1	27	63	23	77	42	6	14	36	1.70
28541819--28542142	116	2.8	114	85	5	409	43	7	13	35	1.72
28541810--28542139	174	1.9	174	85	8	465	44	6	13	35	1.70
28546106--28546138	14	2.4	14	90	5	50	84	0	12	3	0.72
28547342--28547397	22	2.5	22	100	0	112	28	12	23	35	1.91
28547917--28548627	42	17.0	42	82	6	741	26	14	20	38	1.91
28548019--28548621	125	4.8	125	83	7	727	25	15	20	38	1.92
28548691--28548744	5	11.6	5	80	18	55	85	12	0	1	0.69
28548691--28548743	18	3.2	17	87	10	74	84	13	0	1	0.69
28548688--28548744	13	4.5	13	82	10	66	84	14	0	1	0.71
28548695--28548744	19	2.7	17	80	17	55	86	12	0	2	0.67
28548935--28549008	34	2.2	33	86	13	98	25	4	0	70	1.05
28548935--28548983	6	7.5	6	82	13	53	22	2	0	75	0.90
28548944--28549043	49	2.0	52	84	11	136	27	6	0	67	1.14
28548965--28549041	30	2.6	30	76	15	79	25	6	0	67	1.14
28548969--28549036	23	3.1	21	75	17	68	25	5	0	69	1.11
28549946--28550027	6	13.8	6	76	14	73	15	3	1	79	0.94
28549949--28550029	22	3.8	21	74	19	78	16	3	1	79	0.95
28549947--28550024	27	2.8	26	78	16	86	16	3	1	78	0.97
28549948--28550029	33	2.5	32	83	11	105	15	3	1	79	0.94
28550041--28550374	58	5.7	58	84	8	417	44	6	12	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28550110--28550202	29	3.2	30	65	27	81	41	6	12	38	1.69
28550047--28550374	178	1.8	178	89	5	520	43	6	12	37	1.69
28553109--28553150	14	2.9	14	86	10	50	19	2	2	76	1.01
28555259--28555302	16	2.6	17	83	13	56	52	4	0	43	1.22
28555380--28555417	17	2.3	17	95	4	69	36	7	0	55	1.29
28563184--28563210	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
28566522--28566589	19	3.8	19	75	16	74	14	1	10	73	1.16
28566522--28566590	11	6.5	11	68	25	51	14	1	10	73	1.15
28567987--28568053	21	3.3	20	74	16	59	8	0	8	82	0.86
28567985--28568054	10	6.8	10	76	9	52	10	0	8	81	0.88
28567986--28568051	18	3.7	17	78	9	62	9	0	9	81	0.87
28567989--28568059	18	3.8	19	73	15	58	11	0	8	80	0.91
28577530--28577600	35	2.0	35	91	0	115	28	15	19	36	1.92
28578685--28578728	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
28582633--28582676	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
28585460--28585530	35	2.0	35	94	0	124	26	16	19	36	1.94
28589225--28589251	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
28600267--28600303	2	19.0	2	94	5	67	48	0	51	0	1.00
28601259--28601292	17	1.9	18	94	5	61	67	0	2	29	1.05
28610296--28610336	20	2.2	20	86	8	59	0	19	2	78	0.87
28620730--28620760	15	2.1	15	100	0	62	29	38	6	25	1.81
28625091--28625120	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28626671--28626728	21	2.8	19	78	17	62	65	5	1	27	1.23
28626772--28626906	10	13.6	10	66	12	64	51	8	1	38	1.41
28626852--28626913	9	6.7	9	77	14	63	58	4	0	37	1.20
28627022--28627108	37	2.4	36	83	12	99	35	3	1	59	1.22
28627093--28627149	10	5.9	10	77	8	55	33	1	8	56	1.41
28627172--28627220	26	1.9	25	83	4	62	57	0	4	38	1.18
28627326--28627370	20	2.3	20	84	3	56	35	2	8	53	1.45
28627339--28627370	10	3.2	10	90	0	55	28	0	12	59	1.34
28627379--28627434	27	2.0	28	82	3	69	33	3	7	55	1.45
28627519--28627647	9	13.6	9	70	11	71	32	1	10	55	1.44
28627577--28627621	20	2.3	20	88	3	65	26	2	8	62	1.37
28627508--28627647	48	2.9	48	75	10	124	33	2	10	54	1.46
28627674--28627718	19	2.3	19	88	7	63	24	0	4	71	1.05
28627664--28627723	21	2.8	22	78	19	72	25	0	5	70	1.08
28627855--28627914	24	2.5	24	81	8	59	56	1	5	36	1.31
28643739--28643815	29	2.8	26	72	7	64	50	2	2	44	1.29
28651564--28651731	67	2.5	67	95	0	291	36	18	16	28	1.92
28652959--28652998	2	20.5	2	92	5	64	47	0	52	0	1.00
28655606--28655697	29	3.2	29	89	1	141	31	15	6	46	1.71
28656735--28656788	24	2.3	23	75	9	56	57	3	0	38	1.17
28656735--28656788	22	2.3	23	75	9	56	57	3	0	38	1.17
28658400--28658470	19	3.7	19	72	7	72	57	18	2	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28663712--28663750	20	2.0	20	84	0	51	41	15	15	28	1.87
28665436--28665469	18	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
28665637--28665678	19	2.3	18	87	4	57	57	11	0	30	1.35
28670652--28670701	22	2.3	22	82	0	64	38	2	2	58	1.21
28670665--28670736	36	1.9	39	83	8	96	38	4	2	54	1.34
28679582--28679644	29	2.3	27	94	5	108	61	3	3	31	1.27
28682522--28682558	15	2.4	15	86	4	56	56	0	35	8	1.29
28691288--28691342	23	2.4	24	82	14	64	34	1	0	63	1.05
28691291--28691348	19	3.2	19	71	14	50	36	1	0	62	1.06
28691298--28691353	12	4.7	12	77	18	55	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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