genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  146  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24598233--24598567	86	4.0	84	82	8	308	40	20	14	24	1.89
24598244--24598573	81	3.9	82	81	10	337	40	20	13	24	1.89
24599586--24599632	8	6.4	7	83	16	60	12	12	2	72	1.21
24599568--24599625	24	2.3	26	72	27	63	12	13	1	72	1.20
24599585--24599627	8	5.5	8	88	5	70	11	11	2	74	1.17
24599580--24599652	8	9.7	7	78	16	51	8	10	1	79	0.99
24609799--24609881	40	2.0	43	83	6	109	31	6	2	60	1.34
24609831--24609919	20	3.8	23	78	17	87	30	5	3	60	1.36
24609855--24609937	20	4.1	20	79	14	73	27	4	2	65	1.26
24609782--24609919	26	5.8	23	72	17	88	31	6	2	60	1.34
24609860--24609940	41	1.9	43	85	14	116	28	4	2	64	1.27
24610330--24610412	6	13.5	6	75	16	64	16	6	1	75	1.06
24610330--24610412	17	4.9	16	78	12	87	16	6	1	75	1.06
24610330--24610401	5	13.2	5	77	20	65	16	6	0	76	0.99
24610417--24610763	59	5.9	58	83	3	401	43	7	12	36	1.70
24614716--24614795	32	2.4	32	77	8	81	77	1	15	6	1.02
24614707--24614788	16	5.3	15	72	20	64	75	1	15	7	1.08
24617706--24617931	58	3.9	56	83	10	274	34	11	7	45	1.70
24617706--24617933	120	1.9	118	88	5	343	34	11	7	46	1.69
24617964--24618024	6	9.8	6	74	13	52	78	1	6	13	1.01
24617965--24618005	21	2.0	22	85	9	59	80	2	4	12	0.97
24617949--24618023	11	6.8	11	73	14	57	77	1	6	14	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24617965--24618023	27	2.1	28	84	9	77	77	1	6	13	1.03
24619120--24619180	27	2.2	27	82	11	79	70	3	0	26	1.02
24619484--24619561	17	4.7	16	76	17	79	16	7	0	75	1.02
24619483--24619572	27	3.1	29	79	19	100	16	6	1	75	1.07
24619483--24619572	6	14.7	6	76	15	69	16	6	1	75	1.07
24619590--24619922	59	5.8	58	83	3	368	41	8	13	36	1.75
24621670--24621717	21	2.3	21	100	0	96	31	12	41	14	1.83
24622310--24622343	17	1.9	18	88	5	52	58	0	17	23	1.38
24622357--24622695	58	5.9	59	81	11	348	37	11	6	45	1.66
24622434--24622538	50	2.1	51	92	5	178	38	9	5	46	1.60
24622700--24622802	5	19.6	5	90	9	161	80	0	0	18	0.77
24622700--24622802	21	4.9	20	91	8	161	80	0	0	18	0.77
24622822--24622859	3	13.0	3	88	5	60	63	0	2	34	1.09
24623578--24623609	16	1.9	17	93	6	57	87	0	0	12	0.54
24623650--24623729	14	5.3	15	77	14	67	61	2	5	31	1.31
24623604--24623793	61	3.2	59	76	12	158	63	3	4	28	1.28
24623662--24623740	8	10.4	8	74	15	69	63	1	3	31	1.20
24623662--24623781	23	5.3	23	77	16	108	64	1	2	31	1.17
24623665--24623775	22	4.9	22	76	16	84	63	1	2	31	1.18
24623662--24623775	4	27.8	4	66	15	54	64	1	2	31	1.18
24623650--24623736	30	2.9	32	77	13	96	63	2	4	29	1.27
24623727--24623777	19	2.6	21	79	20	65	66	1	0	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24623751--24623825	15	4.9	15	71	11	55	72	1	4	22	1.10
24627825--24627849	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24632226--24632803	59	9.8	59	87	9	815	34	12	8	44	1.72
24632820--24632852	17	2.0	17	88	5	50	75	0	6	18	1.00
24633251--24633303	20	2.7	19	74	5	52	28	20	24	26	1.99
24633330--24633370	19	2.1	19	86	4	55	17	24	34	24	1.96
24633842--24633889	23	2.1	23	88	11	73	79	2	2	16	0.93
24633937--24633965	11	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
24635786--24635855	6	11.7	6	85	0	50	45	1	1	51	1.18
24635831--24635855	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24637468--24637522	21	2.7	21	83	8	60	29	9	5	56	1.53
24638080--24638238	35	4.5	35	76	7	119	50	7	17	23	1.71
24638118--24638425	35	8.8	34	72	7	172	47	9	19	23	1.78
24638442--24638624	35	5.3	34	73	10	122	45	11	20	22	1.83
24638441--24638624	70	2.6	70	81	0	217	45	11	20	22	1.83
24638514--24638754	35	6.9	35	72	15	142	42	10	23	22	1.85
24638732--24638810	35	2.3	35	82	4	88	40	13	24	21	1.90
24638540--24638810	105	2.6	105	73	16	263	42	11	23	22	1.85
24638884--24638963	35	2.3	35	78	8	99	46	13	18	21	1.84
24638935--24639065	69	1.9	69	88	3	201	49	8	20	21	1.75
24638936--24639069	35	3.9	34	72	13	105	50	8	20	21	1.74
24639104--24639171	35	1.9	35	84	3	91	52	11	16	19	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24639202--24639257	23	2.5	23	79	2	69	25	25	17	32	1.97
24639270--24639428	80	2.0	80	92	0	264	28	11	16	42	1.83
24648500--24648542	23	1.9	23	90	4	70	27	9	13	48	1.73
24650103--24650151	5	9.2	5	82	8	53	42	0	0	57	0.99
24652145--24652172	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24656420--24656478	1	59.0	1	75	0	55	0	5	6	88	0.64
24656748--24656779	13	2.6	12	90	9	55	75	3	0	21	0.95
24656861--24656958	31	3.2	30	78	12	92	35	3	1	60	1.19
24657245--24657277	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
24657332--24657378	22	2.1	23	88	4	69	31	8	2	57	1.41
24658016--24658047	16	2.1	16	88	11	50	37	0	3	59	1.13
24658554--24658591	19	2.0	19	85	10	51	55	2	0	42	1.14
24658566--24658624	23	2.8	20	73	16	57	55	0	1	42	1.09
24658553--24658624	21	3.3	22	73	9	67	54	1	1	43	1.17
24659135--24659262	63	2.0	64	86	7	181	21	10	9	58	1.59
24660951--24660985	18	2.0	18	88	5	54	71	0	20	8	1.11
24661554--24661591	20	2.0	18	90	10	58	34	7	5	52	1.53
24661554--24661614	17	3.5	17	80	11	61	29	9	8	52	1.63
24661601--24661640	21	1.9	21	89	0	62	30	5	12	52	1.60
24661597--24661712	24	5.0	24	72	13	91	32	4	11	51	1.57
24661759--24661855	31	3.1	31	84	10	133	26	6	12	54	1.61
24661821--24661957	24	5.7	24	71	22	92	29	4	10	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24661835--24661973	20	7.2	19	68	26	78	31	4	9	54	1.52
24661790--24661930	55	2.5	56	84	12	184	26	4	12	56	1.56
24661870--24661958	41	2.2	40	84	8	108	30	3	8	57	1.46
24663815--24663859	23	2.0	23	83	16	58	15	11	15	57	1.64
24664051--24664173	16	7.7	16	77	0	84	47	27	2	22	1.64
24664051--24664137	24	3.6	24	79	3	95	48	28	1	21	1.58
24664026--24664179	8	19.2	8	71	5	69	46	29	3	21	1.67
24665974--24666009	17	2.1	17	94	0	63	33	11	5	50	1.61
24666938--24667022	43	2.0	43	92	0	143	28	25	7	38	1.82
24669352--24669436	16	4.9	16	75	12	71	30	0	2	67	1.04
24669373--24669437	18	3.7	19	75	18	61	32	0	1	66	1.01
24672020--24672118	9	12.2	8	75	15	62	58	0	2	39	1.10
24672068--24672113	7	5.8	8	87	12	60	54	0	2	43	1.12
24672196--24672251	25	2.3	25	84	3	69	60	17	14	7	1.55
24672805--24672857	23	2.3	22	75	9	52	60	5	22	11	1.52
24674098--24674157	18	3.3	18	100	0	120	28	33	10	28	1.89
24675429--24675484	22	2.6	21	80	11	51	64	0	3	32	1.11
24675563--24675611	22	2.2	22	82	10	55	69	0	2	28	1.00
24684904--24684939	16	2.2	16	90	0	54	25	5	2	66	1.27
24690964--24691035	32	2.3	31	83	7	83	41	15	4	38	1.66
24691537--24691602	33	2.0	33	100	0	132	33	18	12	36	1.88
24692133--24692182	24	2.1	24	85	7	66	64	2	0	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24692149--24692182	12	2.8	12	86	0	50	64	0	0	35	0.94
24693015--24693119	52	2.0	52	86	0	147	25	27	8	38	1.85
24693144--24693185	11	3.8	11	90	0	57	50	33	0	16	1.46
24703713--24703754	20	2.1	20	100	0	84	33	9	9	47	1.68
24703846--24703898	17	3.1	17	77	0	61	39	3	13	43	1.62
24704003--24704051	24	2.0	25	92	4	82	53	14	8	24	1.68
24706005--24706066	3	20.7	3	93	0	106	66	0	3	30	1.08
24706278--24706309	5	6.2	5	96	3	55	78	0	0	21	0.76
24706470--24706509	21	1.9	21	90	10	64	80	0	2	17	0.83
24706686--24706736	25	2.1	24	89	7	77	58	0	15	25	1.37

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