genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  107  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18927783--18927835	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
18930290--18930342	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
18931193--18931245	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18932083--18932135	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18935592--18935644	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18932186--18945780	901	15.3	900	82	6	14861	25	23	25	25	2.00
18936481--18936585	26	4.0	26	89	0	156	30	17	23	28	1.97
18937437--18937488	25	2.0	26	92	3	88	28	21	23	26	1.99
18938295--18938344	25	2.0	26	92	4	84	28	18	24	30	1.97
18940952--18941004	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18941187--18941216	12	2.6	12	94	5	53	0	16	76	6	0.99
18942742--18942794	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18943643--18943695	26	2.0	26	92	0	88	26	16	24	32	1.97
18944542--18944593	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
18945799--18945849	26	2.0	26	92	0	84	29	19	25	25	1.99
18946711--18946763	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18947609--18947658	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
18948512--18948561	26	1.9	26	100	0	100	28	20	26	26	1.99
18949411--18949460	26	1.9	26	91	0	82	28	16	26	30	1.96
18945799--18952541	900	7.5	898	85	4	8521	25	24	25	25	2.00
18951202--18951254	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
18953414--18953466	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18954316--18954368	26	2.0	26	92	0	88	28	20	26	24	1.99
18952694--18954686	903	2.2	901	88	3	2918	25	24	25	25	2.00
18954774--18954826	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18955666--18955718	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18956559--18956611	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18954686--18957474	897	3.1	889	87	2	3957	25	24	24	25	2.00
18956679--18958252	805	2.0	803	88	1	2375	24	24	24	26	2.00
18958748--18958800	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
18959649--18959701	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18958657--18969065	877	11.7	883	84	7	11658	25	24	24	25	2.00
18961399--18961451	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
18962294--18962372	26	3.0	26	96	0	140	27	18	25	27	1.98
18962748--18962790	19	2.3	18	81	14	52	27	6	6	58	1.50
18964967--18965019	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18965873--18965925	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18967652--18967704	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18971483--18971536	26	2.0	27	85	3	74	27	16	25	29	1.97
18972387--18972439	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
18974245--18974298	26	2.1	26	100	0	108	25	16	31	25	1.97
18972625--18975159	857	2.9	859	85	6	3433	24	24	24	25	2.00
18975841--18975892	26	2.0	26	96	0	95	28	23	25	23	1.99
18976714--18976766	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18977606--18977658	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18978509--18978561	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18975172--18980007	891	5.4	894	85	4	6050	25	23	24	26	2.00
18980673--18980725	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18983287--18983339	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18984180--18984232	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18982626--18988160	894	6.2	895	85	5	6978	25	24	25	25	2.00
18985931--18986009	26	3.0	26	98	0	149	25	20	26	27	1.99
18986846--18986898	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18985068--18988160	889	3.4	891	84	6	3867	25	24	25	25	2.00
18988402--18988454	26	2.0	26	85	0	70	26	18	22	32	1.97
18989293--18989345	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
18990197--18990249	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18988175--18994714	899	7.4	892	86	4	8593	25	24	25	25	2.00
18991084--18991136	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18991950--18992002	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18993727--18993779	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18994626--18994681	26	2.2	26	93	0	94	30	19	19	30	1.97
18996123--18996201	26	3.0	26	83	0	104	30	18	21	29	1.97
18998097--18998149	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
18998972--18999341	159	2.3	161	83	2	422	22	28	28	20	1.98
18999979--19000029	26	2.0	26	88	0	75	29	15	27	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19000876--19000926	25	2.0	26	92	3	86	29	19	23	27	1.98
19002532--19002584	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19003789--19003839	26	2.0	26	100	0	102	27	19	27	25	1.99
19004689--19004741	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
19005108--19005157	26	1.9	26	83	0	64	18	10	14	58	1.63
19005582--19005634	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19003789--19006925	893	3.5	897	87	2	4709	24	24	25	25	2.00
19006957--19008736	826	2.2	822	89	2	2658	24	25	25	25	2.00
19008850--19008902	26	2.0	26	96	0	97	30	22	20	26	1.98
19009763--19009815	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
19010662--19010714	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
19007981--19012686	899	5.2	899	88	2	6625	24	24	25	24	2.00
19011567--19011616	26	1.9	26	95	0	91	26	20	26	28	1.99
19007981--19012686	905	5.2	899	87	2	6598	24	24	25	24	2.00
19012494--19012852	185	1.9	186	82	2	445	22	28	27	21	1.99
19013553--19013602	26	1.9	26	95	0	91	28	18	26	28	1.98
19012631--19016682	899	4.5	897	86	4	5354	25	23	24	25	2.00
19015337--19015389	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
19016249--19017105	430	2.0	429	86	4	1194	24	22	25	26	2.00
19017567--19017619	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
19016932--19018436	754	2.0	756	87	3	2190	26	22	23	27	2.00
19019041--19020521	754	2.0	753	88	2	2242	26	22	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19020996--19021022	13	2.1	13	100	0	54	22	62	0	14	1.31
19021030--19022511	755	2.0	752	87	4	2139	26	22	23	27	2.00
19023725--19023778	26	2.0	27	92	3	92	25	18	27	27	1.98
19024647--19024699	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
19025110--19025162	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
19027353--19027402	26	1.9	26	91	0	82	30	26	16	28	1.96
19028275--19028327	26	2.0	26	85	7	72	30	18	18	32	1.96
19028462--19028512	26	2.0	26	84	0	66	29	27	17	25	1.98
19028613--19030580	664	3.0	665	95	0	3366	28	22	22	26	1.99
19030691--19030743	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
19031605--19031657	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
19029924--19032531	914	2.9	908	86	3	3604	26	24	23	25	2.00
19031771--19033562	827	2.2	826	87	1	2574	26	24	24	24	2.00
19034852--19034904	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19036254--19036974	376	2.0	363	86	4	1012	22	28	24	23	1.99
19037805--19037858	26	2.0	27	82	3	65	24	27	20	27	1.99
19038702--19038754	26	2.0	26	92	0	88	32	24	16	26	1.97
19042235--19042286	25	2.0	26	92	3	88	26	23	21	28	1.99
19043137--19043267	26	5.0	26	91	1	210	28	25	17	28	1.98
19044102--19044154	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19048482--19048534	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
19046726--19049753	881	3.4	890	85	4	3897	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19049387--19049439	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19050111--19050163	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19049749--19054405	902	5.2	903	88	2	6327	26	25	23	24	2.00
19052816--19052868	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19053706--19053758	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19056116--19056168	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19055384--19065661	890	11.7	896	85	5	12366	25	24	24	25	2.00
19059630--19059680	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
19060520--19060570	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
19061419--19061469	26	2.0	26	88	0	75	35	23	13	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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