genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  75  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14747762--14747810	21	2.3	21	96	0	89	28	0	8	63	1.23
14748235--14748287	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
14749008--14749058	26	2.0	26	100	0	102	27	11	25	35	1.91
14749911--14749963	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14748412--14750644	903	2.5	900	88	2	3254	26	22	23	27	2.00
14752514--14752566	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
14750750--14756125	893	6.0	897	86	3	7032	25	24	24	25	2.00
14753408--14753460	26	2.0	26	92	0	88	26	16	30	26	1.97
14756067--14756119	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14758695--14758747	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14760290--14760342	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14761968--14762020	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
14762870--14762922	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
14761096--14764987	902	4.4	897	85	4	5097	24	24	25	25	2.00
14764636--14764688	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14766778--14766830	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
14768388--14768440	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14768565--14770555	710	2.8	710	88	3	2925	26	21	23	28	1.99
14771490--14771542	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14771723--14771752	8	3.8	8	95	0	51	0	26	66	6	1.16
14772400--14772452	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
14775808--14775860	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14774377--14776569	737	3.0	719	82	7	2635	25	23	24	26	2.00
14777409--14777461	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14778305--14778357	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14779202--14779254	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14780980--14781036	26	2.2	26	93	0	96	33	17	19	29	1.95
14775834--14786377	902	11.8	902	84	4	12672	25	24	24	25	2.00
14782616--14782648	17	1.9	17	93	0	57	24	36	24	15	1.93
14782765--14782817	26	2.0	26	85	0	70	30	16	24	28	1.97
14783535--14783568	17	2.0	17	88	0	50	23	41	20	14	1.89
14781871--14786284	919	4.8	917	83	5	5493	25	23	24	25	2.00
14783684--14783736	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
14785493--14785544	26	2.0	26	96	0	95	28	15	25	30	1.96
14787159--14787212	26	2.1	26	92	0	90	31	16	24	27	1.96
14788016--14788068	26	2.0	26	96	0	97	28	15	26	30	1.96
14788918--14788970	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14789813--14789865	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
14786772--14801787	902	16.7	888	74	12	8549	25	23	24	25	2.00
14790703--14790755	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14790890--14790940	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
14790705--14791098	185	2.1	184	82	3	470	22	26	28	22	1.99
14792682--14792733	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
14790859--14792927	901	2.3	894	85	2	2842	25	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14792937--14801808	902	9.9	898	83	7	9634	25	23	24	26	2.00
14795338--14795416	26	3.0	26	94	0	140	29	20	24	26	1.99
14796234--14796286	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
14797141--14797248	26	4.2	26	96	0	198	26	17	25	29	1.98
14798100--14798150	26	2.0	26	88	0	75	27	21	25	25	1.99
14797211--14801808	852	5.3	850	81	7	4565	25	23	24	25	2.00
14801566--14801615	26	1.9	26	95	0	91	32	14	26	28	1.94
14801592--14801967	159	2.4	159	81	1	396	22	27	28	21	1.99
14803530--14803580	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
14804404--14807836	903	3.9	902	85	5	4706	24	24	24	26	2.00
14807068--14809965	707	4.1	714	86	3	3898	25	23	24	27	2.00
14809939--14809991	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14811400--14811432	16	2.1	16	88	11	50	27	0	3	69	1.03
14811458--14811495	16	2.4	16	91	4	60	31	0	5	63	1.17
14811546--14811605	24	2.4	25	81	13	61	21	5	3	70	1.22
14811578--14811622	18	2.4	18	81	3	54	22	8	4	64	1.40
14812488--14812591	4	24.5	4	73	18	52	22	3	1	72	1.11
14812488--14812591	13	8.2	12	68	21	52	22	3	1	72	1.11
14812542--14812604	6	11.2	6	75	13	53	15	6	0	77	0.96
14812542--14812614	17	4.4	16	74	5	65	16	6	0	76	0.99
14812535--14812614	22	3.6	21	79	15	90	16	7	0	76	1.00
14812533--14812614	39	2.1	39	84	8	105	15	7	0	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14812622--14812861	119	2.0	120	88	4	360	46	8	10	34	1.69
14812622--14812861	60	4.0	60	90	3	344	46	8	10	34	1.69
14813724--14813958	116	2.0	116	98	0	452	34	17	15	31	1.91
14815734--14815783	26	2.0	25	92	4	82	30	20	20	30	1.97
14817339--14817391	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14818220--14818272	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
14819125--14819177	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
14819884--14819936	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14820069--14820121	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
14821729--14842583	899	22.9	897	73	12	11232	25	24	24	25	2.00
14825165--14825217	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14826060--14826115	26	2.2	26	93	0	94	28	17	23	30	1.97
14826954--14827009	26	2.2	26	100	0	112	26	16	25	32	1.96
14827857--14827909	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14829823--14829878	26	2.2	26	90	6	87	26	17	23	32	1.97
14829858--14830199	154	2.2	155	81	3	382	24	28	25	21	1.99
14831754--14831801	25	1.9	25	95	0	87	29	18	25	27	1.98
14830006--14831898	876	2.1	882	84	3	2502	25	24	24	24	2.00
14835300--14835333	11	3.1	11	95	0	59	8	11	44	35	1.72
14836289--14836341	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14838074--14838124	26	2.0	26	96	0	93	27	21	21	29	1.99
14838769--14838800	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14840753--14840805	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14841653--14841705	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
14839882--14842583	904	3.0	900	87	2	3874	25	24	24	25	2.00
14843260--14843311	25	2.0	26	92	3	88	28	21	23	26	1.99
14844743--14844788	24	1.9	24	100	0	92	30	26	23	19	1.98
14845750--14845804	25	2.2	26	90	3	85	29	18	21	30	1.97
14846630--14850004	893	3.9	864	84	6	4066	26	24	23	25	2.00
14849086--14849138	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
14852420--14852472	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
14853287--14853337	26	2.0	26	88	0	75	33	17	19	29	1.95
14853268--14858149	899	5.5	897	83	5	5943	25	24	25	25	2.00
14857696--14857748	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14858628--14858853	59	3.9	58	85	6	305	34	10	8	46	1.69
14858628--14858853	58	3.9	57	84	6	292	34	10	8	46	1.69
14858628--14858853	117	1.9	116	90	3	364	34	10	8	46	1.69
14858883--14858908	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14858895--14858958	22	2.9	22	79	11	60	75	3	4	17	1.11
14858967--14859023	4	13.8	4	76	7	51	75	5	3	15	1.12
14858970--14859023	12	4.3	12	85	4	63	75	5	3	14	1.12
14859370--14859418	20	2.5	20	89	0	71	14	16	28	40	1.87
14860038--14860062	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
14860266--14860307	7	5.9	7	84	15	59	0	0	11	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14860266--14860307	21	2.0	20	95	4	75	0	0	11	88	0.53
14860314--14860611	42	7.1	42	91	1	460	36	23	17	23	1.94
14861815--14861885	18	3.8	19	75	18	69	8	15	0	76	1.02
14861823--14861856	10	3.2	10	91	8	50	2	11	0	85	0.71
14861815--14861873	29	2.0	29	90	6	93	6	13	0	79	0.92
14863921--14864137	61	3.7	58	82	10	257	34	11	7	45	1.70
14863921--14864137	119	1.9	114	85	6	301	34	11	7	45	1.70
14864180--14864228	21	2.4	21	80	12	57	77	2	4	16	1.01
14864170--14864315	5	27.8	5	66	24	54	74	4	3	17	1.13
14864260--14864336	10	7.3	10	75	10	64	81	3	3	10	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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