genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  1  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1194	7	172.3	7	97	2	2231	43	42	0	14	1.45
1190--1431	7	33.7	7	86	8	251	32	53	13	0	1.45
1392--1425	8	4.2	8	88	0	50	29	61	8	0	1.26
1431--7124	181	31.7	179	72	10	2663	42	9	7	40	1.65
3476--7124	180	20.3	180	73	9	2001	42	9	7	40	1.66
1432--15572	537	26.4	530	70	12	1702	42	9	7	40	1.65
3198--4973	720	2.5	706	78	6	1833	42	9	7	40	1.65
5078--5117	20	2.0	20	95	0	71	60	17	0	22	1.37
5375--7101	179	9.7	179	79	6	1481	42	8	7	41	1.64
1432--10817	359	26.2	357	70	12	2399	42	9	7	40	1.65
5369--7093	716	2.4	714	78	8	1757	42	8	7	41	1.64
7284--7666	181	2.1	181	82	0	462	43	9	4	42	1.59
7731--10805	180	17.2	177	75	8	1824	41	9	7	41	1.65
9036--9083	17	2.8	17	81	12	53	39	12	2	45	1.54
7715--10762	357	8.5	356	75	9	1842	41	9	6	41	1.64
8582--10762	176	12.2	176	76	8	1404	41	10	6	41	1.65
7883--10798	176	16.3	179	75	8	1249	41	9	7	41	1.64
10850--15900	181	28.3	180	77	7	3668	42	9	7	41	1.64
13734--13782	19	2.7	19	75	6	57	57	0	2	40	1.10
15396--15430	17	2.1	17	88	0	52	54	8	2	34	1.46
18739--20450	181	9.5	181	77	6	1495	42	9	7	41	1.64
18739--21652	360	8.2	356	74	9	1913	42	9	6	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20438--20488	14	3.4	14	77	15	57	68	5	0	25	1.12
20591--21617	181	5.7	176	78	7	795	43	9	6	41	1.61
21851--21898	18	2.7	18	81	12	64	52	4	4	39	1.40
21664--22668	181	5.6	181	81	3	979	42	7	6	43	1.59
22582--22630	17	2.8	18	84	12	66	48	2	2	46	1.25
22575--22630	18	3.2	17	82	14	69	50	1	5	42	1.35
21685--22679	362	2.8	360	81	4	1115	41	7	6	43	1.60
23259--23291	16	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
22820--27650	180	26.9	179	75	8	2995	42	8	7	42	1.63
23166--29103	900	6.6	890	74	10	3225	41	8	7	42	1.63
22820--27647	362	13.4	361	75	7	2981	42	8	7	42	1.63
27183--27261	35	2.3	33	74	20	79	43	10	6	40	1.64
27347--27385	19	2.1	19	85	4	53	46	5	12	35	1.65
27686--29103	181	7.9	181	79	4	1294	40	7	8	42	1.65
26988--28775	690	2.5	700	79	6	1748	40	7	9	42	1.65
28438--28470	17	2.0	17	88	5	50	48	9	9	33	1.66
29586--32994	181	19.0	180	72	10	1140	41	7	8	42	1.63
31049--31087	19	2.1	19	90	0	60	41	12	7	38	1.72
30894--31269	198	1.9	200	79	4	429	40	8	8	41	1.66
29579--33038	362	9.6	358	73	10	1763	41	7	8	42	1.63
32297--32345	18	2.9	16	81	9	53	53	6	0	40	1.26
32832--32864	16	2.0	17	88	5	50	51	3	6	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33285--33322	19	2.0	19	89	0	58	60	5	0	34	1.19
33293--33354	24	2.5	25	82	17	76	66	3	0	30	1.08
36197--36251	26	2.1	26	83	6	67	58	12	3	25	1.51
36231--36401	13	13.2	13	72	11	109	48	20	5	25	1.71
36211--36283	25	2.9	24	80	8	65	54	15	4	26	1.58
36231--36349	39	3.1	39	80	8	127	48	21	5	25	1.70
37676--37728	26	2.0	28	88	7	83	50	3	5	39	1.44
37705--37780	34	2.2	34	83	0	98	43	9	6	40	1.63
43742--43845	18	5.7	18	81	12	108	53	0	0	45	1.06
43740--43796	22	2.7	21	79	12	64	50	0	0	49	1.00
43748--43852	16	6.3	15	73	21	84	54	0	0	44	1.06
43741--43853	5	23.6	5	71	18	55	53	0	0	45	1.06
43987--44053	26	2.7	26	86	4	84	47	0	2	49	1.16
44818--44877	3	19.7	3	96	3	111	66	0	0	33	0.92
45042--45071	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
45208--45331	61	2.1	59	85	8	162	48	4	11	35	1.60
45497--45531	18	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
45473--45658	75	2.5	74	84	8	225	56	3	4	35	1.35
45853--45882	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
46140--46309	77	2.2	76	84	7	213	52	2	10	33	1.51
46526--46644	38	3.2	37	69	13	100	54	2	5	36	1.38
46536--46708	76	2.3	75	83	8	208	53	4	8	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46888--46921	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
47354--47416	28	2.3	27	83	5	81	55	4	0	39	1.21
47885--47922	17	2.2	17	86	13	51	73	5	15	5	1.19
52250--52276	12	2.2	12	100	0	54	74	0	0	25	0.83
52591--52651	22	2.7	22	80	14	63	75	6	0	18	1.01
52734--52759	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
55330--55371	18	2.3	19	88	8	61	45	0	2	52	1.13
55434--55493	29	2.1	29	87	0	84	46	3	0	50	1.18
55570--55617	24	2.0	24	87	0	69	56	8	12	22	1.63
55992--56026	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
59218--59248	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
63821--63869	16	3.1	16	80	13	57	53	24	14	8	1.68
64107--64145	19	2.1	19	100	0	78	28	15	25	30	1.96
72202--72254	18	2.9	18	88	0	79	41	9	9	39	1.70
72716--73028	109	2.9	109	82	7	393	38	15	7	38	1.75
73016--73096	21	3.7	21	76	9	90	39	17	2	40	1.63
73029--73113	24	3.7	24	81	7	95	36	20	3	40	1.69
73009--73097	45	2.0	42	85	6	115	39	17	4	38	1.71
73835--73900	32	2.1	32	94	0	114	40	15	6	37	1.72
74288--74349	9	6.9	9	76	20	58	12	11	0	75	1.04
74290--74349	21	2.7	22	92	7	95	13	11	0	75	1.06
86056--86106	24	2.1	24	82	7	59	54	13	3	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86142--86191	26	1.9	26	95	0	91	48	14	8	30	1.72
86743--86875	16	8.1	16	65	21	53	31	0	3	64	1.14
86744--86881	12	10.9	12	68	21	61	31	0	2	64	1.13
87277--87330	25	2.2	25	83	6	65	38	5	18	37	1.74
87866--87980	27	4.3	26	71	17	67	19	3	2	74	1.08
88017--88236	61	3.7	58	84	8	284	45	7	12	34	1.70
88000--88236	120	2.0	119	88	5	352	45	7	12	34	1.70
91240--91548	132	2.3	130	81	10	344	43	12	22	22	1.86
91240--91546	66	4.7	63	74	12	210	43	12	22	21	1.85
92543--92590	22	2.1	23	85	11	64	70	6	2	20	1.19
92565--92609	17	2.7	17	86	3	65	73	11	0	15	1.10
92534--92591	23	2.4	24	78	18	59	70	5	3	20	1.21
93935--93967	5	6.6	5	96	0	57	78	0	21	0	0.75
93990--94028	15	2.5	15	87	4	51	51	5	0	43	1.24
93985--94038	19	2.9	19	76	15	60	50	3	0	46	1.19
96344--96495	76	2.0	76	88	0	223	35	9	25	28	1.88
100389--100507	22	5.2	22	68	25	77	68	0	7	23	1.21
100444--100504	5	11.4	5	74	19	52	72	0	6	21	1.07
100386--100572	92	2.1	90	86	7	263	68	1	9	21	1.23
101641--101785	66	2.2	66	85	6	186	42	8	22	25	1.82
101663--102020	65	5.5	64	77	7	292	43	9	21	25	1.82
101615--102020	65	6.2	65	77	9	290	43	10	21	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101682--102034	194	1.8	196	82	4	455	44	10	21	24	1.83
102980--103024	17	2.6	18	78	7	56	75	4	2	17	1.07
104104--104137	17	2.0	17	88	0	50	79	0	2	17	0.86
105032--105090	24	2.4	25	78	21	72	71	3	1	23	1.11
105037--105088	22	2.3	23	87	12	74	69	3	1	25	1.16
113020--113052	17	1.9	17	100	0	66	60	0	0	39	0.97
113317--113369	28	2.0	26	82	14	63	33	1	1	62	1.17
113354--113410	20	2.8	21	83	5	71	28	1	5	64	1.25
113320--113426	25	4.5	25	65	14	64	30	1	3	63	1.22
113466--113556	45	1.9	48	91	8	152	20	12	8	58	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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