genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  64  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12708761--12708792	16	2.0	16	93	0	55	50	21	0	28	1.49
12708780--12708836	22	2.6	22	80	2	71	56	15	0	28	1.40
12708787--12708844	29	2.0	29	83	6	73	53	15	0	31	1.42
12711051--12711075	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
12711633--12712330	144	4.8	144	76	8	523	32	15	13	38	1.86
12711860--12712176	155	2.0	155	86	0	445	33	15	13	37	1.87
12716031--12716108	17	4.5	17	75	1	75	75	1	21	1	0.94
12716029--12716101	11	6.7	11	74	9	53	76	1	20	1	0.93
12719418--12719861	221	2.0	222	99	0	872	43	10	22	23	1.83
12728485--12728534	11	4.4	11	85	9	64	88	4	8	0	0.64
12728486--12728535	16	3.0	16	82	8	55	86	4	10	0	0.71
12731372--12731413	12	3.4	12	93	3	66	0	4	4	90	0.55
12731372--12731410	20	2.0	20	94	0	69	0	5	5	89	0.58
12731372--12731417	11	4.3	11	81	13	60	0	4	6	89	0.60
12731436--12731652	41	5.1	41	83	4	236	41	20	12	25	1.88
12731436--12731647	82	2.5	83	85	4	264	41	19	13	25	1.87
12731923--12732023	43	2.3	44	78	11	111	33	17	12	35	1.88
12731943--12732027	43	2.0	42	88	6	127	32	16	12	37	1.87
12732209--12732267	22	2.7	21	86	5	73	33	20	8	37	1.83
12733373--12733438	21	3.4	19	87	8	89	3	15	0	81	0.80
12733375--12733438	9	6.9	9	76	13	67	3	15	0	81	0.82
12733373--12733449	21	3.9	18	78	11	73	6	12	0	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12737905--12738580	337	2.0	337	98	0	1307	34	17	14	33	1.90
12739871--12739899	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
12740023--12740065	2	21.5	2	90	0	68	48	0	4	46	1.22
12740869--12741412	212	2.6	211	93	1	930	35	10	17	36	1.83
12741583--12741614	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12741653--12741691	14	2.8	13	88	7	51	28	2	2	66	1.18
12749045--12749308	62	4.2	63	70	17	165	37	14	11	36	1.82
12748959--12749193	125	1.9	125	80	11	275	34	13	12	40	1.82
12749022--12749828	375	2.2	373	85	3	1068	36	11	11	40	1.79
12749022--12749849	188	4.4	186	81	4	880	35	11	12	39	1.80
12750740--12750773	12	2.8	12	90	0	50	32	11	20	35	1.89
12750737--12750821	36	2.3	37	81	2	91	23	8	28	40	1.83
12750793--12750835	13	3.4	13	77	6	52	18	6	34	39	1.78
12750769--12750835	25	2.7	25	86	2	82	19	5	32	41	1.76
12750752--12750988	126	1.9	126	85	1	332	23	8	28	40	1.83
12750754--12750944	12	15.3	12	72	7	94	22	7	28	41	1.80
12755385--12755433	20	2.5	18	78	18	53	28	2	4	65	1.22
12757711--12757832	9	12.8	9	69	11	55	36	0	6	56	1.25
12757766--12757835	31	2.3	31	82	4	90	34	0	5	60	1.21
12757711--12757832	18	6.4	18	70	15	84	36	0	6	56	1.25
12758432--12758475	21	2.0	22	86	4	63	38	6	2	52	1.41
12761577--12761618	14	3.1	14	93	6	77	50	7	21	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12763697--12763731	16	2.2	16	94	0	61	34	11	11	42	1.77
12765837--12765869	17	1.9	17	93	0	57	24	9	12	54	1.66
12774031--12774071	12	3.5	12	81	12	50	70	9	0	19	1.14
12774031--12774100	23	3.2	21	79	18	65	75	7	0	17	1.01
12775205--12775503	40	7.3	40	74	7	192	44	17	12	24	1.84
12775231--12775458	80	2.8	80	83	4	228	46	17	11	25	1.81
12775202--12775458	121	2.1	121	82	3	295	44	17	12	24	1.84
12775119--12775507	41	9.5	41	76	3	302	42	18	14	25	1.88
12775701--12775737	16	2.2	17	90	4	58	35	13	18	32	1.90
12775848--12775885	20	1.9	20	88	0	58	26	23	15	34	1.95
12776006--12776097	21	4.4	21	81	2	105	34	14	10	40	1.81
12776012--12776094	42	2.0	42	90	4	132	36	12	12	39	1.80
12776536--12776681	79	1.8	79	80	8	172	31	25	10	32	1.90
12777274--12777353	9	8.7	9	77	14	58	5	17	0	77	0.94
12777712--12777764	19	2.8	19	81	15	58	3	15	5	75	1.13
12777739--12777772	16	2.1	17	88	5	52	2	17	5	73	1.16
12782013--12782054	12	3.5	12	81	12	50	69	9	0	21	1.17
12786943--12786979	14	2.7	13	91	8	56	62	2	0	35	1.10
12787593--12787619	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12789478--12789532	25	2.2	25	77	6	58	72	1	14	10	1.19
12793205--12793237	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
12793913--12794004	48	2.0	46	84	4	121	35	1	6	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12797925--12797957	17	1.9	18	88	11	52	18	3	15	63	1.43
12804444--12804479	16	2.2	18	85	14	51	22	16	8	52	1.70
12810903--12811078	90	2.0	89	89	1	271	47	5	28	18	1.69
12810984--12811020	19	2.0	18	94	5	65	54	0	32	13	1.40
12813701--12813746	14	3.2	15	81	9	60	76	2	2	19	1.00
12814679--12814811	43	3.1	43	79	7	130	44	15	10	29	1.80
12814705--12814982	42	6.4	42	70	14	129	43	14	10	31	1.79
12816048--12816086	14	2.8	14	92	0	60	15	10	2	71	1.23
12816359--12816408	15	3.2	15	81	15	57	6	24	0	70	1.10
12817274--12817342	13	5.2	13	84	6	93	52	1	0	46	1.09
12817274--12817359	41	2.1	41	82	4	102	56	1	3	38	1.24
12817614--12817654	20	2.0	21	90	4	66	17	12	12	58	1.63
12818110--12818177	20	3.2	20	76	15	66	41	17	8	32	1.80
12818216--12818253	20	1.9	20	89	10	60	47	10	7	34	1.67
12818271--12818327	19	3.2	19	78	12	57	47	8	17	26	1.77
12818362--12818419	18	3.2	18	82	0	80	37	17	20	24	1.93
12818559--12818607	17	2.9	17	81	6	55	44	6	18	30	1.74
12818575--12818610	17	2.1	17	94	0	63	47	5	13	33	1.67
12818632--12818665	16	2.1	16	89	10	52	41	14	2	41	1.61
12819005--12819172	46	3.7	45	76	3	124	36	16	11	35	1.85
12819027--12819132	45	2.4	43	84	4	122	34	16	10	37	1.83
12819005--12819161	43	3.5	45	76	2	120	37	17	10	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12819211--12819237	14	1.9	14	100	0	54	37	14	11	37	1.82
12819225--12819337	24	4.8	24	83	6	160	39	15	6	38	1.73
12819225--12819370	69	2.2	65	85	4	184	39	15	5	39	1.71
12819225--12819370	45	3.3	43	85	8	170	39	15	5	39	1.71
12820528--12820583	7	7.4	7	86	13	76	12	14	1	71	1.23
12820502--12820593	24	3.8	24	72	15	80	8	15	1	75	1.10
12824626--12824752	37	3.5	36	78	4	121	35	11	19	33	1.88
12824608--12824752	37	4.0	35	75	5	119	34	10	22	33	1.88
12824608--12824752	72	2.0	72	84	0	191	34	10	22	33	1.88
12824654--12824759	37	2.9	37	81	2	135	36	10	21	31	1.87
12824983--12825027	15	2.9	15	86	3	63	0	4	13	82	0.82
12825640--12825684	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
12826144--12826295	7	23.3	7	84	7	155	15	0	41	42	1.52
12826123--12826214	40	2.3	40	81	7	107	22	3	32	41	1.70
12826183--12826294	13	8.7	13	87	9	149	14	0	43	41	1.45
12826197--12826294	6	15.3	6	90	7	115	12	0	45	41	1.41
12826188--12826295	19	5.6	19	86	9	139	12	0	45	41	1.43
12826195--12826323	19	6.6	19	81	12	118	11	0	44	43	1.46
12826475--12826506	15	2.1	15	100	0	64	53	12	6	28	1.62
12828469--12828527	10	5.9	10	72	7	57	30	10	11	47	1.73
12828479--12828538	30	2.0	30	83	0	75	28	10	15	46	1.77
12828470--12828535	20	3.3	20	70	8	62	30	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12829929--12829966	18	2.2	17	90	4	58	39	0	10	50	1.37
12829934--12829985	18	2.8	18	85	11	61	36	1	9	51	1.46
12835620--12835666	20	2.3	20	100	0	94	57	0	10	31	1.33
12837273--12837646	146	2.6	146	80	6	392	39	13	13	33	1.84
12837411--12837679	146	1.8	146	85	4	382	40	13	13	32	1.84
12838104--12838170	10	7.2	9	79	18	75	8	1	2	86	0.73
12838104--12838236	1	133.0	1	69	0	68	6	2	8	83	0.88
12838104--12838230	18	6.9	17	77	12	92	6	2	7	83	0.89
12838116--12838231	27	4.4	27	75	8	98	6	2	6	83	0.88
12838104--12838192	36	2.5	35	81	5	106	6	2	6	84	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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