genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  167  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27692682--27692723	21	2.0	22	85	4	59	52	19	0	28	1.46
27693122--27693171	15	3.3	15	78	18	50	64	2	4	30	1.23
27693282--27693329	15	3.4	14	80	11	53	62	8	0	29	1.24
27697258--27697424	36	4.5	37	70	14	128	42	15	10	31	1.80
27697241--27697383	77	1.9	77	95	2	261	36	16	11	35	1.85
27699499--27699537	20	2.0	20	85	10	53	25	2	7	64	1.33
27705271--27705319	24	2.0	24	92	0	80	44	4	20	30	1.70
27708541--27708862	164	2.0	164	95	2	578	49	7	15	27	1.71
27715216--27715253	20	1.9	20	94	0	67	47	31	0	21	1.51
27718597--27718632	17	2.1	17	89	0	54	52	13	0	33	1.41
27725113--27725166	26	2.1	26	92	0	90	40	14	3	40	1.64
27728575--27728609	19	1.9	19	88	11	56	48	0	0	51	1.00
27733228--27733277	17	2.9	17	82	11	57	42	2	2	54	1.23
27735557--27735583	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27736280--27736379	49	2.0	49	96	0	182	33	23	16	28	1.95
27759111--27759141	2	15.5	2	93	0	53	48	0	51	0	1.00
27766936--27766974	21	1.9	20	84	5	51	58	0	5	35	1.20
27776543--27776723	97	1.9	97	89	0	281	43	4	14	37	1.66
27776645--27776677	12	3.0	11	87	12	50	45	0	6	48	1.27
27776562--27776750	97	2.0	93	89	4	288	40	3	14	41	1.63
27777302--27777352	23	2.2	23	82	6	59	54	19	0	25	1.44
27777310--27777351	15	2.7	16	79	17	52	54	16	0	28	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27784298--27784355	27	2.2	26	81	9	64	37	8	0	53	1.32
27786710--27786734	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27799135--27799232	48	2.0	48	86	0	133	28	27	3	40	1.71
27804314--27804357	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
27815064--27815110	20	2.5	18	82	6	58	63	4	2	29	1.25
27821727--27821756	15	2.0	15	93	0	51	76	6	3	13	1.11
27822472--27822514	13	3.8	12	79	20	56	53	0	0	46	1.00
27822473--27822513	22	1.9	22	95	5	75	53	0	0	46	1.00
27822474--27822519	21	2.2	21	88	7	67	56	0	0	43	0.99
27824514--27824549	18	1.9	19	88	5	56	19	2	2	75	1.06
27824854--27824884	15	2.1	14	94	5	53	22	0	0	77	0.77
27833110--27833250	3	46.7	3	80	5	142	33	2	4	60	1.28
27833678--27833727	21	2.4	21	82	0	64	48	4	20	28	1.67
27834115--27834171	5	11.8	5	78	14	57	15	3	1	78	0.96
27834279--27834317	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
27834300--27834353	24	2.2	24	83	6	65	59	5	0	35	1.21
27838710--27838768	20	3.0	20	94	0	100	18	30	28	22	1.97
27838936--27838964	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27839458--27839528	31	2.3	31	78	4	81	28	22	23	25	2.00
27839583--27839629	19	2.5	19	82	0	58	29	29	19	21	1.97
27842556--27842596	11	3.6	11	83	6	55	82	0	17	0	0.66
27842556--27842595	6	7.0	6	78	21	50	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27842541--27842596	17	3.3	17	82	7	60	80	0	16	3	0.85
27843813--27844346	41	13.0	41	90	4	726	23	17	21	37	1.94
27843813--27844322	124	4.1	123	87	7	755	23	17	20	38	1.93
27844478--27844536	20	3.0	20	94	0	100	18	30	28	22	1.97
27844828--27844861	11	2.9	12	86	8	52	20	0	0	79	0.73
27845311--27845354	19	2.3	19	92	0	70	25	29	22	22	1.99
27845575--27845602	5	5.6	5	100	0	56	17	42	39	0	1.50
27845623--27845647	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
27845678--27846141	160	2.9	157	93	1	761	29	14	17	38	1.90
27848374--27848417	19	2.3	19	88	7	63	34	2	0	63	1.07
27848430--27848495	26	2.7	24	79	6	69	50	3	3	43	1.33
27848585--27848621	18	2.1	18	90	10	58	43	18	5	32	1.73
27848830--27848895	23	2.6	26	75	20	68	50	7	0	42	1.31
27848902--27848941	17	2.2	17	86	8	53	50	7	0	42	1.30
27850640--27850689	22	2.2	22	82	3	55	38	2	10	50	1.48
27850754--27850786	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
27850993--27851033	21	1.9	22	85	5	57	43	19	2	34	1.64
27851047--27851214	14	11.6	14	69	15	76	46	28	1	23	1.60
27870806--27870853	25	1.9	25	87	8	71	41	8	2	47	1.45
27871078--27871115	20	2.0	20	89	5	60	60	5	0	34	1.19
27871350--27871440	38	2.4	38	90	3	139	21	62	2	13	1.41
27871377--27871455	19	4.1	19	71	15	63	21	63	2	12	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27872985--27873028	22	2.0	22	90	0	70	29	27	9	34	1.87
27888199--27888232	16	2.1	17	88	5	52	79	8	11	0	0.94
27888213--27888277	11	5.7	11	77	12	53	76	1	20	1	0.94
27889303--27889406	49	2.1	49	81	10	124	42	32	3	21	1.71
27889484--27889544	18	3.4	18	73	13	63	22	16	11	49	1.78
27891907--27891947	19	2.2	19	86	4	57	82	4	4	7	0.93
27894150--27894309	3	52.0	3	76	8	135	33	3	3	60	1.30
27895318--27895347	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27905820--27905985	47	3.6	45	81	4	179	50	10	18	20	1.76
27906505--27906582	41	1.9	40	87	7	113	34	7	17	39	1.79
27906728--27907190	119	3.9	117	75	4	392	21	19	13	45	1.84
27906733--27907190	238	1.9	238	79	4	512	21	19	13	45	1.85
27907456--27907525	3	23.7	3	97	2	133	34	0	0	65	0.93
27907651--27907693	21	2.1	20	86	4	59	2	18	0	79	0.85
27909483--27909524	21	2.0	21	100	0	84	66	4	14	14	1.40
27909777--27909824	25	2.0	25	83	4	62	37	6	4	52	1.46
27910218--27910325	55	1.9	56	87	10	159	55	3	11	29	1.52
27911054--27911087	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
27912009--27912053	17	2.6	17	89	3	63	57	0	2	40	1.11
27912009--27912053	9	5.1	9	78	5	56	57	0	2	40	1.11
27912025--27912059	17	2.1	17	88	0	52	62	2	0	34	1.10
27913826--27913866	21	1.9	22	85	5	57	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27914672--27914727	20	2.8	20	81	7	71	51	8	0	39	1.33
27915119--27915143	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
27915718--27915759	10	4.2	10	76	11	50	47	2	2	47	1.28
27915797--27915848	18	2.8	18	80	13	61	53	0	0	46	1.00
27915808--27915871	27	2.4	27	75	17	71	53	1	0	45	1.10
27915818--27915887	27	2.4	29	84	13	83	54	2	0	42	1.15
27924547--27924583	18	2.0	19	85	15	51	40	0	0	59	0.97
27924542--27924601	27	2.4	25	75	17	63	48	0	0	51	1.00
27931836--27931869	17	2.0	17	100	0	68	23	17	29	29	1.97
27933580--27933627	21	2.3	21	78	3	62	39	8	6	45	1.59
27933710--27933807	46	2.1	48	82	3	119	36	12	12	38	1.80
27933974--27934032	16	3.4	18	77	11	70	40	18	6	33	1.77
27933974--27934168	17	11.3	17	74	11	105	41	13	9	35	1.77
27934118--27934164	18	2.7	17	81	15	60	34	4	17	44	1.68
27934017--27934234	69	3.1	70	80	5	194	39	12	10	37	1.78
27934202--27934252	18	2.9	18	85	11	70	27	9	15	47	1.77
27934052--27934252	17	11.6	17	75	7	118	37	11	11	38	1.79
27934051--27934255	87	2.4	87	84	4	263	38	11	11	38	1.79
27934204--27934259	18	3.1	18	84	5	69	28	10	14	46	1.78
27936192--27936243	6	8.7	6	76	16	54	36	0	0	63	0.95
27936186--27936242	12	4.7	12	78	10	62	35	0	0	64	0.93
27936186--27936258	18	4.1	18	77	18	64	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27936650--27936781	49	2.7	48	72	11	124	44	3	11	40	1.58
27941590--27941625	16	2.3	16	90	4	56	86	2	2	8	0.77
27941792--27941830	16	2.4	17	86	4	53	74	2	2	20	1.06
27946202--27946318	16	7.1	16	74	17	98	76	0	14	8	1.07
27946203--27946318	31	3.6	31	71	17	92	76	0	13	8	1.05
27946203--27946318	49	2.4	49	77	11	130	76	0	13	8	1.05
27946202--27946314	8	13.9	8	78	14	81	76	0	14	8	1.07
27946203--27946318	51	2.4	46	78	13	133	76	0	13	8	1.05
27947210--27947253	23	2.0	22	82	13	54	45	4	22	27	1.72
27947580--27947624	22	2.0	22	83	8	56	40	13	11	35	1.80

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