genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  165  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27370283--27370353	22	3.1	22	78	11	81	81	0	12	5	0.85
27371556--27371935	82	4.7	81	92	5	621	22	17	22	37	1.94
27371556--27371935	41	9.5	39	88	8	536	22	17	22	37	1.94
27371913--27371957	22	2.0	22	95	0	81	31	20	15	33	1.93
27373893--27373929	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
27374401--27374452	27	1.9	27	84	7	70	50	13	7	28	1.69
27375536--27375562	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27375919--27375975	24	2.2	26	81	9	64	26	8	5	59	1.48
27377176--27377204	6	5.0	6	91	8	51	68	0	0	31	0.89
27378275--27378902	58	10.7	57	81	9	638	36	13	7	42	1.73
27378922--27378988	5	12.8	5	75	20	50	77	2	1	17	0.97
27378922--27378988	11	6.4	10	70	26	50	77	2	1	17	0.97
27378921--27378991	35	2.0	35	84	10	92	74	2	4	18	1.10
27378927--27378989	23	2.7	23	85	7	83	77	3	1	17	0.97
27378922--27378988	29	2.3	29	83	16	86	77	2	1	17	0.97
27378928--27379043	6	17.4	7	73	11	52	69	3	1	25	1.13
27379491--27379599	20	5.2	19	72	19	74	69	1	6	22	1.20
27379506--27379547	16	2.5	17	80	7	50	69	0	7	23	1.13
27379527--27379625	6	14.4	7	74	17	59	72	1	5	21	1.09
27379519--27379575	30	1.9	30	82	7	71	71	1	7	19	1.17
27379539--27379621	23	3.8	21	77	15	80	73	1	4	20	1.08
27379586--27379627	6	6.8	6	89	5	66	80	0	2	16	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27379560--27379627	19	3.4	19	83	8	73	75	0	2	22	0.94
27379855--27380009	41	3.6	42	82	9	172	38	23	15	22	1.93
27379856--27380009	45	3.6	43	83	7	172	38	23	15	22	1.92
27379904--27380282	42	9.1	42	84	4	367	36	22	14	26	1.92
27380573--27380654	43	1.9	42	90	7	130	36	15	9	37	1.81
27381999--27382055	1	57.0	1	80	0	60	8	1	0	89	0.55
27381999--27382055	17	3.4	16	84	13	78	8	1	0	89	0.55
27382001--27382085	35	2.4	35	82	5	100	10	8	0	81	0.88
27382000--27382052	9	5.9	9	88	6	81	9	1	0	88	0.58
27386000--27386448	58	7.6	59	79	5	410	37	12	7	42	1.71
27386002--27386457	119	3.9	117	86	5	582	36	12	7	43	1.71
27386360--27386449	27	3.2	27	66	22	67	37	16	4	41	1.69
27386476--27386529	5	10.8	5	75	18	51	77	1	1	18	0.95
27386476--27386531	22	2.5	22	80	13	62	76	1	1	19	0.96
27386476--27386529	16	3.6	15	86	13	76	77	1	1	18	0.95
27387082--27387175	23	4.1	22	79	15	95	72	0	4	23	1.02
27387141--27387176	6	5.8	6	93	6	63	83	0	0	16	0.65
27387050--27387172	17	7.2	17	72	14	69	70	0	5	22	1.13
27387088--27387176	19	4.4	19	74	16	81	73	0	3	23	0.99
27387293--27387325	14	2.4	14	85	14	50	57	6	0	36	1.23
27388184--27388246	31	2.0	31	96	0	117	49	1	3	46	1.27
27389820--27389847	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27390237--27390392	75	2.1	75	92	3	262	28	20	15	35	1.93
27390867--27390939	26	2.7	27	78	18	71	31	0	1	67	1.00
27390980--27391042	27	2.4	26	86	7	83	33	6	0	60	1.22
27393112--27393168	28	2.0	28	83	6	71	35	0	3	61	1.13
27393477--27393524	18	2.7	17	84	9	60	47	10	4	37	1.57
27397585--27397685	44	2.3	44	84	5	125	26	11	18	42	1.85
27397987--27398026	16	2.7	14	84	7	53	30	0	2	67	1.04
27399103--27399322	96	2.3	95	80	5	237	37	16	11	34	1.85
27401532--27401614	41	2.0	41	90	0	130	18	8	10	62	1.52
27405690--27405739	19	2.4	22	77	16	61	60	0	20	20	1.37
27405694--27405748	20	2.8	20	86	2	67	54	0	18	27	1.44
27406580--27406648	28	2.6	25	73	20	59	71	17	1	10	1.21
27414972--27415018	13	3.7	13	85	2	51	85	4	10	0	0.74
27415235--27415264	15	2.0	15	93	0	51	56	6	16	20	1.62
27416227--27416402	85	2.1	86	83	1	219	35	15	14	34	1.88
27416452--27416523	35	2.1	35	86	2	101	33	23	11	31	1.90
27416493--27416549	26	2.2	26	83	0	69	36	21	12	29	1.90
27416852--27416952	44	2.3	44	85	0	130	31	13	12	41	1.83
27416852--27416951	22	4.5	22	78	0	92	31	14	13	42	1.83
27416874--27416966	44	2.1	44	83	0	114	34	12	12	39	1.82
27417033--27417089	22	2.6	22	86	5	71	35	14	10	40	1.80
27421805--27421858	13	3.7	15	72	20	51	31	0	3	64	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27421855--27421913	26	2.2	26	84	6	73	54	1	3	40	1.27
27422230--27422268	14	2.7	14	81	18	53	2	5	2	89	0.63
27422230--27422267	16	2.4	16	90	0	58	2	2	2	92	0.52
27423768--27423830	23	2.8	21	81	13	81	25	11	20	42	1.85
27427181--27427364	87	2.1	86	82	3	226	38	13	15	33	1.86
27427329--27427398	32	2.2	32	86	0	95	37	15	14	32	1.88
27427474--27427500	14	1.9	14	100	0	54	22	22	18	37	1.95
27427786--27427885	22	4.6	21	78	10	69	32	21	13	34	1.91
27427790--27427888	44	2.2	44	80	7	112	30	21	13	35	1.91
27427825--27427887	22	2.8	23	88	4	85	30	17	15	36	1.91
27427792--27428115	170	1.9	170	80	7	372	33	16	13	36	1.88
27428299--27428323	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
27430388--27430443	22	2.5	22	82	5	69	28	21	25	25	1.99
27430494--27430556	22	2.9	21	79	9	63	33	23	22	20	1.97
27430507--27430775	110	2.5	108	83	6	301	40	20	17	21	1.91
27430732--27430791	22	2.7	22	85	10	95	36	18	16	28	1.93
27430283--27430907	242	2.6	240	82	5	667	39	19	18	22	1.92
27430617--27430923	132	2.3	130	84	4	373	39	19	17	23	1.93
27430864--27430923	22	2.7	23	82	10	72	33	20	20	26	1.97
27430732--27431033	154	2.0	154	81	3	358	38	17	18	25	1.92
27430939--27431302	88	4.2	87	81	3	408	41	17	18	22	1.90
27430939--27431302	175	2.1	176	83	2	455	41	17	18	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27431427--27431519	41	2.2	40	81	5	96	31	15	16	37	1.89
27431441--27431519	41	1.9	41	82	5	97	31	15	17	35	1.91
27431775--27431837	25	2.6	25	79	2	74	36	11	19	33	1.87
27439446--27439471	13	2.0	13	100	0	52	15	0	30	53	1.42
27441045--27441092	25	2.0	25	84	8	64	6	22	0	70	1.09
27441131--27441169	3	13.0	3	94	0	69	33	0	2	64	1.08
27443089--27443148	29	2.1	28	90	3	93	23	16	11	48	1.79
27443819--27443852	13	2.5	13	90	9	50	23	0	0	76	0.79
27444873--27444906	14	2.5	13	90	9	50	11	11	0	76	1.02
27445307--27445347	19	2.2	19	87	12	59	12	4	0	82	0.81
27446191--27446251	25	2.4	25	83	0	68	45	9	9	34	1.70
27446666--27446700	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
27446887--27446927	21	2.0	20	85	4	55	46	0	4	48	1.23
27450768--27450810	14	3.1	14	77	16	54	30	0	0	69	0.88
27450756--27450804	5	9.4	5	80	14	55	24	2	0	73	0.94
27453145--27453187	22	2.0	22	95	0	77	0	2	11	86	0.67
27453414--27453460	24	2.0	24	87	8	69	34	23	19	23	1.97
27453652--27453933	79	3.6	78	75	7	273	41	14	13	30	1.85
27453891--27454284	150	2.7	147	80	6	388	41	14	13	29	1.84
27454038--27454309	146	1.9	146	82	1	348	41	13	13	30	1.84
27456223--27456373	78	1.9	78	90	0	239	31	19	17	31	1.95
27456557--27456598	21	2.0	22	85	4	59	2	14	2	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27462385--27462437	23	2.3	23	83	6	63	28	7	0	64	1.21
27462989--27463034	15	3.0	16	75	9	51	30	8	0	60	1.26
27470211--27470235	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
27470835--27470881	22	2.1	22	92	0	76	42	4	4	48	1.42
27473982--27474012	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
27474033--27474091	20	2.9	20	84	2	82	22	5	0	72	1.03
27473986--27474099	49	2.2	52	78	17	121	23	5	1	69	1.18
27476579--27476761	93	2.0	93	96	0	339	37	15	10	36	1.81
27477580--27477617	12	3.3	12	89	7	53	21	0	7	71	1.11
27478261--27478349	20	4.0	23	65	26	57	33	4	8	52	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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