genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  68  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13740333--13740643	45	6.9	45	72	6	146	20	30	27	21	1.98
13746377--13746429	26	2.0	26	82	7	63	26	22	22	28	1.99
13747532--13748010	45	10.7	45	72	5	200	17	30	29	22	1.97
13752509--13752561	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
13753141--13753194	27	2.1	26	82	6	65	24	0	12	62	1.30
13753700--13753830	45	2.9	45	80	2	120	21	31	25	21	1.98
13753860--13754040	45	4.0	45	77	5	143	18	26	29	25	1.98
13761941--13762148	90	2.3	90	80	4	206	17	29	28	23	1.97
13774620--13774763	45	3.2	43	76	4	128	19	31	29	20	1.97
13774593--13774914	90	3.6	88	76	5	272	19	31	28	20	1.97
13774749--13774947	45	4.4	45	74	5	141	19	34	26	19	1.96
13774561--13774946	179	2.2	180	81	2	445	19	31	27	20	1.97
13774657--13774947	90	3.3	87	74	4	233	19	32	27	20	1.97
13781947--13782108	78	2.1	78	91	0	261	9	39	17	33	1.82
13782591--13782643	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
13783776--13784063	45	6.4	45	75	4	213	18	30	30	20	1.96
13783771--13784064	90	3.3	90	74	5	263	18	30	30	20	1.96
13783741--13784018	135	2.1	135	80	2	299	18	32	28	20	1.96
13790784--13790845	31	2.0	31	96	0	115	45	30	19	4	1.71
13794539--13794663	45	2.8	45	79	2	117	19	28	30	22	1.98
13805877--13805904	7	4.0	7	100	0	56	14	42	14	28	1.84
13809995--13810338	158	2.2	158	85	2	485	24	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13810387--13810438	25	2.0	26	85	10	72	28	21	21	28	1.98
13811597--13811770	89	1.9	90	86	3	244	13	29	34	22	1.93
13811585--13811784	45	4.5	45	81	3	199	15	31	32	21	1.94
13815579--13815629	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
13816950--13817189	45	5.4	45	71	3	144	17	34	27	20	1.96
13824924--13824976	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
13824921--13825655	349	2.1	351	84	4	940	25	27	25	21	1.99
13826628--13826849	45	5.0	45	79	1	223	17	28	31	22	1.96
13826598--13826789	90	2.1	90	84	2	253	18	30	29	21	1.97
13835369--13835420	26	2.0	26	92	0	86	28	21	23	26	1.99
13840649--13840696	24	2.0	24	95	0	87	29	18	37	14	1.91
13846700--13846820	45	2.7	45	81	2	145	17	31	28	22	1.96
13846835--13847047	45	4.8	45	80	3	214	18	29	31	20	1.96
13846835--13847047	89	2.4	90	85	0	284	18	29	31	20	1.96
13849148--13849200	26	2.0	26	92	0	88	30	22	20	26	1.98
13850331--13850445	45	2.6	45	76	2	115	18	30	29	21	1.97
13850939--13851162	90	2.5	90	75	2	200	16	29	32	21	1.95
13850989--13851193	45	4.6	45	79	4	218	14	27	35	22	1.93
13850994--13851193	89	2.2	90	84	2	251	14	28	35	22	1.93
13852012--13852242	91	2.6	91	74	5	218	18	28	31	21	1.97
13853946--13854256	45	6.9	45	75	4	261	20	31	28	18	1.97
13853946--13854256	135	2.3	134	83	5	383	20	31	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13854239--13854286	24	2.0	24	87	0	69	25	31	20	22	1.98
13854263--13854422	45	3.6	45	75	9	128	14	31	33	21	1.93
13854107--13854408	159	1.9	159	81	1	372	17	31	29	20	1.96
13854268--13854519	90	2.8	90	78	7	262	15	32	30	21	1.94
13854445--13854553	45	2.4	45	75	6	121	21	31	25	22	1.98
13862479--13863104	345	1.8	344	81	6	782	23	28	25	22	2.00
13863963--13864390	45	9.5	45	81	3	236	16	32	30	20	1.95
13863901--13864390	135	3.6	132	77	7	419	16	31	30	21	1.95
13863945--13864390	90	4.9	91	86	4	487	16	32	31	20	1.94
13864328--13864461	69	1.9	69	86	0	187	19	32	27	20	1.96
13864397--13864532	45	3.0	45	78	2	148	16	32	30	21	1.95
13864283--13864507	114	2.0	114	85	3	310	19	32	28	19	1.96
13868500--13868552	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
13868432--13869099	345	1.9	345	82	4	828	23	28	25	22	1.99
13868525--13869103	171	3.4	169	71	8	459	24	28	25	21	1.99
13869841--13869951	45	2.5	45	81	8	145	13	30	31	24	1.93
13869813--13869990	90	2.0	90	82	4	216	15	30	32	22	1.94
13875748--13876530	45	17.4	45	76	2	496	19	31	28	20	1.97
13876656--13876755	45	2.2	45	83	3	121	19	38	25	18	1.93
13883805--13884481	45	15.0	44	71	7	283	19	31	28	19	1.97
13883761--13884481	90	8.0	90	70	6	312	19	31	28	20	1.97
13884125--13884440	135	2.3	134	79	3	321	17	32	30	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13884650--13884754	45	2.3	45	93	0	174	19	40	25	15	1.90
13892717--13892769	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
13892248--13892821	174	3.3	173	70	10	436	23	27	28	21	1.99
13893721--13894117	135	2.9	135	84	2	413	16	30	32	20	1.95
13893661--13894117	90	5.1	90	82	1	423	17	31	31	20	1.95
13893721--13894117	45	8.8	45	81	1	375	16	30	32	20	1.95
13894093--13894139	22	2.1	22	92	0	76	19	34	27	19	1.96
13894048--13894184	67	2.0	67	85	2	186	17	35	28	18	1.93
13894119--13894261	45	3.2	44	75	4	142	16	33	28	20	1.95
13894003--13894207	112	1.8	112	86	0	293	17	34	30	17	1.93
13893963--13894261	157	1.9	157	83	1	393	17	33	29	19	1.94
13898601--13898651	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
13899595--13899738	45	3.2	45	75	5	139	16	30	31	21	1.95
13905509--13905982	45	10.5	45	73	7	219	19	33	27	19	1.96
13905509--13905982	90	5.3	90	75	5	287	19	33	27	19	1.96
13905509--13905982	135	3.5	134	75	9	408	19	33	27	19	1.96
13906056--13906275	45	4.9	45	77	5	158	16	32	31	20	1.94
13906068--13906270	90	2.3	90	82	3	230	17	33	30	19	1.95
13906394--13906504	45	2.5	44	79	4	132	18	40	25	15	1.90
13913499--13913578	40	2.0	40	90	0	124	12	38	36	12	1.81
13913929--13913981	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
13914964--13915118	45	3.5	44	75	3	130	19	30	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13914929--13915118	90	2.1	90	80	1	202	19	30	28	22	1.98
13915244--13915370	45	2.8	45	78	0	119	15	34	29	20	1.94
13915322--13915458	54	2.5	54	85	2	168	13	28	36	21	1.92
13915471--13915633	45	3.6	45	86	1	220	15	33	30	19	1.94
13915376--13915858	212	2.3	213	82	1	558	16	30	33	20	1.94
13915685--13915897	45	4.7	45	80	3	144	17	32	30	18	1.95
13920806--13920848	21	2.0	21	95	0	77	13	34	27	23	1.93
13920808--13920854	21	2.2	21	88	0	67	14	38	25	21	1.92
13921818--13922875	45	23.6	45	75	4	513	18	30	30	20	1.96
13921818--13922916	90	12.2	90	74	5	637	18	31	30	20	1.96
13921818--13922878	135	7.9	135	74	4	717	18	30	30	20	1.96
13922811--13922916	45	2.4	45	81	0	122	19	34	25	19	1.96
13928116--13928168	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
13928071--13928698	345	1.8	345	87	2	947	23	28	25	22	1.99
13928461--13928513	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
13927967--13928552	174	3.4	172	73	11	473	23	27	27	21	1.99
13929466--13929574	45	2.4	45	75	0	110	17	28	33	21	1.96
13929527--13929781	103	2.5	103	84	1	323	18	32	29	20	1.96
13929691--13930167	45	10.4	45	76	4	355	16	31	31	19	1.95
13929691--13930167	90	5.2	90	77	4	423	16	31	31	19	1.95
13930207--13930343	45	3.0	45	81	6	170	16	29	31	22	1.95
13930244--13930451	115	1.8	115	87	0	308	15	30	32	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13930344--13930792	45	10.0	45	74	2	249	20	31	29	18	1.96
13930448--13930736	135	2.1	135	78	1	301	21	30	29	19	1.97
13939473--13939525	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
13939818--13939870	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
13939416--13940064	345	1.9	345	82	4	835	22	28	26	22	1.99
13940801--13940990	45	4.2	45	73	5	143	17	29	31	21	1.97
13940782--13940975	90	2.2	90	77	1	210	19	31	28	21	1.97
13941036--13941265	45	5.1	44	82	4	253	18	33	29	19	1.95
13941060--13941265	90	2.3	90	89	0	304	20	33	28	17	1.95
13941036--13941294	45	5.8	45	82	0	250	18	32	30	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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