genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  127  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21631824--21631866	20	2.3	18	84	11	59	6	18	0	74	1.04
21632187--21632220	9	3.7	9	92	7	59	11	0	0	88	0.52
21632188--21632220	10	3.4	10	95	4	59	9	0	0	90	0.44
21633556--21634020	117	4.0	117	88	4	704	33	12	8	44	1.73
21633556--21634023	57	8.0	57	87	6	627	33	12	8	45	1.72
21634031--21634101	6	11.5	6	76	18	58	81	1	2	14	0.87
21634045--21634101	18	3.2	18	85	11	82	84	1	1	12	0.79
21634031--21634096	27	2.3	29	87	5	91	81	1	3	13	0.87
21634088--21634127	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21634139--21634172	8	4.4	8	92	7	52	82	5	0	11	0.83
21635178--21635298	6	20.3	6	76	11	90	75	0	2	21	0.98
21635208--21635300	33	2.8	32	77	7	105	76	0	2	21	0.89
21635178--21635300	39	3.2	39	80	9	119	74	0	2	21	0.98
21635213--21635302	11	8.0	11	79	14	78	75	0	2	22	0.91
21635876--21635928	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
21635902--21637351	710	2.0	710	88	2	2131	26	23	24	26	2.00
21639116--21639168	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21640007--21640059	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21640913--21640965	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21637446--21647956	903	11.8	893	85	4	12795	25	24	23	25	2.00
21641807--21641859	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21642710--21642762	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21645405--21645457	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21646294--21646346	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21649294--21649832	269	2.0	270	90	1	857	32	25	18	23	1.97
21650019--21650071	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
21651925--21651977	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21652730--21652759	4	7.2	4	92	7	51	0	73	26	0	0.84
21652937--21652989	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21653831--21653883	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21655601--21655653	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
21657399--21657454	26	2.2	26	96	0	103	30	25	16	28	1.96
21654732--21662073	899	8.2	903	85	4	9291	25	25	24	25	2.00
21658301--21658353	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
21659002--21659027	4	6.5	4	100	0	52	0	73	26	0	0.84
21663939--21663991	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
21663070--21664983	896	2.1	909	84	5	2496	26	24	23	25	2.00
21664862--21664913	26	2.0	26	92	0	86	30	26	15	26	1.96
21665718--21665770	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
21666569--21666621	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
21667463--21667515	26	2.0	26	92	7	90	30	24	15	30	1.95
21668355--21668407	26	2.0	26	92	7	90	24	24	20	30	1.99
21670174--21670226	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21671074--21671129	26	2.2	26	96	0	103	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21666389--21672324	900	6.6	900	85	3	7386	25	24	23	25	2.00
21671976--21672028	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
21672148--21673546	615	2.3	600	88	2	1994	22	25	25	27	2.00
21674946--21674998	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
21673202--21676788	896	4.0	897	84	4	4577	25	24	24	25	2.00
21677798--21677850	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
21678533--21678583	26	2.0	26	96	0	93	33	29	9	27	1.89
21679325--21679375	26	2.0	26	92	0	84	31	29	11	27	1.92
21678008--21680140	792	2.7	791	95	0	3714	28	24	20	26	1.99
21681150--21681202	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
21679590--21683661	874	4.6	869	83	7	4771	26	24	23	25	2.00
21685447--21685499	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
21688147--21688199	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21683608--21690673	905	7.9	900	84	4	8601	25	24	23	25	2.00
21689909--21689959	26	2.0	26	96	0	93	23	27	21	27	1.99
21694519--21694571	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21695423--21695475	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
21696271--21696323	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21697603--21697655	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21697724--21697753	14	2.1	14	93	0	51	20	40	26	13	1.89
21698504--21698559	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
21699396--21699448	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21699422--21701628	743	3.0	713	86	5	3047	26	24	23	25	2.00
21700855--21700906	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
21701753--21701805	26	2.0	26	85	0	70	30	28	18	22	1.98
21702655--21702707	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
21703541--21703593	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21704445--21704496	26	2.0	25	92	3	86	30	25	15	28	1.96
21700823--21706071	898	5.9	900	85	4	6514	25	24	24	25	2.00
21706829--21706881	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
21707711--21707763	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
21708603--21708655	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21709499--21709551	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
21706072--21711220	892	5.8	888	86	3	6938	25	24	24	25	2.00
21712741--21713135	86	4.7	82	84	8	481	23	17	23	35	1.95
21712741--21713135	41	9.4	40	84	9	468	23	17	23	35	1.95
21712741--21713134	168	2.3	167	84	10	516	23	17	23	35	1.95
21713143--21713199	10	5.5	10	86	14	80	85	14	0	0	0.59
21713143--21713200	11	5.5	11	82	12	68	86	13	0	0	0.58
21713143--21713198	21	2.7	20	86	13	78	85	14	0	0	0.59
21713159--21713200	12	3.3	13	83	12	52	85	14	0	0	0.59
21713143--21713200	14	4.2	14	81	14	68	86	13	0	0	0.58
21713397--21713506	16	7.1	16	69	23	51	29	1	4	64	1.23
21713394--21713446	28	1.9	27	85	11	72	26	1	3	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713394--21713528	65	2.1	64	80	13	152	28	2	5	64	1.27
21713468--21713511	19	2.3	18	82	17	54	36	0	2	61	1.09
21713453--21713503	15	3.4	16	79	10	56	35	0	5	58	1.22
21713541--21713600	24	2.4	25	81	13	61	21	5	3	70	1.22
21713573--21713617	18	2.4	18	81	3	54	22	8	4	64	1.40
21714309--21714342	17	2.1	15	89	10	50	23	41	32	2	1.69
21714370--21714439	4	17.0	4	77	14	54	25	1	4	68	1.16
21714370--21714471	11	8.8	11	72	18	57	21	2	3	71	1.16
21714413--21714506	5	17.6	5	72	18	57	18	6	1	74	1.09
21714424--21714506	22	3.8	22	74	13	73	15	7	1	75	1.07
21714432--21714496	17	3.9	16	75	13	60	13	7	1	76	1.06
21714423--21714485	27	2.4	26	77	15	67	15	6	1	76	1.07
21714514--21714812	119	2.5	120	88	5	437	46	8	11	33	1.69
21714514--21714812	59	5.0	60	89	3	437	46	8	11	33	1.69
21722469--21722520	26	2.0	26	100	0	104	19	26	19	34	1.95
21722538--21722596	27	2.2	27	81	3	75	23	6	8	61	1.49
21723906--21723958	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21724810--21724862	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21726602--21726654	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21727453--21727505	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21728355--21728407	26	2.0	26	89	7	81	32	22	18	26	1.97
21729254--21729302	25	1.9	26	87	4	73	32	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21727410--21734443	909	7.9	897	84	5	8664	25	23	24	26	2.00
21730983--21731033	26	2.0	26	100	0	102	27	19	29	23	1.98
21732766--21732818	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21733578--21733604	14	1.9	14	100	0	54	14	33	37	14	1.88
21733676--21733728	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21735232--21735284	26	2.0	26	92	0	88	32	20	22	24	1.98
21736131--21736183	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21737734--21737786	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21738638--21738690	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21738823--21738875	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195