genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  174  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29125488--29125513	12	2.2	12	100	0	52	61	7	15	15	1.55
29130705--29130860	74	2.1	73	84	3	204	53	13	9	23	1.69
29131492--29131523	16	2.0	16	93	0	55	59	6	3	31	1.38
29131629--29131668	16	2.4	17	83	8	55	47	10	5	37	1.59
29131599--29131752	74	2.1	73	79	7	159	44	5	6	43	1.54
29137238--29137393	75	2.1	75	87	0	222	53	14	9	21	1.69
29138021--29138052	16	2.0	16	93	0	55	59	6	3	31	1.38
29138163--29138202	16	2.4	17	83	8	55	47	10	5	37	1.59
29138133--29138286	74	2.1	73	79	7	159	44	5	6	43	1.54
29140485--29140523	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
29145358--29145404	16	2.9	16	93	0	76	31	4	19	44	1.70
29145876--29145913	20	1.9	20	88	0	58	39	2	2	55	1.28
29145886--29145930	21	2.2	20	84	11	56	37	4	4	53	1.41
29157775--29157833	3	19.3	3	85	3	64	27	1	6	64	1.28
29157775--29157822	18	2.7	18	93	0	78	25	0	8	66	1.19
29159491--29159611	23	5.4	23	78	12	119	36	10	19	33	1.86
29159491--29159622	45	3.0	45	87	3	187	35	11	19	33	1.88
29159491--29159627	22	6.2	23	77	13	128	36	11	18	32	1.88
29159694--29159755	23	2.7	23	76	14	65	29	20	20	29	1.98
29159568--29159841	129	2.1	128	87	4	390	35	16	15	32	1.90
29159602--29159880	129	2.2	129	86	2	382	34	15	15	33	1.90
29159845--29159901	22	2.5	22	75	13	62	26	10	26	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29159972--29160027	21	2.6	22	94	2	96	39	14	17	28	1.89
29159895--29160107	118	1.8	118	83	4	286	39	15	13	31	1.86
29159991--29160269	97	2.9	94	78	5	290	37	15	14	31	1.88
29161400--29161471	38	1.9	37	83	8	92	36	9	19	34	1.85
29163438--29163506	14	4.9	14	72	11	61	15	0	23	60	1.35
29163416--29163504	21	4.2	20	75	13	72	14	0	26	58	1.37
29163436--29163479	7	6.3	7	86	0	52	15	0	22	61	1.34
29163453--29163504	7	7.6	7	83	10	54	15	0	21	63	1.31
29163946--29163986	3	13.3	3	84	5	55	31	2	2	63	1.20
29163934--29163975	18	2.3	18	92	8	68	28	0	7	64	1.20
29164025--29164096	33	2.2	32	83	11	85	66	2	2	27	1.19
29164705--29164746	15	2.7	16	85	3	50	4	4	14	76	1.12
29165121--29165189	31	2.2	31	85	15	88	8	2	7	81	0.97
29165112--29165189	31	2.5	30	78	17	79	7	5	7	79	1.05
29166145--29166218	33	2.2	33	92	0	130	35	14	12	37	1.84
29166765--29166842	39	2.0	39	92	0	129	34	17	10	37	1.84
29167138--29167179	21	2.0	20	90	4	66	35	7	0	57	1.26
29168868--29169282	62	6.7	62	72	8	263	34	14	12	38	1.84
29169042--29169266	123	1.8	123	84	5	312	35	11	13	39	1.81
29169042--29169282	124	2.0	123	82	5	299	35	12	13	39	1.81
29169177--29169318	62	2.3	63	81	6	164	35	11	18	34	1.86
29169509--29169631	64	1.9	64	80	6	142	34	12	11	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29170903--29170938	19	1.9	19	88	5	56	25	11	0	63	1.27
29180984--29181055	35	2.0	36	84	10	94	59	5	2	31	1.35
29181296--29181342	20	2.4	20	82	3	60	42	2	2	53	1.25
29181412--29181437	10	2.6	10	100	0	52	46	7	0	46	1.31
29183345--29183390	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
29183417--29183450	16	2.1	17	88	5	52	41	0	5	52	1.25
29184063--29184150	32	2.8	31	77	8	79	60	1	0	38	1.04
29184081--29184139	31	1.9	31	83	13	77	57	1	0	40	1.09
29184113--29184138	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
29193066--29193111	18	2.5	19	76	16	51	36	2	0	60	1.09
29198389--29198463	15	5.0	14	74	9	60	2	14	28	54	1.54
29198392--29198463	21	3.3	21	72	11	63	2	13	27	55	1.52
29198803--29198872	2	35.0	2	100	0	140	0	50	0	50	1.00
29217523--29217624	50	2.0	50	90	0	159	33	6	2	56	1.41
29217526--29217624	27	3.8	26	69	17	71	33	7	2	57	1.37
29218451--29218494	23	2.0	22	86	13	63	25	11	0	63	1.27
29219055--29219097	21	2.0	21	95	4	77	25	0	13	60	1.34
29219936--29219980	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
29220152--29220184	14	2.3	15	89	5	50	36	6	3	54	1.41
29225345--29225374	11	2.7	11	94	0	51	36	0	3	60	1.14
29226749--29226798	26	1.9	25	84	15	66	52	4	4	40	1.39
29226826--29226868	22	2.0	22	85	0	59	69	2	4	23	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29227907--29227948	22	1.9	22	85	9	59	30	7	14	47	1.71
29227918--29227970	21	2.5	22	78	3	54	35	3	7	52	1.48
29228761--29228793	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
29234696--29234729	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
29235256--29235376	63	1.9	63	93	0	206	21	14	15	47	1.81
29237829--29237855	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
29247055--29247084	11	2.7	11	100	0	60	40	0	0	60	0.97
29248941--29248976	18	2.0	18	94	0	63	50	2	11	36	1.53
29255262--29255293	15	2.1	15	100	0	64	37	28	0	34	1.57
29261082--29261151	35	2.1	34	89	5	106	41	11	4	42	1.60
29261164--29261330	84	2.0	84	97	0	316	32	23	7	36	1.82
29263383--29263412	15	2.0	15	100	0	60	13	20	20	46	1.83
29268877--29268922	23	2.1	22	88	8	67	32	2	8	56	1.42
29270840--29270868	12	2.3	13	94	5	51	27	0	17	55	1.42
29272252--29272287	17	2.1	18	90	10	58	2	16	0	80	0.83
29275774--29275867	46	2.0	46	97	0	179	31	10	27	29	1.90
29280683--29280836	41	3.8	40	82	6	150	51	11	15	21	1.75
29280689--29280863	41	4.2	40	79	9	136	50	13	17	18	1.77
29280687--29280841	82	1.9	82	80	6	179	52	11	15	20	1.73
29281912--29282030	56	2.1	57	84	4	152	21	14	13	51	1.76
29283079--29283133	23	2.5	22	83	11	69	20	3	1	74	1.06
29283079--29283142	22	2.9	22	80	17	71	20	4	1	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29287212--29287316	50	2.1	49	87	1	147	52	14	10	22	1.72
29296667--29296744	38	2.1	38	95	0	138	44	17	7	29	1.77
29298395--29298451	27	2.1	27	80	6	62	57	0	1	40	1.09
29298903--29298993	39	2.3	38	83	7	112	65	12	4	17	1.40
29299429--29299471	22	2.0	22	90	4	70	58	13	0	27	1.37
29302911--29302950	21	1.9	21	85	10	55	67	7	10	15	1.41
29303383--29303455	20	3.6	20	72	9	67	20	26	26	27	1.99
29307043--29307067	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
29307118--29307146	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
29307283--29307336	26	2.1	26	86	3	74	50	1	7	40	1.41
29308152--29308193	21	2.0	21	85	0	57	40	0	2	57	1.12
29316851--29316917	16	4.4	16	72	9	50	43	0	1	55	1.09
29316886--29316935	20	2.5	20	93	6	84	52	0	0	48	1.00
29326084--29326256	57	3.0	57	96	0	319	50	9	13	26	1.73
29327703--29327733	3	10.3	3	92	0	53	0	64	32	3	1.09
29335498--29335561	29	2.3	26	77	17	65	51	0	3	45	1.17
29335537--29335585	17	3.1	15	81	16	62	48	2	8	40	1.44
29337851--29337907	27	2.1	28	84	15	75	47	0	0	52	1.00
29338300--29338354	27	2.1	26	83	10	67	45	0	0	54	0.99
29345057--29345112	2	28.0	2	85	0	76	57	0	0	42	0.99
29346423--29346454	15	2.1	15	100	0	64	34	6	6	53	1.51
29347959--29348000	19	2.2	19	83	8	50	19	2	4	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29357944--29358047	51	2.0	52	87	5	149	27	13	8	50	1.71
29359169--29359203	13	2.6	14	91	8	56	34	8	11	45	1.71
29364044--29364085	20	2.0	21	86	13	61	40	4	0	54	1.21
29370259--29370316	30	1.9	30	89	0	89	36	13	6	43	1.71
29375726--29375760	18	1.9	18	88	0	52	51	0	2	45	1.16
29375892--29375922	9	3.4	9	90	0	53	41	0	9	48	1.36
29377020--29377080	31	2.0	31	83	6	79	39	8	3	49	1.49
29378665--29378724	12	4.8	13	75	15	56	66	0	0	33	0.92
29392829--29392873	22	2.0	22	82	0	54	73	0	0	26	0.84
29395553--29395637	41	2.0	42	86	4	118	32	11	15	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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