genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  135  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22738226--22738252	10	2.7	10	100	0	54	37	22	7	33	1.82
22738239--22738628	21	17.8	21	80	8	372	37	15	10	37	1.81
22738239--22738628	46	8.9	44	86	5	397	37	15	10	37	1.81
22739897--22740013	17	6.8	16	70	16	56	7	12	0	79	0.93
22739873--22740006	38	3.6	37	76	17	109	7	14	0	78	0.95
22739936--22740006	9	7.4	10	82	17	73	8	8	0	83	0.82
22739942--22739980	11	3.5	12	89	10	57	7	10	0	82	0.86
22739922--22740012	23	3.7	25	72	16	84	7	9	0	82	0.84
22739955--22740013	17	3.3	19	82	17	74	8	8	0	83	0.83
22739927--22740013	27	3.2	26	81	16	90	6	10	0	82	0.83
22744908--22744966	20	2.9	20	82	7	57	40	18	11	28	1.86
22746938--22746984	16	3.0	15	81	9	58	21	0	0	78	0.75
22746937--22746984	15	3.0	16	76	11	53	20	0	0	79	0.74
22747944--22747974	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
22748173--22748214	16	2.6	16	100	0	84	47	0	14	38	1.44
22750221--22750356	52	2.6	53	82	9	172	27	19	8	43	1.81
22750390--22750429	11	3.6	11	83	12	55	52	30	0	17	1.45
22750390--22750432	22	2.0	22	95	0	77	48	30	0	20	1.50
22751205--22751352	52	2.8	51	83	9	183	27	25	6	40	1.80
22751385--22751425	11	3.7	11	83	0	55	51	26	0	21	1.48
22752359--22752894	138	3.9	137	82	6	602	43	12	10	33	1.77
22752318--22752898	92	6.3	92	80	5	568	43	12	10	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22752318--22752898	46	12.6	45	80	8	514	43	12	10	33	1.77
22753679--22753976	55	5.5	55	75	10	224	27	13	12	46	1.79
22753646--22753802	55	2.9	55	81	3	192	30	15	10	43	1.79
22754797--22754921	66	1.9	66	81	1	151	41	16	8	33	1.79
22755984--22756020	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
22756471--22756539	19	3.7	19	75	12	72	56	8	2	31	1.45
22756466--22756546	37	2.2	37	90	0	126	58	9	3	28	1.48
22756511--22756570	30	2.0	31	86	3	86	50	10	5	35	1.58
22757999--22758225	62	3.6	62	70	10	167	32	16	16	34	1.92
22757995--22758262	124	2.2	125	87	2	398	30	15	18	35	1.92
22758666--22758717	26	2.0	26	100	0	104	34	0	23	42	1.54
22759504--22759571	26	2.4	30	76	13	74	47	1	1	50	1.19
22759753--22759993	132	1.8	133	81	4	308	39	9	14	36	1.79
22766688--22766721	14	2.3	15	90	10	52	85	0	11	2	0.71
22766655--22766741	39	2.3	38	82	11	99	75	2	18	3	1.04
22767798--22767838	9	4.9	9	77	17	52	87	9	2	0	0.62
22767799--22767837	8	4.9	8	87	12	62	87	10	2	0	0.65
22768656--22768685	6	5.0	6	95	0	51	80	0	20	0	0.72
22771794--22771834	5	8.6	5	84	10	59	80	2	0	17	0.82
22772672--22772765	3	31.7	3	84	2	127	67	2	2	28	1.14
22772977--22773514	119	4.5	119	82	1	535	44	14	21	19	1.86
22773218--22773405	56	3.2	56	65	17	139	44	12	20	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22781458--22781900	220	2.0	220	97	0	841	41	15	13	29	1.86
22785313--22785353	18	2.3	18	91	0	64	73	14	0	12	1.11
22785766--22785852	6	14.7	6	93	1	122	70	1	1	27	1.02
22785766--22785852	9	9.8	9	86	1	122	70	1	1	27	1.02
22793274--22793306	10	3.3	10	87	12	50	87	0	12	0	0.53
22793276--22793304	13	2.2	13	100	0	58	93	0	6	0	0.36
22795263--22795495	50	4.5	51	81	5	272	35	17	15	32	1.90
22795231--22795495	103	2.6	103	86	1	343	34	16	14	33	1.90
22795451--22795527	37	2.1	37	87	4	111	29	18	19	32	1.95
22795542--22795624	37	2.3	38	81	8	100	36	14	12	37	1.83
22795401--22795617	90	2.4	89	81	6	228	31	17	15	35	1.91
22796180--22796415	128	1.8	128	87	3	350	32	12	18	36	1.88
22796192--22796456	128	2.1	127	82	4	327	32	10	18	38	1.85
22796501--22796548	15	3.2	15	96	0	87	43	14	20	20	1.87
22796648--22796675	13	2.2	13	100	0	56	0	0	7	92	0.37
22797074--22797322	83	3.0	83	82	9	264	28	9	24	38	1.86
22798766--22798805	11	3.5	11	86	3	53	2	2	10	85	0.80
22801783--22801839	3	19.0	3	92	0	51	21	0	12	66	1.23
22806742--22806845	13	8.2	13	72	12	81	53	23	5	17	1.64
22806742--22806845	26	4.1	26	80	2	113	53	23	5	17	1.64
22806824--22806885	20	3.2	19	73	15	63	48	27	3	20	1.65
22806798--22806936	65	2.1	65	83	0	170	46	27	7	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22807948--22808036	44	2.0	45	88	2	135	30	13	16	39	1.87
22817282--22817393	56	2.0	56	100	0	224	33	19	7	39	1.79
22819838--22819877	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
22820386--22820781	60	6.8	58	87	5	548	39	13	6	40	1.71
22820386--22820781	118	3.4	116	89	4	566	39	13	6	40	1.71
22820670--22820761	30	3.2	30	65	30	81	38	11	7	42	1.70
22820805--22820840	11	3.2	11	84	7	54	83	0	2	13	0.76
22820794--22820840	23	2.0	24	91	4	78	78	0	4	17	0.90
22820868--22820924	18	3.2	18	78	16	73	77	1	0	21	0.86
22821173--22821214	14	2.8	16	78	14	52	0	50	0	50	1.00
22821746--22821836	22	4.3	21	79	10	96	65	0	5	28	1.14
22821777--22821963	4	48.2	4	67	15	74	63	1	3	31	1.21
22821752--22821883	42	3.2	42	86	5	144	64	1	4	29	1.22
22821761--22821963	64	3.1	63	75	17	169	64	1	3	30	1.21
22821799--22821948	32	4.8	30	73	18	110	62	2	3	32	1.22
22821784--22821909	22	5.6	22	71	14	78	62	1	3	31	1.23
22821787--22821963	7	25.0	7	70	21	97	63	1	3	31	1.20
22821813--22821978	58	2.8	59	76	14	153	62	3	3	30	1.27
22822193--22822631	85	5.2	84	83	5	494	40	20	14	24	1.90
22822228--22822631	125	3.2	124	84	3	497	40	20	14	24	1.89
22822188--22822631	168	2.6	168	85	3	554	40	20	14	24	1.89
22823670--22823722	9	5.9	9	81	16	65	7	11	0	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22823665--22823722	10	6.2	10	81	18	72	6	12	0	81	0.88
22823665--22823722	17	3.1	18	87	12	82	6	12	0	81	0.88
22823711--22823756	22	2.2	21	81	14	51	30	15	6	47	1.70
22830937--22830968	15	2.1	15	94	0	55	40	0	31	28	1.57
22834160--22834439	58	4.8	57	78	6	283	38	13	7	39	1.74
22834372--22834506	70	2.0	68	91	2	216	42	11	5	39	1.66
22834440--22834570	58	2.2	59	89	2	192	41	11	5	41	1.64
22834313--22834567	128	2.0	128	92	0	429	41	11	5	40	1.66
22834632--22834669	8	5.3	7	82	17	51	71	0	0	28	0.87
22835499--22835598	22	4.6	22	78	14	109	67	0	5	28	1.12
22835514--22835663	8	21.1	7	69	21	84	64	1	4	30	1.20
22835514--22835663	4	38.2	4	69	12	64	64	1	4	30	1.20
22835488--22835622	41	3.2	42	80	8	132	67	0	5	26	1.17
22835514--22835662	30	4.9	30	78	13	135	64	1	4	30	1.20
22835513--22835624	22	5.2	21	80	12	113	65	0	4	29	1.18
22835654--22835709	24	2.2	24	84	12	69	75	8	1	14	1.13
22835669--22835713	21	2.0	21	87	8	63	80	6	0	13	0.91
22839500--22839532	5	6.6	5	96	0	57	78	18	0	3	0.87
22852185--22852225	21	2.0	21	85	4	57	17	24	0	58	1.38
22852201--22852264	28	2.3	28	78	10	69	18	18	1	60	1.43
22852215--22852263	14	3.3	15	76	23	50	20	16	2	61	1.44
22852211--22852272	22	2.6	23	82	10	63	17	19	1	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22852371--22852726	31	11.5	31	75	7	249	26	19	19	35	1.95
22852371--22852722	62	5.7	62	79	2	294	26	19	19	35	1.95
22852336--22852703	93	3.9	93	78	4	330	27	19	19	34	1.96
22852746--22852892	31	4.9	31	74	12	117	23	19	17	40	1.91
22852820--22852979	27	5.8	27	68	17	82	21	20	21	36	1.95
22852909--22852950	22	1.9	22	90	0	66	11	23	23	40	1.88
22852818--22853042	111	2.0	111	92	0	378	22	20	21	35	1.96
22853002--22853121	31	3.8	31	76	8	109	23	20	20	35	1.96
22853543--22853586	19	2.3	19	84	0	61	34	18	15	31	1.92
22856489--22856533	20	2.2	20	84	0	54	26	15	15	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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