genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  40  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8422806--8422951	58	2.5	57	78	10	143	17	2	32	47	1.62
8422900--8422982	43	1.9	43	85	0	112	16	3	32	46	1.65
8422846--8422967	58	2.1	58	80	11	135	17	3	34	45	1.65
8422886--8422981	14	6.7	15	69	15	51	16	4	31	47	1.65
8423132--8423255	9	13.8	9	94	0	167	40	0	0	59	0.97
8423136--8423255	12	10.5	12	86	5	135	40	0	0	59	0.98
8423136--8423251	30	4.0	30	91	5	157	41	0	0	58	0.98
8423446--8423501	3	18.0	3	89	7	85	33	0	0	66	0.92
8424692--8424742	21	2.6	19	84	6	57	45	1	0	52	1.12
8424864--8424905	22	1.9	22	90	0	66	52	9	7	30	1.61
8424899--8424941	12	3.8	12	81	9	54	46	0	9	44	1.35
8424892--8424944	11	4.7	11	81	4	61	47	1	9	41	1.47
8425008--8425070	22	2.9	23	74	13	78	49	12	3	34	1.57
8425516--8425650	67	2.0	65	80	8	148	48	5	7	37	1.56
8425535--8426132	22	27.1	22	66	11	143	45	6	11	37	1.64
8425788--8425914	66	1.9	66	82	6	159	45	3	12	37	1.61
8426043--8426160	44	2.7	42	79	5	119	48	4	9	38	1.55
8426113--8426175	22	2.9	21	83	2	72	49	6	9	34	1.61
8426900--8426962	33	1.9	33	87	3	92	68	15	6	9	1.37
8427512--8427575	31	2.0	33	84	6	87	53	6	4	35	1.47
8427539--8427676	21	6.4	21	70	13	84	47	9	7	35	1.63
8428324--8428363	15	2.5	16	80	12	55	75	20	5	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8428318--8428376	24	2.5	23	78	5	64	79	16	3	0	0.86
8429071--8429117	21	2.1	21	88	7	67	80	4	2	12	0.94
8430636--8430682	21	2.2	22	84	3	60	29	6	2	61	1.32
8436137--8436198	32	2.0	31	83	3	79	29	9	16	45	1.79
8436226--8436361	57	2.4	57	81	4	150	24	13	19	42	1.87
8436764--8436828	10	6.8	9	74	20	53	80	3	1	15	0.92
8436769--8436828	8	7.5	8	75	20	54	81	3	1	13	0.89
8436769--8436826	21	2.9	21	79	5	66	81	3	1	13	0.91
8436808--8436853	24	1.9	24	81	0	56	73	0	2	23	0.94
8437496--8437525	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
8437495--8437525	13	2.4	13	100	0	62	87	0	0	12	0.55
8437536--8437567	16	1.9	16	93	6	55	75	15	3	6	1.14
8438313--8438347	15	2.3	15	90	0	52	74	5	2	17	1.14
8447420--8447512	42	2.2	44	86	9	131	44	9	2	44	1.49
8447950--8447982	12	2.7	13	90	9	52	21	6	0	72	1.05
8447966--8448055	35	2.5	35	89	5	128	30	7	4	57	1.46
8447966--8448036	35	2.0	35	97	0	133	35	9	2	52	1.49
8450188--8450217	15	1.9	16	93	6	53	30	6	0	63	1.20
8450982--8451025	22	2.0	22	86	0	61	50	2	2	45	1.27
8451116--8451153	19	2.0	19	89	0	58	71	0	5	23	1.07
8451987--8452027	22	1.9	22	90	5	66	39	2	7	51	1.43
8452529--8452596	27	2.5	29	79	11	81	51	1	0	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8452529--8452607	27	2.9	27	79	7	70	50	1	1	46	1.17
8453182--8453216	1	35.0	1	88	0	52	94	0	5	0	0.32
8460123--8460191	29	2.4	29	95	0	120	18	33	17	30	1.94
8462638--8462677	15	2.8	14	88	3	53	45	2	0	52	1.14
8466896--8466944	25	2.0	25	95	0	89	34	12	10	42	1.76
8467869--8467993	3	46.7	3	71	23	66	35	1	4	59	1.26
8467870--8467992	5	24.2	5	79	9	108	35	1	4	58	1.27
8469985--8470174	3	65.0	3	71	13	119	58	5	3	32	1.37
8469988--8470177	76	2.5	75	82	9	221	58	5	3	32	1.39
8469986--8470179	73	2.6	73	77	12	193	58	5	4	31	1.40
8470774--8471185	118	3.5	119	78	3	314	44	14	20	19	1.86
8470934--8471185	116	2.1	116	78	5	256	43	13	23	19	1.86
8472278--8472311	11	3.1	11	86	0	50	2	5	2	88	0.70
8475798--8475861	25	2.6	25	73	12	69	68	3	3	25	1.18
8475840--8475872	16	2.1	16	88	5	50	69	3	0	27	1.03
8475853--8475911	31	2.0	28	84	12	75	71	3	1	23	1.11
8476369--8476410	20	2.1	20	86	8	59	42	23	7	26	1.80
8476831--8476888	3	19.7	3	85	3	82	65	5	0	29	1.14
8476925--8476978	24	2.2	24	83	0	72	61	5	7	25	1.45
8477619--8477722	19	5.5	18	73	15	68	15	3	4	75	1.11
8477676--8477718	18	2.4	19	80	11	54	16	2	4	76	1.05
8477670--8477717	17	2.6	17	80	12	51	14	4	4	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8477690--8477740	23	2.1	25	78	10	61	15	3	1	78	0.99
8479141--8479306	3	60.3	3	75	18	130	37	1	3	58	1.21
8479200--8479256	20	2.8	20	89	2	78	43	1	5	49	1.35
8479141--8479306	13	12.1	15	75	15	130	37	1	3	58	1.21
8480140--8480200	13	4.8	13	75	18	65	24	1	1	72	1.03
8480130--8480201	6	11.7	6	77	14	58	22	1	1	75	0.96
8480159--8480205	20	2.3	21	88	3	69	21	2	2	74	1.03
8480134--8480201	13	5.4	13	72	18	63	23	1	1	73	1.00
8481938--8482052	36	3.2	35	82	10	135	53	6	11	29	1.61
8481937--8482048	35	3.2	34	79	12	118	52	6	10	30	1.60
8482900--8482943	23	1.9	23	86	9	63	54	0	9	36	1.32
8483518--8483570	26	2.0	26	88	0	79	28	3	16	50	1.62
8485610--8485652	21	2.0	21	95	0	77	25	13	0	60	1.34
8485935--8485969	15	2.3	15	90	0	52	37	20	5	37	1.76
8487949--8488706	380	2.0	379	95	0	1365	34	18	12	34	1.88
8491983--8492298	161	2.0	154	92	4	524	48	8	4	39	1.53
8493255--8493927	161	4.2	160	75	10	604	41	13	9	35	1.77
8493220--8493950	323	2.3	322	81	4	846	42	13	9	34	1.76
8495373--8495405	13	2.5	13	90	0	57	57	6	6	30	1.47
8499670--8499698	14	2.0	15	93	6	51	55	13	10	20	1.68
8505857--8505934	40	2.0	40	87	5	113	39	11	7	41	1.70
8510728--8510776	11	4.2	12	77	15	50	55	2	2	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8511083--8511116	7	4.9	7	88	0	50	50	0	0	50	1.00
8512187--8512230	3	14.7	3	95	0	79	34	0	2	63	1.07
8512614--8515161	850	3.0	845	92	1	4104	39	13	12	34	1.83
8515649--8515678	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8522282--8522330	23	2.1	23	96	0	89	24	14	8	53	1.68
8525953--8525986	7	4.9	7	88	0	50	50	0	0	50	1.00
8527771--8527831	17	3.8	16	73	16	54	54	6	16	22	1.65
8527771--8527814	17	2.6	18	82	10	56	59	4	15	20	1.54
8529481--8529569	20	4.5	20	77	22	91	48	13	5	32	1.66
8529718--8529778	25	2.4	25	83	5	79	80	8	1	9	0.98
8529718--8529785	25	2.8	25	75	6	68	80	7	2	8	0.98
8531154--8531445	154	1.9	154	88	4	446	19	20	10	49	1.78
8534578--8534609	5	6.4	5	92	0	55	56	0	3	40	1.15
8534720--8534750	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
8534724--8534752	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
8535100--8535143	14	3.2	13	82	17	54	47	0	0	52	1.00
8535098--8535151	27	2.0	28	82	13	69	51	1	0	46	1.11
8536193--8536228	17	2.1	17	94	0	63	36	5	16	41	1.72
8539160--8539341	62	2.9	62	76	9	181	34	13	12	40	1.82
8539552--8539922	63	5.9	61	74	11	272	40	11	11	35	1.79
8539590--8539922	125	2.7	125	82	9	392	40	10	12	36	1.78
8544767--8544816	25	2.0	25	84	7	66	48	4	6	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8545937--8545979	21	2.0	21	86	0	59	58	16	11	13	1.64
8548212--8548498	22	12.7	22	68	15	99	48	6	9	34	1.63
8548560--8548640	22	3.7	22	77	9	67	51	7	7	33	1.58
8548756--8548914	22	7.2	22	75	5	108	43	8	10	38	1.68
8548766--8548914	44	3.4	44	79	3	165	43	8	9	38	1.67
8548766--8548914	66	2.3	66	83	2	183	43	8	9	38	1.67
8549232--8549329	21	4.6	22	77	7	85	48	12	7	31	1.67
8549226--8549315	42	2.1	44	83	6	114	46	10	7	35	1.66
8549290--8549363	21	3.5	21	84	0	76	48	14	5	31	1.67
8549324--8549362	10	3.8	10	80	6	51	51	12	5	30	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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