genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  132  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304183--22304235	26	2.0	26	85	0	70	26	20	22	30	1.98
22305063--22305113	26	2.0	26	96	0	93	27	13	27	31	1.94
22306864--22306916	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
22307759--22307808	25	2.0	26	84	11	68	34	20	18	28	1.95
22303550--22313631	873	11.4	874	83	6	11123	25	23	24	26	2.00
22311293--22311343	26	2.0	26	100	0	102	27	19	27	25	1.99
22313169--22314096	465	2.0	468	90	1	1488	25	19	23	30	1.98
22314399--22314451	26	2.0	26	92	7	90	28	15	26	30	1.96
22315289--22315341	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
22315472--22315524	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
22315268--22315681	183	2.3	183	96	0	765	22	28	26	21	1.99
22316363--22316726	159	2.3	159	86	3	491	20	31	27	20	1.97
22316768--22316842	25	3.0	25	98	2	141	26	25	20	28	1.99
22316769--22316847	26	3.1	26	96	1	142	26	25	20	27	1.99
22318565--22318617	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
22319463--22319515	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
22320357--22320409	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
22321260--22321311	25	2.0	26	89	10	81	30	26	17	25	1.97
22316793--22327107	902	11.6	899	87	3	13364	25	25	24	25	2.00
22322158--22322210	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
22323069--22323121	26	2.0	26	85	0	70	28	24	16	30	1.97
22323963--22324015	26	2.0	26	85	0	70	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22327212--22327286	27	2.9	27	83	14	81	24	0	4	72	1.02
22327226--22327287	23	2.6	24	82	12	67	24	0	3	72	0.99
22327860--22327897	20	1.9	20	88	0	58	39	28	15	15	1.89
22328224--22328392	18	8.9	18	67	18	58	15	4	3	76	1.09
22328227--22328286	31	1.9	31	86	6	86	10	5	3	81	0.95
22328326--22328406	27	2.9	26	74	16	74	16	6	1	76	1.05
22328231--22328399	22	7.6	22	65	11	69	16	4	3	75	1.09
22328365--22328411	17	3.0	16	84	9	53	17	4	0	78	0.90
22334438--22334508	21	2.9	26	74	22	80	73	0	18	8	1.08
22334451--22334493	9	4.4	9	78	16	50	81	0	13	4	0.84
22335708--22335881	42	4.1	42	94	2	289	22	17	24	35	1.95
22335888--22335941	1	54.0	1	84	0	72	92	7	0	0	0.38
22335889--22335941	24	2.3	23	93	3	88	92	7	0	0	0.39
22336142--22336190	24	2.0	24	88	7	73	26	0	4	69	1.06
22336153--22336227	26	2.8	26	76	13	73	22	2	4	70	1.16
22336795--22336831	19	1.9	19	94	0	65	45	24	16	13	1.83
22337227--22337310	5	16.2	5	70	16	55	17	4	1	76	1.03
22337195--22337310	21	5.5	21	67	12	69	18	3	3	74	1.11
22337241--22337325	26	3.4	26	71	25	76	15	5	2	76	1.08
22337252--22337302	17	3.1	17	83	8	61	13	3	1	80	0.94
22337248--22337310	13	4.8	13	73	23	53	15	3	1	79	0.94
22337366--22337457	30	3.1	30	63	12	80	47	6	10	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337345--22337563	60	3.7	59	83	10	272	46	7	12	33	1.70
22337330--22337563	120	2.0	116	85	6	319	47	7	11	32	1.69
22338436--22340297	896	2.1	897	87	2	2658	25	24	24	25	2.00
22340216--22340268	26	2.0	26	92	0	88	26	18	22	32	1.97
22341950--22342003	26	2.1	26	93	6	92	31	24	16	27	1.96
22342870--22342922	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
22343737--22343789	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
22351999--22353639	819	2.0	819	95	0	2969	36	16	13	33	1.88
22354180--22354213	2	17.0	2	87	0	50	52	2	44	0	1.16
22354401--22354439	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
22359987--22360308	83	3.9	82	77	8	276	31	13	17	37	1.89
22360033--22360311	83	3.4	83	78	7	298	30	12	18	38	1.88
22366146--22366198	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
22366279--22366311	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
22367639--22367713	27	2.9	27	83	14	81	24	0	4	72	1.02
22367653--22367714	23	2.6	24	82	12	67	24	0	3	72	0.99
22368292--22368329	20	1.9	20	88	0	58	39	28	15	15	1.89
22368655--22368823	18	8.9	18	66	18	58	14	4	3	76	1.08
22368658--22368717	31	1.9	31	86	6	86	10	5	3	81	0.95
22368756--22368832	10	7.7	10	78	17	54	14	6	1	77	1.02
22368652--22368838	22	9.0	21	65	21	56	14	5	3	76	1.09
22368796--22368842	17	3.0	16	84	9	53	17	4	0	78	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22374862--22374927	29	2.2	30	83	2	80	72	0	19	7	1.08
22374866--22374910	22	2.3	18	82	17	54	77	0	15	6	0.96
22376145--22376312	83	2.0	85	89	4	261	23	16	22	36	1.94
22376145--22376312	42	4.0	42	90	2	250	23	16	22	36	1.94
22376319--22376381	8	7.6	8	81	11	74	85	11	1	1	0.73
22376584--22376635	27	1.9	27	88	7	79	26	0	3	69	1.06
22376600--22376674	27	2.8	27	76	11	66	22	2	5	69	1.22
22377718--22377776	17	3.4	17	80	17	68	13	5	1	79	0.97
22377718--22377773	18	3.2	17	85	7	60	12	5	1	80	0.96
22377817--22378065	60	4.8	49	77	19	158	44	8	12	34	1.72
22377917--22378065	60	2.6	56	88	7	208	42	9	14	34	1.77
22379836--22379888	26	2.0	26	96	0	97	30	24	18	26	1.98
22380731--22380783	26	2.0	26	88	0	79	28	18	20	32	1.97
22381587--22381639	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
22382486--22382538	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
22382964--22383022	26	2.2	27	78	3	66	55	8	10	25	1.61
22380853--22384577	901	4.2	895	84	4	4613	25	24	24	25	2.00
22383388--22383440	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
22385909--22385961	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
22386777--22386829	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
22399211--22399263	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
22399345--22399378	11	2.9	12	91	8	61	17	26	38	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22400695--22400769	27	2.9	27	83	14	81	24	0	4	72	1.02
22400709--22400770	23	2.6	24	82	12	67	24	0	3	72	0.99
22401338--22401375	20	1.9	20	88	0	58	39	28	15	15	1.89
22401694--22401849	8	18.2	8	69	16	73	16	4	3	75	1.11
22401822--22401864	16	2.6	16	85	3	50	13	4	2	79	1.00
22401886--22402094	57	3.7	55	89	8	287	47	7	11	33	1.67
22401887--22402094	112	1.8	114	87	10	311	47	7	11	34	1.67
22408004--22408079	20	4.1	19	69	20	63	76	0	15	7	1.01
22408035--22408063	10	3.0	10	95	5	51	82	0	10	6	0.83
22408001--22408081	32	2.6	31	81	9	94	74	0	17	8	1.06
22409295--22409454	42	3.8	41	94	2	266	21	17	25	35	1.95
22409461--22409514	1	54.0	1	84	0	72	92	7	0	0	0.38
22409462--22409514	24	2.3	23	93	3	88	92	7	0	0	0.39
22409714--22409790	27	2.9	27	83	11	81	23	1	3	71	1.10
22409730--22409802	26	2.8	26	81	10	78	23	2	4	69	1.18
22410370--22410406	19	1.9	19	94	0	65	45	24	16	13	1.83
22410802--22410885	5	16.2	5	70	16	55	17	4	1	76	1.03
22410770--22410885	21	5.5	21	67	12	69	18	3	3	74	1.11
22410816--22410900	26	3.4	26	71	25	76	15	5	2	76	1.08
22410827--22410877	17	3.1	17	83	8	61	13	3	1	80	0.94
22410823--22410885	13	4.8	13	73	23	53	15	3	1	79	0.94
22410922--22411140	60	3.8	57	88	5	298	45	7	13	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22412021--22413873	895	2.1	892	86	3	2569	25	24	24	25	2.00
22413792--22413844	26	2.0	26	92	0	88	26	18	22	32	1.97
22415516--22415567	25	2.0	26	96	3	97	30	23	17	28	1.97
22414641--22417587	900	3.3	897	84	5	3828	25	24	24	25	2.00
22416416--22416468	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
22417283--22417335	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
22427719--22427754	2	18.0	2	94	0	63	52	0	47	0	1.00
22427897--22427931	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
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