genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  11  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314477--2314514	20	1.9	20	84	10	51	47	5	23	23	1.72
2315435--2315740	157	2.0	156	86	2	427	36	15	8	38	1.78
2318159--2318224	31	2.2	29	81	10	78	40	3	12	43	1.57
2333947--2334016	34	2.1	34	100	0	140	38	14	8	38	1.77
2344509--2344659	59	2.5	59	81	3	149	29	19	32	18	1.96
2345155--2345182	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2345346--2345404	29	2.1	28	83	3	73	49	1	5	44	1.34
2345717--2345755	20	2.0	20	85	10	53	61	2	0	35	1.10
2352686--2352710	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2352893--2352938	7	6.6	7	100	0	92	58	0	28	13	1.35
2352885--2352938	21	2.6	21	94	5	92	59	0	29	11	1.32
2354162--2354198	17	2.2	17	90	0	56	32	5	18	43	1.73
2355954--2355995	20	2.1	20	95	0	75	33	4	19	42	1.72
2360879--2360911	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2361552--2361588	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2361911--2361952	18	2.3	18	87	4	57	76	0	7	16	1.00
2362551--2362905	175	2.0	174	97	0	674	30	11	17	40	1.85
2365525--2365558	16	2.1	16	100	0	68	17	14	17	50	1.79
2367610--2367852	123	2.0	123	94	0	423	16	19	10	53	1.72
2383936--2383961	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2395846--2395882	16	2.3	16	95	0	65	37	10	5	45	1.62
2395846--2395888	16	2.7	16	82	13	61	37	11	4	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407965--2408001	2	19.0	2	91	5	58	0	45	0	54	1.00
2419710--2419761	24	2.2	24	85	0	68	21	5	0	73	1.04
2420281--2420318	12	3.2	12	81	7	51	0	15	0	84	0.63
2421254--2421452	99	2.0	98	95	0	353	35	10	17	36	1.84
2427237--2427289	25	2.2	24	89	3	79	49	0	0	50	1.00
2428902--2428933	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
2433003--2433028	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
2437716--2437755	21	1.9	21	89	0	62	70	0	0	30	0.88
2445521--2445583	31	2.1	30	82	8	74	50	0	1	47	1.10
2445521--2445583	30	2.1	31	82	8	76	50	0	1	47	1.10
2447184--2447219	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
2447182--2447220	20	2.0	20	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2448681--2448717	8	4.6	8	100	0	74	51	10	0	37	1.37
2448969--2449011	21	2.0	22	82	13	54	41	2	2	53	1.26
2449581--2449607	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2451100--2451137	15	2.5	16	87	8	53	68	0	2	28	1.03
2451332--2451356	13	1.9	13	100	0	50	40	8	28	24	1.83
2457520--2457567	24	2.0	26	84	12	66	43	8	6	41	1.60
2458007--2458042	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2458261--2458314	11	4.6	11	75	11	54	37	0	1	61	1.07
2459273--2459327	25	2.2	25	80	9	58	40	7	5	47	1.54
2459839--2459873	8	4.5	8	85	7	54	14	2	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459839--2459869	15	2.1	15	93	0	53	12	3	0	83	0.75
2460061--2460312	41	6.1	41	82	0	252	41	20	13	24	1.88
2460488--2460534	22	2.1	23	84	11	62	31	17	17	34	1.92
2461949--2461987	11	3.5	11	89	10	53	7	17	0	74	1.05
2461960--2462022	28	2.3	27	83	5	81	6	15	0	77	0.96
2461949--2462028	11	6.6	11	73	18	52	6	16	0	77	0.96
2466419--2466477	25	2.4	25	83	11	68	44	8	0	47	1.33
2466431--2466482	25	2.0	26	88	3	79	42	5	0	51	1.25
2466741--2466767	11	2.5	11	100	0	54	22	7	0	70	1.12
2469684--2469731	20	2.4	21	80	13	57	68	4	8	18	1.31
2469899--2469936	20	1.9	20	84	10	51	15	5	13	65	1.43
2470299--2470365	27	2.5	27	90	0	107	50	8	1	38	1.43
2470509--2470571	29	2.2	28	78	13	65	30	0	6	63	1.19
2470521--2470612	37	2.5	39	81	14	101	28	0	6	65	1.17
2470512--2470627	16	7.1	17	69	16	52	29	0	6	63	1.20
2470553--2470714	61	2.6	63	79	12	151	26	2	4	66	1.23
2471039--2471093	26	2.3	23	82	14	67	34	3	14	47	1.62
2471716--2472183	60	7.9	59	83	9	569	45	8	13	33	1.73
2471716--2472183	117	3.9	117	88	8	660	45	8	13	33	1.73
2473041--2473081	2	21.5	2	80	9	50	43	2	0	53	1.13
2475486--2475521	18	2.0	18	88	0	54	47	13	16	22	1.82
2481392--2481434	21	2.0	22	82	13	54	41	2	2	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492699--2492749	15	3.5	15	81	7	61	54	0	1	43	1.11
2493138--2493175	20	1.9	19	85	15	51	47	0	0	52	1.00
2493230--2493298	25	2.9	23	79	14	68	52	1	0	46	1.09
2493304--2493341	20	2.0	20	89	5	60	50	0	0	50	1.00
2493248--2493341	46	1.9	50	81	12	115	51	1	1	46	1.15
2493441--2493485	19	2.4	19	81	11	56	35	4	0	60	1.17
2494270--2494314	7	6.4	7	86	0	54	31	13	15	40	1.86
2501599--2501631	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
2506925--2506975	27	2.0	26	84	7	68	39	7	3	49	1.51
2507073--2507117	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
2510362--2510406	15	3.0	15	86	0	54	31	0	4	64	1.13
2510919--2511008	26	3.4	25	72	15	65	44	2	1	52	1.20
2511288--2511330	22	2.0	22	85	0	59	34	48	4	11	1.60
2511420--2511467	24	2.0	24	91	0	78	18	41	8	31	1.80
2513955--2514010	29	1.9	29	82	7	69	66	1	3	28	1.19
2515137--2515175	12	3.3	11	86	13	51	17	0	0	82	0.68
2515254--2515289	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2515349--2515390	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2516197--2516256	31	1.9	31	86	3	84	46	18	5	30	1.70
2516283--2516362	23	3.5	23	71	19	69	51	25	3	20	1.64
2516275--2516347	15	4.9	15	77	15	57	53	26	2	17	1.57
2516306--2516347	14	2.9	14	86	10	50	54	26	2	16	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517632--2517682	20	2.5	21	78	6	61	35	1	0	62	1.06
2518750--2518775	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2524419--2524453	17	2.1	17	94	0	61	31	5	0	62	1.18
2525180--2525226	22	2.1	23	84	4	60	17	8	29	44	1.78
2527700--2527724	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2528890--2528991	51	2.0	51	100	0	204	29	23	7	39	1.83
2532723--2532748	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2545166--2545209	19	2.5	17	80	16	54	47	0	0	52	1.00
2545217--2545297	41	2.0	41	81	16	96	46	2	3	46	1.33
2545512--2545575	11	5.7	11	78	17	53	54	1	3	40	1.25
2545516--2545569	11	5.0	10	81	16	56	55	1	1	40	1.21
2549862--2549903	21	1.9	23	85	9	61	11	4	19	64	1.44
2555691--2555724	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2556580--2556621	22	1.9	22	95	0	75	30	11	16	40	1.85
2558910--2558951	18	2.3	18	87	0	57	59	0	2	38	1.10
2563125--2563213	30	2.9	33	82	9	91	37	1	2	59	1.17
2563154--2563204	26	2.0	26	84	7	68	39	0	1	58	1.09
2563252--2563284	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
2567625--2567716	30	3.1	30	83	7	109	39	8	1	51	1.40
2567927--2567959	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2569468--2569535	25	2.7	25	72	20	70	42	0	2	54	1.15
2574440--2574496	4	14.2	4	100	0	114	49	26	0	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598837--2598895	28	2.0	30	93	6	104	42	0	1	55	1.09
2598836--2598908	28	2.4	29	84	13	94	45	0	1	53	1.09
2601967--2602005	4	9.2	4	97	2	60	0	53	0	46	1.00
2605209--2605271	29	2.3	27	88	5	90	52	0	4	42	1.22
2611380--2611430	5	10.2	5	79	12	52	37	5	0	56	1.23
2611379--2611432	15	3.8	14	79	16	58	37	5	0	57	1.22
2612338--2612436	19	5.3	18	69	11	65	20	1	5	73	1.07
2612355--2612414	25	2.5	24	78	8	59	18	1	5	75	1.07
2612338--2612408	18	4.1	16	71	20	54	18	1	4	76	1.03
2616718--2616762	22	2.1	21	88	12	65	28	4	2	64	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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