genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  169  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189851--28189925	22	3.5	22	71	10	73	53	2	10	33	1.50
28189842--28189928	43	2.0	43	82	6	104	54	3	10	32	1.51
28190240--28190303	22	3.0	22	73	11	60	48	3	10	37	1.54
28190382--28190887	22	23.0	22	69	9	199	48	7	9	35	1.62
28190800--28190908	45	2.4	45	85	5	150	42	5	11	41	1.63
28190825--28190941	22	5.3	21	74	10	74	44	4	10	41	1.58
28190988--28191076	11	8.2	10	73	14	70	51	3	4	40	1.39
28190974--28191015	22	1.9	22	85	0	57	50	4	4	40	1.45
28190962--28191070	54	2.0	54	82	7	132	48	5	5	40	1.49
28190981--28191049	32	2.2	32	94	0	120	49	2	5	42	1.41
28191003--28191110	22	5.0	21	77	12	96	47	4	6	41	1.50
28191029--28191123	22	4.4	22	78	2	93	45	8	5	41	1.57
28191130--28191172	21	2.0	21	81	0	50	51	0	13	34	1.42
28191405--28191493	45	2.0	46	81	2	108	48	5	10	35	1.61
28191430--28191508	22	3.5	22	81	5	88	46	5	11	36	1.62
28191641--28191780	22	6.4	22	80	4	104	47	6	5	40	1.51
28191654--28191790	44	3.1	43	77	10	136	48	5	4	40	1.47
28191674--28191854	22	8.5	21	73	16	92	46	6	6	40	1.53
28199194--28199226	10	3.3	10	91	8	50	45	0	0	54	0.99
28212104--28212133	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
28215797--28215833	15	2.4	16	86	9	58	48	8	2	40	1.47
28219026--28219089	14	4.4	14	71	28	53	60	1	1	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28219002--28219091	45	2.0	45	91	4	146	58	2	1	37	1.17
28219030--28219095	27	2.5	26	79	20	75	60	1	1	36	1.15
28220568--28220603	6	6.0	6	100	0	72	16	16	33	33	1.92
28222656--28222703	3	15.7	3	95	4	87	31	0	2	66	1.03
28226228--28226276	19	2.5	20	80	12	66	26	2	0	71	0.97
28233979--28234018	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
28234067--28234145	41	1.9	42	81	2	97	49	7	1	41	1.39
28234689--28234722	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28238694--28238729	9	3.9	9	85	7	54	83	2	0	13	0.76
28239812--28239919	30	3.6	30	81	2	119	37	8	4	49	1.54
28244011--28244049	18	2.1	19	85	4	53	53	0	0	46	1.00
28246217--28246607	133	2.9	136	86	3	538	36	14	19	28	1.92
28247868--28247897	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
28254975--28255024	24	2.0	26	84	11	68	40	4	8	48	1.51
28255021--28255315	159	1.9	159	91	1	484	42	3	10	44	1.53
28256536--28256584	22	2.2	23	82	13	59	48	0	0	51	1.00
28256533--28256603	27	2.7	27	78	10	74	47	0	0	52	1.00
28256585--28256630	21	2.2	21	88	7	67	47	0	0	52	1.00
28258120--28258192	27	2.9	23	67	25	58	45	0	8	46	1.33
28261389--28261426	17	2.2	18	85	4	51	50	5	0	44	1.24
28261542--28261600	19	3.4	19	65	29	58	47	0	1	50	1.11
28261534--28261600	33	2.0	33	100	0	134	46	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28261534--28261611	33	2.5	29	81	16	102	46	0	3	50	1.20
28263402--28263449	25	1.9	25	87	8	71	41	6	2	50	1.39
28263402--28263457	25	2.2	25	84	9	69	41	5	5	48	1.49
28264296--28264394	3	34.0	3	74	15	66	71	2	2	24	1.07
28264286--28264367	34	2.5	32	75	22	82	73	2	3	20	1.11
28264296--28264394	34	2.8	34	77	13	94	71	2	2	24	1.07
28264577--28264680	45	2.3	45	83	4	122	40	21	15	23	1.91
28264699--28265030	44	7.7	44	85	4	369	42	18	11	26	1.85
28264699--28265027	89	3.8	88	83	6	370	42	18	11	27	1.85
28265000--28265061	31	2.0	31	90	6	99	50	16	11	22	1.76
28264954--28265102	75	2.0	75	89	0	226	44	18	12	24	1.83
28265029--28265129	44	2.3	44	85	0	139	48	15	8	26	1.75
28264910--28265133	119	1.9	119	85	3	308	45	18	11	25	1.82
28265400--28265440	20	2.0	20	90	0	64	29	17	17	36	1.92
28265506--28265545	20	2.0	20	85	0	53	27	15	17	40	1.89
28265450--28265542	42	2.2	42	78	3	98	31	17	16	35	1.92
28265570--28265665	48	2.0	49	87	6	142	37	16	11	34	1.85
28266783--28266839	10	6.0	10	74	17	50	7	15	1	75	1.10
28273462--28273511	22	2.3	22	78	0	64	74	6	2	18	1.12
28274277--28274363	3	30.0	3	73	19	60	70	2	2	25	1.11
28278682--28278753	2	36.0	2	100	0	144	0	0	50	50	1.00
28278753--28278796	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28280595--28280631	17	2.2	17	95	4	67	45	2	5	45	1.40
28282199--28282236	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
28282264--28282328	2	32.5	2	100	0	130	0	49	0	50	1.00
28282328--28282357	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28284748--28284791	18	2.5	18	85	3	63	65	0	0	34	0.93
28293620--28293649	15	1.9	16	93	6	53	56	0	13	30	1.37
28300958--28301284	104	2.9	106	81	13	313	26	17	18	37	1.93
28300972--28301173	52	3.9	52	87	3	293	27	17	17	37	1.92
28304237--28304310	3	25.7	3	81	10	75	31	1	4	63	1.21
28304241--28304328	16	5.6	16	78	5	72	30	3	5	60	1.36
28304237--28304310	19	3.9	19	78	5	87	31	1	4	63	1.21
28304353--28304394	3	14.3	3	85	14	61	28	2	0	69	1.01
28304355--28304400	9	5.2	8	89	10	56	26	2	0	71	0.97
28304873--28304921	20	2.5	20	93	6	82	32	8	18	40	1.80
28305230--28305328	6	16.3	6	71	21	64	21	3	2	73	1.07
28305231--28305328	12	8.6	11	71	18	76	21	3	2	73	1.07
28305223--28305328	24	4.6	24	76	12	107	19	3	1	74	1.07
28305235--28305329	48	2.0	48	85	10	131	22	3	3	71	1.14
28305379--28305436	31	1.9	30	89	3	89	70	3	0	25	1.03
28314608--28314661	24	2.2	25	83	3	65	27	3	1	66	1.19
28314766--28314862	32	3.1	31	73	11	90	41	5	6	47	1.51
28320904--28321030	10	12.5	10	72	12	73	55	9	0	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28320975--28321030	21	2.7	21	77	2	60	60	8	0	30	1.27
28320905--28321038	51	2.7	50	79	10	157	54	8	0	35	1.37
28320905--28321053	50	3.0	50	78	9	169	54	8	1	36	1.38
28321048--28321113	26	2.6	24	77	13	60	59	1	3	36	1.22
28321133--28321173	22	1.9	22	85	5	57	68	2	4	24	1.22
28321222--28321303	36	2.2	37	78	10	96	53	3	1	41	1.26
28321382--28321437	27	2.1	27	86	3	78	64	0	7	28	1.20
28321580--28321683	9	11.7	9	71	14	65	34	1	9	53	1.45
28321580--28321639	28	2.1	28	87	0	84	35	1	10	53	1.44
28321575--28321681	10	10.7	10	67	10	58	35	1	8	54	1.42
28321580--28321683	19	5.3	19	67	15	59	34	1	9	53	1.45
28322861--28322890	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
28324681--28324720	2	20.0	2	84	0	53	45	2	5	47	1.38
28325937--28326006	4	17.0	4	81	8	52	18	0	7	74	1.04
28326260--28326340	37	2.2	38	78	10	87	61	3	6	28	1.37
28337096--28337138	22	2.0	22	90	0	68	44	9	11	34	1.73
28340270--28340346	15	4.9	15	68	21	50	50	1	1	46	1.17
28340298--28340367	33	2.1	32	82	15	81	52	1	0	45	1.09
28340461--28340501	17	2.6	15	78	14	55	43	4	0	51	1.23
28340850--28340895	24	1.9	24	82	8	58	50	0	0	50	1.00
28341228--28341271	21	2.0	23	91	8	74	40	6	0	52	1.28
28345963--28346019	29	2.0	29	89	0	87	31	12	15	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28351608--28351636	12	2.3	13	94	5	51	75	6	13	3	1.13
28369523--28369679	27	5.8	27	82	7	185	28	7	32	31	1.85
28369523--28369678	54	2.9	54	87	5	226	28	7	32	31	1.85
28369525--28369678	81	1.9	81	86	2	220	28	7	32	31	1.84
28369961--28370018	29	2.0	29	96	0	107	18	24	15	41	1.89
28371875--28371947	36	2.0	36	91	0	119	24	31	10	32	1.90
28372807--28372858	27	1.9	27	84	7	70	26	21	1	50	1.59
28374085--28374140	27	2.1	27	93	0	94	30	10	33	25	1.90
28376966--28377055	38	2.3	40	83	9	114	50	12	6	31	1.66
28377153--28377219	18	3.7	18	73	16	57	53	10	1	34	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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