genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  143  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24094829--24094906	36	2.2	35	83	2	102	43	16	14	25	1.85
24094828--24094964	18	7.7	18	68	2	80	43	16	13	27	1.85
24095004--24095122	22	5.4	21	68	14	78	45	11	5	36	1.65
24095007--24095134	44	2.9	43	77	10	114	45	12	7	35	1.69
24095124--24095188	34	1.9	34	87	0	94	40	15	12	32	1.84
24095170--24095280	46	2.4	46	82	4	118	39	14	8	37	1.76
24095196--24095271	23	3.3	23	70	7	64	42	13	6	38	1.70
24095197--24095295	46	2.2	46	81	1	110	42	12	7	38	1.69
24098173--24098563	138	2.8	139	79	5	389	50	10	11	27	1.72
24100424--24100511	42	2.0	42	80	10	97	27	7	1	63	1.29
24100610--24100657	19	2.5	19	89	0	69	72	2	10	14	1.19
24100603--24100650	25	2.0	23	84	12	60	70	4	10	14	1.29
24101025--24101052	11	2.5	11	100	0	56	60	10	0	28	1.30
24101610--24101688	3	26.0	3	97	2	149	65	0	0	34	0.93
24101937--24102171	75	3.2	74	78	6	208	40	13	14	31	1.85
24102235--24102316	34	2.5	33	84	6	103	43	12	13	30	1.80
24102468--24102561	48	2.0	48	93	0	161	45	9	10	34	1.71
24102301--24102727	215	2.0	215	88	3	637	39	12	14	33	1.84
24113690--24113715	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
24114623--24114656	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
24116003--24116059	24	2.5	24	80	8	66	64	3	17	14	1.41
24116055--24116091	3	12.0	3	94	5	65	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24116823--24116874	24	2.4	20	77	22	68	46	11	7	34	1.69
24116859--24116912	29	1.9	27	85	7	72	55	11	3	29	1.52
24116997--24117064	14	4.8	15	75	15	56	75	4	8	11	1.18
24117048--24117094	18	2.6	18	82	3	58	74	6	4	14	1.17
24118105--24118172	9	7.7	9	77	9	77	7	13	5	73	1.23
24118105--24118172	16	3.9	16	86	9	82	7	13	5	73	1.23
24118105--24118174	18	3.9	18	85	9	99	7	12	5	74	1.21
24118182--24118233	27	1.9	27	84	7	70	65	3	5	25	1.32
24118202--24118268	24	2.9	22	72	10	62	61	5	4	28	1.39
24127567--24127664	48	2.0	48	90	0	151	35	15	23	25	1.94
24132409--24132452	22	2.0	22	90	0	70	31	11	11	45	1.76
24156502--24156557	21	2.9	18	80	14	76	26	5	39	28	1.78
24156511--24156553	21	2.0	21	95	0	77	25	4	44	25	1.73
24156560--24156596	18	2.1	18	94	0	65	43	10	21	24	1.84
24156901--24156961	6	10.2	6	94	0	86	32	44	0	22	1.54
24159931--24160872	495	1.9	489	90	2	1496	47	9	2	40	1.50
24160649--24160704	22	2.5	23	78	16	57	58	8	0	32	1.29
24161087--24161121	17	2.0	18	88	5	54	5	22	0	71	1.07
24163937--24164041	52	2.0	52	86	0	147	44	8	20	26	1.80
24170014--24170278	132	2.0	132	91	1	433	25	17	16	40	1.90
24182176--24182212	16	2.2	17	90	4	58	40	5	5	48	1.49
24185616--24185668	27	2.0	27	96	0	97	37	15	3	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24185828--24185877	21	2.4	21	83	12	59	60	12	4	24	1.49
24185843--24185921	21	3.7	22	82	12	87	50	11	5	32	1.60
24185940--24185996	19	3.1	19	84	5	71	52	10	5	31	1.58
24186075--24186114	16	2.4	18	80	16	50	77	5	2	15	1.04
24187148--24187232	31	2.7	33	75	14	88	50	10	23	15	1.75
24187150--24187235	32	2.7	32	77	8	86	51	9	23	16	1.73
24190327--24190367	20	2.0	20	86	9	57	48	17	2	31	1.60
24190471--24190498	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
24190480--24190640	60	2.9	54	78	10	187	21	12	23	42	1.86
24190474--24190610	60	2.3	60	83	9	197	18	10	25	44	1.83
24194041--24194069	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24196122--24196193	27	2.8	25	76	14	65	16	6	33	43	1.75
24201867--24201906	17	2.3	18	86	4	55	20	15	17	47	1.83
24202654--24202702	21	2.5	19	87	9	64	71	4	0	24	1.03
24203273--24203656	157	2.4	156	83	3	459	30	7	17	44	1.76
24204296--24204338	19	2.2	20	83	4	52	37	9	11	41	1.74
24208076--24208129	18	2.7	20	81	16	67	51	5	5	37	1.49
24208066--24208129	22	3.1	21	74	19	71	51	6	4	37	1.48
24208700--24208744	2	22.5	2	86	8	65	48	2	2	46	1.26
24212487--24212560	30	2.5	30	79	0	85	37	14	5	41	1.69
24213451--24215497	695	3.0	681	67	19	1651	42	7	6	44	1.58
24216305--24216333	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24216303--24216353	15	3.0	18	77	11	54	52	0	0	47	1.00
24217851--24217987	68	2.0	68	97	0	256	49	8	10	31	1.67
24218653--24218687	11	3.2	11	91	0	61	57	5	0	37	1.23
24218647--24218702	22	2.5	22	88	0	76	57	5	3	33	1.39
24218653--24218716	22	2.9	22	85	0	74	53	3	6	37	1.42
24219107--24219177	22	3.2	22	72	7	63	50	2	11	35	1.53
24219198--24219243	19	2.2	21	85	11	60	50	2	10	36	1.50
24219226--24219285	22	2.8	22	78	12	70	46	6	10	36	1.64
24219411--24219467	22	2.6	22	83	5	62	43	17	5	33	1.71
24219464--24219536	22	3.3	22	84	0	83	41	6	10	41	1.67
24219786--24219865	33	2.5	33	80	8	94	55	6	3	35	1.43
24219821--24219914	21	4.4	21	69	6	64	52	10	3	34	1.52
24221476--24221543	36	1.9	35	87	3	100	29	14	17	38	1.90
24226498--24226695	97	2.1	97	97	0	371	37	6	17	38	1.76
24235775--24235824	10	4.9	10	82	7	57	84	2	14	0	0.72
24235776--24235822	16	2.8	16	87	6	58	85	2	12	0	0.70
24241828--24241860	11	2.8	12	86	9	50	63	9	9	18	1.49
24243410--24243510	11	9.2	11	67	10	55	37	6	4	50	1.51
24243413--24243529	22	5.3	22	81	4	128	37	6	5	49	1.54
24243459--24243541	22	3.8	22	82	6	62	36	8	6	49	1.58
24243525--24243576	22	2.4	22	87	6	70	32	9	9	48	1.69
24243614--24243656	22	2.0	22	85	0	59	41	13	9	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24244440--24244593	22	6.9	22	76	2	110	35	11	7	46	1.67
24244447--24244559	44	2.6	44	79	0	127	31	12	8	46	1.72
24248370--24248413	16	2.9	14	83	12	52	75	2	2	20	1.03
24249600--24249629	14	2.2	14	94	5	53	36	0	0	63	0.95
24252964--24254736	581	3.0	588	82	6	2124	33	14	20	31	1.93
24262196--24262222	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
24265549--24265659	58	1.9	58	86	0	159	56	10	11	20	1.64
24267409--24267449	2	20.5	2	94	0	73	46	2	0	51	1.14
24268436--24268470	14	2.4	15	90	4	54	45	2	2	48	1.32
24270070--24270094	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
24273106--24273147	19	2.3	19	88	12	61	11	11	9	66	1.44
24275063--24275093	15	2.0	16	93	6	55	90	6	3	0	0.55
24274988--24275318	149	2.2	152	79	5	361	54	9	18	18	1.70
24275234--24275554	147	2.2	145	79	5	315	54	9	17	18	1.68
24276476--24276554	41	1.9	41	84	5	106	41	16	7	34	1.77
24277078--24277140	23	2.8	21	77	13	72	26	20	20	31	1.98
24277279--24277570	104	2.8	103	82	6	338	38	15	14	31	1.88
24279649--24279673	11	2.3	11	100	0	50	76	8	16	0	1.02
24283362--24283404	21	2.0	21	91	8	70	11	6	25	55	1.60
24284850--24284890	16	2.5	17	76	11	50	63	14	2	19	1.41
24285200--24285233	16	2.1	16	88	0	50	58	17	2	20	1.51
24285306--24285363	27	2.1	28	81	9	66	62	18	1	17	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24292026--24292332	154	2.0	153	84	4	404	43	21	5	28	1.75
24294676--24294731	19	2.8	20	86	2	87	55	8	5	30	1.53
24294745--24294784	22	2.0	21	85	14	57	55	10	5	30	1.54
24294876--24294905	8	3.6	8	91	8	51	90	0	0	10	0.47
24294876--24294905	9	3.4	9	95	4	53	90	0	0	10	0.47
24295817--24295855	20	2.0	20	89	0	60	15	0	5	79	0.90
24296461--24296559	50	2.0	50	82	4	119	30	11	11	47	1.74
24298225--24298262	15	2.5	15	83	8	51	68	7	7	15	1.37
24298532--24298588	21	2.6	22	80	8	71	43	14	12	29	1.81
24298532--24298598	23	3.0	23	78	6	75	40	14	11	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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