genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  148  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24871229--24871463	127	1.9	127	80	3	276	20	15	14	49	1.79
24872835--24872887	16	3.2	16	75	19	56	15	7	3	73	1.20
24872810--24872877	27	2.7	26	85	14	97	13	8	1	76	1.08
24872824--24872905	33	2.4	33	78	15	87	19	6	2	71	1.18
24872893--24872935	19	2.3	19	84	4	61	27	4	0	67	1.10
24872818--24872927	11	9.6	11	69	19	57	20	5	1	72	1.13
24873005--24873036	16	2.0	16	93	0	55	37	3	6	53	1.42
24874077--24874129	23	2.4	22	84	6	70	73	0	1	24	0.93
24874238--24874262	13	1.9	13	100	0	50	56	16	8	20	1.65
24874283--24874375	19	4.8	19	73	11	73	50	29	3	17	1.61
24874265--24874375	38	2.9	38	76	9	109	48	28	4	18	1.67
24879978--24880276	31	9.4	32	69	7	155	34	16	18	30	1.93
24880203--24880289	31	2.8	31	80	3	104	33	12	21	32	1.91
24879996--24880262	97	2.8	97	76	4	254	33	16	18	31	1.93
24880387--24880538	46	3.3	46	81	3	171	34	9	9	46	1.69
24880576--24880624	5	9.8	5	83	16	66	83	16	0	0	0.64
24880575--24880624	6	8.7	6	82	12	61	84	16	0	0	0.63
24880575--24880624	11	4.9	11	83	16	72	84	16	0	0	0.63
24880574--24880671	11	7.8	12	74	17	67	78	14	3	4	1.02
24883461--24883506	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
24885927--24885973	22	2.1	22	96	0	85	46	12	17	23	1.82
24898015--24898065	22	2.4	22	83	3	59	43	1	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24906229--24906302	15	4.8	16	69	23	59	52	1	0	45	1.09
24906229--24906324	15	6.0	17	68	21	55	54	1	1	43	1.14
24906279--24906322	16	2.7	16	85	3	52	61	0	2	36	1.09
24907117--24907150	17	2.0	17	88	11	52	70	5	5	17	1.28
24907755--24907790	16	2.2	16	90	0	54	77	0	8	13	0.98
24907832--24907870	16	2.4	16	83	8	53	71	0	0	28	0.86
24907993--24908097	46	2.3	44	82	7	122	68	4	6	20	1.31
24908130--24908173	18	2.3	19	82	17	56	72	6	4	15	1.22
24908139--24908174	19	1.9	18	88	5	54	72	8	5	13	1.27
24908914--24908952	20	1.9	20	89	5	60	7	5	2	84	0.84
24922414--24922481	10	7.0	10	86	6	95	41	1	8	48	1.43
24923246--24923279	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24923517--24923604	12	7.2	12	71	20	58	29	0	7	62	1.23
24923507--24923711	61	3.3	58	75	19	166	26	2	5	65	1.27
24923516--24923619	16	6.6	15	71	19	70	28	0	7	63	1.22
24923537--24923631	16	5.7	17	70	13	56	31	0	6	62	1.20
24924095--24924162	31	2.2	31	84	5	93	27	22	23	26	1.99
24924217--24924262	20	2.3	20	88	3	67	26	28	19	26	1.99
24924587--24924626	21	1.9	21	89	0	62	7	2	7	82	0.92
24924585--24924657	25	3.1	22	84	11	76	10	1	6	80	0.95
24924614--24924654	13	3.2	13	86	3	57	12	2	7	78	1.06
24924729--24924961	60	3.8	60	88	4	324	45	8	12	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24928407--24928447	9	4.7	9	90	6	66	87	0	2	9	0.62
24928762--24928786	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
24928781--24928832	9	5.7	9	81	9	61	82	0	15	1	0.75
24928769--24928840	21	3.7	20	78	14	78	77	0	16	5	0.94
24928782--24928851	8	8.1	8	78	10	59	78	0	17	4	0.90
24928788--24928851	28	2.4	27	87	10	87	76	0	18	4	0.95
24930066--24930637	42	14.0	41	89	6	828	22	17	21	38	1.94
24930066--24930637	82	7.0	81	87	6	818	22	17	21	38	1.94
24930066--24930637	163	3.5	163	94	1	979	22	17	21	38	1.94
24930645--24930718	8	8.8	8	86	10	87	87	9	0	2	0.63
24930644--24930710	1	67.0	1	78	0	71	89	8	0	1	0.54
24930644--24930710	10	6.6	10	86	13	93	89	8	0	1	0.54
24930907--24930995	12	7.2	12	72	19	51	30	0	6	62	1.20
24930917--24931005	16	5.6	16	68	22	55	31	0	4	64	1.14
24930906--24931026	25	5.0	25	69	23	73	30	0	5	63	1.18
24931481--24931550	31	2.2	32	85	12	101	27	24	24	24	2.00
24931603--24931648	20	2.3	20	92	3	76	26	28	21	23	1.99
24932075--24932338	58	4.7	56	91	6	430	45	6	12	34	1.69
24932927--24932967	13	3.2	13	82	0	55	39	0	0	60	0.96
24933710--24933897	55	3.4	55	71	12	143	29	14	10	46	1.77
24939323--24939375	27	2.0	27	92	0	88	43	30	0	26	1.55
24939324--24939443	7	18.3	7	66	16	51	45	30	0	23	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939363--24939420	26	2.2	26	82	11	66	44	27	1	25	1.64
24939403--24939438	18	2.0	18	89	10	56	47	38	0	13	1.44
24939324--24939439	13	8.9	13	68	20	57	44	31	0	23	1.59
24940271--24940315	17	2.7	17	86	10	58	57	4	0	37	1.19
24941538--24941568	10	3.2	10	95	4	55	58	0	0	41	0.98
24941975--24942029	17	3.2	17	78	12	51	80	1	7	10	0.99
24944082--24944121	20	2.0	21	85	14	57	52	7	2	37	1.43
24944434--24944472	15	2.5	15	83	4	51	76	0	7	15	0.99
24944832--24944889	17	3.5	17	77	11	57	79	1	6	12	1.00
24945016--24945054	16	2.5	16	83	4	53	74	0	0	25	0.82
24945442--24945481	12	2.8	15	72	27	50	72	0	15	12	1.12
24948896--24948955	20	3.0	19	92	4	84	43	20	18	18	1.88
24948896--24948948	20	2.7	20	96	0	97	39	18	20	20	1.92
24950908--24950985	33	2.3	33	81	14	97	34	16	15	33	1.90
24951033--24951135	33	3.1	33	88	0	152	33	19	13	33	1.91
24950934--24951289	154	2.3	154	86	2	475	34	15	15	34	1.89
24951033--24951589	187	3.0	185	84	4	698	34	16	14	34	1.90
24951199--24951326	33	3.9	33	85	2	168	35	15	14	33	1.89
24951199--24951322	66	1.9	66	88	3	187	34	16	15	33	1.90
24951386--24951470	33	2.6	33	83	5	109	30	17	20	31	1.95
24951487--24951677	88	2.2	88	94	0	328	36	17	14	31	1.90
24951609--24951762	79	1.9	79	86	2	220	34	18	14	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24951745--24951824	33	2.4	33	85	6	117	31	18	17	32	1.94
24951685--24951975	149	2.0	149	88	4	444	34	18	14	32	1.91
24951899--24952020	33	3.7	33	86	5	167	32	20	16	30	1.95
24951894--24952020	66	1.9	65	90	1	200	33	21	15	29	1.94
24958571--24958614	17	2.5	17	96	3	79	56	6	6	29	1.51
24958792--24959166	144	2.6	143	77	8	384	41	12	11	34	1.79
24963896--24963951	27	2.1	27	86	0	76	35	8	12	42	1.74
24969864--24969895	15	2.1	15	94	0	55	40	9	12	37	1.75
24973171--24973266	50	1.9	50	87	2	140	26	12	18	42	1.86
24977063--24977165	46	2.2	45	79	8	109	44	0	1	53	1.11
24978159--24978619	231	2.0	231	98	0	886	35	13	12	38	1.83
24980330--24980639	120	2.6	123	79	3	342	33	12	20	33	1.90
24989223--24989270	24	1.9	25	83	8	62	54	8	0	37	1.31
24991604--24991629	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24992407--24992477	19	3.7	20	74	7	67	43	1	1	53	1.18
24994151--24994197	15	3.2	14	79	8	58	17	0	4	78	0.90
24994214--24994274	32	1.9	31	83	6	77	34	13	11	40	1.80
24994324--24994401	27	2.8	29	80	13	83	34	2	8	53	1.46
24994497--24994580	6	13.7	6	70	20	50	76	1	3	19	1.00
24994526--24994573	9	5.3	9	78	7	53	75	0	4	20	0.97
24994512--24994579	23	3.0	23	77	12	77	76	0	2	20	0.92
24994497--24994580	14	6.2	13	73	13	62	76	1	3	19	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24995397--24995436	20	2.0	20	90	0	62	90	0	5	5	0.57
24995448--24995521	3	25.0	3	78	13	73	59	2	1	36	1.20
24995448--24995524	40	2.0	39	85	10	104	58	2	1	37	1.20
24995747--24996019	119	2.3	121	80	5	295	47	12	20	19	1.81
24996033--24996431	121	3.3	121	83	2	403	45	14	22	17	1.85
24997235--24997290	20	2.8	19	84	10	60	1	7	12	78	1.02
24997255--24997308	23	2.4	21	82	17	65	1	9	7	81	0.94
25001587--25001638	17	3.2	17	77	20	58	75	0	1	23	0.91
25001589--25001646	23	2.5	23	81	8	73	74	0	1	24	0.92
25001587--25001654	33	2.1	31	81	5	73	76	0	1	22	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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