genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  152  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476448--25476500	26	2.1	25	82	10	63	45	7	3	43	1.50
25476626--25476679	28	1.9	28	88	0	81	51	14	0	33	1.43
25478741--25478787	23	2.0	23	83	0	58	48	17	6	27	1.71
25478737--25478896	79	2.0	79	87	2	232	43	14	7	34	1.73
25478823--25478947	65	1.9	64	82	4	153	38	15	8	38	1.77
25478816--25479015	109	1.8	109	86	0	292	38	16	8	38	1.78
25478888--25478982	44	2.1	45	80	5	104	37	16	9	35	1.82
25478998--25479074	21	3.5	21	80	13	84	42	16	2	37	1.62
25478816--25479062	109	2.3	109	81	2	253	39	16	6	37	1.75
25480325--25480378	8	6.6	8	79	12	65	11	12	0	75	1.04
25480309--25480369	17	3.7	17	82	10	65	13	16	0	70	1.17
25480333--25480379	24	2.0	24	91	0	76	10	12	0	76	1.02
25480325--25480379	9	6.6	9	80	14	64	10	12	0	76	1.02
25481527--25481566	21	1.9	21	85	10	55	35	20	7	37	1.81
25484419--25484730	163	1.9	159	85	6	432	27	8	5	58	1.51
25484800--25484853	27	2.0	28	88	3	83	44	7	1	46	1.42
25486288--25486335	4	12.2	4	78	12	55	72	0	6	20	1.05
25487483--25487553	28	2.6	27	82	14	83	46	0	0	53	1.00
25487480--25487530	13	3.8	13	74	20	52	45	0	0	54	0.99
25487471--25487545	28	3.2	22	70	25	55	44	0	0	56	0.99
25488112--25488139	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
25490729--25490757	14	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25490780--25490821	6	7.0	6	84	10	59	19	0	0	80	0.70
25490784--25490818	11	3.1	11	91	4	52	17	0	0	82	0.66
25491489--25491556	22	3.0	22	72	18	59	50	0	0	50	1.00
25491486--25491556	25	3.0	25	78	19	73	50	0	0	49	1.00
25492336--25492374	20	2.0	19	85	5	51	38	5	0	56	1.22
25493517--25493597	39	2.0	41	81	9	96	28	2	6	62	1.32
25496445--25496478	18	1.9	17	88	5	50	82	0	0	17	0.67
25496447--25496480	16	2.1	16	88	5	50	82	0	0	17	0.67
25496454--25496534	37	2.2	37	82	8	103	70	0	0	29	0.88
25497531--25497580	17	3.0	17	71	23	52	72	12	12	4	1.26
25498960--25499007	14	3.3	14	83	16	62	75	0	2	22	0.91
25498959--25499005	15	3.3	14	78	21	53	74	0	2	23	0.93
25499022--25499047	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25499148--25499234	37	2.3	38	90	2	131	43	29	11	14	1.81
25499148--25499290	19	7.5	19	75	6	83	44	26	9	18	1.81
25499249--25499290	20	2.1	20	86	8	59	45	26	9	19	1.80
25503938--25504006	28	2.4	28	83	7	86	15	11	47	24	1.79
25504532--25504562	8	3.9	8	91	0	53	9	0	3	87	0.66
25504870--25505031	83	2.0	82	91	3	263	34	9	14	41	1.77
25505278--25505358	22	3.7	22	77	6	74	27	14	24	33	1.95
25505090--25505314	104	2.2	102	82	4	283	33	14	16	36	1.88
25505643--25505699	22	2.6	22	80	2	80	15	24	35	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25505697--25505740	23	1.9	23	90	0	70	34	13	15	36	1.87
25505724--25505772	22	2.2	22	85	3	62	34	18	14	32	1.91
25505739--25505782	22	2.0	22	81	0	52	27	18	22	31	1.97
25506368--25506399	15	2.1	15	94	0	55	34	9	21	34	1.86
25507176--25507241	29	2.3	29	81	0	78	21	10	16	51	1.74
25508335--25508684	153	2.3	152	78	11	376	20	17	8	54	1.69
25508548--25508583	17	2.1	17	89	0	54	5	5	8	80	1.01
25511799--25511854	16	3.4	16	74	11	51	28	0	3	67	1.07
25512561--25512614	24	2.2	24	87	6	74	14	11	5	68	1.37
25512917--25512956	21	1.9	21	89	0	62	2	5	7	85	0.83
25512927--25512994	21	3.2	21	78	15	59	8	2	10	77	1.08
25512984--25513027	7	6.4	7	78	5	54	18	2	11	68	1.30
25513196--25513280	41	2.0	42	82	10	104	31	22	14	31	1.93
25513238--25514566	49	27.3	49	77	11	996	36	21	13	27	1.92
25513516--25513623	48	2.3	47	85	7	141	47	19	7	25	1.75
25513160--25514560	146	9.6	140	77	10	1007	36	21	13	27	1.92
25513238--25514569	97	13.7	99	76	9	1131	36	21	13	27	1.92
25513941--25514060	59	2.0	60	87	4	172	35	23	15	26	1.94
25513894--25514108	107	2.0	107	85	3	290	36	23	13	27	1.92
25514388--25514507	59	2.0	60	91	4	199	36	23	12	27	1.91
25514341--25514556	108	2.0	108	86	6	305	36	22	12	29	1.90
25527886--25527924	21	2.0	21	90	10	64	7	2	5	84	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25528676--25528716	12	3.4	12	86	0	55	65	2	0	31	1.05
25528745--25528841	20	5.2	20	68	15	64	53	8	5	32	1.53
25528818--25528928	24	4.5	24	77	14	111	54	10	4	30	1.55
25528845--25528970	47	2.8	42	80	14	114	54	10	4	30	1.54
25534018--25534060	4	10.8	4	92	0	50	13	0	4	81	0.84
25534015--25534056	20	2.1	20	86	0	57	11	0	7	80	0.88
25534015--25534061	24	2.0	24	91	0	76	12	0	8	78	0.95
25540260--25540303	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
25541833--25541886	27	2.0	27	85	7	74	9	12	46	31	1.74
25553916--25553955	8	5.0	8	87	0	53	62	2	35	0	1.09
25555689--25555713	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
25561681--25561721	21	1.9	21	85	5	55	34	7	4	53	1.50
25562137--25562183	24	1.9	25	82	4	60	48	2	6	42	1.40
25565448--25565485	16	2.4	16	95	0	67	76	2	0	21	0.91
25566339--25566480	52	2.8	50	86	6	169	49	10	9	30	1.70
25568957--25569007	24	2.0	26	82	14	63	35	35	0	29	1.58
25570523--25570571	9	5.4	9	80	7	55	75	0	14	10	1.04
25570525--25570571	17	2.8	18	75	12	55	74	0	14	10	1.07
25570533--25570584	25	2.1	25	85	7	63	69	0	17	13	1.19
25570533--25570584	8	6.2	8	76	12	52	69	0	17	13	1.19
25571282--25571461	70	2.6	70	77	9	172	32	9	26	31	1.88
25571453--25571496	23	2.0	22	86	4	61	47	4	20	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25571847--25572019	75	2.2	78	87	6	262	38	13	15	32	1.86
25571945--25572075	56	2.3	56	92	0	217	38	12	16	32	1.86
25572041--25572094	21	2.7	20	88	2	72	35	11	16	37	1.84
25572002--25572233	79	3.0	78	86	3	308	37	11	16	34	1.85
25572571--25572716	42	3.5	42	84	2	186	21	15	20	42	1.89
25573726--25573848	51	2.4	51	83	6	158	56	6	11	25	1.58
25576740--25576859	49	2.5	49	82	6	145	44	10	11	33	1.76
25576933--25576980	20	2.3	20	80	13	53	41	22	8	27	1.82
25577189--25577239	21	2.3	23	90	10	79	45	11	7	35	1.70
25578381--25578459	8	9.4	8	76	10	61	13	12	0	73	1.10
25578379--25578459	10	8.3	10	76	15	73	13	12	0	74	1.08
25578369--25578459	15	5.5	16	74	11	69	12	13	0	74	1.07
25578392--25578463	23	3.3	22	75	16	87	15	13	0	70	1.16
25585747--25585800	27	2.0	27	85	7	74	9	12	46	31	1.74
25597827--25597866	8	5.0	8	87	0	53	62	2	35	0	1.09
25600402--25600426	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
25604612--25605057	117	3.8	117	88	5	639	34	14	6	44	1.72
25604612--25605073	60	7.8	58	85	7	617	33	13	7	45	1.72
25605089--25605132	23	1.9	23	86	9	63	75	0	9	15	1.05
25606085--25606187	31	3.2	30	72	12	80	67	2	0	28	1.11
25606116--25606176	14	4.3	14	78	12	61	70	1	0	27	0.97
25606087--25606190	37	2.7	37	78	12	86	68	2	0	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25606109--25606190	20	4.2	20	73	19	66	67	2	0	30	1.04
25606136--25606192	16	3.7	16	73	23	50	64	1	0	33	1.04
25610348--25610394	23	2.0	23	84	8	60	19	0	8	72	1.10
25611714--25612167	119	4.0	109	78	10	387	48	6	7	37	1.57
25611826--25612185	119	3.0	120	87	1	497	49	6	8	36	1.58
25612966--25612995	13	2.3	13	94	0	51	23	6	3	66	1.30
25623742--25623825	43	2.0	43	88	2	125	32	15	15	36	1.89
25623885--25624047	43	3.8	43	79	4	163	37	11	11	40	1.76
25623861--25624063	86	2.4	85	75	8	209	34	12	12	40	1.80
25624759--25624788	11	2.7	11	94	0	51	33	0	6	60	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195